조세특례제한법 시행령 제79조의2, 소득세법 제104조의2

2.원고의 청구를 기각한다.

3.소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007. 8. 7. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 173,435,819원에 대한 경정청구거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 처분의 경위

"(1) 원고는 1974. 6. 21. 서울 XX구 XX동 418-24 대 200.7㎡를 취득한 후 1992. 12. 9.경 위 지상에 건물(이하 위 대지 및 건물을 '이 사건 부동산'이라고 한다)을 신축 하였다가 2005. 5. 4. 주식회사 XX디엔씨과 사이에 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하였다.",(2) 주식회사 OO디벨로프먼트(이하 '소외 회사'라고 한다)는 2005. 7. 20.경 주식회사 XX디엔씨로부터 이 사건 부동산에 대한 위 매매계약상 매수인의 지위 및 권리 의무를 승계하였다.

(3) 원고는 2006. 12. 7. 소외 회사로부터 이 사건 부동산의 잔대금을 모두 지급받고, 소외 회사에게 이 사건 부동산을 양도하였다(이하 '이 사건 양도'라고 한다).

(4) 원고는 2007. 2. 28.경 피고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 예정신고 및 납부를 하면서 이 사건 부동산이 투기지정지역에 해당하여 이 사건 부동산의 실지거래가액을 기준으로 산정한 양도소득세 285,014,745원(과세표준금액 912,175,140원)을 신고 ・ 납부하였다가, 2007. 5.경 피고에게 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조(이하 '이 사건 과세특례규정'이라고 한다)에서 정한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당하므로 위 규정에 따라 기준시가를 기준으로 양도소득세액을 산정할 경우 양도소득세액이 111,578,926원(과세표준금액 376,879,401원)이므로, 당초 납부한 세액과의 차액 173,435,819원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

(5) 이에 대하여 피고는 2007. 8. 7. 이 사건 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되지 않았으므로, 이 사건 양도는 이 사건 과세특례규정 의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 도시환경정비구역의 지정 및 사업시행인가 등

(1) 이 사건 부동산이 속한 서울 마포구는 2005. 6. 30.자로 주택 외 투기지역으로 지정되었고, 한편 이 사건 부동산이 위치한 서울 마포구 합정1구역(이하 '합정1구역'이 라고만 한다)은 2003. 11. 18. 서울특별시 고시 2003-374호로 균형발전촉진지구로 지정되었으며, 2006. 3. 13. 서울특별시 고시 제2006-87호로 도시환경정비구역으로 지정, 고시되었다.

(2) 소외 회사는 도시환경정비구역인 합정1구역 내에서 정비사업을 시행하기 위하여 이 사건 부동산 등을 취득하는 한편, 합정1구역에 대한 도시환경정비사엽 시행계획을 수립하면서 2006. 5. 4. 서울특별시 마포구청장으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문 화재 보존을 위한 조치사항을 통보받았고, 2006. 6. 19. 서울특별시 교통영향심의위원회로부터 교통영향평가서에 관한 조건부가결 결정을 받았으며, 2006. 6. 29. 서울특별시 서부교육청으로부터 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제결과를 통보받았고, 2006. 7. 12.에는 서울특별시 마포구청장으로부터 서울특별시 건축위원회의 2006. 6. 30.자 심의결과를 통보받았다.

(3) 그 후 소외 회사는 이 사건 부동산에 대한 잔금청산일 이후인 2006. 12. 22. 서울특별시 마포구청장에게 합정1구역 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하였고, 이 에 서울특별시 마포구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 및 쟁점

원고는, 이 사건 부동산을 이 사건 과세특례규정에서 정한 취득시기인 정비구역 지정 이전에 취득하여 그 양도시기 이내인 2006. 12. 7. 도시환경정비사업 시행자인 소외 회사에게 이를 양도하였으므로, 이 사건 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서도 이 사건 과세특례규정이 적용되어 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하여야 할 것 이므로, 그에 따른 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

이에 대하여 피고는, 이 사건 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 도시환 경정비사업에 대한 시행인가를 받지 못하여 사업시행자에 해당하지 않으므로 이 사건 양도에는 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 주장한다.

따라서 이 사건의 쟁점은 도시환경정비구역 내에서 사업시행인가를 받지 않은 상태에서 사업시행을 하는 사업시행자에게 부동산을 양도한 이후 사업시행인가가 이루어진 경우, 사업시행인가를 받지 않은 상태의 사업시행자를 이 사건 과세특례규정에서 정한

사업시행자로 보아 그에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서 이 사건 과세특례규정을 적용할 수 있는지 여부에 있다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 과세특례규정 제5호 및 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령 령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조의2 제1항은, 거주자가 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 구 도시 및 주거환경정비법(2007. 12. 21. 법률 제8785호 로 개정되기 전의 것, 이하 '구 도시정비법'이라고 한다) 제4조의 규정에 의하여 정비 구역을 지정한 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 구 도시정비법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도소득세 과세표준을 산정함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있는데, 이 사건 과세특례규정의 표제 및 내용, 이 사건 과세특례규정 각 호 및 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 [별표 7]의 각 호 규정이 예정하고 있는 사업이 모두 공익적인 목적을 가지고 있고, 위 규정들이 그 사업시행자에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 근거하여 수용권한을 인정하고 있는 점, 위 법률들이 예정하고 있는 사업에서는 설사 양도인이 협의에 의하여 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한은 상당히 제한될 수밖에 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 과세특례 규정의 입법취지는 투기지정지역 내의 부동산이라 도 공익목적을 위해 양도 또는 수용되는 경우에는 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하는 데에 있다고 할 것이다(대법원 2007. 12. 27. 선고 2006두16779 판결 참조).

