피고는 원고에게 37,533,714원과 그 중 17,035,835원에 대하여는 2007. 9. 14.부터, 20,497,879원에 대하여는 2007. 12. 19.부터 각 2009. 8. 20.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 각 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 돈을 지급하라.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 이를 5분하여 그 4는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

4. 제1항의 금원지급부분은 가집행할 수 있다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 당사자들의 관계

(1) 피고 회사는 의약, 농약, 동물약품 등을 연구, 제조, 판매하는 것을 목적으로 하는 회사로 2002. 8. 2. ‘주식회사 엘지씨아이’에서 분할되어 설립되었고 ‘주식회사 엘지씨아이’는 2001. 4. 3. ‘주식회사 엘지화학’으로부터, ‘주식회사 엘지화학’은 1995. 2. 24. ‘주식회사 럭키’로부터 각 상호가 변경되었다.

(2) 원고는 1994. 10.경 피고 회사의 기술연구원으로 입사하여 농약분야의 각종 연구과제 책임자, 개발팀장, 영업팀장 등으로 근무하다가 2007. 6. 1. 퇴사하였다.

나. 이 사건 관련 특허발명의 특허출원 및 특허등록 현황

(1) 피고 회사는 1997. 4. 16.경 제초성 유제조성물에 대한 제1특허의 발명(이하 ‘제1특허발명’이라 한다)에 관하여 직무발명신고서에 공동발명자로 기재된 원고, 소외 4, 5, 2, 6으로부터 특허를 받을 권리를 승계받아 특허출원을 하여 출원번호 1997-0013940, 등록번호 209294로 특허등록을 하였다.

(2) 피고 회사는 2000. 10. 12.경 제초성 피리딘술포닐우레아 유도체에 대한 제2특허의 발명(이하 ‘제2특허발명’이라 한다)에 관하여 직무발명신고서에 공동발명자로 기재된 원고, 소외 4, 7, 2, 8, 3, 9, 10, 11로부터 특허를 받을 권리를 승계받아 특허출원을 하여 출원번호 2000-005990, 등록번호 399366으로 특허등록을 하였다.

다. 각 특허발명의 내용

(1) 제1특허발명의 특허청구범위 및 그 주요 내용 : 조성물의 총중량을 기준으로 하여 2,6-디[(4.6-디메톡시피리미딘-2-일)옥시]벤조산의 벤지히드로리덴 이미노 에스테르[일반명은 ‘피리벤족심(Pyribenzoxim)', 이하 ’피리벤족심‘이라 한다] 0.1 내지 30 중량 %, 1종 이상의 폴리옥시에틸렌계 비이온성 계면활성제 및 1종 이상의 음이온성 계면활성제의 혼합물 5 내지 40 중량 % 및 용매 40 내지 90 중량 %를 함유하는 제초성 유제 조성물로 광범위한 지역에 살포하기 위하여 물로 희석하였을 때 매우 안정하고 유화성이 우수하며 경시변화가 거의 없어 우수한 저장안정성을 갖는다.

(2) 제2특허발명의 특허청구범위 및 그 주요 내용 : 벼농업에 있어서 발아 전 또는 발아 후 처리 제초제로서 유용한 피리딘술포닐우레아유도체, 그의 염 또는 입체화학적 이성체, 그 유도체의 사용방법, 제조방법, 그 유도체를 제조하는데 사용되는 중간체 화합물 및 그 유도체를 함유함을 특징으로 하는 제초제 조성물[일반명은 ‘플루세토설퓨론(Flucetosulfuron)', 이하 ’플루세토설퓨론‘이라 한다]에 관한 것이다.

2. 제1특허발명에 대한 판단

가. 원고가 제1특허발명의 공동발명자인지 여부

(1) 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 갑 제7 내지 10호증, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제16, 17호증, 갑 제25, 26호증, 갑 제27호증의 1, 을 제1호증의 1 내지 8, 을 제3호증, 을 제9호증, 을 제30호증의 1 내지 3의 각 기재 및 영상과 제1심 증인 소외 8, 당심 증인 소외 2의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 반하여 원고가 제1특허발명과 관련하여 단지 일반적인 관리를 한 것에 불과하다는 점에 부합하는 을 제4호증, 을 제25호증, 을 제33, 34호증의 각 기재와 제1심 증인 소외 5의 증언은 믿지 아니하고, 을 제12호증의 1 내지 4, 을 제31호증의 각 기재만으로는 아래의 인정사실을 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없다.

(가) 원고는 1985.경부터 한국화학연구소에서 신농약을 연구하다가 미국 코넬대학교에서 박사학위를 취득하고 귀국하던 무렵 피고 회사로부터 피리벤족심 등의 제품화를 맡아달라는 제안을 받고 1994. 10.경 피고 회사에 ‘제초제 PL’[Project Leader, 피고 회사에서 특정분야에서 실험적인 측면에 관여하고, 제품을 개발·사업화를 시킬 수 있는 능력이 있는 사람이 담당하는 직위로, 일반관리직인 GL(Group Leader)와 구분된다]로 입사하였다. 원고 입사 당시 조직행정관리자로는 원고보다 상위직급자인 소외 4가 있었고, 실무연구반들은 소외 1, 5, 12 등이 있었는데 제제에 대한 연구를 담당하던 소외 1이 1995. 8. 퇴직함에 따라 소외 2, 6이 제제개발에 참여하였다.

