다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1, 2호증의 각 1, 2, 갑제3호증의 1, 2(을제6호증의 1과 같다), 3(을제6호증의 2와 같다), 4, 5(을제6호증의 4와 같다), 6, 갑제4호증의 1 내지 3, 갑제5호증의 1(을제1호증의 2와 같다), 2(을제2호증의 2와 같다), 갑제6호증, 을제1호증의 1, 3 내지 7, 을제2호증의 1, 3 내지 6, 을제3호증의 1, 2, 을제4호증의 1 내지 11, 을제5호증의 1 내지 5, 을제6호증의 3, 5, 6의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

가. 원고는 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 ㅇ에 주소를 둔 완구제조・판매업, 섬유제조・판매업, 주택건설업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 피고에게 1991. 3.경 1990. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 사업년도(이하 1990 사업년도라 한다)에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 1987, 1988, 1989년의 3년간의 전기이월결손금 191,320,791원에서 당해 사업년도 소득금액 39,762,754원을 공제하고 차기이월결손금을 금151,558,037원으로 하여 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였고, 1992. 3.경 1991. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 사업년도(이하 1991 사업년도라 한다)에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 당해연도 소득금액 금192,305,035원에서 위 이월결손금 151,558,037원을 공제한 금40,746,998원을 과세표준으로 하여 산출한 법인세 금8,149,399원을 신고・납부하였다.

다. 그런데, 피고는 1993. 4. 17.경 원고의 1990 사업년도의 법인세신고내역에 대한 서면분석과정에서 원고로부터 제품매출원가 금235,802,249원 중 당기제품제조원가 금181,338,289원에 대한 자료제출이 없다는 이유로 원고가 신고한 손금 중 신고 당시 손금부인한 금897,481원 외에 위 금181,338,289원을추가로 손금산입을 부인하고 합계 금182,235,770원을 익금으로 산입하고 위 이월결손금 191,320,791원을 전부 공제한 다음 과세표준을 금36,139,174원으로 산출하여 그에 대한 법인세 금10,816,482원을 부과고지하였다.

라. 그후 피고는 감사원으로부터 1995. 5. 3.경 피고에 대한 감사과정에서 원고에 대하여 1990 사업년도에 대한 법인세를 산출하면서 손금으로 산입하여야 할 금3,179,461원을 익금에 가산함으로서 법인세를 과다징수하였고, 1991년의 사업년도에 대한 원고의 신고내역 중 이월결손금 151,558,037원은 이미 1990년도의 익금으로서 전부 공제되었으므로 1991년도의 법인세의 손금으로 처리할 수 없다는 지적을 받았다.

마. 이에 따라 피고는 1995. 5. 8.경 원고에 대한 1990 사업년도에 대하여 앞서 본 바와 같이 익금으로 가산된 위 금3,179,461원을 손금으로 차감하여 위 이월결손금 191,320,791원을 전부 공제한 다음 과세표준을 금29,780,252원으로 산출하여 그에 대한 법인세 금8,913,228원으로 감액경정함과 동시에, 1991 사업년도에 대하여는 원고가 신고한 위 이월결손금 151,558,037원이 1990 사업년도에 이미 공제되었다는 이유로 이를 손금부인하고 법인세로 금65,044,480원을 부과고지하는 처분(이하 1991년도 부과처분을 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적부

가. 당사자들의 주장

원고는 1990 사업년도에 제품매출액 금96,288,913원이 있고, 위 제품매출액 대응원가 금181,338,289원에 대한 제품제조원가명세서를 제출하였고, 제품제조원가 관련 증빙서류가 있을뿐만 아니라 실제로 노무비등으로 지출된 것임에 불구하고 이에 대한 확인조사를 함이 없이 서면분석시 증빙서류등을 제출하지 아니하였다고 하여 제품제조원가를 부인하고 1990 사업년도의 익금으로 산입하여 위 이월결손금 191,320,791원 전부를 공제하고, 이에 따라 1991 사업년도의 원고 신고의 위 금151,558,037원의 이월결손금에 대하여 1990 사업년도에서 전부 공제되었다는 이유로 손금부인한 것은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 첫째, 원고가 피고의 위 1993. 4. 17.자 1990 사업년도 법인세 부과처분에 대하여 이의를 제기하지 아니한 채 볼복기간이 경과됨에 따라 위 제품제조원가 금181,338,289원이 익금산입되고 당시의 이월결손금 191,320,791원이 전부 공제된 사실과 이에 따라 1991 사업년도의 이월결손금으로 신고된 위 금151,558,037원에 대하여 손금부인된 사실을 더 이상 다툴 수 없고, 둘째, 가사, 원고가 1991 사업년도의 손금으로 위 금151,558,037원을 주장할 수 있다고 하더라도, 원고의 1990 사업연도의 결산서에는 당시의 제품매출액이 금96,288,000원이고, 제품매출원가가 금235,802,000원(기초재고액 금54,464,000원, 당기제조원가 금181,338,000원, 피고가 금1,000원 미만을 버리고 주장하고 있다)이 계상되어 있어 이에 대한 매출원가는 존재하는 것은 분명하나, 다른 한편 전기이월된 제품액 금54,463,960원 및 재공품 금55,281,630원이 있는 것에 미루어 보아 당기 제조원가로 금181,338,000원이 지출되었다고는 볼 수 없으므로 위 금181,388,000원 전부를 가공원가로 보아 손금불산입한 조치는 정당하고, 이에 따라 1991년 사업년도의 원고신고의 위 이월결손금 151,558,037원을 손금부인한 조치 역시 정당하고 주장하다.

