가. 청구법인은 2009.11.24. ○○○을 법원의 강제경매를 통하여 취득하고, 2009.11.26. 처분청에 일반세율로 등록세 등을 신고한 후 2009.12.14. 및 2009.12.21. 두 차례에 걸쳐 등록세 등을 납부하였으며, 2010.1.18. 이 건 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 처분청은 위 2010.1.18.자 소유권이전등기에 관하여 2005.2.24. 청구법인이 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 취득한 부동산에 관한 등기로서 등록세 중과대상에 해당하는 것으로 보고, 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것을 말하며, 이하 “개정된 「지방세법」”이라 한다) 제138조 제1항 및 같은 법 시행령 제102조 제9항의 규정에 의거 중과세율을 적용하여 2010.6.16. 청구법인에게 등록세 33,508,530원, 지방교육세 6,162,490원, 합계 39,671,020원을 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다 할 것이나 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 구법이 적용되어야 할 것으로(대법원 1995.6.30. 선고 94누14387 판결 참조), 개정전 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “개정전 「지방세법」”이라 한다) 제138조 제1항 제3호는 대도시내에서 법인의 설립 등과 그 설립 이후의 부동산등기에 대하여 중과규정을 두었으나 휴면법인에 대하여는 그 규정이 없다가, 2010.1.1. 개정된 「지방세법」 제138조 제1항 제3호에 대도시내에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다)이라고 하면서 휴면법인에 대하여도 등록세 중과규정을 둔 바, 이는 개정되기 전의 세법에 의하면 휴면법인이라 하더라도 일반세율에 의하여 등록세를 납부하면 되었으나 법이 개정되면서 등록세를 중과하게 되어 납세의무자에게 실질적으로 불리하게 개정되었다. 그런데, 2010.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제6조에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”고 규정하고 있고, 청구법인으로서도 2010.1.1. 개정된 「지방세법」 시행일 이전에 이 건 토지를 취득하면서 취득세 및 등록세를 이미 신고ㆍ납부하였는 바, 위 부칙 제6조의 경과규정에 따라 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 청구법인에게 유리한 구법을 적용하여야 함에도 신법을 적용한 부과처분은 부당하다.

(2) 또한, 신고불성실가산세란 신고의무를 이행하지 아니한 경우 부과하는 것으로서, 청구법인은 이 건 토지에 관하여 이미 일반세율로 등록세를 성실하게 신고납부하였고, 2010.1.1. 개정된 「지방세법」에서 휴면법인에 대한 등록세 중과규정이 신설된 사실을 알 수 없었는데도 불구하고, 이 건 등록세 중과처분을 하면서 신고불성실가산세를 함께 부과고지하는 것은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 2010.1.1. 개정된 「지방세법」 제138조의 휴면법인 인수에 관한 등록세 중과규정은 그 부칙으로 이 법은 2010.1.1.부터 시행되며, 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용하되, 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 하였으나, 이는 법률불소급의 원칙을 의미한 것으로 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이고, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것인바, 등록세는 등기 또는 등록이란 단순한 사실의 존재를 과세객체로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 등록세 중과세의 납세의무성립은 휴면법인 인수일에 발생하는 것이 아니라 부동산을 취득하여 그에 따른 등기를 할 때 발생되는 것이므로, 법인이 대도시내 휴면법인을 인수한지 5년 이내이고 이 건 토지를 법 개정후인 2010.1.18. 등기한 경우라면 등기 당시의 개정된 규정을 적용하여야 하므로 이 건 토지에 관한 소유권이전등기는 등록세 중과대상에 해당한다.

(2) 또한, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이란 단순한 사실의 존재를 과세객체로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유ㆍ무효나 실질적인 권리귀속여부와는 관계가 없는 것이므로 사실상의 등기 또는 등록이라는 사실 자체가 존재하는 한 이를 근거로 등록세를 중과세한 처분은 정당하다 할 것이고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실 여부와 관계없이 부과되는 것이며, 납세의무자가 세무공무원으로부터 충분한 안내를 받지 못하였다거나 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 주위적 청구

휴면법인에 관한 등록세 중과규정이 신설되기 전에 휴면법인을 인수하여 부동산 소유권이전등기를 하는 경우, 개정 세법에 따라 등록세를 중과세하는 것이 소급과세금지 원칙 등에 위배되는지 여부

② 예비적 청구

부동산 소유권이전등기에 관하여 일반세율로 등록세를 미리 신고납부한 경우, 개정 세법에 따라 중과세율로 등록세를 부과고지하면서 신고불성실가산세를 가산한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것)

제138조 【대도시 지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 이 항에서 “휴면법인”이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

④ 제1항 제1호 및 제3호에 따른 휴면법인의 인수로 보는 범위는 대통령령으로 정한다.

제150조의2 【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출할 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

부칙(법률 제9924호, 2010.1.1.)

