○○○㈜

BB세무서장

2011년 농어촌특별세 가산세 24,700,559원의 부과처분의 취소를 명한 피고 패소 부

분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 소를 각하한다.

2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

피고가 2013. 5. 9. 원고에 대하여 한 2010년 법인세 ××,×××,×××원, 2011년 법인세 ×××,907,261원의 경정청구에 대한 거부처분과, 2010년 농어촌특별세 가산세 3,895,080원, 2011년 농어촌특별세 가산세 24,700,559원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 모두 기각한다.

가. 원고는 해상운송사업, 항만운송사업 등을 영위하는 법인으로, 동해항을 통한 석

"회석 해상수송을 위하여 □□지방해양항만청(이하 '항만청'이라 한다.)의 구 청사부지 및 인근 배후지에 선적기(쉽로더, Ship Loader) 등의 하역시설과 사일로(Silo, 이하이사건 사일로'라 한다.) 등 석회석 반입 및 저장설비와 부대시설(이하 이 각 시설을 합하여 '이 사건 물류시설'이라 한다.)을 설치하기로 결정하였다. 원고는 항만청에 아래와 같은 개요의 '□□항 석회석 물류시설 조성공사'(이하 '이 사건 공사'라 한다.)에 관하여 시행허가를 신청하였고, 항만청은 2011. 3. 18. 구 항만법(2011. 4. 14. 법률 제10599호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항에 따라 비관리청항만공사의 시행을 허가하였다.",- 아 래 -

○ 공사위치 : ××시 ○○동 ××× 중앙부두 및 배후부지

○ 공사내역 및 규모

하역시설 : 선적기(Ship Loader), 2,000T/H, 2기

벨트 컨베이어(Belt Conveyor), 1,200T/H, 2.3㎞

반입 및 저장설비 : 덤핑 호퍼(Dumping Hopper), 250톤, 6기

사일로(Silo, ∮28m×40m), 25,000톤/1기, 6기

공해방지시설 : 집진장치/세륜시설, 1식

기타부대시설 : 관리동/창고동, 734/387㎡, 각 1동

개량시설(Truck Scale) 등, 540대/일, 2기

나. 항만청은 이 사건 공사를 허가하는 과정에서 항만청의 구 청사부지를 원고가 사

용하는 대신 새로운 청사 지하 1층, 지상 4층(연면적 4,991㎡) 를 신축하여 기부채납할것을 허가조건으로 명시하였고, 이에 원고는 청사이전 및 시청사임차비용, 청사신축비용 등 기부채납(이하 '이 사건 기부채납'이라 한다.)의 이행을 위한 비용을 지출하였다. 원고의 이 사건 공사 관련 항목별 투자 비용은 선적기 설치 관련 22,336,399,273

원, 사일로 설치 관련 ××,×××,007,210원이고, 기부채납관련비용은 ××,×××,621,558원이다.

다. 이 사건 물류시설의 설치비 및 이 사건 기부채납 관련비용이 구 조세특례제한법

(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다.) 제26조가 규정하는 임시투자세액공제의 대상에 포함되는지 여부에 관하여, 원고는 2009년 내지 2011년의 법인세 신고 당시 임시투자세액공제의 대상에 포함되지 않는다는 것을 전제로 법인세 신고를 하였다.

라. 원고는 20××. 3. 12. 피고에게 이 사건 물류시설 설치비 및 이 사건 기부채납 관련비용을 임시투자세액으로 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

"마. 피고는 20××. 5. 9. 이 사건 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제는 허용하면서, 이 사건 기부채납 관련비용은 임시투자세액공제 대상에서 제외하여, 2010년 법인세 ××,537,896원, 2011년 법인세 ×××,907,261원에 대한 경정청구를 거부하였다(이하'이 사건 거부처분'이라 한다. 원고는 2009년 법인세에 대한 경정청구는 하지 않았다.).",피고는 이 사건 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제를 허용함에 따라 2010년

농어촌특별세 과소신고가산세 3,895,080원, 2011년 농어촌특별세 과소신고가산세 24,

700,559원을 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다.).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 20××. 8. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였

으나 조세심판원은 20××. 11. 25. 심판청구를 기각하였고, 원고는 여기에 불복하여

2014. 1. 19. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 제11, 12호증의 각 기재, 을 제1 내지 4

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분에 관한 소의 적법 여부에 관한 판단

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하

지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원

2006. 9. 28. 선고 2004두5317 판결 등 참조).

