2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 10. 17. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 617,931,890원의 경정거부처분을 취소한다.

가. 원고는 KKKK 56세손인 MMM(牧使公) 치행(致行)의 5세손으로서 KKKK60세손인 JJ 양세(兩世)의 후손들로 이루어진 종중으로, 2009. 1. 7. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리내국법인에 해당한다.

나. JJ의 분묘는 원고 소유인 00 00군 00리(이하 '00리'라고만 한다)772-1 묘지 8,862㎡ 지상에 위치해 있었고, 원고는 1934년경 그 인근의 00리 772-5대 506㎡ 지상에 종중 재실인 LL재(二履齋, 이하 '이 사건 재실'이라고 한다)를 지어 그곳에서 선조들의 제사를 지내 왔다.

다. 경00도 도지사는 1989. 7. 6. 건설부장관에게 00리 일원 389,801㎡에서 토지구획정리사업을 할 것을 내용으로 하는 '00도시계획 00지구 토지구획정리사업에 관한 계획결정 신청서'를 제출하였고, 건설부장관이 중앙도시계획위원회에 이를 안건으로 상정하여, 중앙도시계획위원회는 1989. 9. 위 00리 일원 389,801㎡ 중 어린이공원 4개소 11,694㎡, 도로시설 10,107㎡를 제외한 나머지는 주거지역으로 개발하는 토지구획정리사업 계획 결정을 의결하였으며, 00지구 토지구획정리사업(이하 '이 사건 토지구획정리사업'이라고 한다)은 1990. 6. 27. 착공되었다.

라. JJ의 분묘가 위치하였던 00리 772-1 묘지 8,862㎡ 중 4,811㎡ 부분은 2006. 8. 18. 00리 772-4 묘지 4,811㎡로 분할되고, 이 사건 재실이 위치하였던 00리 772-2 대 506㎡ 중 420㎡ 부분은 2007. 11. 19. 00리 772-5 대 420㎡로 분할되어 각 해당 무렵에 이 사건 토지구획정리사업의 사업시행지구에 편입되었다(이하 위와 같이 이 사건 토지구획정리사업의 시행지구에 편입된 00리 772-4 묘지 4,811㎡, 00리 772-5 대 420㎡를 통틀어 '이 사건 환지 전 토지'라고 한다). 이 사건 토지구획정리 사업의 시행을 위하여 이 사건 환지 전 토지 지상에 소재하였던 JJ 분묘는 2006. 8.경 다른 곳으로 이장되었고, 이 사건 재실은 2008년경 철거되었다.

마. 이 사건 환지 전 토지를 포함한 20여 필지는 00리 696-1 대 27160.8㎡(이하'이 사건 환지 후 토지'라고 한다)로 감환지 되어 2013. 7. 12. 구획정리완료를 사유로 하여 토지대장이 작성되었고, 이 사건 환지 전 토지 중 00리 772-4 묘지 4,811㎡에 관하여는 2013. 9. 10. 이 사건 환지 후 토지 중 27106.8분의 2466.9 지분으로 토지구획정리사업에 의한 환지등기가, 이 사건 환지 전 토지 중 772-5 대 420㎡에 관하여는 같은 날 이 사건 환지 후 토지 중 27160.8분의 217.2 지분으로 토지구획정리사업에 의한 환지등기가 각 마쳐졌다(이하 이 사건 환지 후 토지 중 위 27106.8분의 2466.9 지분, 27160.8분의 217.2 지분을 합한 27106.8분의 2,684.1 지분을 '이 사건 공유지분'이라고 한다).

바. 원고는 2016. 3. 25. SSSS지역주택조합에게 이 사건 공유지분 전부를 매매가 3,247,761,000원에 매도하였고, 2016. 4. 8. 이 사건 공유지분에 관하여 SSSS지역주택조합 앞으로 위 매매를 원인으로 한 지분소유권이전등기를 마쳐주었다.

