2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2008. 9. 12. ○○ ○○구 ○○동 374-5 대지 381㎡, 같은 동 374-6 대 지 10.7㎡, 같은 동 374-25 대지 20㎡, 같은 동 374-26 대지 25㎡(면적 합계 436.7㎡, 이하 '이 사건 각 토지'라고 한다)에 관하여 ○○광역시 ○○구에게 공공용지의 협의취득을 원인으로 이전등기를 경료 하여 주었다.

나. 원고는 2008. 12. 1. 피고에게, 이 사건 각 토지를 원고의 배우자 신AA가 운영 하는 ○○ ○○구 ○○동 374-7 대지와 그 지상 건물에 위치한 ◇◇수산의 주차장으로 사용하였다는 이유로 사업용 토지의 양도로 보아 일반 세율 36%를 적용하고, □□종합건설 주식회사(이하 '□□종합건설'이라고 한다)에 대한 위약금 45,000,000원 (이하 '이 사건 위약금'이라고 한다)을 필요경비에 산입하여 2008년도 귀속 양도소득세 40,828,690원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 피고는 2010. 1. 4. 원고에게, 이 사건 각 토지 중 부설주차장으로 인정되는 260.96㎡를 제외한 나머지 175.74㎡ 부분이 비사업용 토지에 해당한다고 보고 이에 대하여 60%의 세율을 적용하고, 이 사건 위약금을 필요경비에서 제외하여, 2008년 귀속 양도소득세 37,616,460원을 추가로 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 4. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 6. 23. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6호증, 을 제10호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 원고는 이 사건 각 토지에 관하여 □□종합건설과 매매계약을 체결하였다가 ○○구가 공영주차장 설치를 위하여 이 사건 토지의 협의매수를 요구하여 부득이하게 위 매매계약을 해제하고 이 사건 위약금을 지급하였으므로, 위 위약금은 양도행위와 상당 인과관계 있는 양도비로서 필요경비에 해당함에도 불구하고, 피고가 이와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

② 원고가 ○○동 374-5, 374-25 중 401㎡를 취득한 시기는 매매계약에서 잔금지급일로 정한 2002. 7. 16. 또는 매매당사자 사이에 잔금이 정산된 것으로 합의한 2003. 6. 3.이고, ○○동 374-6, 374-26을 취득한 시기는 이전등기를 경료한 2003. 4. 14.이며, ○○동 374-25를 취득한 시기는 관련 민사 확정판결에서 취득일로 정한 2002. 4. 17.이므로, 결국 이 사건 각 토지는 사업인정고시일인 2008. 7. 18.로부터 5년 이전에 취득한 토지이고, 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 주장 ①에 대한 판단

구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 ① 취득가액,② 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것,③ 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것이라고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제5항은 '양도비 등'으로 ① 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세,② 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기 전에 양도함으로써 발생하는 매각차손 등으로 규정하고 있다.

이 사안의 경우 갑 제3, 4호증, 을 제6 내지 9호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2008. 1. 22. 이 사건 각 토지를 □□종합건설에 매매대금 690,000,000원(계약금 60,000,000원은 계약시에 지급하고, 잔금 600,000,000원은 2008. 4. 21. 지급하기로 정함)에 매도하는 매매계약을 위 회사와 체결하였으나 그 후 ○○구청장으로부터 이 사건 각 부동산에 공영주차장 건설계획이 있다는 사실을 통보받고 2008. 6. 9. □□종합건설과 위 매매계약을 합의해제 하되 원고가 □□종합건설에게 계약금 60,000,000원과 이 사건 위약금을 지급하기로 약정한 사실을 인정할 수 있다. 이에 따르면 이 사건 위약금은 원고가 종전에 한 매매계약을 합의해제하면서 약정에 따라 지급한 것이어서(원고에게 ○○구의 협의취득 요구에 응할 의무가 있는 것도 아니고, □□종합건설에 매도하기로 한 금액보다 공공용지 협의취득으로 ○○구에 매도하는 금액이 훨씬 다액인 점에 비추어 원고는 스스로 위약금을 물고 ○○구에게 이 사건 각 토지를 매도한 것으로 봄이 상당하다), 이 사건 과세대상인 양도행위를 위하여 직접 지출한 비용으로 양도비에 해당하거나 그 밖에 구 소득세법 제 97조 제1항에서 규정하는 필요경비에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

