고등교육법 등 관련 법령에 따라 학교는 학생의 선발, 일정기간 동안의 재학, 학위의 취득, 교수 절차 등에 관하여 주무관청으로부터 엄격한 규율을 받고 있고 그러한 학교가 부동산을 교육사업에 직접 사용하는 경우 위와 같이 재산세를 비과세하도록 규정한 것이므로, 고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제186조 는 본문에서 용도구분에 의한 재산세 비과세사유를 규정하면서 그중 하나로 제1호 에서 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산’을 들고 있고, 그 위임에 따라 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제136조 제2항 , 제79조 제1항 제2호 는 ‘고등교육법에 따른 학교’를 그 비영리사업자 중 하나로 정하고 있다. 한편 구 지방세법 제280조 제4항 본문은 “중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.”고 규정하고 있다.

그리고 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제2항 은 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세를 2012. 12. 31.까지 면제하는 규정을 두고 있고, 제60조 제3항 제1호 는 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2012. 12. 31.까지 재산세의 100분의 50을 경감하는 규정을 두고 있는데, 그 부칙 제3조는 “이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 정하고 있다.

2. 원심은, ① 원고가 창업보육센터를 설립하고 입주자들에게 지도교수를 배정하여 멘토링 및 교육을 실시하고 경영·기술 등을 지원하는 것은 산학연계제도 구축 및 산학협력을 통하여 전문적이고 숙련된 기술자들을 양성하는 사업의 일환으로서 원고의 정관에 명시된 목적사업에 부합하는 점, ② 창업보육센터는 학교법인의 재산 중 실습시설로서 원고가 입주자들의 창업 과정에 각종 지원을 함으로써 입주자들이 창업 과정을 실습하게 되므로 이는 학교 교육에 직접 사용되는 재산에 해당하는 점, ③ 원고가 입주자들로부터 실비 이상의 비용을 지급받았다고 인정하기 어려우므로 창업보육센터를 영리 목적으로 운영하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 창업보육센터로 사용된 이 사건 각 부동산은 원고의 교육사업 자체에 직접 사용된 것이고 창업보육센터 운영을 수익사업으로 보기도 어렵다는 이유로, 이와 달리 피고가 이 사건 각 부동산을 구 지방세법 제280조 제4항 및 구 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호 에서 정한 창업보육센터용 부동산으로서 재산세 50% 경감대상에만 해당한다고 보아 재산세 등을 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

구 지방세법 제186조 제1호 와 구 지방세특례제한법 제41조 제2항 에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다 ( 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결 등 참조).

고등교육법 등 관련 법령에 따라 학교는 학생의 선발, 일정기간 동안의 재학, 학위의 취득, 교수 절차 등에 관하여 주무관청으로부터 엄격한 규율을 받고 있고 그러한 학교가 부동산을 교육사업에 직접 사용하는 경우 위와 같이 재산세를 비과세하도록 규정한 것이므로, 고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 그 판시와 같은 이유만으로 창업보육센터용으로 사용된 이 사건 각 부동산이 원고의 교육사업 자체에 직접 사용된 것이라고 보아 재산세 등 비과세대상에 해당된다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 제186조 제1호 와 구 지방세특례제한법 제41조 제2항 에서 정한 학교용 부동산의 비과세 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.