사. 원고는 2017. 3. 31. 피고에게 양도가액 3,247,761,000원에서 환산 취득가액 57,727,922원, 기타 필요경비 1,027,795원을 차감하여 양도차익을 3,189,005,283원으로 산정하고, 위 양도차익에 장기보유 특별공제 956,701,584원을 적용하여 양도소득금액을 2,232,303,699원으로 산정한 뒤 위 양도소득금액에 양도소득 기본공제 2,500,000원을 적용하여 산정한 2,229,803,699원을 과세표준으로 하여 827,925,400원을 법인세로 산출하여 신고・납부하였다(이하 '이 사건 법인세'라고 한다).

아. 원고는 2017. 8. 18. 피고에게 '비영리내국법인의 고유목적사업에 3년 이상 사용 후 처분된 고정자산 양도차익으로서 과세제외사항이다'라는 이유로 위와 같이 신고・납부하였던 이 사건 법인세 827,925,400원을 0원으로 경정하여 줄 것을 청구하였다. 그러나 피고는 2017. 10. 13.(청구취지 기재 2017. 10. 17.은 오기로 보인다) 원고에게 '처분일(2016. 4. 18.)로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우에 해당하므로 과세소득에 해당됨'이라는 이유로 원고의 이 사건 법인세 경정청구를 거부였다(이하 '이 사건 원처분'이라고 한다).

자. 원고들은 이 사건 원처분에 불복하여 2017. 12. 25. 이의신청을 거쳐 2018. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 7. 9. 기각되었다. 원고들은 위 조세심판 결정 통지를 받은 이후 90일 이내인 2018. 10. 8. 이 사건 원처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

차. 원고는 이 사건 소송 과정에서 '원고는 당초 구 법인세법 제62조의2에 의하여 계산한 세액인 827,925,400원을 신고・납부하였는데 원고로서는 원고에게 더 유리한 방법인 구 법인세법 제60조에 의하여 계산한 세액인 617,801,050원을 선택하여 신고・납부할 수 있었으므로 적어도 이를 초과하여 신고・납부한 부분은 환급되어야 한다'는 취지로 주장하였고, 피고는 2019. 4. 30. 그러한 취지의 주장을 받아들여 직권으로 원고가 신고・납부한 세액 중 209,993,508원을 감액경정하여 환급하였다[이하 이 사건 원처분 중 위와 같이 피고가 직권으로 감액・환급한 부분을 제외하고 남은 617,931,890원(= 827,925,400원 - 209,993,508원, 원 이하 버림)에 대한 경정거부처분 부분을 '이 사건 처분'이라고 한다].

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 19호증, 을 제1 내지 5, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호 단서는 "고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입"은 법인세 과세소득에서 제외한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항은 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것'을 그러한 고정자산으로 정하고 있다. 원고는 비록 이 사건 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 이 사건 환지 전 토지 지상에 소재하였던 JJ 분묘를 2006. 8.경 다른 곳으로 이장하고 이 사건 재실을 2008년경 철거함으로써 그 무렵부터는 위 토지들을 원고의 고유목적사업인 분묘의 수호와 제사의 봉사에 직접 사용되지는 못하게 되었지만, 이는 이 사건 토지구획정리사업의 시행에 따른 법령상의 제한사유로 인한 것으로서, 구 법인세법 제27조 제1호, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제15호를 유추 적용하여 '이 사건 토지구획정리사업이 사실상 완료되어 건축이 가능한 날부터 5년까지'는 당초의 사용방법대로 계속 사용한 것으로 보아야 한다. 따라서 원고가 SSSS지역주택조합에게 이 사건 공유지분을 양도할 당시에는 원고의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용한 상태에서 이 사건 공유지분을 양도한 것으로서, 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에서 정한 과세제외사항에 해당한다.