2) 주장 ②에 대한 판단

가) 인정 사실

갑 제15, 18, 19호증, 을 제5, 7, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

①원고는 2002. 4. 17. 강BB 김CC, 이DD(망 이EE의 상속인 중 한 사람)에게서 ○○동 374-5, 374-25 합계 401㎡ 중 401분의 381 지분을 매매대금 515,500,000원(계약금 50,000,000원은 계약 당일에 지급하고, 중도금 50,000,000원은 임차인이 나가는 동시에 지급하며, 잔금 415,500,000원은 2002. 7. 16. 지급하기로 함)에 매수하는 매매계약을 위 매도인들과 하고 그들에게 계약금과 중도금을 지급하였는데, 망 이EE의 나머지 상속인들과 위 매도인들 사이에 다툼이 있어 잔금 지급을 지연하다가 2003. 9. 2. 위 ○○동 374-5 토지 중 401분의 381 지분에 관하여 이전등기를 경료 받고 같은 날 위 지분 전체에 대하여 ○○금고에 근저당권을 설정한 다음 위 ○○금고에서 대출을 받아 매도인들에게 잔금을 지급하였다.

② 원고는 이 사건 각 토지에 관하여 아래 표 기재 각 일자에 등기를 접수하여 같은 날 이전등기를 경료 하였다.

③ ○○광역시 ○○구청장은 2008. 7. 18. 이 사건 각 토지를 포함하는 ○○시장 주변 공영주차장 건립사업과 관련하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조의 규정에 따라 보상계획 열람 통보를 하였다.

나)판단

(1) 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호는 '공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 토지'는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호에서는 자산의 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있다.

(2) 앞에서 인정한 사실에 의하면,① ○○동 374-5 토지 중 401분의 381 지분,② 같은 토지 401분의 20 지분과 ○○동 374-6, ○○동 374-26 중 각 35.7분의 25 지분,③같은 동 374-25 토지의 취득일자는 대금 청산일이 분명하지 아니하여 각각 등기접수일인 ① 2003. 9. 2., ② 2007. 9. 17., ③ 2008. 8. 6.이라고 할 것인데, 이는 취득일이 사업인정고시일인 2008. 7. 18.로부터 5년 이전인 경우에 해당하지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(원고는, ○○동 374-25 토지에 관하여 관련 민사 확정판결에서 매매일자를 2002. 4. 17.로 인정하였으므로 위 일자에 이를 취득하였고, ○○동 374-5. 374-25 토지 중 401분의 381 지분에 관하여는 당초 잔금지급일로 정한 2002. 7. 16.에 잔금이 지급되었거나, 2003. 6. 2. 매매당사자 사이에 위 토지에 관하여 대출을 받아 잔금을 지급하기로 합의하였으므로 위 각 일자에 잔금 청산이 있었다고 주장하나, 매매계약 체결일자가 취득일자와 같다고 볼 수 없으며, 앞서 인정한 사실관계를 볼 때 당초 잔금지급일로 정한 2002. 7. 16.에 실제 잔금이 지급된 바는 없고, 매매당사자 사이에 아직 현실적으로 잔금을 지급하지 않은 채 단지 대출을 받아 잔금을 지급하기로 합의한 것만으로 잔금 청산이 있었다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 모두 받아들이지 않는다).

(3) 그러나 한편, 이 사건 각 토지 중 ○○동 374-6, 같은 동 374-26 토지 각 35.7분의 10.7 지분의 취득일자는 앞에서 인정한 바와 같이 2003. 4. 14.인데, 이는 사업인정고시일인 2008. 7. 18.로부터 5년 이전인 경우이므로, 위 각 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 처분은 이 사건 각 토지 중 ○○동 374-6 대 10.7㎡와 같은 동 374-26 대 25㎡ 중 각 35.7 분의 10.7 지분 부분을 비사업용 토지로 보아 60%의 세율을 적용한 위법이 있다(위 ○○동 376-6. 376-26 토지 지분 가운데 이 사건 처분에서 피고가 부설주차장으로 보아 사업용 토지로 인정한 260.96㎡ 부분이 어느 정도 비중을 차지하는지는 명백히 밝혀진 바 없으므로, 이 사건 양도소득세 부과 금액 중 얼마를 취소하고 얼마를 그대로 유지할지를 이 사건에서 결정할 수 없고, 피고가 이 사건 각 토지 전부에 관하여 다시 세액을 산정할 필요가 있다).

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.