1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1983.10.14 소외 재단법인 대한예수교장로회 소속 문현제일교회에 그 판시 토지를 양도하고 같은 달 20 소득세법 제23조 제4항 본문 및 제45조 제1항 제1호 본문에 의한 지방세 과세시가표준액에 따라 양도가액과 취득가액을 계산한 해당세액을 자진신고 납부하였는데 피고는 이 사건은 법인과의 거래로서 양도에 관한 실지거래가액은 확인되나 실지취득가액은 확인할 수 없는 경우로 보고 소득세법 제23조 제4항 단서, 같은 법 시행령 제170조 제4항 제1호 에 의하여 양도가액은 실지거래가액에 의하고 같은 법 제45조 제1항 제1호 단서, 같은 법 시행령 제170조 제1항 단서에 의하여 취득가액은 같은 법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 소정의 기준시가에 의하기로 하고 이를 기초로 하여 원심판시와 같은 세액을 산출하여 이 사건 과세처분을 하였으나 위 소득세법시행령 제170조 제1항 단서는 모법인 소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호 의 각 규정취지에 위배되고 형평의 원칙에도 어긋날 뿐 아니라 위임규정 없이 설치된 무효의 규정이라 할 것이므로 이를 적용하여 위 세액을 산출한 이 건 과세처분은 위법하다 하고 따라서 이 사건의 경우에 있어서는 취득가액이 확인되지 않아 양도가액 및 취득가액 모두를 기준시가에 의하여야 한다 하고 이에 의하여 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 그 판시와 같이 산출하여 이 사건 과세처분중 이를 초과한 부분을 취소하고 있다.

2. 그러나 양도가액결정에 관한 소득세법 제23조 제4항 본문과 단서, 필요경비로 공제할 취득가액결정에 관한 같은 법 제45조 제1항 제1호 본문과 단서를 적용함에 있어서 한쪽의 본문은 다른 한쪽의 본문과 한쪽의 단서는 다른 한쪽의 단서와 항상 같이 적용하여야 한다는 해석, 다시 말하면 자산양도 차익의 계산을 어느 경우에 있어서나 양도가액과 취득가액 모두를 반드시 기준시가가 아니면 실지거래가액 중 한 가지로만 결정하여 계산하여야 한다는 해석은 나오지 않고, 오히려 같은 규정들은 양도가액과 취득가액산정에 있어 각 본문과 단서의 규정을 달리 적용하는 것, 다시 말하면 양도차익을 계산함에 있어 취득가액과 양도가액 중 그 어느 하나를 기준시가에 의하는 경우 다른 하나는 실지거래가액에 의하여 결정할 수 있음을 가능케 하고 있는 규정들이라고 해석되므로 소득세법시행령 제170조 제1항 이 그 본문에서 “ 법 제23조 제2항 에 규정하는 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다”고 규정한 다음 그 단서에 “다만 제4항 제1호 및 제2호 의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 (다)목 의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”는 예외적 규정을 둔 것이 모법인 소득세법 제23조 제4항 , 제 45조 제1항 제1호 의 규정에 부합하지 않는 것이라고 볼 수 없고, 이는 단지 모법의 해석상 가능하게 되어 있는 양도차익의 계산방법을 명시한 것에 지나지 아니하므로 모법에 별도의 위임규정이 있을 것도 필요로 하지 않는 규정이라 할 것이다 ( 당원 1986.7.8 선고 85누281 판결 ; 1986.7.22 선고 84누490 판결 등 참조).

결국 원심판결이 이와 다른 견해에서 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정을 모법인 소득세법의 규정에 부합하지 않는 무효의 법령이라고 보고 이에 근거한 피고의 과세처분을 위법하다고 판단한 것은 그 규정내용을 오해하여 그 적용을 그르친 것이라 하겠으므로 상고논지는 이유있다.

3. 그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.