2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 1. 1. 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하 여 제정된 한국철도시설공단법에 의하여 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통 합하여 설립된 공법인이다. 원고는 국가로부터 철도시설을 관리하고 그 철도시설을 사 용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리인 철도시설관리권을 설정 받아 소외 한국철도공사로 하여금 선로를 철도운행에 제공하도록 하고 선로사용료를 징수하는 한편, 한국철도공사에게 철도시설의 유지보수업무를 위탁하여 그 유지보수 과정에서 시설자산을 취득하는 경우에 이를 원고의 자산으로 등록하여 관리해왔다.

나. 원고는 피고에게 부가가치세를 신고 ・ 납부함에 있어서 선로사용료 징수사업은 부가가치세 과세대상 매출이라는 이유로 위와 같이 원고가 한국철도공사로 하여금 철도시설의 유지보수업무를 위탁하고 지불한 금액 전부를 과세사업 관련 매입세액으로 보아서 이를 매출세액에서 공제해왔다.

다. 피고는 2008. 6. 27.부터 2008. 8. 22.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결 과, 원고가 철도시설 유지보수 비용으로 지불한 금액 중 철도시설의 유지보수 과정에 서 취득한 시설자산과 관련한 거래부분은 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제106조 제1항 제7조에서 부가가치세 면제대상으로 규정한 "철도산업발전기본법 제26조에 의하여 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설"에 해당한다는 이유로, 원고가 2005년 제1기분부터 2007년 제2기분까지 한국철도공사로부터 받은 세금계산서의 매입세액 중 유지보수 과정에서 증가된 건물, 기계, 장비, 노반, 전력설비, 통신설비, 신호설비, 집기비품 등 시설자산(이하 "이 사건 시설자산"이라고 한다) 취득비용 상당액에 대하여는 매입세액을 불공제하여 2008. 10. 15. 원고에게 2005년 제1기분 부가가치세 1,092,682,090원, 2005년 제2기분 부가가치세 4,445,293,410원, 2006년 제1기분 부가가치세 767,432,700원, 2006년 제2기분 부가가치세 6,813,769,730원, 2007년 제2기분 부가가치세 455,479,460원 등 합계 13,574,657,390원의 부가가치세를 부과하였다(위 2005년 제2기분 부가가치세 중 4,878,250원 부분에 대하여는 원고가 이를 인정하고 있으므로, 2005년 제2기분 부가가치세 중 위 부분을 초과하는 부분과 나머지 각 과세기간의 부가가치세 부과처분을 이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 1. 8. 이의신청을 거쳐, 2009. 5. 6. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2010. 3. 10. 위 심판청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(가) 이 사건 시설자산은 원고가 국가로부터 설정 받은 철도시설관리권의 대가로 국가에 제공하는 재화가 아니라 원고가 철도시설관리권에 터잡아 선로이용자인 한국철도공사로부터 선로사용료를 징수하고 위・수탁계약에 따라 그 선로 등을 유지 보수하는 고속철도시설 운영단계에서 취득한 것인바, 철도시설관리권의 설정단계와 그 운영단계는 준별되어야 함에도 피고가 철도시설관리권을 설정 받은 이후에 한국철도공사로부터 받은 선로사용료를 재원으로 취득한 이 사건 시설자산을 마치 철도시설관리권 설정단계부터 국가에 귀속했어야 할 철도시설로 보아 철도시설관리권과 대가관계 있는 재화로 평가한 것은 부당하다.

(나) 또한 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호는 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는 데, 피고가 위 법률조항을 해석함에 있어 국가에 아직 귀속시키지도 않은 자산취득에 대하여 매입세액을 불공제한 것은 조세법률의 엄격해석의 원칙 및 국가 등에 무상 공급하는 재화에 대한 매입세액에 관하여도 자신의 사업과 관련된 것이라면 매입세액의 공제를 인정해오던 부가가치세 기본통칙 등 관례에도 반하여 부당하다.

(다) 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호는 그 입법취지가 원고가 경부고속 철도 기본시설을 완공하여 국가에 귀속시키는 단계에서 부가가치세를 면세하기 위한 것이므로, 원고가 임대인의 지위에서 한국철도공사로부터 선로사용료를 징수하는 "과세사업"을 수행하는 과정에서 취득하게 된 시설자산의 매입세액 처리 여부를 결정하는 조문으로 해석할 수는 없는바, 이 사건 처분은 위 법률조항의 입법취지를 오해한 것이다.