(나) 피리벤족심은 피고 회사 연구진이 원고 입사 전인 1991.경 일본 쿠미아이화학공업에서 그보다 약 5년 전에 발명한 직파벼용 제초물질 ‘비스피리박[bispyribac, 제품명 : ‘노미니(Nominee)]'을 변형하여 발명한 물질로 피고 회사는 이와 관련된 물질특허 2건과 이를 합성하는 방법에 관한 제법특허 6건을 이미 보유하고 있었다.

(다) 피고 회사는 원고 입사 전인 1994. 3.경 (주)한농과 공동시험계약을 체결하고 1994. 4.부터 같은 해 10.까지 사이에 그때까지 개발된 ‘제제’(제제, formulation ; 약품을 그 목적에 따라 조합·성형하는 것)를 이용하여 농촌진흥청 작물시험장과 대덕연구단지 내 엘지화학기술원에서 각 1회 실외약효약해 실험(field test)을 하였다. 그리고 소외 1은 제제연구를 위하여 1994. 2.부터 같은 해 3.까지 사이에 연구 및 실험을 하였는데, 이는 추가적인 연구에 의하여 보강되거나 구체적인 결론에는 이르지 못한 기초적인 수준의 것이었다.

(라) 그런데 백색분말상 물질로 수용해도가 낮은 지용성물질인 피리벤족심은 실험적으로 아세톤에 용해시켜 살포하면 약효가 잘 나오지만 실제 농민이 사용할 수 있도록 통상의 유제제조에 이용되는 계면활성제를 이용하여 제초성 유제 조성물을 만들어 물에 희석하면 그 약효(제초력)가 매우 심하게 변동하고 심지어 약효가 전혀 없어지므로 상품화 제제를 개발하지 않고는 사업화가 불가능한 아주 특이한 경우이었는데 원고 입사 전 이러한 약효 발현 및 제제 물리성을 만족하기 위한 부서 내의 연구는 합당한 해결책을 찾지 못하고 혼미한 상태에 있었다.

(마) 이에 따라 원고는 ‘제제’조성을 통하여 피리벤족심의 위와 같은 특이한 문제를 해결한 후 제품화하도록 할 것을 요구받았는바, 원고는 1995.중반경부터 소외 2에게 제제관련 연구를 하게 하였고 일정상 1996. 2.말까지 공식시험용 제제시료를 제출하도록 되어 있었으므로 1995.말부터는 본격적인 상업화 단계에 필요한 등록시험, 독성시험, 양산공정, 잔류시험 등에 직접 관여하였는데 이때 원고는 탁월한 제초력을 나타내게 되는 계면활성제를 수종으로 줄여서 제제처방을 시도하였고 그 결과 계면활성제의 사입량에 대한 이론적 근거를 마련하였다.

(바) 또한 원고는 피리벤족심의 약효, 약해의 변이가 심한 이유 중 하나가 살포조건, 노즐, 혼용 등에 의하여 부착량의 변동이 커지기 때문이라는 점을 밝혀낸 후 1999. 5. 1. 소외 8에게 이 문제를 개선하라고 지시하는 등 제초력 평가와 부착력 평가에 직간접적으로 관여하며 구체적으로 지시하였다. 이때 원고는 부착력 평가방식을 표준화하면서 자신의 박사학위논문에서 기재한 고속검증법이란 아이디어를 응용한 바도 있다.

(사) 그 결과 원고 등은 1996. 12. 특허등록자료를 출원할 수 있게 되었고 3개월의 심사를 거쳐 1997. 2. 제1특허를 받게 되었으며, 1997. 2.경에는 피리벤족심을 이용하여 ‘피안커(Pyanchor)’라는 상품(기존의 약제로는 방제가 어려운 피·사마귀풀·자귀풀 등 15종의 잡초를 제거할 수 있는 제초제로 평가됨)을 인허가 받아 이를 출시하였다. 또한 그 무렵부터 베트남 등 동남아 및 중남미를 방문하여 기술세미나, 현지실험 등을 수행하였고, 베트남 최초로 잡초도감을 편찬하여 무상으로 배포하는 등 해외수출을 주도하였다. 피안커는 2007. 현재 세계 10개국 이상에 수출되고 있는데 처음에 만든 것은 1% 유제[피리벤족심 30g(1%) + 계면활성제 900g(30%) + 용제 1,770g(59%)]인데, 베트남 등 해외출시용으로 3% 유제와 5% 유제 등 피리벤족심을 단일 유효성분으로 하는 제품을 각 개발하고, 혼합제 성분으로는 Pyan Plus, Solito 등을 개발하여 수출하는 등 파생제제도 생산하게 되었다.

