2 원고의나머지항소를기각한다.

3. 소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지및항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2007. 1. 2 자 2001 사업연도 법인 세 250,423,261원의 부과처분, 2001년도 제2기분 부가가치세 96,866,000원의 부과처분 및 2007. 1. 3.자 소득자를 정AA으로 하는 2001 사업연도 상여소득금액 484,000,000원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 7호증, 갑 제10, 11호증, 을 제1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고(당초 AA회사 BBBBB씨알씨가 설립되었다가 AA회사 CCCCCC, AA회사 BBBBB기술투자로 상호가 순차 변경되었고, 이후 원고에게 흡수합병되었다. 이하 상호변경 및 합병 전, 후의 회사를 통틀어 1원고'라고만 한다)는 중소기업의 사업성 평가 및 기업의 구조조정에 관한 업무 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2001. 4. 6. 박DD, 박E과 함께 'BBBBB 1호 기업구조조정조합'을 결성하고 조합의 엽무집행조합원으로서 업무를 수행하였으나, 조합은 원고에게 지급해야 할 성공보수금을 지급하지 아니한 채 2001. 12. 23. 잔여재산을 조합원에게 분배하고 청산하였다. 이후 원고는 조합의 최대 지분권자인 박DD을 상대로 소송을 제기하여 2006. 2.경 18억 원의 성공보수금을 지급받았다

다. 원고는 2001. 12.경 AA회사 FFFF(이하 'FFFF'라 한다)로부터 '중소KK 경쟁력강화 기업구조조정조합 1호'(이하 '이 사건 조합'이라 한다)에 대한 조합원 모집 및 투자금유치 용역계약(이하 '이 사건 용역계약'이라 한다)에 따른 용역을 제공받았다 는 내용으로 FFFF로부터 공급가액 440,000,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금 계산서'라 한다)를 교부받아 2001년 2기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고 2001년 법인세 신고시 같은 금액을 손금으로 계상하였다.

라. 피고는 원고가 2001년에 BBBBB 1호 기업구조조정조합에 용역을 제공하고 받기로 한 성공보수금 2,967,046,061원의 귀속시기를 용역제공 완료일인 2001 사업연도로 보아, 성공보수금을 2001 사업연도 익금 및 2001년 2기 부가가치세 과세표준에 산입하는 한편, 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 허위의 세금계산서로 보아 가공 매입 상당액을 손금불산입 및 매입세액 불공제하고, 원고가 FFFF에 지급한 용역대금이 부당하게 사외유출되었다고 보아, 원고에게, 2007. 1. 2. 2001 사업연도 법인세 1,967,747,850원, 2001년 2기 부가가치세 750,061,180원을 각 부과ㆍ고지하고, 2007. 1. 3.\u3000소득금액변동통지(소득귀속자ㆍ정AA, 소득금액 : 484,000,000원)를 하였다.

마. 원고는 2007. 12. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2008. 10. 22. 원고의 청구를 일부 인용하는 경정 결정을 하였고, 피고는 2008. 11. 4 원고에 대하여 2001 사업연도 법인세 1,717,324,591원을 감액경정하고, 2001년 2기 부가가치 세 653,195,189원을 감액경정하는 한편, 2006 사업연도 법인세 481,254,545원 및 2006 년 l기 부가가치세 220,694,815원을 추가 고지하였다.

바 원고는 심판결정에 따라 감액하고 남은 세액인 이 사건 세금계산서와 관련된 2001 사업연도 법인세 250,423,261원(이하 '법인세 부과처분'이라 한다)과 2001년 2기 부가가치세 96,866,000원(이하 '부가가치세 부과처분'이라 한다) 및 2001 사업연도 인정상여 484,000,000원에 대한 소득금액변동통지처분(이하 '소득금액변통통지처분이라 하고, 각 처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다)에 대해 이 사건 소를 제기하였다.

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 조합의 설립을 위한 조합원 모집 및 투자금유치 목적으로 FFFF와 이 사건 용역계약을 체결한 후 용역을 제공받고 대가를 정상적으로 지급하였으므로, 이 사건 용역계약이 가공의 거래이고 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 허위의 세금계산서에 해당함을 전제로 한 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다

다. 판단

(1) 인정사실

다음 각 사실은 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8 내지 19호증, 갑 제23호증의 5, 6의 각 기재 및 제1심 증인 박GG, 당심 증인 김HH의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 갑 제2호증의 2, 을 제8호증의 1 내지 3, 을 제9 내지 17호증, 을 제18호증의 1 내지 8, 을 제19호증, 을 제20호증의 1 내지 7, 을 제21호 증의 1 내지 11, 을 제22호증의 1 내지 6, 을 제23호증의 1 내지 4, 을 제24호증의 1 내지 5의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며 달리 반증 없다.