(라) 가사 원고의 철도시설관리권의 취득이 이 사건 시설자산과 대가관계가 있다고 하더라도, 피고는 매입세액 불공제 대상을 원고의 내규에 규정된 바에 따라 가액 100만 원 이상 내용연수 3년 이상을 기준으로 설정하였던바 이는 법령에 근거 없는 자의적인 기준설정이라 할 것이어서 조세법률주의에 반한다.

(2) 피고의 주장

원고가 철도시설관리권에 의하여 징수할 수 있는 선로사용료는 30년간 상환 및 발생할 유지보수비 총액, 부채원금 총액, 이자상환액 총액으로 등록되어 있고, 원고가 유지보수비 명목으로 지출하는 금액도 철도시설관리권 설정에 포함되어 있는바, 원고가 유지보수비의 집행으로 취득한 이 사건 시설자산은 국가에 귀속되어야 할 철도시설로서 철도시설관리권과 대가관계에 있으므로 이는 국가에 유상으로 공급된 재화라고 보아야 하고, 또한 이 사건 시설자산이 경부고속철도 1단계 사업 완료 후 주된 공사의 연장으로 행하여진 보완공사에 의하여 취득하여 고속철도시설의 일부분을 구성하고 있으며, 그 내용을 보면 철도산업발전기본법상 국유화하여야 할 철도자산에 해당하여 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호에 의하여 면세이므로 이 사건 시설자산의 취득비용 상당의 매입세액은 공제받을 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정되는 사실관계

(1) 정부의 철도산업 구조개혁 시책에 따라서 철도청과 고속철도건설공단이 기존에 소유하거나 건설 중 또는 취득 예정인 철도자산은 운영자산, 시설자산, 기타자산으로 구분하여, 운영자산은 한국철도공사에 권리와 의무가 포괄승계 되고, 국토해양부장관은 철도청의 시설자산, 기타자산을 이관 받았으며 철도청이 건설 중인 시설자산, 고속철도건설공단이 건설 중인 시설자산 및 운영자산 고속철도건설공단의 기타자산에 관한 권리의무는 모두 원고에게 포괄승계 되었다. 그에 따라 원고는 철도시설의 관리권자로서 위와 같이 건설 중인 시설자산 및 운영자산을 완공하는 업무 등을 포함하여 철도시설의 건설사업을 영위하여 왔다.

(2) 그런데 원고는 위와 같이 철도자산을 포괄승계 받는 과정에서 철도자산과 관련된 철도부채 중 시설부채도 포괄승계 되었고, 그 시설부채의 원리금상환을 위하여 2004. 3. 31. 철도산업발전기본법 제26조에 기하여 한시적으로 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 특수한 물권인 철도시설관리권을 국토해양부장관으로부터 설정 받았다(이하 "이 사건 철도시설관리권"이라고 한다). 이 사건 철도시설관리권의 설정 및 변경 내역은 다음과 같은바, "철도시설관리권에 의하여 징수할 사용료 금액"은 30년의 시설관리권 존속기간 중 발생하는 원고의 부채 및 이자상환 액, 유지보수비의 각 총액에 시설관리권의 대상이 된 자산의 이관비율 및 유지보수가 필요한 자산의 비율을 적용하여 결정된 금액이다.

(3) 원고는 이 사건 철도시설관리권에 근거하여 2005. 4. 26.부터 매년 한국철도공사와 사이에 고속철도의 선로 등을 제공하되 그에 대한 선로사용료를 징수하는 내용의 "고속철도 선로 등 사용계약"을 체결하였다. 그에 따라 원고는 철도시설의 관리자로서 한국철도공사로 하여금 선로 등을 정상적으로 사용할 수 있도록 유지보수 해야 할 의무를 부담하였고, 그 의무를 이행하기 위해서 원고는 별도로 매년 한국철도공사와 사이에서, 원고의 철도시설 유지보수 업무(기존 철도시설의 현상유지 및 성능향상을 위 한 점검 ・ 보수 ・ 교체 ・ 개량 등 일상적인 활동으로 하되, 대규모 시설 개량 및 구조적 검토가 필요한 업무는 상호 협의하여 시행)를 한국철도공사에 위탁하고 그 유지보수비용을 지급하기로 하는 내용의 "고속철도시설의 유지보수 위 ・ 수탁계약"을 체결하였다.

(4) 한편 위 고속철도 선로 등 사용계약에 기하여 한국철도공사가 원고에게 지급하여야 할 선로사용료는 경부고속철도 운영수입의 31%로 하되, 위 고속철도시설의 유지보수 위 ・ 수탁계약에 의하여 정산할 유지보수비가 변동될 경우 선로 등 사용료도 변동된 유지보수비와 같은 금액으로 하기로 약정함으로써 원고가 징수하여 할 사용료금액은 한국철도공사에게 지급할 유지보수비용과 대등액에서 상계하여 서로 세금계산서만 주고받았다.

