2. 피고가 2010. 1. 4. 원고에 대하여 한 부가가치세 2008년 1기분 15,375,190원 및 2 기분 23,888,730원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1979. 2. 22. 설립되어 서울 강동구 OO동 000-0에서 택시 운송사업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 원고는 소속 택시기사들인 운수종사자들과 사이에 운수종사자들이 AA 실제 운송수입금액과 관계없이 원고에게 일정 금액을 납부하여야 하는 정액사납금제 방식의 단체협약을 체결하고 이에 따라 정액사납금제를 실시하여 왔으며, 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 소속 운수종사자들이 납입한 정액사납금만을 과세표준으로 하 여 신고하였다.

다. 피고는 2009년 3월경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2008년 제1 기 및 제2기의 부가가치세 과세기간에 신고한 운송수입금액과 택시운송기록장치(택시 미터기와 수입금액 인지시스템인 '타코미터')상의 운송기록에 의한 수입금액과의 차액 인 2008년 제1기 226,372,219원, 저11271 367,271,059원을 운송수입금의 매출누락으로 보아, 구 조세특례제한법(2008.12.26.법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의7 제1항에 따라 부가가치세 2008년 제1기 11,318,610원, 제271 18,335,052원 합계 29,653,662원(이하 '이 사건 경감세액 '이라 한다)을 경감한 다음 2009. 5. 1. 원고에 대하여 부가가치세 2008년 제1기 14,533,090원, 제271 22,810,150원을 각 경정 ・ 고지하였다(이하 '제1 부과처분'이라 한다).

라. 서울특별시 강동구청장은 원고가 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항에 따라 부가가치세 경감세액을 소속 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하여야 함에도 이 사건 경감세액을 그와 같이 사용하지 아니하였다고 보아, 2009. 10. 29 피고에게 이를 통보하였다.

마. 피고는 위 통보에 기초하여 2010. 1. 4. 원고에 대하여 구 조세특례제한법 제106조의7 제3항에 의하여 부가가치세 2008년 제1기 15,375,199원(가산세 포함), 제2기 23,888,738원(가산세 포함)을 추정하는 내용의 부과고지를 하였다(이하 '제2 부과처분1 이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2010. 3. 30 서울지방국세청장에게 제1, 2 부과처분의 취소를 구하는 이의신청을 제기하였으나 2010. 5. 14. 기각결정을 받았고, 2010. 8. 18 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2010. 11. 30. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 l 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

이 사건 소 중 제1 부과처분에 대한 취소청구 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.

