2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 6, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 2001. 5. 24.부터 서울 ○○구 ○○동 ○-○에서 '노래하는 ○○○○'라는 상호로 유흥음식점을 영위하는 사업자이다.

나. 원고는 피고에게 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분 부가가치세, 2001년 내지 2003년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 주식회사 ○○실업(이하 '○○실업'이라고 한다)과 유한회사 ○○주류(이하 '○○주류'라고 한다)로부터 아래 표 기재와 같은 매입세금계산서(원고가 ○○실업, ○○주류로부터 수취한 구체적인 세금계산서 내역은 별지 '세금계산서 및 대금결제내역' 중 '세금계산서 내역'란 기재와 같고, 이하에서는 아래 표 기재와 같은 매입세금계산서만을 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 각 교부받아 이를 근거로 각 과세기분 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하고, 각 과세연도 종합소득세 신고시 필요경비로 계상하여 신고하였다.

과세기분

2001년 제2기분

2002년 제1기분

2002년 제2기분

2003년 제1기분

2003년 제2기분

○○실업

8,110,000원

4,786,000원

7,376,000원

11,393,000원

○○주류

8,749,000원

다. 그런데 피고는 ○○○○국세청장으로부터 ○○실업과 ○○주류에 대한 주류유통 과정 추적조사를 실시한 결과 원고가 ○○실업, ○○주류로부터 주류를 매입한 권○○와 거래하고서도 권○○ 명의가 아닌 ○○실업, ○○주류 명의의 이 사건 세금계산서를 교부받았고, 이는 위장∙가공거래라는 과세자료를 통보받아, 2005. 7. 1. 원고에게 아래 <부가가치세 산출내역표> 기재와 같이 이 사건 세금계산서 상당 금원을 각 해당 기분 매입세액에서 공제하지 아니하여 산출된 금원에 가산세를 더하여 각 해당 기분 부가가치세를 경정∙부과하고, 이어 아래 <종합소득세 산출내역표> 기재와 같이 이 사건 세금계산서 상당 금원을 해당 과세연도 필요경비산입을 부인하고 이를 종합소득금액에 산입하여 산출된 세액에 가산세를 더하고 기납부세액을 공제하여 각 해당 과세연도 종합소득세를 경정∙부과하였다(이하 위 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 통칭할 때 '이 사건 부과처분'이라고 한다.

《표》생략

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2005. 11. 18. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2005. 12. 29. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가 원고의 주장

⑴ 피고는 원고와 거래한 권○○가 ○○실업, ○○주류의 중간도매상이고 따라서 원고가 ○○실업, ○○주류로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 전부 사실과 다르게 발행된 것이라고 하면서 이 사건 부과처분을 하였으나, 권○○는 ○○실업 또는 ○○주류의 직원이고 따라서 원고는 직접 ○○실업, ○○주류와 거래하면서 이 사건 세금계산서를 발급받았고, 가사 권○○가 ○○실업, ○○주류의 직원이 아니어서 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것이라고 하더라도 원고는 권○○가 ○○실업의 영업부장인 줄 알고 이러한 사실을 알지 못한 채 세금계산서를 받은 선의의 사업자이므로, 이 사건 세금계산서 상당 매입금액은 부가가치세 산출시 매입세액으로 공제되어야 하고, 또 종합소득세 산출시 필요경비로 산입되어야 한다.

⑵ 가사 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것으로서 부가가치세 산출시 매입세액 공제를 받지 못한다고 하더라도, 원고는 권○○와 실제로 이 사건 세금계산서 상당 금원에 해당하는 거래를 하였으므로 이 사건 세금계산서 상당 금원을 종합소득세 산출시 필요경비로 산입하여야 함에도 이를 부인한 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ＂납부세액＂이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ＂매출세액＂이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ＂매입세액＂이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하＂환급세액＂이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하＂필요적 기재사항＂이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 소득세법 제27조 필요경비의 계산

① 부동산임대소득금액∙사업소득금액∙일시재산소득금액∙기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 국세기본법 제14조 실질과세

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득∙수익∙재산∙행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 인정사실

앞서 든 증거와 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 5, 갑 제8호증의 1 내지 20, 갑 제9호증의 1 내지 6, 갑 제10호증의 1 내지 95, 갑 제14호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4, 5호증의 각 1, 2, 을 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 5, 을 제8호증의 1 내지 6, 을 제9 내지 12호증, 을 제13호증의 1, 2의 각 기재에 증인 권○○의 일부 증언을 보태어 보면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

⑴ ○○실업은 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○에 있는 회사로 대표자는 김○○이며, ○○주류는 ○○실업에 인접한 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○에 있는 회사로 대표자는 김○○인데, 대표자인 김○○과 김○○은 아버지와 아들 사이로 ○○실업과 ○○주류는 주류창고도 같이 사용하고 있었다.