(가) 구조조정전문회사의일반적투자구조

1) 원고는 산업발전법이 정하는 기업구조조정 촉진을 위한 구조조정전문회사 (Corporate Restructuring Company, 이하 'JJJ'라 한다)로서, 구조조정대상기업의 인 수ㆍ경영정상화ㆍ매각, 기업구조조정조합의 결성 및 업무의 집행, 기업간 인수ㆍ합병의 중개, 구조조정대상기업의 회사정리 등의 엽무를 수행하고 있다.

2) JJJ 단독으로는 투자자금을 모두 조달하기 어렵기 때문에, JJJ는 JJJ 아닌 자와 조합을 결성하여 조합원들로부터 투자자금을 유치하여 대상기업에 투자하는 것이 일반적이고, 구체적인 투자는 ① 대상기업 선정 및 분석, ② 거래 구조 수립(유상 증자, 회사채 발행규모 등 결정), ③ 투자제안, ④ 인수의향서 제출 및 회사 소개서 수령, ⑤ 대상기업 실사, ⑥ 입찰 및 우선협상대상자 선정, ⑦ 정밀실사 및 재무적 투자자의 모집을 통한 기업구조조정조합 결성, ⑧ 본 계약 및 인수대금 납입, ⑨ 인수기업 정상화, ⑩ 매각을 통한 투자자금 회수의 절차를 거쳐 이루어진다.

3) JJJ는 구조조정조합의 업무집행조합원으로서 조합설립, 관련 회사들과의 업무 제휴, 조합의 운영을 담당하고, M&A; 부띠끄(boutique)는 투자대상 물건의 리서치, 재무적 투자자의 유치 등을 담당하고 JJJ로부터 수수료를 지급받는다.

(나) 이사건조합의투자과정

1) 이사건조합의개요는아래표와같다.

2) 원고는 105억 원에 이르는 투자자금을 마련하기 위하여 이 사건 조합을 결성하고자 하였는데, 자금조달 기간이 불과 1개월 여의 단기간이었고, 예상 수익률이 높았으며, 당시에는 일반투자자가 JJJ와 조합을 결성하여 투자하는 방식은 일반투자 자들에게 낯선 방식이어서 신생 회사로서 인지도가 높지 않은 원고가 스스로 투자자를 유치하는 것이 쉽지 않았으므로, 원고는 수수료를 지급하고서라도 M&A; 부띠끄를 통하여 투자자를 유치하고자 하였다

(다) 이사건용역계약의체결

원고는 M&A; 부띠끄인 AA회사 KK라이프(이하 'KK라이프'라 한다)의 대표이사 박GG에게 이 사건 조합의 설립을 위한 조합원 모집 및 투자자금 유치 엽무를 의뢰하였고, 박GG이 원고에게 위 엽무를 수행할 고MM(당시 FFFF의 대표이사를 맡고 있었다)을 소개함에 따라, 원고는 2001. 10.경 KK라이프, 고MM(투자자금 유치의 용역업무는 고MM이 개인적으로 수행한 것으로서 FFFF는 이 사건 용역과는 무관하다. 다만, 고MM의 요청으로 용역계약의 당사자 및 보수 지급의 상대방은 고MM 개인이 아닌 FFFF가 되었다)과 투자유치업무를 위임하는 용역계약을 체결하였다.

(라) 투자자유치엽무수행및보수의지급

1) 원고는 2001. 10. 13.부터 2001. 11. 20. 사이 에 총 105억 원의 출자금을 모두 조달하였는데, 그 중 84.10%의 출자금은 45명의 일반조합원이 출자한 것으로서(그 중 2억 원은 KK라이프가, 15억 원은 박GG이 직접 출자한 것이다), 투자금을 성공적으로 조달하는 데에는 박GG과 고MM이 상당한 역할을 하였다.

2) 이후 이 사건 조합은 많은 수익을 얻어 105억 원을 투자한 투자자들에 대하여 2002. 1. 5. 257억 여 원을 분배하고 청산분배금으로 39억 여 원을 분배하였으며, 원고는 관리보수비로 6억 8,000만 여 원, 성공보수로 39억 여 원을 각 지급받는 한편 총 출자긍에 대한 6.85%의 출자지분에 기하여 20억 여 원의 이익금까지 분배받았다.

3) 원고는 2002. 1. 16. KK라이프에게 투자수익을 포함한 수수료 374,000,000원을 지급하였고, 고MM에게 이 사건 용역계약에 따른 보수 명목으로 484,000,000원(보수 440,000,000원 + 부가가치 세 44,000,000원)을 FFFF 명의의 은행계좌로 송금하였다.

