2. 소송비용은피고가부담한다.

가. 원고는 1988. 5. 16. 서울 영○포구 ○○○동 30-2 ○○아파트 10동 10102호(이하 '이 사건 주택'이라 한다)를 1억 5,900만 원에 취득하여 보유하다가 2006. 12. 4. 이를 13억 2,500만 원에 양도하였다.

나. 한편, 원고는 2001. 9. 27. 주택건설업자인 현○산업개발 주식회사로부터 서울 강○구 삼○동 7 아○파크삼○동 사○스원 103동 1203호(전용면적 156.857㎡, 이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 분양대금 7억 8,500만 원에 공급받기로 하는 계약을 체결 하면서 당일 계약금 1억 5,710만 원을 지급하였는데(공급계약서상 중도금은 2001. 12. 10.부터 2003. 11. 10.까지 6회에 걸쳐 7,850만 원씩 납부하고, 잔금 1억 5,740만 원은 입주 지정일에 지급하는 것으로 되어 있다), 그 후인 2001. 12. 5. 처인 손☆☆에게 위 공급계약에 따른 분양권(이하 '이 사건 분양권'이라 한다) 중 1/2지분을 증여하여 손☆☆가 위 공급계약상의 권리ㆍ의무 중 1/2지분을 승계하고 현○산업개발이 이를 승인함에 따라 이 사건 신축주택이 완공된 후인 2004. 9. 10. 이 사건 신축주택은 원고 및 손☆☆의 공동명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 2007. 2. 28. 피고에게 이 사건 주택의 양도와 관련하여 양도소득과세표준신고를 하면서 이 사건 주택의 양도가액에서 취득가액 및 필요경비 등을 공제한 양도소득과세표준에 세율 36%를 적용하여 산출한 280,506,240원을 2006년도 귀속 양도소득세로 자진 신고ㆍ납부하였는데, 그 후인 2008. 7. 17. 피고에게 이 사건 신축주택은 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 제1호 소정의 신축주택으로 같은 조 제2항에 의하여 1세대 1주택의 계산시 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다), 이 사건 주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 이유로, 이 사건 주택의 양도가액 중 6억 원을 초과하는 부분에 대한 양도소득세 113,341,981원을 제외하고 기납부된 양도소득세액 중 1세대 1주택 비과세 부분에 해당하는 167,164,259원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 2008. 7. 24. 원고가 이 사건 분양권에 대한 계약금을 납부한 후 그 중 1/2지분을 처인 손☆☆에게 증여함으로써 이 사건 주택의 양도 당시에는 이 사건 신축주택이 원고와 손☆☆ 공동명의로 되어 있고, 그 중 손☆☆의 지분에 대하여는 이 사건 특례규정이 적용되지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의주장및쟁점

원고는 이 사건 특례규정에서 정한 신축주택취득기간 내에 이 사건 신축주택에 관한 계약을 체결한 후 이를 취득함에 따라 이 사건 특례규정의 적용대상이 되므로 이 사건 신축주택은 1세대 1주택의 판정시 원고 및 그 세대원의 소유주택으로 보지 말아야 함에도 피고가 이 사건 신축주택 중 손☆☆에게 증여된 1/2지분을 근거로 이 사건 특례규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 이 사건 특례규정의 입법취지나 조세형평성에 반하여 위법하다고 주장함에 대하여, 피고는 손☆☆ 명의로 된 이 사건 신축주택 중 1/2지분은 이 사건 특례규정의 적용대상에서 제외되어 1세대 1주택의 판정시 원고 및 그 세대원이 소유하는 주택으로 보아야 한다고 주장한다.

따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 신축주택 중 손☆☆가 보유하는 1/2지분을 원고 의 지분과는 다른 별도의 주택으로 보아 원고를 1세대 2주택 보유자로 볼 수 있는지 여부에 있다.

3. 관련 법령

별지관련법령기재와같다.

4. 판단

가. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13784 판결 참조).

나. 그런데 위와 같은 법리에 ① 이 사건 특례규정은 신축주택취득기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택은 1세대 1주택의 계산시 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 것으로, 양도소득세의 감면 등을 통하여 주택신축 및 분양을 장려하여 침체된 건설경기 및 부동산 시장의 활성화 하려는 데에 그 입법취지가 있는 점, ② 원고는 이 사건 특례규정의 신축주택취득기간 내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하였고, 그 후 이 사건 신축주택의 1/2지 분을 실제 취득함으로써 원고가 보유하는 이 사건 신축주택의 지분은 이 사건 특례규정의 문언상 명백히 원고가 보유하는 주택으로 볼 수 없는 점, ③ 원고의 처인 손☆☆가 이 사건 신축주택 중 1/2지분을 보유하고 있다고 하더라도 이는 동일 세대원으로 최초 계약자인 원고로부터 이 사건 분양권 중 1/2지분을 증여받은 데 따른 것으로 이 사건 특례규정에 의하여 1세대 1주택의 계산시 원고의 보유주택에서 제외되는 이 사건 신축주택 중 나머지 지분에 불과하여 이를 별도의 주택으로 보기는 어려운 점, ④ 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 1세대 1주택의 판정은 개인별로 판정하는 것이 아 니라 1세대를 기준으로 판정하여야 할 것인데, 동일한 주택을 그 세대원이 공유하고 있는 경우 이를 1세대 다주택 보유 세대로 볼 합리적인 이유가 있다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고가 이 사건 신축주택을 분양받을 당시의 기대나 신뢰 및 이 사건 신축주택 중 일부 지분을 손☆☆에게 양도하게 된 동기나 경위를 고려하면 원고와 손☆☆가 보유하는 이 사건 신축주택 전체를 1세대 1주택의 계산시 거주자의 보유주택에서 제외하는 것이 법적 안정성이나 조세에 대한 예측가능성에 부합되고 이 사건 특례규정의 입법취지에도 부합된다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 보유하는 이 사건 신축주택의 지분뿐만 아니라 동일 세대원인 손☆☆가 보유하는 이 사건 신축주택의 나머지 지분을 합한 이 사건 신축주택 전체가 1세대 1주택의 계산시 원고 및 그 세대원의 보유주택에서 제외되는 신축주택으로 보아 이 사건 특례규정의 적용대상이 된다고 해석함이 상당하다.

다. 따라서 이 사건 주택의 양도와 관련한 양도소득세의 산정에 있어서 이 사건 특례규정이 적용되지 않음을 전제로 하여 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.