을 제6호증의 기재에 의하면, 피고가 2014. 10. 24.경 이 사건 부과처분을 직권으로

취소하였으므로, 이 부분 소는 존재하지 않는 처분의 취소를 청구하는 것으로서 소의

이익이 없어 부적법하게 되었다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 기부채납 관련비용은 조세특례제한법 및 그 시행령이 정하고 있는 '물류산업을 영

위하는 내국인이 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득

하여 사업에 사용하기 위한 투자'에 해당한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 거부처분을 하였으니 이는 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 조세특례제한법 제26조 제1항은 '대통령령으로 정하는 투자를 한 금액의 100분의 10을

초과하지 아니하는 범위에서 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.'라고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법 시행령'이라 한다.) 제23조 제1항은 "법 제26조 제1항에서 '대통령령으로 정하는 투자'란 물류산업을 영위하는 내국인이 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다."라고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법 시행규칙'이라 한다.) 제14조 본문은 '영제23조 제1항에서의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각호의 자산을 말한다.'라고 규정하면서, 제2호에서 '물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3.의 유통산업합리화시설'을 열거하고 있고, 별표3의 8.항은 "물품의 보관・저장 및 반출을 위한 창고로서「건축법 시행령」별표1 제14호 가목의 창고시설(상품의 보관・저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설을 포함한다.) 및 물품의 보관・저장 및 반출을 위한 탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한한다.)"이라고 규정하고 있다.

2) 위 각 규정을 종합하여 보면, ① 물류산업을 영위하는 자가, ② 조세특례제한법 시행규

칙이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을, ③ 새로이 취득하여 자신의 물류사업에

사용하기 위한 투자를 하는 경우에는, 그 투자금액 중 일정 부분이 임시투자세액공제

의 대상이 되는 것으로 해석된다. 원고가 물류산업의 일종인 해상운송사업, 항만운송사업을 영위하고 있는 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이 사건 물류시설 중 주된 시설인 이 사건 사일로는 조세특례제한법 시행규칙 제14조 제2호, 별표3 8.항에서 정하고 있는 '물품의 보관・저장 및 반출을 위한 창고 또는 탱크시설'에 해당하고, 피고는 이 사건 사일로를 포함한 이 사건 물류시설 전체가 조세특례제한법 시행규칙 제14조에서 정하고 있는 사업용자산에 해당한다고 보아 이 사건 물류시설 설치비용 전부에 대하여 임시투자세액공제를 허용하였다. 따라서 이 사건 기부채납 관련비용이 임시투자세액공제의 대상이 되는지 여부는 이 사건 기부채납 관련비용이 원고가 이 사건 물류시설을 새로이 취득하여 자신의 물류사업에 사용하기 위하여 지출한 비용"에 해당하는지 여부에 따라서 결정된다.

법인이 임시투자세액공제를 받을 목적으로 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이

취득하기 위해서 관할관청으로부터 인・허가를 받아야 하는 경우 그 인・허가의 부관

으로 건물을 신축하여 기부채납하라는 부담이 부가되었다면, 기부채납된 건물공사에

소요된 비용은 인・허가와 관련하여 지출된 비용으로서 사업용 자산을 취득하여 사업

에 사용하기 위한 투자비용에 포함된다고 보아야 한다.