(아) 원고는 1998. 2.경 피고 회사로부터 출원보상금과 등록보상금을 받았고, 2005. 4. 29. ‘피안커’개발과 관련하여 한국잡초학회로부터 기술상을 받았으며, 한국잡초학회지 제25권 제4호(2005. 12.)에 “신제초제 Pyribenzoxim의 개발”이라는 논문을 발표하였다.

(자) 일본 쿠미아이화학공업은 피리벤족심이 ‘노미니(Nominee)'의 유효성분인 비스피리박의 특허를 침해한 것이라며 피리벤족심의 물질특허를 다투며 제소하였고, 이에 대하여 원고가 피고 회사측의 대표로 소송에 참여하였는데 2004.경 합의하여 소송이 종결되었다.

(2) 판단

특허법 제2조 제1호 는 “발명이라 함은 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.”고 규정하고 있는바, 결국 발명자라 함은 ‘어떠한 문제를 해결하기 위하여 기술적 수단을 착상하고 이를 반복하여 실현하는 방법을 만든 자’라고 할 것이다. 그러므로 이 사건에 관하여 보건대 위 인정사실에 의하면, 원고는 피리벤족심의 제품화를 위하여 피고 회사에 소위 PL로 입사하여 적정한 사용방법 및 사용량 구명, 물질 고유의 활성을 최종제품 형태에서 최적으로 발휘할 수 있는 제제개발, 독성시험, 등록시험, 대관청 인허가 업무주도, 해외개발 주도(전략제휴 및 해외거래선 개척, 각종 계약, 기술마케팅), 특허분쟁 방어와 관련된 업무를 수행하였는데 이는 전체적으로 제제과정의 특이한 문제점 때문에 제품화가 어려웠던 피리벤족심을 제품화하게 한 것으로, 그 과정에서 소위 PL로서 구체적인 착상을 하고 부하에게 그 발전 및 실현을 하게 하거나, 소속 부서 내의 연구가 혼미하고 있을 때 구체적인 지도를 하여 발명을 가능하게 한 점을 알 수 있고 여기에 원고 입사 당시 소외 4가 일반행정관리자로 이미 재직하고 있었던 점, 신물질발명이 물론 어렵지만 이를 제품화하는 과정의 어려움도 상당한 점 등을 종합하여 보면, 원고는 제1특허발명의 공동발명자에 해당한다고 할 것이다.

나. 직무발명보상금의 산정

(1) 원고의 주장

원고는 제1특허발명의 공동발명자이고 피리벤족심은 제1특허발명 이전에는 제제문제로 인하여 제품화가 불가능했는데 제1특허발명으로 피리벤족심 함유 제제의 제품화가 가능하게 되었으며 피고 회사는 원고의 사용자로서 원고 등 공동발명자들로부터 제1특허발명에 대한 특허를 받을 수 있는 권리를 승계받았으므로 원고에게 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 특허법’이라 한다) 제40조 제1항 에 의한 직무발명보상금을 지급할 의무가 있는바 피고 회사는 베트남 등 아시아 각국과 중남미 각국에 제품명 피안커 등 피리벤족심 유제로 제조한 제품을 판매하여 실제 영업이익은 15,623,000,000원이고 피고 회사의 제1특허발명에 대한 독점적 지위에 의한 이익률은 70%, 원고를 포함한 공동발명자들의 공헌도는 50%, 이에 대한 원고의 기여율은 50%이므로 피고 회사가 원고에게 지급하여야 할 정당한 보상금은 약 2,734,000,000원(= 15,623,000,000원× 0.7 × 0.5 × 0.5)인 바 그 중 일부로서 100,000,000원의 지급을 구한다.

(2) 직무발명보상금의 액수

(가) 직무발명보상금청구권의 발생 및 산정 기준

1) 직무발명보상금청구권의 발생

가) 발명진흥법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정) 부칙 제4조는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 이루어진 특허 등을 받을 수 있는 권리 또는 특허권 등의 승계나 전용실시권의 설정에 따른 보상은 종전의 「특허법」의 규정에 의한다.’라고 규정하고 있고, 원고의 제1특허발명은 2006. 3. 3. 이전에 특허를 받을 수 있는 권리의 승계가 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 원고에게 직무발명보상금을 지급할 의무가 있는지 여부 및 구체적으로 지급해야 할 보상금의 액수에 관하여는 아래에서 보는 구 특허법 제39조 , 제40조 에 의한다.

제39조 (직무발명) ① 종업원·법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무범위에 속하고, 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명(이하 "직무발명"이라 한다)에 대하여 종업원등이 특허를 받았거나 특허를 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허를 받았을 때에는 사용자등은 그 특허권에 대하여 통상실시권을 가진다.

제40조 (직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리 또는 직무발명에 대한 특허권을 계약 또는 근무규정에 의하여 사용자등으로 하여금 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 제1항의 규정에 의한 보상의 액을 결정함에 있어서는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자등 및 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급기준에 관하여 필요한 사항은 대통령령 또는 조례로 정한다.