⑵ ○○○○국세청은 2004. 8. 17.부터 2004. 10. 14. 까지 ○○실업과 ○○주류에 대하여 주류유통과정 추적조사를 실시하였고, ○○실업과 ○○주류의 사무실에 있는 컴퓨터 본체에 내장된 실제 장부의 거래처별 매출액과 부가가치세 신고시 제출한 매출처별 세금계산서 합계표를 대조하여 조사한 결과, 직영거래 한 매출처 약 200여 군데를 제외한 나머지 거래(○○실업 : 2,242개 업체, 343억원 상당, ○○주류 : 2,831개 업체, 373억원)가 세금계산서를 위장 발행한 것으로 확인되었는데, ○○실업과 ○○주류는 직영거래 매출처를 제외한 나머지 주류를 무면허 중간도매상과 일명 '지입차주'(주류소매점이나 음식점 등 고정거래처를 가진 전직 판매사원 등이 주류도매업자와 음성적으로 지입형태의 계약을 체결한 후 주류를 공급받아 자기의 고정거래처에 판매하는 등 모든 거래를 자기의 책임 하에 행하는 무면허 주류판매업자를 말함)에게 무자료로 주류를 공급하고, 세금계산서를 무면허 주류도매상과 지입차주가 지정하는 업소에 발행하여 주는 형태로 거래하였다(○○실업과 ○○주류는 이로 인하여 종합주류 도매면허가 취소되었고, 2004. 12. 30. 자로 폐업처리되었다).

⑶ 권○○는 원래 주류도매업을 하는 ○○상사의 영업부장으로 근무하다가 2001. 7. 경 ○○주류 직원의 소개로 ○○실업과 ○○주류로부터 무자료로 주류를 공급받아 주로 ○○동지역에서 주류를 판매하는 이른바 지입차주 영업을 하였고, 원고와는 ○○상사에서 근무할 당시부터 거래하였는데, 그 거래형태를 보면 권○○는 원고로부터 휴대전화기로 주류 주문을 받으면 ○○실업과 ○○주류로부터 주류를 구입하여 ○○실업과 ○○주류에게 자신이 소지하고 있던 원고 명의의 주류구매전용카드로 주류대금을 결제하였고, 원고는 권○○로부터 주류를 공급받은 후 권○○에게 현금으로 주류대금을 지급하였으며, 이후 권○○는 이를 원고 명의의 주류구매전용통장에 현금자동입출금기를 통하여 입금하였다. 그리고 권○○는 매월 ○○실업, ○○주류로부터 세금계산서를 발행받아 이를 원고에게 교부하여 주었다.

⑷ 한편, 원고 명의의 주류구매전용통장으로 입금되어 ○○실업, ○○주류에 주류대금으로 결재된 금액은 별지 '세금계산서 및 대금결제내역' 기재 '주류구매전용통장 결재내역'란 기재와 같고, 원고는 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분까지 부가가치세 신고시 이 사건 세금계산서를 포함한 각 매입처별 세금계산서 합계표를 근거로 매입세액 공제를 받았는데 이 사건 세금계산서를 뺀 나머지 매입처별 세금계산서는 2001년 제2기분은 음료, ○○상사로부터, 2002년 제1기분은 음료, ○○○○공사로부터, 2002년 제2기분은 ○○유통, ○○○○공사로부터, 2003년 제1기분과 2003년 제1기분과 2003년 제2기분은 각 ○○○○공사로부터 각 발급받은 것이다.

⑸ 피고는 원고에 대하여 이 사건 부과처분을 하는 이외에 권○○에 대하여서도 직권으로 사업자등록을 한 다음 권○○가 개인사업자로서 위와 같이 ○○실업, ○○주류로부터 주류를 매입하여 원고를 비롯한 소매업자에게 판매하는 거래를 하였다고 하면서 권○○에게 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분까지의 부가가치세 합계 330,569,390원을, 2001년 내지 2003년 귀속 종합소득세 합계 34,865,560원을 각 부과하였다.

라. 판단

⑴ 사실과 다르게 세금계산서가 발행되었는지 여부

㈎ 위 인정사실에 의하면, 원고에게 주류를 공급한 권○○는 ○○실업 혹은 ○○주류 직원이 아니라 ○○실업과 ○○주류로부터 주류를 공급받아 자기의 고정거래처에 판매하는 등 모든 거래를 자기 책임하에 하는 무면허 주류판매업자인 이른바 '지입차주'이므로, 이 사건 세금계산서가 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이라고 볼 수 없다.