(5) 원고와 한국철도공사 사이의 고속철도시설 유지보수 위 ・ 수탁계약에 의하면, 한국철도공사가 유지보수를 함에 있어 시설자산이 증가하는 경우 이를 원고의 재산으로 취득하도록 원고에게 필요한 서류를 제출하기로 약정하였다. 그에 따라 원고가 위 고속철도시설의 유지보수 위 ・ 수탁계약에 기하여 2005년부터 2007년까지 한국철도공사에 지급한 유지보수비 및 유지보수 과정에서 증가한 시설자산(원고의 내규에 따라 가액 100만 원 이상, 내용연수 3년 이상의 자산) 취득현황은 별지 '고속철도 유지보수비 지급 및 자산취득현황'표 기재(취득금액 : 2005년 제1기 7,527백만 원, 2005년 제2기 31,792백만 원, 2006년 제1기 5,717백만 원, 2006년 제2기 52,935백만 원, 2007년 제2기 3,867백만 원)와 같고, 구체적으로는 전기분소, 기계실 등 신축건물, 신호검측설비, 전철보수용 모터카 등 기계 ・ 장비, 콘크리트포장, 낙하 방지망, 계단, 안전울타리 등 노반시설, 변전설비, 원격진단장치 등 전력설비, 자동식 교환 장치, 광전송장치 등 통신 설비, 전기전철기, 케이블 등 신호설비, 냉난방기 등 집기비품이 이 사건 시설자산에 속한다.

(6) 이러한 시설자산은 향후 국토해양부의 승인절차를 거쳐 국가에 귀속될 예정이고, 원고는 위와 같은 시설자산 493건 78,091백만 원 상당을 취득 ・ 관리하지 않았다는 이유로 2006. 7. 27. 감사원으로부터 감사지적을 받았다.

(7) 원고는 피고의 세무조사가 시작되자 2008. 8. 8. 국토해양부장관에 대하여 원고가 한국철도공사에 유지보수비를 지출하여 취득한 이 사건 시설자산이 철도시설관리권의 설정대상인지 여부에 관하여 질의하였고, 이에 대하여 국토해양부장관은 "원고가 한국철도공사에 위탁시행하고 있는 고속철도 유지보수와 관련하여 별도의 유지보수비 증액이 수반되지 않는 고속철도 유지보수로 인한 자산증가분의 국가귀속은 철도시설관리권 설정과는 직접적인 관련이 없는 것으로 판단된다"는 취지의 회신을 한 바 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 본 각 증거, 갑 제8호증 내지 갑 제11호증, 갑 제13 호증, 을 제3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 관계 법령의 검토

(가) 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 사업자가 납부하여야 할 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하여 사업자의 매입세액에 대한 공제를 원칙으로 하고 있고, 같은 법 제12조에서는 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화와 용역을 비롯하여 일부 품목에 대해서만 한정적으로 부가가치세를 면제하고 있다.

한편 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호는 "원고가 철도산업발전기본법 소정의 철도시설을 국가에 귀속시키고 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 공급하는 철도시설에 대하여는 부가가치세를 면제한다"고 규정하고 있다. 본래 구 부가가치세법 (2004. 12. 31. 법률 제7318호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제19호의 규정에 따르면, 국가 등에 무상으로 공급하는 재화나 용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는데, 원고가 철도산업발전기본법의 제정에 따라 국가에 철도시설을 귀속시키고 철도시설관리권을 설정 받게 되자 철도시설의 귀속과 철도시설관리권은 대가관계 있는 재화의 유상공급에 해당하게 된다고 보게 되었고, 그러한 전제하에 국가귀속 단계에서 원고가 철도시설에 대하여 부가가치세를 부담하게 되자, 종전과 같이 고속철도 건설단계에서는 부가가치세를 부담하고, 국가에 귀속단계에서는 부가가치세를 면제하며, 운영단계에서는 부가가치세를 부과하는 것이 적절하다는 입법자의 판단에 따라 국가 귀속 단계에서 원고의 부가가치세 부담을 줄이도록 하기 위하여 위와 같이 조세제한특례법 제106조 제1항 제7호를 규정하게 된 것이었다. 그런데 위와 같은 철도시설관리권의 설정시기에 대하여 구 철도산업발전기본법 부칙(법률 제6955호 2003. 7. 29.) 제2조 제3항에서 국토해양부장관은 고속철도가 완성되어 원고가 시설자산을 국가에 귀속시키는 때에 원고에게 철도시설관리권을 설정한다고 명문으로 규정하였다.