나) 그런데 앞서 인정된 사실관계에 의하면 원고는 피고 회사의 종업원으로서 공동직무발명에 해당하는 제1특허발명에 대하여 그 특허를 받을 권리를 사용자인 피고 회사로 하여금 승계하여 그 명의로 특허출원이나 설정등록을 마치게 한 바 있으므로, 피고 회사는 특별한 사정이 없는 한 위 특허법 규정에 의하여 공동발명자의 1인인 원고에게 정당한 보상금을 지급할 의무가 있다.

2) 직무발명보상금의 산정시기 및 산정기준

위 규정에 의하면, 직무발명보상금의 구체적인 액수는 원칙적으로 ① 그 직무발명에 의해 사용자가 얻을 이익의 액(사용자의 이익액), ② 발명에 대한 사용자 및 종업원의 공헌도(발명자 보상률), ③ 공동발명자가 있을 경우 그 중 발명자 개인의 기여도(발명자 기여율) 등의 요소를 종합적으로 고려하여 산정함이 상당하다.

한편 직무발명보상금은 ‘그 직무발명에 의해 사용자가 얻을 이익’의 성격에 따라 발명보상금, 출원·등록보상금, 실시·처분보상금 등으로 나뉠 수 있고, 이 사건에서 원고는 제1특허발명의 존속기간인 2017. 4. 16.까지 피고 회사가 특허를 실시하여 얻은 이익액에 기초한 보상금, 즉 실시보상금의 지급을 구하고 있으므로, 그 산정 기준에 대하여 본다.

첫째 사용자가 ‘그 직무발명에 의해’ 얻을 이익이 산정의 기초가 되는바, 종업원의 직무발명에 대해 사용자는 원칙적으로 무상의 통상실시권을 취득하므로( 구 특허법 제39조 제1항 ), ‘그 직무발명에 의해’ 얻을 이익이라 함은 통상실시권을 넘어 사용자가 ‘특허를 받을 수 있는 권리 내지 특허권을 승계함으로써 그 직무발명을 배타적·독점적으로 실시할 수 있음으로 인하여 얻을 수 있는 이익’을 의미하고, 이를 산정함에 있어서는 제3자에 대한 실시 허락시의 실시료율(사용자가 스스로 발명을 실시할 경우에는 자신 이외에 제3자의 실시를 금지할 수 있음으로 인하여 사용자가 얻는 독점적 이익)을 고려하여야 한다.

둘째, 실시보상금을 산정함에 있어서는 그 직무발명에 의해 사용자가 장래 ‘얻을’ 이익이 산정의 기초가 되는바, 위 규정에 의할 때 이익액의 산정 시점은 원칙적으로는 특허를 받을 수 있는 권리 내지 특허권을 승계한 시점이라고 해석되므로, 승계 시점을 기준으로 하여 장래 사용자가 직무발명에 의해 얻을 것으로 합리적으로 예견되는 이익을 보상금 산정의 기초로 삼아야 하지만, 권리 승계시 장래의 이익을 예상하여 실시보상금을 미리 산정함에는 많은 어려움이 있으므로, 실제 실시계약의 체결 실적, 자사 제품에의 실시 여부 및 매출액 등 권리 승계 후 보상금 청구시까지 발생한 구체적인 사정을 ‘승계 당시 장래 얻을 수 있었던 이익’의 산정에 참작할 수 있고, 나아가 사용자가 직무발명의 실시로 인하여 실제로 이익을 얻은 경우, 특별한 사정이 없는 한 최소한 그 실현된 이익만큼은 ‘승계 당시 장래 얻을 수 있었던 이익’으로 봄이 상당하다.

셋째 여기서 사용자의 이익액은 ‘그 직무발명 자체에 의해 얻을 이익’만을 의미하는 것이지 수익·비용의 정산 이후 남는 회계상 이익액(매출이익, 영업이익 등)을 의미하는 것은 아니므로, 설사 발명 과정에서 상당한 연구비가 지출되어 최종적으로 수익·비용을 정산하면 남는 것이 없다는 사정만으로는 직무발명 자체에 의해 얻을 이익이 없다고 볼 수 없다(다만, 사용자가 연구비에 상당한 비용을 지출했다는 사정은 ‘발명자 보상률’을 정하는 단계에서 참작될 수 있다).

3) 피고 회사의 주장

피고 회사는 직무발명 보상금은 피고 회사의 직무발명보상규정(을 제14호증의 1)에 의하여 상정되어야 하고 위 규정에 의하면 지급하여야 할 실시보상액이 없으므로 원고의 직무발명보상금청구는 기각되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 근무규칙 등에 의하여 직무발명에 대하여 특허를 받을 권리 등을 사용자 등에게 승계한 종업원 등은, 당해 근무규칙 등에 사용자 등이 종업원 등에 대하여 지급하여야할 대가에 관한 조항이 있는 경우에도 그 대가액이 특허법의 규정에 따라 정해진 대가의 액에 이르지 않은 때에는 그 부족액에 상당하는 대가의 지급을 구할 수 있다고 보아야 할 것이므로 위 주장은 이유 없다.