따라서 원고의 이 사건 법인세 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 법령에 위반한 것으로서 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지아니하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정함에 있어 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 이를 따질 필요가 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 등 참조).

2) 판단

"앞서 본 법리를 이 사건에 비추어 살피건대, 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 비영리내국법인의 고정자산 처분수입에 대하여원칙적으로 법인세 과세대상으로 하되, 일정한 요건을 갖춘 경우 예외적으로 비과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 비과세대상에 해당하는지에 대하여는 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다. 따라서 원고가 SSSS지역주택조합에게 이 사건 공유 지분을 매도한 2016. 3. 25. 당시 이 사건 환지 전 또는 후 토지를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상, 설령 원고가 이 사건 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 부득이하게 고정자산인 이 사건 환지 전 토지를 사용하지 못하게 된 것이라고 하더라도 그것이 법령상의 제한에 따른 것인 등정당한 사유'를 구성하는지 여부와는 무관하게 구 법인세법상의 비과세대상에 해당한다고 할 수는 없다.",한편 원고는, 원고가 이 사건 환지 전 토지를 사용하지 못한 것은 이 사건 토지구획정리사업의 시행에 따른 것으로서 이러한 경우에는 구 법인세법 제27조 제1호, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제15호를 유추 적용하여 '이 사건 토지구획정리사업이 사실상 완료되어 건축이 가능한 날부터 5년까지'는 당초의 사용방법대로 계속 사용한 것으로 보아야 한다고 주장한다. 만약 위 주장과 같이 '계속 사용'이 간주된다면 원고가 이 사건 환지 전 또는 후 토지를 '3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것'으로 인정할 여지가 있을 것이다. 그러나 구 법인세법 제27조 제1호와 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령, 법인세법 시행규칙의 규정들은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산을 취득・관리함으로써 생기는 비용 등의 손금불산입에 관한 규정으로서, 해당 규정들은 비영리내국법인의 고정자산 처분수입이 비과세대상에 해당하는지 여부에 관한 판단에 유추적용할 성질의 것이 아니라고 할 것이다. 오히려, 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 의하면 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하나, 같은조 제3항은 "제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다."고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제8호는 '도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지'의 경우에는 '건축이 가능한 날부터 2년'의 기간동안 '비사업용 토지'로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있을 뿐인바, 위 규정들은 내국법인이 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 사업용으로 사용하지 못한 토지의 경우에도 원칙적으로 해당 토지를 '비사업용 토지'로 보아 이를 양도하는 경우 그 처분으로 인한 수입에 과세할 수 있음은 물론 법인세의 추가 납부에 관한 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호의 특례를 적용할 수 있음을 전제하되, 다만 토지구획정리사업이 완료되어 '건축이 가능한 날부터 2년'의 기간 동안에는 과세관청의 판단에 따라 해당 토지를 '비사업용 토지'로 보지 아니하여 위 특례조항을 적용하지 않을 수 있다는 내용으로 설계된 것으로서, '이 사건 토지구획정리사업이 사실상 완료되어 건축이 가능한 날부터 5년까지'는 당초의 사용방법대로 계속 사용한 것으로 보아야 한다는 원고의 주장과는 다른 전제에 서 있음을 알 수 있다.

요컨대 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지를 따지지 않으므로 원고가 이 사건 환지 전 토지를 사업시행구역으로 포함하는 이 사건 토지구획정리사업이 진행된 사정, 즉 법령상 제한으로 인하여 이 사건 환지 전 또는 후의 토지들을 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 못하였다고 하더라도 그에 대한 예외가 인정된다고 할 수 없다.

또한 구 법인세법 등 관계 법령상 원고가 위 토지들을 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 의제된다고 볼 수도 없다. 따라서 원고가 SSSS지역주택조합에게 이 사건 공유지분을 매도한 2016. 3. 25. 당시 이 사건 환지 전 또는 후 토지를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상 그 처분수입은 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항이 정한 비과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

따라서 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.