(나) 구 철도산업발전기본법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제20조, 제23조는 철도산업의 구조개혁을 추진함에 있어 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 하고 있으나, 국가는 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로서 원고를 설립하고, 원고는 철도자산처리계획에 의하여 철도청이 건설 중인 시설자산 등에 관한 권리 ・ 의무를 포괄승계 하며, 철도청장 또는 고속철도건설공단 이사장이 철도자산의 인계 ・ 이관 등을 하고자 하는 때에는 국토 해양부장관(당시 건설교통부장관)의 승인을 거쳐야 한다고 규정하고 있을 뿐, 원고가 철도산업의 구조개혁과 관련하여 당초 포괄승계 받은 자산 이외의 자산을 새로이 취득하는 경우에 그 소유관계 및 이관에 관하여는 명시적으로 규정하고 있지는 않다.

(다) 한편 이 사건 철도시설관리권은 앞에서 본 바와 같이 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리로서, 구 철도산업발전기본법 제26조, 제27조에 근거한 것인데, 위 조문들은 철도시설관리권은 물권으로 보며, 구 철도산업발전기본법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법 중 부동산에 관한 규정을 준용한다고 규정하고 있다.

(라) 위와 같은 각 법률의 규정에 비추어 보면, 철도시설은 당연히 국가에 귀속되는 것이 아니라 "원칙적"으로 국가에 귀속하여야 한다는 전제 아래 원고 등은 자신이 보유한 철도시설을 국가에 인계 ・ 이관함으로써 국가에 최종적으로 귀속된다고 봄이 상당하다. 또한 원고가 국가로부터 설정 받은 이 사건 철도시설관리권은 고속철도가 완성됨을 전제로 위와 같이 원고가 철도시설을 먼저 국가에 귀속시키거나 적어도 철도시설을 국가에 귀속시킴과 동시에 설정 받는 일종의 물권이라고 할 것인데, 이 사건 철도시설관리권의 취득 대가로서 국가에 제공된 철도시설에 대하여는 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호에 따라 부가가치세가 면제되므로 그와 관련된 매입세액은 면세거래에 제공된 재화에 대한 것으로서 매입세액이 불공제된다고 할 것이다.

반면에, 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 할 것인데(대법원 1984. 6. 26. 선고 83누680 판결 등 참조), 앞에서 본 바와 같이 철도시설의 국가에 대한 귀속단계에서 부가가치세를 면제하고, 운영단계에서는 부가가치세를 부과한다는 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호의 입법취지에 비추어 보면, 이 사건 시설자산이 당초 원고의 이 사건 철도시설관리권의 취득을 위하여 국가에 제공된 자산이 아니라면, 단지 이 사건 시설자산이 앞으로 면세거래로서 국가에 귀속될 예정이라거나 이미 국가에 귀속된 철도자산과 일체를 이루어 이용되고 있다는 이유만으로 곧바로 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 국가에 공급한 철도시설로 볼 수는 없다고 할 것이다. 따라서 이러한 경우에는 부가가치세법의 일반원칙에 따라서 이 사건 시설자산은 철도시설의 운영단계에서 부가가치세 과세사업인 위 철도시설관리권에 터잡아 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수하는 원고의 철도사용료 징수사업에 제공된 자산으로서 관련 매입세액은 원고의 매출세액에서 공제되어야 한다고 봄이 상당하다.