(2) 법인세 부과처분의 적법 여부

(가) 앞서 채택한 증거 및 갑 제20호증의 1, 2의 각 기재에다가 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ㉮ JJJ가 JJJ 아닌 자와 조합을 결성하여 조합원들로부터 투자자금을 유치하여 대상기업에 투자하는 경우에, JJJ는 M&A; 부띠끄를 통하여 투자자를 유치하고 수수료를 지급하는 것이 일반적인데, 인맥 등을 활용하여 투자자를 설득하고 투자자를 모집하는 투자유치의 업무 성격상, JJJ가 목표로 하는 투자금을 제때에 유치할 능력만 갖추었다면 전문적인 회사 뿐 아니라 개인도 M&A; 부띠끄 업무를 수행하는 경우도 있는 점, ㉯ 고MM은 나우 I&S;라는 회사의 대표이사로 제직하다가 코스닥 상장기업인 FFFF의 AA 44.84%를 인수하면서 FFFF의 대표이사로 취임한 자로서, 원고는 박GG으로부터 그를 소개받고서 고MM이 코스닥 상장기업의 대표이사로서 인적 네트워크를 동원하여 투자자를 제때에 모집해 줄 것으로 판단하고 용역을 맡긴 점, ㉰ 당시 구조조정대상기업인 AA회사 프로칩스를 인수하는 경우에 높은 투자수익이 예상되는 상태에서 1개 월 여의 단기간 내에 수십 명의 개인투자자로부터 100억 원에 가까운 거액을 유치하여 조합을 결성하여야 하는 원고로서는, 상당한 보수를 지급하고서라도 고MM과 같이 투자를 유치할 수 있는 자로 하여금 투자자를 모집하도록 할 필요가 매우 컸던 점, ㉱ 원고가 조합을 결성하여 투자한 다른 경우에서 투자자 모집업무를 M&A; 부띠끄인 AA회사 이엘코퍼레이션에 위임하고 그 대가로 원고가 투자자로부터 지급받는 용역수수료의 50%를 지급하기로 약정하였고, 원고는 위 약정에 따라 AA회사 이엘코퍼레이션에 3억 2,500만 원을 지급하기도 한 점, ㉲ 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 용역계약에 따라 고MM으로부터 투자자 모집 용역을 제공받고서 보수를 지급한 이상, 피고의 주장과 같이 용역대금에 대한 FFFF의 회계처리 및 출금 경위가 분명하지 않다거나 FFFF에 대한 외부감사절차에서 FFFF가 이 사건 용역계약에 따라 용역대금을 입금 받은 것이 회사의 목적사업이나 실제 사업의 수행내용에 비추어 볼 때 적절하지 않다고 지적되어 달리 회계처리되었다거나 FFFF의 직원들이 수사기관에서 이 사건 용역의 내용을 알지 뭇하고 이 사건 용역계약이 가공의 거래라고 진술하였다는 사정이 있다고 하여, 이 사건 용역계약 및 이에 따른 보수의 지급에 관하여 달리 볼 수는 없는 점, ㉳ 그 밖에 원고와 고MM 간의 이 사건 용역계약이 가공의 거래라고 볼만한 특별한 사정을 찾을 수 없는 점 등의 사정에 비추어 볼 때, 원고가 고MM과 체결한 이 사건 용역계약에 따라 이 사건 조합의 설립을 위한 조합원 모집 및 투자금유치를 위하여 고MM으로부터 이에 관한 용역을 제공받고서 그 대가로 지급한 보수는 원고의 사업과 관련된 지출에 해당하고, 이 사건 조합의 출자금 규모, 출자자 모집 기간 및 경위, 수익금 및 이익 배당액의 규모, 조합원 모집 및 투자금유치 과정에서의 고MM의 역할 등을 고려하면 그 보수액은 적정하다고 보이므로, 원고가 이 사건 용역계약에 따라 고MM에게 지급한 보수는 법인세법 제19조 제2항이 정하는 손금에 해당한다고 할 것이다.

(나) 따라서 피고가 이 사건 용역계약이 가공거래라는 전제에서 원고가 FFFF 명의의 계좌로 송금한 484,000,000원을 손금불산입하여 한 법인세 부과처분은 위법하다.

(3) 소득금액변동통지처분의적법여부

앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 용역계약에 따라 고MM에게 지급한 보수는 법인세법 제19조 제2항이 정하는 손금에 해당하는 이상, 피고가 이와 다른 전제에서 원고가 FFFF 계좌로 지급한 용역대금이 부당하게 사외유출되었다고 보고 한 소득금액변동통지처분은 위법하다.

(4) 부가가치세 부과처분의 적법 여부

살피건대, FFFF의 대표이사인 고MM이 회사의 대표이사로서가 아니라 개인적으로 원고에 대하여 조합원 모집 및 투자금 유치용역을 제공하고서도 FFFF를 공급자로 하는 이 사건 세금계산서를 작성ㆍ교부하였음은 앞서 본 바와 같은바, 이는 세금계산서상의 공급자와 사실상의 공급자가 다른 경우에 해당하여 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 제1호, 제17조 제2항 1의2에 따라 매입세액이 공제되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 소결론

결국 법인세 부과처분 및 소득금액변통통지처분은 각 위법하고, 부가가치세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 취소 청구부분은 이유 있어 인용하고 나머지 부분은 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여, 제1심 판결 중 위 취소부분에 대한 원고 패소부분을 취소하고 이 사건 각 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 각 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.