나. 판단

국세인 부가가치세 부과처분에 대하여 불복이 있는 자는 국세기본법 제55조, 제56조 제2항에 의하여 같은 법에 의한 심사청구 또는 심판청구의 전심절차를 거쳐야만 그 에 대한 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이고, 이 때의 심사청구 또는 심판청구는 청구기간을 준수하여야 하는 등 적법한 것이어야 하므로, 심사청구 또는 심판청구의 전심절차가 기간의 도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충 족하지 못한 것이 되어 부적법하며, 이는 행정청이 전심절차의 청구기간을 도과한 부 적법한 심판청구에 대하여 이를 간과한 채 실질적 재결을 하였다고 하더라도 달라지는 것이 아니다(대법원 1987. 11. 24. 선고 87누754 판결, 대법원 1991. 6. 25. 선고 90누 8091 판결 등 참조). 그리고 국세기본법 제61조 제1항, 제66조 제6항, 제68조 제1항에 의하면, 심사청구 및 심판청구와 그에 앞선 이의신청은 모두 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 그런데 갑 4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2009. 5. 13. 제1 부과처분의 납세고지서를 송달받았음에도 2010. 3. 30. 서울지방국세청장에게 제2 부과 처분과 아울러 제1 부과처분의 취소를 구하는 이의신청을 제기한 사설을 인정할 수 있 는바, 원고는 제1 부과처분의 통지를 받은 날부터 90일이 경과된 후에 이의신청을 제 기하였음은 역수상 명백하므로, 위 이의신청은 청구기간을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하고, 이는 재결청인 서울지방국세청장이 위 이의신청이 청구기간을 도과한 부적법한 것임을 간과한 채 실질적 재결을 하였다고 하더라도 달라지는 것은 아니다. 나아가 처분의 상대방이 이의신청절차를 거친 후 심사청구를 제기할 경우에는 국세 기본법 제61조 제2항에 따라 그 청구기간은 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 기산하여 90일 이내라고 보아야 할 것이나, 이의신청에 대한 청구 자체가 청구기간을 도과하여 부적법한 경우에는 이의신청에 대한 결정 통지일을 기준으로 심사청구 기간을 기산할 수는 없는 것이므로, 이러한 경우 심사청구 기간의 도과 여부는 당초의 부과처분의 통지를 받은 날을 기준으로 판단하여야 하는바, 이 사건의 경우 제1부과처분에 대한 심사청구는 원고가 제1부과처분의 통지를 받은 날인 2009. 5. 13.부터 90일이 경과된 후인 2010. 8. 18. 제기되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 위 심사청구는 청구기간을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하다. 이에 대하여 원고는, 제2 부과처분은 제1 부과처분을 확장한 것에 불과하므로 제1 부과처분에 대한 전심절차가 청구기간을 준수하였는지 여부는 제2 부과처분의 통지를 받은 날을 기산점으로 하여 판단하여야 한다는 취지로 주장하나, 제2부과처분은 이 사건 경갑세액이 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항에 따라 원고 소속 운수종사자 들의 처우개선 및 복지향상에 사용되지 아니하였음을 이유로 같은 법 제3항에 근거하여 위 경감세액 상당액 및 그 가산세의 합계액을 추정하는 처분으로서 본래의 부가가치세 부과처분인 제1 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라 할 것이므로, 제1 부과처분에 대한 전심절차 청구기간의 기산점을 제2 부과처분의 통지를 받은 날로 보아야 한다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 그렇다면 이 사건 소 중 제1부과처분에 대한 취소청구 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것으로서 부적법하다.

3. 제2 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 경감세액은 정액사납금을 초과한 부분으로서 모두 원고 소속 운수종사자들에게 지급되었으므로, 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항에 따라 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것이라고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어 진 피고의 제2부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다.판단

구 조세특례제한법 제106조의7에 의하면 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008. 12. 31.까지 종료하는 과세기간분까지 경감하되(제1항). 그 부가가치세 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 위 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하여야 하고(제2항). 국토해양부장관은 위 일반택시 운송사업자가 경감세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용 하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 국세청장 또는 운송사업자 관할세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 관할세무서장은 경감세액 상당액과 이 에 대한 이자상당액, 가산세의 합계액을 추정하도록 하고 있다(제3항). 이 사건의 경우 피고는 이 사건 경감세액이 원고 소속 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용되지 아니하였음을 확인하였다는 내용의 서울특별시 강동구청장의 통보 (을 7호증)를 받고 이를 이유로 제2 부과처분을 하였음은 앞서 본 바와 같은바, 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이므로 구 조세특례제한법 제106조의7 제3항에 따른 추정요건인 원고가 이 사건 경감세액을 소속 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 할 것인 데, 을 7호증의 기재만으로는 이를 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(피고 소송수행자는 2011. 11. 29. 변론기일에서 이 사건 경감세액이 원고 소속 운수 종사자의 처우개선 등에 사용되지 아니하였음을 뒷받침하는 객관적인 자료는 없다고 진술한 바 있다) 오히려 갑 7, 8, 9호증, 을 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 앞서 본 바와 같이 소속 운수종사자들과 사이에 정액사납금제를 실시함으로써 소속 운 수종사자들에게 운송수입금 중 회사에 납입하는 일정액의 사납금을 공제한 잔액, 즉 앞서 본 운송수입금 매출누락액을 그 운전자 개인의 수입으로 하여 자유로운 처분에 맡겨 온 사실을 인정할 수 있고, 위 금액 가운데는 이 사건 경감세액이 포함된 것으로 보이는 점, 이는 원고가 소속 직원인 운수종사자들에게 지급한 근로소득으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 경감세액이 원고 소속 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 있을 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 제2부과처분은 위법하다.

4. 결론

이 사건 소 중 제1부과처분에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 제2부과처분의 취소를 구하는 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.