2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2011. 6. 7. 원고들을 주식회사 @@@@엔지니어링의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고들에게 한 별지 목록 '감액경정 후 세액'란 기재 각 납부고지처분은 무효임을확인한다. 피고가 2012. 4. 1. 원고 박**에게 한 2006년 귀속 종합소득세 31,179,618원 중 27,189,100원의 부과처분은 무효임을 확인한다(이와 같이 선해한다).

가. 원고들과 차@@은 주식회사 @@@@엔지니어링(2005. 12. 7. 설립, 이하 ' 이

사건 회사'라 한다)의 주주명부에 등재된 주주로서 아래와 같이 주식을 보유하고 있고, 원고 박**은 2005. 12. 7.부터 2016. 9. 5.까지, 그 후로는 차@@이 이 사건 회사의 대표이사로 재직하였다.

주주명

주당액면가액

주식수

주식보유비율(%)

5,000원

3,000

30

1,500

15

500

5

차@@

5,000

50

나. @@@세무서장(관할세무서장이 2014. 4. 7. 피고로 변경되었다)은 @@지방검찰청 **지청장으로부터 이 사건 회사, 원고 박**, 차@@의 조세범처벌법위반 혐의에 대한 고발을 의뢰받고 이 사건 회사에 대한 세무조사를 실시하여, 2011. 4. 11. 이 사건 회사에 대하여 2006년 ~ 2009년 사업연도 법인세 및 2006년 2기 ~ 2009년 2기 부가가치세를 경정하여 부과고지하고, 대표이사로 재직한 원고 박**과 차@@을 소득자로 하는 소득금액변동통지를 하였다(2006년 사업연도의 허위인건비 지급액으로 본 금액 중 원고 박**이 대표이사로 재직한 2006. 1. ~ 8.의 기간에 지급된 88,900,000원을 대표자인 원고 박**의 소득금액으로 보아 소득금액변동통지를 하였다). 이에 대한 심판청구 사건에서 조세심판원은 2014. 9. 3. 재조사결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2014. 11. 6. 재조사를 거쳐 이 사건 회사에 대하여 아래와 같이 당초 부과된 세액을 감액경정하고, 차@@을 소득자로 하는 소득금액변동통지를 감액하였다.

세목

사업연도/과세기간

당초부과세액

(2011. 4. 11. 부과)

감액경정 후 세액

(2014. 11. 6. 감액경정)

법인세

2006년

244,608,730원

변동없음

2007년

530,268,840원

350,014,451원

2008년

297,312,960원

129,456,678원

2009년

284,687,390원

134,226,789원

부가

가치세

2006년 2기

28,187,700원

변동없음

2007년 1기

45,596,010원

22,845,601원

2007년 2기

125,116,600원

97,387,601원

2008년 1기

54,926,000원

10원

2008년 2기

23,904,400원

0원

2009년 1기

26,232,150원

0원

2009년 2기

53,608,300원

90원

다. 피고는 2011. 6. 7. 원고들 및 차@@이 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 보아 원고들 및 차@@을 제2차 납세의무자로 지정하여 원고들 및 차@@에게 이 사건 회사의 체납세액 중 각자의 주식보유비율에 상응하는 세액을 납부할 것을 고지하였고, 그 후 위 2014. 11. 6.자 감액경정에 따라 그 납부고지세액이 감액되었는데(원고 박**에게 납부고지되었던 2008년 1기 부가가치세, 원고 권@@에게 납부고지되었던 2008년 1기 및 2009년 2기 부가가치세, 원고 박##에게 납부고지되었던 2008년 1기 부가가치세 부분은 감액경정에 따라 납부고지세액이 0원으로 되었다), 원고들에 대한 감액경정 후의 납부고지세액은 별지 목록 '감액경정 후 세액'란 기재와 같다(이하 피고가 2011. 6. 7. 원고들에게 한 별지 목록 '감액경정 후 세액'란 기재 각 납부고지처분을 '이 사건 납부고지처분'이라 한다).

