2.피고가 2005. 1. 6. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 157,980,710원의 부과처분을 취소한다.

3.소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2000. 4. 17.경 주식회사 ☆☆로부터 ○○ ○○구 ○○동 843-1 대 1,028,1㎡ 및 위 대지상에 신축 중인 지하 1층, 지상 6층 철근콘크리트조경사지붕 공 동주택 11세대(이하 '이 사건 빌라'라고 한다)를 매수하여 이를 준공한 다음, 2002. 10. 1. 유AA에게 이 사건 빌라 중 1세대를 11억 2,000만 원에, 2003. 7. 1. 주식회사 □□□닝에게 나머지 10세대를 130억 원에 각 매도하였다.

나. 원고는 2004. 5. 31. 이 사건 빌라 중 주식회사 □□□닝에게 매도한 10세대 분 양수입금액에 대한 2003년 귀속 종합소득세를 기준경비율에 의한 추계방법으로 신고 하면서, 위 대지의 취득시에 부담하였던 토지 부분에 대한 취득세 6,600만 원과 등록 세 110,095,200원 및 이 사건 빌라의 소유권보존등기 경료시에 납부한 취득세 139,152,590원과 등록세 62,578,120원 합계 금 377,820,910원 중 2003년 귀속분에 해 당하는 347,849,294원(이하 '이 사건 취득세 등'이라 한다)이 주요경비에 해당하는 것으로 보고, 총수입금액 12,166,612,519원에서 위 취득세 등록세가 포함된 주요경비 9,279,240,321원과 총수입금액에서 기준경비율(11.4%)을 곱하여 산출한 기타 경비 1,386,993,827원을 뺀 나머지 1,500,378,371원을 소득금액으로 신고한 다음, 위 소득금액에 임대소득 12,155,425원을 합한 금 1,557,524,098원을 종합소득금액으로 하여 산출 된 651,455,972원(산출세액 545,506,206원 + 가산세 103,949,736원)을 납부하였다.

다. 그런데, 피고는 2005. 1. 6. 구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호 로 개정되기 전의 것, 이하 '법 시행령'이라 한다) 제143조 제3항 제1호 가목의 주요경비에는 부동산 취득시 납부한 이 사건 취득세 등이 포함되지 않는다는 이유로 원고에게 2003년 귀속 종합소득세로 125,225,747원과 이에 대한 가산세 32,754,968원(신고불성실가산세 24,490,069원 + 납부불성실 가산세 8,264,899원) 합계 157,980,710원을 부과하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 이에 원고는 2005. 4. 4. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였 으나, 국세청장은 2005. 7. 27. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부

가. 원고의주장

(1) 주택신축판매업에있어서관련부동산취득시납부한이사건취득세등은법시행령제143조제3항제1호가목의기준경비율에의한종합소득세의추계신고시총소득금액에서공제되는주요경비중매입비용에해당한다.

(2) 이 사건 취득세 등이 매입비용에 해당하는지 여부를 인터넷 국세종합상담센터의 질의를 통해 매입비용에 취득세 및 등록세가 포함된다는 답변을 받고 그 답변에 따라 신고・납부하였는바, 국세종합상담센터의 서면질의회신은 유권해석으로 보아야 하고, 이후 피고가 그 답변내용을 번복하여 원고에게 불리하게 적용하는 것은 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위배된다.

(3) 가사, 그렇지 않다고 하더라도 원고가 국세종합상담센터의 질의회신을 거쳐 이 사건 취득세 등을 매입비용에 산입하여 종합소득세 확정신고 및 납부를 한 것이므로, 이 사건 종합소득세의 신고 및 납부에 있어서 어떠한 귀책사유가 있다고 할 수 없고, 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 원고의 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

법 시행령 제143조 제3항 제1호(이하 '이 사건 조항'이라 한다)는 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의한 소득금액 추계방법의 하나로서, '수입금액'에서 '매입비용(사 업용 고정자산의 매입비용을 제외한다)과 사업용 고정자산에 대한 임차료(가목)', '종업 원의 급여와 임금 및 퇴직급여(나목)' 및 '수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금 액(다목)'을 각 공제하는 방법(이하 '기준경비율 방법'이라 한다)을 규정하고 있다. 그리고 법 시행령 제143조 제5항은 매입비용의 범위 등에 관하여 국세청장에게 위임하고 있는데, 그 위임에 따라 국세청 고시(제2003-36호, 이하 '이 사건 고시'라 한다)는 매입비용의 범위에 관하여 '재화의 매입과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 하되, 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물과 동력 ・ 열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 한다'고 규정하면서, 다만 '외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액은 매입비용에 포함하지 아니한다'고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언과 체계 및 입법취지 특히 기준경비율 방법은 가급적 추계과세를 지양하고 근거과세를 확립하는 데 주된 취지가 있는 점, 법 시행령 제89조 제1항 제1호는 근거과세에 있어서 취득세 ・ 등록세 등의 매입부대비용을 매입가액과 함께 매입자산의 취득가액에 포함시켜 이를 필요경비로 인정하고 있는데 매입자산의 취득가액과 같은 성격의 매입비용에 관하여도 달리 볼 이유가 없는 점, 이 사건 고시가 매입비용에서 제외되는 항목을 규정하면서 매입부대비용인 취득세 ・ 등록세를 제외 항목에 포함시키고 있지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 조항 소정의 '매입비용'에는 매입 부대비용으로 지출된 취득세 ・ 등록세가 포함된다고 봄이 상당하다.

따라서, 이 사건 고시에서 취득세 ・ 등록세가 '매입비용'에 포함된다는 규정을 두고 있지 않다는 등의 이유로 원고가 주택 부지를 매입하면서 지출한 취득세 ・ 등록세가 '매입비용'의 범위에 포함되지 않음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부 당하므로 이를 취소하고, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.