한편, 구 도시정비법 제8조 제3항, 제4항은, 도시환경정비사업은 토지등소유자로 구성된 조합 또는 토지등소유자가 시행할 수 있으며 시장 ・ 군수는 일정한 사유가 있는 경우 토지등소유자를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다고 규정 하고, 제28조 제1항은 사업시행자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등을 시장 ・ 군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다고 규정하면서, 제38 조는 사업시행자는 정비사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 토지 ・ 물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다고 각 규정하고 있다. 그리고 구 도시정비법 제 85조 제7호는 사업시행인가를 받지 않고 정비사업을 시행한 자는 2년 이하의 정역 또 는 2천만 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언내용과 입법취지, 특히 구 도시정비법상 사업시행자에게는 부동산 에 대한 수용 권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라 도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액 을 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업 의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법취지가 있는 점, 구 도시정비법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가를 받지 않고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지등소유자가 사업시행자가 되고자 하는 경우 구 도시정비법 제8조 제4항에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행자를 토 지등소유자로 하는 사업시행인가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정되는 것이므로 사업시행인가 전까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업 시행인가가 예정되어 있다고 할 수도 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기도 어려운 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 구 도시정비법상 조합 이 설립인가를 받아 사업시행자가 되거나 시장 ・ 군수의 지정을 받은 사업시행자 등이 있을 수 있고, 사업시행을 계속하려면 사업시행인가를 받도록 규정하려는 데 그 입법 목적이 있다는 점을 염두에 둔다면, 구 도시정비법 제28조는 그 전후 문맥상 위와 같은 경우 등을 포함하여 일반적으로 사업시행인가를 신청하는 절차를 규정하고 있는 것으로 해석될 뿐이고, 토지등소유자가 사업시행을 하는 경우까지도 반드시 사업시행인 가를 받기 전의 사업시행의 개념을 인정하고 있는 것으로 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면, 토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자 로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토 지등소유자가 사업시행인가를 받지 않은 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결 참조).

(2) 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 양도 당시에는 소외 회사가 토지등소유자로서 도시환경정비사업을 준비하고 있었지만 그 사업시행인가를 받기 전이었으므로 이 사건 양도는 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것이고{원고는, 소외 회사가 합정1구역에 대한 도시환경정비사업 시행계획을 수립하면 서 서울특별시 마포구청장으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문화재 보존을 위한 조치사항을 통보받는 등 사업시행인가를 위한 행위를 일부 이행하였으므로, 그 무렵부터 는 소외 회사가 구 도시정비법이 정한 사업시행자에 해당한다 할 것이어서 이 사건 양 도에 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 주장하나, 토지등소유자가 스스로 사업시행 자가 되어 사업시행인가를 받거나 혹은 조합을 설립하여 조합설립인가를 받았을 때, 나아가 시장・군수 등이 공동사업자라면 사업시행자 지정고시가 있었을 때 비로소 정비 사업시행자가 구체적으로 확정된다고 할 것인 점(대법원 2007.12.28. 선고 2006두4738 판결 참조), 원고의 주장에 의할 경우, 사업시행인가를 위한 사업시행계획 수립의 단계 에서 어느 행위를 수행하였을 경우 사업시행자로 볼 수 있는지에 관하여 의문이 있어 사업시행인가 이전의 사업시행자 확정을 위한 기준을 제시할 수 없게 된다는 점, 원고가 주장하는 위와 같은 행위는 사업시행인가를 준비하는 단계의 행위라고 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다}, 소외 회사가 사업시행인가를 받기 이전에 사업시행인가를 위하여 토지소유권의 취득 등이 요구된다거나 사후에 실제로 사업시행인가를 받았다는 등의 사정이 있더라도 달리 볼 것은 아니라고 할 것이어 서, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다(더구나 원고가 이 사건 부동산에 관하여 최초의 매매계약을 체결할 당시에는 이 사건 정비구역이 지정되지도 않은 상태였고, 당시의 매수인은 소외 회사가 아니라 주식회사 XX디엔씨였던 사정까지 비추어보면, 원고가 이 사건 과세특례규정에 규정된 공익사업을 위한 공익 목적으로 매매가액에 관한 의사결정권한을 제한받는 상태에서 소외 회사에 이 사건 각 토지를 양도하였다고 보기도 어렵다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.