라. 피고는 2012. 4. 1. 위와 같이 원고 박**을 소득자로 하여 소득금액변동통지를 한 88,900,000원을 원고 박**의 2006년 귀속 수입금액에 합산하여 원고 박**에 대한 2006년 귀속 종합소득세의 세액을 당초 신고된 세액 3,990,518원에 27,189,100원을 더한 31,179,618원으로 증액경정하고 원고 박**에게 그 증액분 27,189,100원을 부과 고지하였다(이하 원고 박**에 대한 2006년 귀속 종합소득세 중 위 증액분 27,189,100원의 부과처분을 '이 사건 소득세 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9, 10, 17호증, 을 제1, 2, 3호증의 기재, 변론전체의 취지

2. 처분의 무효 여부

가. 원고들의 주장

원고들은 차@@에게 주주 명의를 대여한 이 사건 회사의 형식상의 주주에 불과하고, 원고 박**은 이 사건 회사의 설립 초기에 차@@의 요청에 따라 형식상의 대표이사로 등기되어 있었을 뿐이다. 피고는 @@지방검찰청 **지청장으로부터 조세범처벌법위반 혐의에 대한 고발을 의뢰받으면서 교부받은 수사자료 등을 통하여 그와 같은 사정을 알았거나 알 수 있었음에도 원고들이 이 사건 회사의 실제 주주이고 원고 박**이 이 사건 회사의 실제 대표자이었음을 전제로 이 사건 납부고지처분 및 소득세 부과처분을 하였다. 따라서 이 사건 납부고지처분 및 소득세 부과처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이다.

나. 판단

1) 관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 하자가 있어 위법하다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야하며, 하자가 중대하고 명백한 것인지 여부를 판단함에 있어서는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두24326판결 등 참조). 또한, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세 대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조).

2) 이 사건 납부고지처분의 무효 여부

제2차 납세의무를 지는 법인의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 2003두1615 판결 등 참조). 또한, 실질적으로 권리를 행사할 것을 요구한다고 하여 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 하는 것은 아니고 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2003. 7. 8.선고 2001두5354 판결 등 참조).

갑 제1호증, 을 제2, 3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고들과 차@@은 이 사건 회사의 설립 시부터 이 사건 회사의 주주명부에 주주로 계속 등재되어 있었고, 원고 박**은 차@@의 처남, 원고 권@@은 원고 박**의 처, 원고 박##은 차@@의 처로서 원고들과 차@@ 등 이 사건 회사의 주주들이 모두 친족관계에 있었던 점, 이 사건 회사의 설립 시부터 원고 박**, 박##은 이 사건 회사의 이사로, 원고 권@@은 이 사건 회사의 감사로 계속 등기되어 있었던 점, 피고가 @@지방검찰청 **지청장으로부터 조세범처벌법위반 혐의에 대한 고발을 의뢰받으면서 수사자료를 교부받아 세무조사에 참조하였다고 하더라도 그와 같은 수사자료는 주로 이 사건 회사와 차@@, 원고 박**의 조세범처벌법위반 혐의에 관련된 것이고, 이 사건 회사의 실제 주주가 누구인지가 수사의 중점은 아니었던 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 설령 원고들이 그 주장과 같이 차@@에게 주주 명의를 대여하였을 뿐이어서 이 사건 회사의 실제 주주가 아니라고 본다 하더라도, 그러한 사정은 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 것이어서 외관상 명백한 것이었다고 보기 어려우므로, 이 사건 납부고지처분이 당연무효라고 할 수는 없다.

3) 이 사건 소득세 부과처분의 무효 여부

법인세의 과세표준을 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 귀속이 불분명하여 대표자에게 귀속된 것으로 보는 경우에 그 대표자는 회사를 실질적으로 운영하는 대표자이어야 하고, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부에 등기되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면 귀속이 불분명한 익금산입금액을 대표자에게 귀속시킬 수 없는 것이지만, 법인등기부에 대표이사로 등기된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로, 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 않았다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다(대법원2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조).

갑 제1호증, 을 제2, 3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고 박**은 이 사건 회사의 설립일인 2005. 12. 7.부터 2006. 9.5.까지 이 사건 회사의 법인등기부에 대표이사로 등기되어 있었고, 이 사건 회사의 주주명부에도 발행주식총수의 30%를 보유한 주주로 등재되어 있었던 점, 이 사건 회사는 피고를 상대로 제기한 2011. 4. 11.자 법인세 부과처분 등에 대한 심판청구 사건에서 원고 박**이 이 사건 회사의 대표이사로 재직하다가 2006. 9. 퇴직하였으므로 이 사건 회사의 퇴직금 지급규정에 따라 원고 박**에게 지급된 퇴직금 100,000,000원을 손금에 불산입하는 것은 부당하다고 주장하기도 하였던 점 등을 고려하면, 설령 원고 박**이 그 주장과 같이 이 사건 회사의 법인등기부에 대표이사로 등기되어 있었을 뿐 실질적으로 이 사건 회사를 운영한 사실이 없다고 본다 하더라도, 그러한 사정은 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 것이어서 외관상 명백한 것이었다고 보기 어려우므로, 이 사건 소득세 부과처분이 당연무효라고 할 수는 없다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.