(나) 사용자의 이익액

1) 다음의 사실은 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 갑 제19호증, 갑 제22호증, 을 제3호증, 을 제22호증, 을 제28호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 을 제6호증의 1 내지 3, 을 제21호증의 1, 을 제33호증의 각 기재는 믿지 아니하고 달리 반증이 없다.

가) 피리벤족심의 2008년도까지의 누적매출액은 31,648,000,000원(= 2007년까지의 누적매출액 25,088,000,000원 + 2008년 매출액 6,560,000,000원)이고, 그리고 특허권존속기간 만료일까지의 9년간 추정 매출액은 44,066,826,588원[각 년도의 말일 추정매출액(단, 2017년은 특허만료일인 2017. 4. 16. 기준)을 제1특허발명을 피고 회사가 승계한 후 보상금 청구시까지 발생한 매출액 등 구체적인 사정을 참작하여 이 사건 항소심 변론종결일이 속한 2009. 5. 당시의 현가로 호프만식 계산법에 의하여 환산한 것이다]이므로 결국 제1특허발명으로 인한 (예상)총매출액은 75,714,826,588원(= 31,648,000,000원 + 44,066,826,588원)에 이르게 된다.

나) 피고 회사가 제1특허발명을 승계함으로써 통상실시권을 넘어 그 직무발명을 배타적·독점적으로 실시할 수 있음으로 인하여 얻을 수 있는 이익은 우선 위 (예상)총매출액에서 피고 회사에 의한 실시에 대한 제1특허발명의 독점적 효력에 기인한 부분 (특히 해외부분에서는 피고 회사의 독점성이 약한 점)을 고려하여 1/4로 보고, 농약업계의 실시료율은 제2특허발명 관련특허실시료율이 3%로 정하여진 점 등을 참작하여 역시 3%로 보아 계산하면 567,861,199원(= 75,714,826,588원 × 1/4 × 0.03, 원 미만 버림, 이하 같다)으로 볼 수 있다.

2) 이에 대하여 피고 회사는 현재 시판되고 있는 3%, 5% 제제를 보면 제1특허발명에서 계면활성제의 함량이 5~40%의 범위로 한정되어 있음에도 실제로 제조·판매하고 있는 것은 계명활성제의 함량이 45%로서 제1특허발명의 청구범위에 속하지 아니한다고 주장하나, 대상제품은 반드시 당해 특허된 직무발명의 기술적 범위에 포함되는 것은 아니어도 되는 것으로 즉, 경쟁타사의 실시를 금지하는 것에서 그 대체제품의 매출에 공헌이 있다면 이는 당해 직무발명으로 사용자가 얻은 이익으로 평가할 수 있는 것이므로 위 주장은 이유 없다.

(다) 발명자 보상률

원고는 제1특허발명의 공동발명자에 대한 보상률이 50%이어야 한다고 주장하므로 살피건대 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 피고 회사는 제1특허발명이 등록될 무렵까지 매년 연간 매출의 25%~30%를 연구개발비로 투자하였는데 그중 피리벤족심에 대한 연구개발비는 2007년까지 128억여원에 이르는 점, 피리벤족심에 관하여는 이와 같은 투자결과 원고가 입사하기 전에 이미 물질특허 2건, 제법특허 6건이 존재하고 있었고, 기초적인 수준이기는 하였으나 이미 소외 1 등에 의한 관련 연구가 진행되고 있었던 점 등을 고려하면 제1특허발명에 대해 사용자인 피고의 공헌도는 90%로 정하고, 공동발명자들에 대한 보상률은 10%로 봄이 상당하다.

(라) 원고의 기여율

보상금을 지급받을 수 있는 권리를 가진 발명자가 수인인 경우에는 발명자 개개인의 기여율에 따라 보상금을 안분 지급하여야 할 것인데, 앞서 인정된 사실관계에 의하면 제1특허발명은 원고 포함 5명이 공동발명자로 되어 있는 점, 원고는 소위 PL로 근무하면서 전체적인 발명과정을 주도한 점, 공동발명자로 등재된 소외 4는 사실상 일반관리자로 보이는 점 등의 사정을 종합해 보면, 제1특허발명의 공동발명자 5인 중 1인으로서 원고의 기여율은 30%로 봄이 상당하다.

(마) 소결론

따라서 이상과 같은 계산 결과를 종합하면 피고가 원고에게 제1특허발명으로 인하여 지급하여야 할 정당한 직무발명보상금은 17,035,835원(= 사용자의 이익액 567,861,199원 x 발명자 보상률 10% x 원고의 기여율 30%)으로 된다고 할 것이므로, 결국 피고는 원고에게 위 17,035,835원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달 다음날인 2007. 9. 14.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 다툼이 상당한 이 판결 선고일인 2009. 8. 20.까지는 민법이 정한 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 할 것이다.

