2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 1. 30.부터 인천 서구 신현동 000-0에서 'XX주유소'라는 상호로 주유소를 운영하고 있다.

나. 원고는 ① 2007년 1기 및 2007년 2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ☆☆에너지(이하 '☆☆에너지'라 한다)로부터 공급가액 합계 274,036,364원 상당의 세금계산서를, ② 2008년 1기 부가가치세 과세기간 중 ○○에너지 주식회사(이하 '○○에너지'라 한다)로부터 공급가액 합계 296,059,999원 상당의 세금계산서를 각 교부받아(이하 원고가 위와 같이 각 교부받은 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다), 그 공급가액을 공제대상 매입세액에 포함하여 피고에게 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다.

다. 피고는 2009. 11. 2. 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2007년 1기분 부가가치세 21,001,130원, 2007년 2기분 부가가치세 26,086,050원, 2008년 1기분 부가가치세 51,499,630원을 부과하였다(이하 '이 사건 부가가치세 부과 처분'이라 한다).

라. 성북세무서장은 2009. 11. 2. 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 소득세법상 증빙불비 가산세를 적용하여 2007년 귀속 종합소득세 5,480,720원, 2008년 귀속 종합소득세 5,921,190원을 부과하였다(이하 '이 사건 소득세 부과 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 1. 20. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 국세청장은 2010. 3. 30. 이를 기각하였다

[인정 근거] 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ☆☆에너지와 ○○에너지로부터 실제로 유류를 공급받고 매입대금을 송금하여 정상적으로 거래하였으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 설사 허위의 세금계산서라 하더라도 원고는 ☆☆에너지와 ○○에너지로부터 석유판매업등록증, 사업자등록증, 법인통장을 확인한 후 거래를 하게 되었고, 유류를 공급받고 법인통장으로 대금을 송금하는 등 ☆☆에너지와 ○○에너지가 유류를 실제로 공급하는지를 확인하기 위한 조치를 모두 취하여 원고는 선의의 거래당사자에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 부가가치세 부과 처분과 이 사건 소득세 부과 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과 처분

(가) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.

갑 제3호증(가지번호 포함) , 을 제3, 4, 6호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재와 이 법원의 에스케이에너지 주식회사, 지에스칼텍스 주식회사, 현대오일뱅크 주식회사에 대하여 한 사실조회 회선결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래의 각 사실을 종합하면, 원고가 ○○에너지와 ☆☆에너지로부터 교부받은 이 사건 세금계산서는 산물거래 없이 위장거래에 의하여 그 유류를 실제로 공급하는 주체가 다르게 작성된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하다.

① 중부지방국세청장의 ☆☆에너지에 대한 세무조사결과, ☆☆에너지는 2006. 9. 4. 주식회사 UU에너지로부터 안산시 단원구 성곡동 000-0 소재 유류저장탱크를 보증금 20,000,000원, 월 임료 250,000원에 임차하여 석유류 도매업 허가를 받았으나, 실제 위 저장탱크로부터 유류가 출하된 사실은 없고, ☆☆에너지가 유류 운송에 따른 수송장비를 보유하거나 수송징비를 임차한 사실도 없으며 실제로 유류를 운송한 사실도 없는 것으로 밝혀졌다. 또한 ☆☆에너지는 2007년 2기 부가가치세 과세기간 중 35,779,842,000원의 유류를 매입 하였다고 선고하였으나, 그 중 99.7%인 35,711,715,000 원은 ☆☆에너지와 같은 사무실을 사용하던 자료상인 주식회사 VV에너지로부터 실물 거래 없이 매입세금계산서를 교부받은 것으로 밝혀졌다.

② 강서세무서장의 ○○에너지에 대한 세무조사결과, ○○에너지는 석유판매업등록증에 기재된 저장시설 및 수송장비를 한 번도 사용한 사실이 없고, ○○에너지의 2008년 1기 부가가치세 과세기간 중 유류 매출세금계산서 발행금액 약 96,992,000,000원 중 대부분인 약 96,925,000,000원이 가공매출이고, 매입세금계산서 수취금액 약 96,881,000,000원 중 대부분인 약 96,828,000,000원이 가공매입으로 밝혀졌다. ○○에너지의 예금계좌로 입금된 유류 매입대금은 즉시 자료상인 MM에너지 계좌로 입금되어 즉시 인출되거나, MM에너지의 매입처인 NN석유의 한사장 명의 계좌로 입금되어 당일 인출되었고, 자료상인 MM에너지는 2008. 3. 31. 직권폐업되었고, 2008. 4. 3. 석유판매업등록이 취소되었다.