㈏ 다만, 원고 주장과 같이 관계기관의 조사로 인해 명의위장사업자로 판정되어 사업자가 받은 세금계산서가 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이 아니라는 것이 밝혀졌다고 하더라도 거래처가 위장사업자라는 사실을 알지 못하였으며 또 그 알지 못한 데에 잘못이 없는 선의의 거래당사자가 그 세금계산서에 의하여 부가가치세신고를 한 경우에는 그로 인하여 실지사업자가 아닌 자가 공급자로 되었더라도 그 매입세액은 공제되어야 할 것이나(대법원 1989. 10. 24. 선고 89누2134 판결 참조), 이 경우 선의의 거래당사자라는 입증은 이를 주장하는 자가 해야 한다.

그러므로 이 사건에서 보건대, 원고 제출의 갑 제5호증의 1 내지 4의 각 기재 및 증인 권○○의 증언만으로는 원고가 선의의 거래당사자라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 앞서 인정한 바와 같이 원고는 권○○와 오랜 기간 거래하면서 권○○의 휴대전화기로 주문을 하였고, 이를 배달하여 준 사람은 항상 권○○였다는 점, 권○○는 원고 명의의 주류구매전용카드를 소지하고 있으면서 ○○실업, ○○주류에 주류대금을 직접 결제하였고, 원고는 권○○에게 현금으로 주류대금을 결제하여 왔다는 접등 기타 이 사건 변론에 나타난 여러 사정에 비추어 볼 때, 원고는 권○○가 ○○실업 혹은 ○○주류의 직원이 아닌 사실을 알았으리라고 보여진다.

㈐ 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것이 아니고, 또 가사 사실과 다르게 발행된 것이라고 하더라도 원고는 선의의 거래당사자라고 하면서 이 사건 부과처분의 위법을 주장하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 세금계산서 상당 금액이 실제로 지출되었는지 여부

㈎ 살피건대, 국세기본법 제14조에서 정하는 실질과세의 원칙상 납세의무자가 제출한 세금계산서가 허위임이 밝혀졌다고 하더라도 허위 세금계산서 상당 금액이 실제로 지출된 경우에는 이를 종합소득세 산정시 필요경비로 산입할 수 있다고 할 것이다.

㈏ 그러므로 이 사건 세금계산서 상당 거래가 있었고, 따라서 이 사건 세금계산서 상당 금원이 실제로 지출되었는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 ① ○○실업, ○○주류는 원고를 비롯한 소매업자들과 직접적인 거래가 없음에도 세금계산서를 발행하기는 하였으나, 그 실질 거래처는 이른바 '지입차주' 및 중간도매상이라고 밝히고 있는 점, ② 이른바 '지입차주'인 권○○도 원고에게 실질거래 없이 이 사건 세금계산서를 교부하여 준 것이 아니라 실질 거래 후 세금계산서를 ○○실업, ○○주류 명의로 발급해 준 것 뿐이라는 점, ③ 별지 '세금계산서 및 대금결재내역표' 기재에 의하면 비록 약간의 차이는 있기는 하지만 세금계산서 발급내역과 원고 명의의 주류구매전용통장에 입금된 금원이 비슷한 점, ④ 원고가 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분 부가가치세 신고시 제출한 매입처별 세금계산서 수취내역을 보면 원고는 이 사건 세금계산서 이외에 주류매입으로 인한 수취한 세금계산서는 없어 보이고, 따라서 이 사건 세금계산서 상당 금액 전부를 부인하는 것은 유흥음식점 영업을 하는 원고가 위 기간 동안 주류를 전혀 매입하지 아니하였다고 하는 결과가 되어 부당하다는 점, ⑤ 피고는 이 사건 부과처분 이외에 권○○에게 권○○가 개인사업자로서 원고를 비롯한 다른 소매업자들과 거래한 내역을 토대로 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분까지의 부가가치세 및 2001년 내지 2003년 귀속 종합소득세를 각 부과하였는 바, 이는 권○○가 원고를 비롯한 다른 소매업자들과 주류를 실제로 거래하였다는 것을 전제로 하는 것임에도 이 사건 세금계산서 상당 금원을 실질 거래가 없었다고 하면서 부인하는 것은 서로 모순된다는 점 등 이 사건 변론에 나타난 여러 사정에 비추어 볼 때, 원고는 권○○와 사이에 이 사건 세금계산서 상당 실질 거래가 있었다고 판단된다.

㈐ 따라서, 피고가 이 사건 세금계산서 상당 금원을 원고에 대한 종합소득세 산정시 필요경비로 부인하여 한 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 원고에 대한 각 종합소득세 부과처분은 위법하다고 할 것이므로 이를 각 취소하기로 하여 이 부분 청구를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.