(3) 피고 회사의 소멸시효항변

이에 대하여 피고 회사는 설사 원고가 직무발명보상금청구권을 가진다고 하더라도 원고는 1996. 11. 29. 제1특허발명에 대한 일체의 권리를 피고 회사에 양도한 바 있고 이 사건 소는 그로부터 10년이 경과한 2007. 8. 31. 제기되어 원고가 직무발명보상금청구권은 시효로 소멸되었으므로 이 사건 청구는 이유 없다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 직무발명보상금청구권의 소멸시효는 일반채권과 마찬가지로 10년간 행사하지 않으면 완성되고 그 기산점은 일반적으로 특허등록 혹은 특허승계시로 볼 수 있지만, 근무규칙 등에서 대가의 지불시기가 정하여진 경우에는 그 지불시기가 도래할 때까지는 정당한 보상액의 지불을 받을 권리의 행사에 법률상 장해가 있다고 보아 그 지불시기가 정당한 보상액의 지불을 받을 권리의 소멸시효의 기산점이 된다고 해석하여야 할 것이다.

을 제7호증 1, 2, 을 제14호증의 1의 각 기재에 의하면, 원고, 소외 4, 5, 2, 6이 1996. 11. 29.자로 제1특허발명에 관한 특허를 받을 수 있는 권리를 피고회사에 양도한 사실, 제1특허발명을 승계할 당시 피고 회사의 직무발명보상규정(1996. 10. 1.시행)은 “회사는 전조의 규정에 의하여 권리를 승계한 때에는 이 규정에서 정하는 바에 따라 보상금을 지급하여야 한다”(제5조), “보상금은 출원보상, 등록보상, 실적보상, 처분보상으로 구분지급한다”(제16조), “① 직무발명에 의한 특허권의 실시에 의해 회사에 기여한 것으로 인정되는 것에 대해서는 해당사업부장과 지적재산담당임원의 심의를 거쳐 기여실적액의 5% 범위 내에서 보상금을 지급할 수 있다. ③ 첫회분은 제품출시년도의 다음 회계 연도 1년 동안의 실적을 평가하여 보상금을 지급한다.”(제19조)라고 규정하고 있는 사실, 직무발명보상심의요령(1996. 10. 1.시행)은 “직무발명보상금 지급대상 중 ...실시 및 처분된 특허는 심의에 의해 지급결정된 날로부터 1개월 내에 지급한다.”(제6조)라고 규정하고 있는 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 원고로서는 위와 같은 직무발명보상규정에 의하여 직무발명보상금을 피고 회사에 청구하는데 법률상의 장해가 있었던 것으로 보아야 할 것이고, 위 직무발명보상 관련규정에 의하면 원고에 대한 피고 회사의 제1특허발명에 대한 직무발명보상은 ‘제1특허발명의 특허권의 실시에 의해 회사에 기여한 것으로 인정되는 경우 해당사업부장과 지적재산담당임원의 심의’가 이루어진 후에 이루어지는 것이고 특히 그 첫회분은 제품출시년도의 다음 회계 연도 1년 동안의 실적을 평가하여 지급하도록 되어 있으므로, 원고의 제1특허발명에 관한 직무발명보상금청구권은 위와 같은 해당사업부장과 지적재산담당임원의 심의가 이루어지고, 피리벤족심이 제품화된 1997. 2.경의 다음 회계연도의 1년 동안의 실적을 평가한 후에야 비로소 행사가 가능하였던 것으로 보이는바, 위와 같은 심의 혹은 평가가 이루어졌음을 인정할 아무런 증거가 없어(갑 제12, 13호증의 각 기재에 의하면 피고 회사는 2007. 3. 2.자 원고의 제1특허발명에 대한 보상요청에 대하여 직무발명보상규정에 따른 보상이 모두 완료되었음을 고지한 사실이 인정될 뿐이다), 원고의 피고 회사에 대한 제1특허발명에 관한 정당한 보상액의 지불을 받을 권리의 소멸시효의 기산점이 되는 지불시기는 아무리 빨라도 피리벤족심이 제품화된 다음 회계연도인 1998. 이후라고 할 수 있으므로 피고 회사의 위 항변은 이유 없다.

3. 제2특허발명에 대한 판단

가. 원고가 제2특허발명의 공동발명자인지 여부

(1) 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 2, 갑 제5호증의 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제18호증, 갑 제20, 21호증, 을 제2호증의 1 내지 5, 의 각 기재 및 영상과 당심 증인 소외 7의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 반하여 원고가 제2특허발명과 관련하여 단지 일반적인 관리를 한 것에 불과하다는 점에 부합하는 을 제27호증의 2의 기재는 믿지 아니하고, 을 제2호증의 1 내지 5, 을 제35호증의 각 기재만으로는 아래의 인정사실을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다.

(가) 원고는 1998년경 한국화학연구소의 소외 3 박사팀이 제조한 제초제 후보물질(K11451)이 피를 방제할 수 있는 능력은 종래 설포닐우레아계의 다른 제초제 보다 탁월하고 독보적이지만 효과가 불안정하고 약해가 심해 7년간 제품화가 중단된 사실을 알게 된 후 피안커가 주로 해외용으로 제조·판매 되는 점에 착안하여 위 물질을 국내용 제초제로 개발하고자 소외 3에게 공동연구를 제안하였고, 이에 소외 3은 제초제 후보물질들(K11451, K12993 등)을 원고에게 제공하였다.