(2) 판단

(가) 이 사건 시설자산이 이 사건 철도시설관리권의 취득을 위하여 국가에 귀속시킨 자산에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 앞에서 본 사실관계에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉 ① 철도산업발전기본법 부칙 제2조 제3항은 고속철도의 완성을 전제로 철도시설관리권이 설정된다고 규정하고 있는데, 원고가 2004. 4. 1. 이 사건 철도시설관리권을 설정 받은 이상 그 당시에 고속철도는 완성되었다고 보아야 하고, 따라서 그 이후인 2005년부터 2007년까지 증가된 이 사건 시설자산이 취득과 동시에 2004. 4. 1.자로 소급하여 국가에 귀속되어 철도시설관리권 설정대상이 되었다고 보기는 어려운 점,② 앞에서 본 각 법령에 비추어 보면, 원고가 철도시설관리권의 설정 내역에 포함되어 있는 유지보수비의 집행으로 이 사건 시설자산을 취득하였다고 하더라도 곧바로 그 자산이 국가의 소유로 되는 것은 아니고, 관련 부서 장관의 승인을 받아 국가에 자산을 이관 ・ 인계하는 별도의 행위가 있어야 국가의 소유가 된다고 봄이 상당하므로(그와 같은 취지에서 감사원도 원고로 하여금 이 사건 시설자산을 원고의 자산으로 관리하도록 지적하였던 것으로 보인다), 이 사건 시설자산이 취득과 동시에 이 사건 철도시설관리권이 설정된 2004. 4. 1.자로 소급하여 원고의 철도시설관리권 취득에 기여하였다고 볼 수는 없는 점 ③ 철도시설관리권은 물권의 성격을 갖는 것으로서 물권은 직접적, 배타적 특성으로 말미암아 특정의 독립한 물건을 객체로 하여 설정 되는 것이고, 또한 원고의 이 사건 철도시설관리권도 2004. 3. 31.자 및 2004. 12. 31. 자로 국가에 인계한 고속철도시설자산에 대하여 철도시설의 신설 ・ 개량에 투자된 비용을 산정하여 등록되었을 뿐, 향후 증감 변동하는 시설물(집합물) 전체를 포괄적으로 철도시설관리권의 대상으로 삼고 있지는 않으므로, 이 사건 과세기간 동안 증가된 이 사건 시설자산이 당연히 철도시설관리권의 객체가 되었다고 볼 수 없는 점,④ 또한 철도시설관리권에 기하여 원고가 징수할 사용료의 총액은 원고의 부채 및 이자상환액, 유지보수비의 각 총액에 시설관리권의 대상이 된 자산의 이관비율 및 유지보수가 필요 한 자산의 비율을 적용하여 결정되는 것인바, 위와 같이 철도시설관리권의 효과로 나 타나는 사용료징수권은 원고의 자산이관비율에 따라 변동되는 것이므로 국가에 귀속되지 아니한 이 사건 시설자산을 현재의 철도시설관리권의 객체로 볼 수도 없는 점,⑤ 원고가 철도시설사용권에 터잡아 한국철도공사에 선로를 제공하고 그 사용료를 징수하는 사업은 부가가치세 과세사업임이 명백하고, 그 반대급부로 선로 등의 유지보수의무를 이행하는 과정에서 선로사용료를 지출하여 취득한 이 사건 시설자산이 피고의 주장처럼 철도산업발전기본법 제3조 제2호에 의한 철도시설에 해당하여 향후 국가에 귀속 될 예정이라고 하더라도 과세사업과 관련하여 매입한 것으로 봄이 상당한 점,⑥ 본래 이 사건 철도시설관리권은 원고가 철도자산에 대한 권리의무를 포괄적으로 승계 받아 기존의 철도시설부채도 부담하게 되었기 때문에 선로 등 사용료를 징수함으로써 한시 적으로 채무를 보전할 수 있도록 하였던 것인바, 원고의 철도시설관리권 취득 이후에 시설설치에 소요된 비용의 출처나 취득경위가 다르게 증가된 자산까지 철도시설관리권 의 대상으로 삼아야 할 필요나 의사가 있었던 것으로 볼 수도 없는 점(국토해양부장관 은 시설자산의 증가분과 국가귀속은 철도시설관리권의 설정과 직접적인 관련이 없는 것으로 판단된다는 의견을 밝힌 바 있다), ⑦ 원고가 철도시설관리권에 기하여 한국철도공사로부터 선로사용료를 징수할 수 있지만, 실제로는 한국철도공사에 대한 위 선로 사용료 징수채권과 위 유지보수비 지급채무가 대등액으로 연동하도록 하고 이를 상계함으로써 실질적으로 이 사건 시설자산은 부가가치세 과세사업인 철도시설사용료 징수 사업의 과정에서 그 대가로 취득한 것으로 보고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 시설자산은 국가에 귀속된 철도시설로 볼 수 없고, 더욱이 그 귀속의 대가로서 원고가 이 사건 철도시설관리권을 취득하였다고 볼 수도 없다.

(나) 결국 이 사건 시설자산은 원고가 철도시설관리권에 터잡아 한국철도공사에 선로사용료를 징수하는 과세사업을 영위하는 과정에서 별도로 취득한 것으로서, 피고의 주장처럼 이 사건 시설자산이 원고의 철도시설관리권의 취득을 위하여 그 대가로서 국가에 귀속된 자산으로 볼 수는 없다고 할 것이다. 따라서 피고가 이 사건 시설자산을 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 소정의 면세거래에 제공된 재화로 보아서 원고의 매출세액에서 그 매입세액 상당을 불공제하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.