③ ☆☆에너지와 ○○에너지의 실제 운영자인 유SS은 2007년 1월경부터 2008년 7월경까지 위 회사가 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급한 사실이 없음에도 재화나 용역을 공급받은 것처럼 매입처별세금계산서합계표를 허위기재 작성하여 제출하고, 재화나 용역을 공급한 것처럼 허위 매출세금계산서를 교부하고 매출처별 세금계산서합계표를 허위기재 작성하여 제출하였다는 범죄사실로 대전지방법원 천안지원에서 유죄 판결을 선고받았고, 그 판결은 그대로 확정되었다.

④ 이 사건 세금계산서상 거래에 관하여 ☆☆에너지와 ○○에너지가 원고에게 출하전표를 발행하였는데, 위 출하전표에는 정유회사의 고유상호가 인쇄되어 있지 않고, 발행 시각이 기재되어 있지 않고, 출하 장소가 저유소가 아닌 다른 곳으로 되어 있으며, 유류의 온도는 10.50°C로, 밀도는 828.5로 일정하게 기재되어 있다. 그리고 원고가 제시하는 ☆☆에너지와 ○○에너지 발행 출하전표에 기재된 출하일시, 수송차량 번호, 운전자 등의 자료를 기초로 정유회사에 출하기록을 조회한 결과, ☆☆에너지와 ○○에너지 발행 출하전표의 도착지는 허위 내용이고, 그 실제 출하내역상 도착지는 원고의 주유소가 아니라 다른 주유소임이 밝혀졌다.

(나) 원고가 선의 ・ 무과실인지 여부

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조).

원고가 이 사건 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제3 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지 번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 ☆☆에너지와 ○○에너지에게서 석유판매업등록증, 시업자등록증, 법인통장을 받았고, ☆☆에너지와 ○○에너지로부터 이 사건 세금계산서를 교부받은 후 그에 해당하는 돈을 위 회사에 송금한 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정 사실만으로 원고가 이 사건 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 ☆☆에너지와 ○○에너지가 실제로 이 사건 세금계산서상 유류를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알았거나, 알지 못하였다고 하더라도 거기에 과실이 있었다.

① 원고는 1993. 1. 30.부터 주유소를 운영해 왔으므로, 그동안의 경험을 통해 유류 공급의 정상적인 구조와 유통 경로, 업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 유류업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실패와 위험성에 관하여 알고 있었다.

② 저유소는 유류 출하시 '출하일시', '출하지', '도착지' 등이 기재된 저유소 발행 출하전표 3매를 발행하여, 1매는 보관하고, 나머지 2매를 유류를 운송하는 기사에게 주어 도착지 회사의 확인을 받아 제출하도록 하고 이에 따라 운송비를 지급한다. 따라서 유류를 수령한 주유소 등은 운송 기사가 건네주는 출하전표에 기재된 '출하 일시'와 '출하 장소'에 근거하여 출하 장소부터 도착지까지 예상 운송 소요 시간과 실제 운송 소요 시간을 비교하는 등의 방법으로 유류의 정품 여부를 확인한다. 그리하여 저유소 발행 출하전표는 유류 거래에서 없어서는 안 될 중요한 증빙 서류이다.

③ 유류의 경우 온도와 밀도에 따라 그 부피가 달라져 정상적으로 발행된 출하전표에는 발행시간이 초 단위까지 기재되어 있고 온도와 밀도가 정확하게 기재되어 있으나, 원고가 ☆☆에너지와 ○○에너지로부터 받은 출하전표는 모두 발행시간이 일 단위로 기재되어 있을 뿐만 아니라 계절이 변화하면서 당연히 함께 변화하여야 하는 온도와 비중이 모두 동열한 수지로 표기되어 있어 원고가 조금만 주의를 기울였더라면 허위로 작성된 것임을 쉽게 알 수 있었다.

④ 원고는 ☆☆에너지, ○○에너지에게서 정상가격보다 적어도 ℓ 당 10~15원 정도 저렴한 가격으로 유류를 공급받았는데, ℓ 당 가격에 따른 매출변동이 큰 유류업계의 현실을 고려할 때, 오랫동안 주유소를 운영해온 원고로서는 ☆☆에너지와 ○○에너지가 실제 공급자가 아닐지도 모른다고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다.

(다) 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 그와 같이 받은 세금계산서가 제대로 된 것이라고 믿은 데에 선의 ・ 무과실이라는 사정을 인정하기에 부족하므로, 피고의 부가가치세 부과 처분은 적법하다.

(2) 이 사건 종합소득세 부과 처분

원고는 피고에 대하여 이 사건 종합소득세 부과 처분의 취소를 구하고 있으나, 행정처분의 취소 또는 무효확인을 구하는 행정소송은 원칙적으로 소송의 대상인 행정 처분 등을 외부적으로 그의 명의로 행한 행정청을 피고로 하여야 할 것인바(대법원 1995. 3. 14. 선고 94누9962 판결 참조) , 이 사건 종합소득세 부과 처분은 피고가 아닌 성북세무서장이 한 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소 중 종합소득세 부과 처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것으로서 부적법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 종합소득세 부과 처분 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.