구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 법인세의 과세표준과 관련하여 제14조 제1항 에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 손익의 귀속 사업연도에 관하여 제40조 제1항 에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있으나, 자산·부채의 평가에 관하여는 제42조 제1항 에서 ‘내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다’고 규정하고 있다. 이는 자산 및 부채의 평가에 따른 미실현 손익은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 반영하지 아니하고, 자산을 처분하거나 부채를 상환하는 등의 거래로 그 손익이 확정되어 실현되는 시점에 이를 소득금액 계산에 반영하게 함으로써 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하려는 데에 그 입법취지가 있다.

원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 1994. 5. 2. 수원지방법원으로부터 ‘서울은행의 정리담보채권에 관하여는 원금과 경과이자를 1995년부터 10년간 분할 변제하되 원금에만 서울은행의 변동우대금리(당시 연 9%)에 의한 이자를 가산하여 변제하고, 서울은행의 정리채권에 관하여는 원금은 1995년부터 13년간, 경과이자는 1998년부터 10년간 각 분할 변제하되 원금에만 위 우대금리에서 3%를 차감한 이율에 의한 이자를 가산하여 변제한다’는 내용의 회사정리계획인가결정을 받은 사실, 원고는 위 인가결정에 따라 서울은행에 대한 정리채무를 변제하여 오던 중 1998 사업연도 결산기에 이르러 당시 개정된 기업회계기준 제66조 및 제67조가 규정하는 유효이자율법에 따라 서울은행에 대한 정리채무의 장부가액 40,665,940,815원에 관하여 연 14%의 할인율을 적용한 현재가치평가액 24,001,714,611원과 위 장부가액과의 차액 16,664,226,204원을 현재가치할인차금으로 계상하면서 그 가액을 채무평가이익으로 계상한 다음 현재가치할인차금 상각액을 그 후 사업연도의 비용으로 계상하였으나, 법인세법상 소득금액을 계산함에 있어서는 위 채무평가이익을 익금불산입하고 현재가치할인차금 상각액을 손금불산입하는 내용으로 세무조정하여 법인세를 신고·납부하여 온 사실, 그러다가 원고는 2001. 1. 9.경 서울은행과 합의하여 2001. 1. 11. 이후의 잔여 정리채무 합계액 45,192,536,037원에 관하여 연 11.75%의 할인율을 적용한 현재가치 평가액 28,244,555,283원을 2001. 7. 28.까지 상환함으로써 그 채무를 모두 정산한 다음 법인세법상 그 채무의 상환에 따른 소득금액을 계산함에 있어 상환 당시의 현재가치할인차금 미상각잔액 12,362,314,739원을 익금산입한 사실, 그 후 원고는 입장을 바꾸어 위와 같이 익금산입한 현재가치할인차금 미상각잔액은 채무면제이익에 해당하지 아니하여 익금산입 대상에서 제외되어야 한다는 이유로 당해 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부한 사실을 알 수 있다.

앞서 본 각 규정의 내용과 입법취지에 비추어 살펴보면, 원고가 기업회계기준 제66조 및 제67조의 각 규정에 의하여 정리채무의 장부가액을 현재가치로 평가하여 그 차액인 현재가치할인차금을 장부가액에서 차감하면서 채무평가이익으로 계상하였다가 정리채무를 중도 상환하면서 그 채무를 유효이자율에 의하여 현재가치로 평가한 가액, 즉 장부가액에서 현재가치할인차금을 차감한 가액과 상환액과의 차액을 상환에 따른 손익으로 회계처리를 하였다 하더라도, 법인세법상으로는 채무를 상환하기 전에 그 채무를 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금과 평가이익을 계상하는 것이 인정되지 아니하는 이상, 그 채무를 중도 상환하는 경우에도 그 채무를 현재가치로 평가하기 전의 가액, 즉 현재가치할인차금을 차감하기 전의 장부가액을 기준으로 상환에 따른 소득금액을 계상하여야 할 것이므로, 원고가 서울은행에 대한 정리채무의 중도 상환에 따른 법인세법상 소득금액을 계산함에 있어 그 채무의 장부가액과 상환액과의 차액에 해당하는 현재가치할인차금 미상각잔액을 익금산입한 것은 그 가액만큼 원고의 순자산이 증가한 것을 소득금액 계산에 반영하기 위한 것으로서 적절한 조치이다.

그럼에도, 원심은 서울은행에 대한 정리채무의 중도 상환에 따른 법인세법상 소득금액을 계산함에 있어 위 현재가치할인차금 미상각잔액은 채무면제이익에 해당하지 않는다는 등의 이유로 이를 익금에 산입할 수 없다고 보아 원고의 경정청구에 대한 피고의 거부처분이 위법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 구 법인세법 제42조 제1항 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 피고의 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.