이 사건 공사와 같은 항만시설공사는 항만청으로부터 허가를 받아야 시행할 수 있

고, 이 사건 기부채납은 이 사건 공사의 허가를 위한 조건으로 부가되었다. 따라서 원

고가 이 사건 기부채납을 이행하지 아니하는 경우 이 사건 공사를 진행할 수 없으므

로, 이 사건 기부채납 관련비용은 원고가 이 사건 사일로를 포함한 물류시설을 새로이

취득하여 사업에 사용하기 위하여 지출한 비용에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서

이 사건 기부채납 관련비용은 임시투자세액공제의 대상이 된다고 해석해야 하고, 이와

다른 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.

3) 이에 대하여 피고는 조세특례제한법 시행규칙 제14조가 "영 제23조 제1항에서 '기획재

정부령으로 정하는 사업용자산'이란 제3조에 따른 사업용자산...을 말한다."라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행규칙 제3조에 의하면 이 사건 사일로는 사업용자산에서 제외되므로, 결국 이 사건 사일로를 취득하기 위한 비용은 임시투자세액공제의 대상에서 제외된다는 취지로 주장한다. 그러나, 이 사건 사일로는 조세특례제한법 시행규칙 제3조가 아니라 조세특례제한법 시행규칙 제14조 제2호, 별표3 8.항에 해당하는 사업용자산에 해당하여, 그 취득가액이 아니라 이를 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자액이 공제대상이 되는 것이 므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

4) 피고는 또, 원고가 구 항만청사 부지 위에 이 사건 물류시설을 설치하려고 하

였기 때문에 이 사건 기부채납이 이 사건 공사의 허가 조건이 된 것이므로, 이 사건

기부채납비용은 이 사건 물류시설의 취득비용이 아니라 구 항만청사부지 사용허가에

대한 대가의 성격이어서 이 사건 물류시설을 취득하여 사용하기 위한 투자비용으로 볼

수 없다고 주장한다. 그러나, 원고의 표준대차대조표(을 제5호증)의 기재에 의하면,

2011. 12. 31. 기준으로 자산항목에 18,724,329,817원이 차지권으로 기재되어 있고,

2013. 12. 31. 기준으로 자산항목에 16,662,131,749원이 차지권으로 기재되어 있으나,

이 사건 물류시설의 부지에 관하여는 차지권이 계상되어 있지 않다. 오히려 항만시설

(부지) 전용사용 연장허가(갑 제10호증)의 기재에 의하면, 이 사건 물류시설의 부지는

국유지이고, 원고가 이 사건 물류시설을 설치한 때부터 항만청에게 이 사건 물류시설

의 부지에 관한 사용대가로 사용료를 지급해 오고 있음을 알 수 있다. 그 밖에 이 사

건 기부채납비용이 이 사건 물류시설의 부지의 사용대가로 볼 만한 자료는 없다. 또,

원고가 이 사건 물류시설을 구 항만청사 부지위에 설치하려고 함에 따라 이 사건 기부

채납비용이 소요되게 되었다고 하더라도, 임시투자세액공제제도는 기업의 설비투자를

촉진함으로써 구조조정을 통한 지속적인 안정성장을 이룩할 수 있는 기반을 마련해 주

기 위한 투자유인 장치라는 점 등에 비추어 보면 원고가 최적의 장소에서 임시투자세

액공제 대상이 되는 조세특례제한법 시행규칙 제14조에서 정하고 있는 사업용자산을 취득하여

사업에 사용하기 위하여 부담하게 된 이 사건 기부채납비용은 임시투자세액공제 대상

이 되는 투자비용에 포함된다고 봄이 타당하다. 따라서, 피고의 위 주장 또한 이유 없

다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분에 관한 원고의 소는 각하하여야 하고, 이 사건 거부처분

에 관한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결 중 이 사건

부과처분에 관한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 그 부분에

해당하는 원고의 소를 각하하고, 이 사건 거부처분에 관한 부분은 정당하므로 피고의

항소를 기각하되, 소송총비용은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조, 행정소송

법 제32조에 따라 피고가 부담하도록 하여, 주문과 같이 판결한다.