제1조 【시행일】이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제6조 【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것)

제29조 【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제102조 【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

⑨ 법 제138조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

3. 「부가가치세법 시행령」 제10조에 따라 폐업한 법인(이하 “폐업법인”이라 한다)

⑩ 법 제138조 제4항에 따라 휴면법인의 인수로 보는 범위는 제9항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 과점주주가 된 때 과점주주가 인수한 주식 또는 지분의 비율로 한다.

제151조 【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

부칙(대통령령 제21975호, 2010.1.1.)

제1조 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 【일반적 경과조치】이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조 【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

(4) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제102조 【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 법인등기부등본, 과세자료, 대법원 경매전산자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 1999.9.27. 주식회사 ○○○를 상호로, 자본금은 50,000,000원, 본점은 ○○○, 임원은 대표이사 ○○○, 목적사업은 종합무역업 등으로 하여 설립등기하였다가, 2000.7.25. 폐업하였으며, 2005.2.24. ○○○에게 청구법인의 주식 전부가 양도되는 방식으로 청구법인이 인수되면서 상호는 현재의 법인명으로, 본점은 ○○○으로, 목적사업은 부동산개발 및 임대업으로 각 변경하고, 임원도 ○○○으로 전원 교체하여, 재개업하였다.

(나) 그 후 청구법인은 ○○○법원 ○○○로 강제경매개시된 이 건 토지를 경락받아 2009.11.24. 그 경락대금을 완납하였으며, 2009.11.26. 이 건 토지에 관한 취득세를 신고하면서 개정전 「지방세법」에 의거 일반세율을 적용하여 산출한 등록세도 함께 신고하고, 그 세액은 2009.12.14. 및 2009.12.21. 완납하였다.

(다) 2010.1.12. 청구법인은 이 건 토지에 관한 등기촉탁신청서를 ○○○법원에 제출하였으며, 2010.1.18. 청구인 명의로 이 건 토지에 관한 소유권이전등기가 경료되었다.

(2) 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 개정된 「지방세법」 제138조 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 등록세를 중과하는 것으로 규정하면서 그 제3호에서 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우 포함) 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 제1항 제3호에 따른 휴면법인의 인수로 보는 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제102조 제9항은 휴면법인이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말하는 것으로 규정하면서 그 제3호에서 “ 부가가치세법 시행령 제10조에 따라 폐업한 법인”이라고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 부칙은 제1조에서 이 법은 2010.1.1.부터 시행하는 것으로, 제2조에서 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다는 일반적 적용례를, 제6조에서 이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다는 일반적 경과조치에 관하여 각 규정하고 있다.

(나) 관련법령 및 사실관계를 살피건대, ① 조세에 있어서 법률은 납세의무 성립시점의 법률이 적용되고, 등록세는 등기하는 때 납세의무가 성립하는바, 이 건 토지의 소유권이전등기가 개정된 「지방세법」 시행일 이후에 이루어진 이상, 그 등록세도 개정된 「지방세법」에 의거 등록세 중과세율을 적용하여야 할 것이고,

② 소급금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 법령이 있는 경우 그 효력 발생전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이나 새로운 법의 시행일 전부터 계속되고 있는 사실 및 법률관계에 대하여 새로운 법을 적용하는 부진정소급의 경우에는 법률불소급의 원칙에 위배되지 않는바(대법원 2004.3.26. 선고 2001두10790 판결 참조), 개정된 「지방세법」 시행일 이전에 청구법인이 이 건 토지를 취득하여 취득세 및 등록세를 이미 신고납부 하였으므로 개정된 「지방세법」 부칙 제6조의 경과규정에 따라 납세자의 신뢰보호 등을 위하여 납세자에게 유리한 개정전 「지방세법」을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴본다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 단순한 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결 참조).

(나) 살피건대, 이 건 토지의 소유권이전등기에 관하여는 개정된 「지방세법」에 따라 그 등록세 신고납부의무가 성립하는 것이고, 청구법인이 개정전 「지방세법」 제150조의2 제1항에 따라 미리 등록세를 신고납부하였다 하더라도 동 규정은 등록세 신고납부 방법을 정한 절차규정에 불과하여 납세의무 성립시점에는 영향이 없는 점, 청구법인으로서는 이 건 토지에 관한 경락대금을 완납한 2009.11.26. 이후 언제라도 법원에 등기촉탁신청을 할 수 있었음에도 불구하고,

개정된 「지방세법」 시행일 이후인 2010.1.12.에서야 등기촉탁신청을 함으로써 결과적으로 이 건 토지에 대한 소유권이전등기가 개정된 「지방세법」 시행일 이후로 늦어지게 된 점, 세율은 고정화된 것이 아니라 입법자의 의도에 따라 언제든지 변경될 수 있고, 등록세와 같은 신고납부방식의 세목에 대한 신고납부책임은 납세자에게 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 중과세율로 등록세를 신고하지 아니한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.