(나) 원고는 소외 3이 제공한 제초제 후보물질 중 K11451 및 K12993의 수산기에 다른 보호기를 첨가함으로써 약해가 극복될 것이라는 아이디어 및 새로운 효력평가 방법을 제안하고 실험과정에 관여하여 후보물질 중 벼에 대한 안정성이 보다 나은 물질(K12993)을 변형한 것 들 중 LGC-42153(플루세토설퓨론)을 선발하고 이를 2000년경 소외 3 등과 공동으로 특허출원하게 되었다. 플루세토설퓨론은 설포닐우레아계의 다른 제초제와 달리 매우 낮은 약량에도 피에 대한 방제효과가 탁월하며 경업 및 토양처리로 대부분의 잡초를 효과적으로 방제하면서도 벼에 대한 안정성이 뛰어난 것으로 평가되고 있다.

(다) 피고 회사는 화학연구원들의 공로에 보상하기 위하여 소외 3이 보유하고 있던 3건의 관련특허를 라이선스하는 조건으로 3억 5천만원의 이전료를 지급하고 경상기술실시료로서 순매출의 3%를 특허존속기간까지 지급하기로 합의하였으며, 피고 회사는 관련 제조방법에 관한 특허 2건을 별도로 등록하였다.

(라) 피고 회사는 제2특허발명을 토대로 2004. 3. 25.경 '플럭소(FLUXO)' 등 제품을 벼용제초제로 등록한 후 제조·판매하였다. 제2특허발명은 15개국에 등록되었고 위 제품은 한국·일본이 주된 시장으로 중국에서는 2006.경 등록되었으며 일본에서도 등록이 예상된다.

(2) 판단

‘발명 및 발명자’의 의미는 앞서 본 바와 같고, 위 인정사실에 의하면, 원고는 소외 3이 물질특허를 받은 후 상당기간 제품화가 중단되어 있던 제초제 후보물질을 제품화하기 위한 업무를 수행한 것으로, 그 과정에서 관리자로서 구체적인 착상을 하고 부하에게 그 발전 및 실현을 하게 하거나, 소속 부서 내의 연구가 혼미하고 있을 때 구체적인 지도를 하여 발명을 가능하게 한 점을 알 수 있으며, 여기에 신물질발명이 물론 어렵지만 이를 제품화하는 과정의 어려움도 상당한 점 등을 종합하여 보면, 원고는 제2특허발명의 공동발명자에 해당한다고 할 것이다.

나. 직무발명보상금의 산정

(1) 원고의 주장

원고와 한국화학연구소의 소외 3은 공동연구를 통하여 소외 3이 이전에 발명한 물질을 변형한 새로운 물질인 플루세토설퓨론과 그 제제 및 제조방법 등을 발명하였고 피고 회사는 원고의 사용자로서 원고로부터 제2특허발명에 대한 특허를 받을 수 있는 권리를 승계받았으므로 원고에게 직무발명보상금을 지급할 의무가 있는바, 피고 회사는 플루세토설퓨론의 단일 성분만을 포함한 ‘플럭소(FLUXO)' 등 제품을 우리나라를 비롯하여 중국, 일본 등에 판매하여 제2특허발명으로 얻은 영업이익은 8,412,000,000원이고 피고의 독점적 지위에 의한 이익률은 70%, 원고를 포함한 공동발명자들의 공헌도는 70%, 원고의 기여율은 50%이므로 피고 회사가 원고에게 지급하여야 할 정당한 보상금은 약 2,061,000,000원(= 8,412,000,000원 × 0.7 × 0.7 × 0.5)인 바 그 중 일부로서 100,000,000원의 지급을 구한다.

(2) 직무발명보상금의 액수

(가) 직무발명보상금청구권의 발생 및 산정 기준

이 사건에서 원고는 제2특허발명의 존속기간인 2020. 10. 12.까지 피고 회사가 특허를 실시하여 얻은 이익액에 기초한 보상금, 즉 실시보상금의 지급을 구하고 있는 점 이외에 그 직무발명보상청구권 발생의 관련 규정, 산정시기 및 산정 기준은 앞서 본 바와 같다.

(나) 사용자의 이익액

1) 다음의 사실은 갑 제19호증, 갑 제22호증, 을 제28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 이에 반하는 듯한 을 제33호증의 기재는 믿기 어렵고 달리 반증이 없다.

가) 플루세토설퓨론의 2008년도까지의 누적매출액은 4,292,000,000원(= 2007년까지의 누적매출액 3,772,000,000원 + 2008년 매출액 520,000,000원)이고, 그리고 특허권존속기간 만료일까지의 12년간 추정 매출액은 46,952,698,696원[각 년도의 말일 추정매출액(단, 2021년은 특허만료일인 2020. 10. 12. 기준)을 제2특허발명을 피고 회사가 승계한 후 보상금 청구시까지 발생한 매출액 등 구체적인 사정을 참작하여 이 사건 항소심 변론종결일이 속한 2009. 5. 당시의 현가로 호프만식 계산법에 의하여 환산한 것이다]이 되므로 결국 제2특허발명으로 인한 (예상)총매출액은 51,244,698,696원(= 4,292,000,000원 + 46,952,698,696원)에 이르게 된다.