나. 관계법령

법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고만 한다) 제9조 제1항은 내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다, 제3항은 제1항에서 손금 이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다, 제4항은 내국법인의 각 사업년도에 속하거나 속하게될 손금의 총액이 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 각 사업년도의 결손금으로 한다고 각 규정하고, 제8조 제1항은 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각호에 게기하는 소득과 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다고 하면서 그 제1호로 각 사업년도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그후의 사업년도 또는 과세표준 계산상 공제되지 아니한 금액을 들고 있으며, 법시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13541호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 ... 이월결손금 이라 함은 법 제9조 제4항의 규정에 의한 결손금으로서 그 후의 사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하거나 법 제8조제1항제1호...의 규정에 의하여 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 1990 사업년도 과세처분의 불가쟁력과 관련하여 본다.

일반적으로 행정처분이 불복기간의 경과로 인하여 확정될 경우, 그 확정력은 그 처분으로 인하여 법률상 이익을 침해받은 자가 당해 처분이나 재결의 효력을 더 이상 다툴 수 없다는 의미일 뿐, 더 나아가 판결에 있어서와 같은 기판력이 인정되는 것은 아니어서 그 처분의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단이 확정되고 당사자들이나 법원이 이에 기속되어 다른 행정처분에 대한 소송에서 모순되는 주장이나 판단을 할 수 없게 되는 것은 아니다.(대법원 1994. 11. 8. 선고 93누21927 판결 참조)

(2) 1991 사업년도의 이월결손금 151,558,037원에 대한 손금부인 조치의 적법성 여부를 본다.

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있다.(대법원 1995.7.14 선고 94누3407판결 참조)

그런데, 갑제3호증의 1 내지 6, 갑제7호증의 1 내지 15, 갑제8호증의 1 내지 20의 각 기재와 증인 오충열의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 1990 사업년도에 대한 법인세 신고 당시 제품매출액이 금96,288,913원, 총매출원가가 금235,802,249원인데 그 중 당기매출원가는 금181,338,289원이고 그 내역은 재료비가 금32,038,119원, 노무비가 금51,479,860원, 각종 제조경비가 금42,538,680원, 기초재공품재고액이 금55,281,630원인 사실, 그후 원고는 위에서 본 바와 같이 피고로부터 원고의 1990 사업년도 법인세 서면분석을 위한 증빙자료의 제출을 요구받았으나 당시 원고가 추진하던 무역업과 편직물 제조 및 수출업이 극히 부진하여 건설업 부분으로 업종전환중이었던데다가 1991.경 원고의 대표이사인 소외 오ㅇㅇ이 다른 사건으로 구속되면서 원고의 1990 사업년도의 제품제조원가를 소명할 자료를 제대로 보관하지 못한 관계로 피고의 요구에 응하지 못한 사실, 그후 원고가 1990 사업년도에 지출한 종업원임금이 금87,136,810원에 이를 뿐만 아니라 재료비와 경비의 일부에 대하여 거래처로부터 교부받은 세금계산서 등을 제출하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실과 관계법령에 비추어 보면, 원고가 위 제품매출액에 대응하는 제품원가명세서와 그에 대한 증빙서류의 일부를 제출한 이상 그 제품원가명세서 또는 증빙서류가 허위로 작성되었다는 등의 특별한 사정이 입증되지 아니하는 이상 원고의 손금에 대한 입증책임을 지고 있는 피고로서는 원고의 1990 사업연도의 결산서에는 당시의 제품매출액이 금96,288,913원이고, 제품매출원가가 금235,802,249원(기초재고액 금54,464,960원, 당기제조원가 금181,338,289원)이 계상되어 있어 이에 대한 매출원가는 존재하는 것은 분명하다고 인정하면서 전기이월된 제품액 금54,463,960원 및 재공품 금55,281,630원이 있는 것에 미루어 보아 당기 제품제조원가로 금181,338,289원이 전부 지출되었다고는 볼 수 없다는 이유만으로 그 손비의 구체적인 내역을 조사함이 없이 막바로 위 제조원가 금181,338,289원 전부를 손금부인하고 익금산입한 것은 부당하고 이에 터잡아 원고가 신고한 1991 사업년도의 위 이월결손금 151,558,037원에 대하여 손금부인한 것 역시 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 8. 20.

심급 사건

참조조문

참조판례