나) 피고 회사가 제2특허발명을 승계함으로써 통상실시권을 넘어 그 직무발명을 배타적·독점적으로 실시할 수 있음으로 인하여 얻을 수 있는 이익은 위 (예상)총매출액에 피고 회사에 의한 실시에 대한 제2특허발명의 독점적 효력에 기인한 부분을 1/3로 보고, 농약업계의 실시료율을 제2특허발명 관련 특허실시료율이 3%로 정하여 진 점 등을 참작하여 역시 3%로 보아 계산하면 512,446,986원(= 51,244,698,696원 × 1/3 × 0.03)으로 볼 수 있다.

(다) 발명자 보상률

앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 피고 회사는 매년 연간 매출의 25%~30%를 연구개발비를 투자하였는데 그중 플루세토설퓨론에 대한 연구개발비는 2007년까지 127억여원에 이르는 점, 제2특허발명은 물질, 제제, 핵심중간체, 제조방법을 포함하는 것으로 그 중 핵심은 플루세토설퓨론 물질에 대한 발명인데 이는 한국화학연구소가 이미 발명한 후보물질에 기한 원고와 한국화학연구소의 공동연구의 결과인 점, 피고 회사는 3건의 관련특허를 라이선스받았고, 관련 제조방법에 관한 특허 2건을 별도로 등록한 점 등을 고려하면 제2특허발명에 대해 사용자인 피고 회사의 공헌도는 80%로 정하고, 공동발명자들에 대한 보상률은 20%로 봄이 상당하다.

(라) 원고의 기여율

보상금을 지급받을 수 있는 권리를 가진 발명자가 수인인 경우에는 발명자 개개인의 기여율에 따라 보상금을 안분 지급하여야 할 것인데, 앞서 인정된 사실관계에 의하면 제2특허발명은 원고 포함 9명이 공동발명자로 되어 있는 점, 원고는 소외 3과 함께 전체 발명과정을 주도한 점, 공동발명자로 등재된 소외 4는 사실상 일반관리자로 보이는 점 등의 사정을 종합해 보면, 제2특허발명의 공동발명자 9인 중 1인으로서 원고의 기여율은 20%로 봄이 상당하다.

(마) 소결론

따라서 이상과 같은 계산 결과를 종합하면 피고가 원고에게 제2특허발명으로 인하여 지급하여야 할 정당한 직무발명보상금은 20,497,879원(= 사용자의 이익액 512,446,986원 x 발명자 보상률 20% x 원고의 기여율 20%)으로 된다고 할 것이므로, 결국 피고는 원고에게 위 20,497,879원 및 이에 대하여 이 사건 청구취지확장 신청서 부본 송달 다음날인 2007. 12. 19.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 다툼이 상당한 이 판결 선고일인 2009. 8. 20.까지는 민법이 정한 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 할 것이다.

4. 보상금이 이미 지급되었다는 피고 주장에 대한 판단

피고 회사는, 제1, 2특허발명의 제품화 등 업무를 수행하게 하기 위하여 원고를 영입하여 상당한 금액의 연봉을 지급하고 복리상 혜택을 부여하는등 이미 원고가 수행한 직무에 상응하는 대가를 지급하였는바, 설사 원고에게 지급해야 할 보상금이 인정된다고 하더라도 위와 같이 이미 지급된 금원 등에 의해 직무발명보상금은 이미 지급된 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 특허법에 의해 인정되는 직무발명보상금청구권은 통상적으로 사업자에 비해 열악한 지위에 있는 종업원의 권익을 보호하고 발명을 진흥하기 위해 인정되는 것으로서 직무발명보상금에 관한 구 특허법의 규정은 강행규정이므로, 직무발명 보상금 청구권의 발생, 행사 및 보상금의 정당한 액수에 어떠한 제한을 가하는 계약 또는 근무규정은 무효이며, 나아가 직무발명보상금은 특허를 받을 권리를 양도한 대가로서 인정되는 법정채권으로서 노동의 대가인 임금과는 그 성격상 명확히 구분되므로, 당사자 사이에 명시적인 약정이 없는 한 일반적인 임금, 성과급 등의 지급으로써 특정한 직무발명에 대한 보상금의 지급에 갈음하였다고 보아서는 안 되는바, 이러한 법리에 비추어 보면 피고 회사가 원고에게 직무발명실시보상비 명목으로 금원을 지급하였음을 인정할만한 증거가 없는 이상 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 원고에게 제1, 2특허발명에 대한 직무발명 보상비가 지급되었다고 볼 수 없어, 피고 회사의 위 주장은 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면 피고는 원고에게 37,533,714원(= 제1특허발명 17,035,835원 + 제2특허발명 20,497,879원)과 그 중 17,035,835원에 대하여는 2007. 9. 14.부터, 20,497,879원에 대하여는 2007. 12. 19.부터 각 2009. 8. 20.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 각 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 할 것이므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 위 인용액에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고 위 인용액의 지급을 명하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.