2. 피고가 2010. 1. 14. 원고에 대하여 한 2001년도 1기분 부가가치세 OOOO원, 2001년도 2기분 부가가치세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 건물 신축공사의 진행

" 1) 원고는BB빌딩'이라는 상호로 부동산 신축 및 매매업을 하는 사업자로서 총 연면적이 일정 규모 이상일 경우 종합건설업 면허가 없으면 건축공사를 시행할 수 없는 규제를 피하기 위하여 주식회사 CC종합건설(이하소외 회사'라 한다)의 명의를 빌려 자신이 직접 OO시 OO구 OO동 1039-7과 같은 동 1309-8의 2필지 대지 면적 합계 523.2㎡ 지상에 연면적 1,708.05㎡인 건물(이하이 사건 건물'이라고 하고, 위 대지와 이 사건 건물을 통틀어이 사건 부동산'이라고 한다)의 신축공사를 진행하기로 하였다.", " 2) 이에 따라 원고는 2001. 5. 28. 소외 회사와 사이에, 원고가 소외 회사에 이 사건 건물을 공사대금 OOOO원(공급가액 OOOO원, 부가가치세 OOOO원)에 도급하되, 착공일은 2001. 6. 5., 준공일은 2001. 12. 10.로 약정한 것처럼 형식적인 도급계약서(이하이 사건 도급계약서'라고 한다)를 작성하였다.", 3) 원고는 이 사건 건물의 신축공사의 대부분을 직접 하도급 공사업체들을 선정하여 시행하면서도, 도급인 명의를 소외 회사로 하여 하도급계약을 체결하고, 공사대금은 소외 회사 명의로 입금하는 방식으로 지급하였다.

4) 원고는 2001. 6. 5.부터 2001. 6. 30.까지 소외 회사의 농협 계좌로 6회에 걸쳐 OOOO원을 송금하였는데, 그 중 OOOO원은 지급된 직후 또는 1~3일 이내에 원고 또는 원고의 처 신CC의 은행계좌로 이체되거나 수표로 출금되었다.

나. 원고의 매입세액 신고와 양도

" 1) 원고는 소외 회사로부터 공급가액 합계 OOOO원인 각 세금계산서(2001년도 1기분 합계 OOOO원, 2001년도 2기분 합계 OOOO원, 이하이 사건 세금계산서'라고 한다)를 수취하여 2001년도 1, 2기분 부가가치세 신고시에 이를 매입세액으로 공제하여 해당 분기별 부가가치세를 신고하였다.", 2) 원고는 2001. 10. 30. 김DD에게 신축한 건물과 대지를 OOOO원에 매도하였으나 매매가액을 OOOO원(토지가액 OOOO원, 건물가액 OOOO원, 건물분 부가가치세 OOOO원)으로 줄여 종합소득세 및 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고의 과세처분

1) 김DD에 대한 세무조사를 통해 실제 매매가액을 파악하는 과정에서 원고에 대한 조사의 필요성이 있다고 판단하여 피고는 2009. 2. 9.부터 2009. 2. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고 그 과정에서 원고와 소외 회사 사이에 작성된 공사도급계약서 및 이 사건 세금계산서가 허위로 작성된 것으로 보고 2009. 3. 26. 원고에게 그에 따라 2001년도 제1, 2기분 부가가치세를 경정하여 부과하겠다고 통보하였다.

" 2) 원고가 2009. 4. 28. 이에 불복하는 내용의 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 이를 기각하고 2010. 1. 14. 원고에게 2001년도 1기분 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함), 2001년도 2기분 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)을 각 경정・부과하였다(이하이 사건 처분'이라고 한다).", 라. 원고의 불복

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 1. 21. 이의신청을 제기하였으나 기각되었고, 2010. 8. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2011. 6. 29. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3 내지 7, 9 내지 30호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 중 부과제척기간의 도과 주장에 대한 판단 부분인 2.의 다.항을 아래와 같이 고쳐쓰는 외에는 제1심 판결 이유의 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

나. 고쳐쓰는 부분

다. 부과제척기간 도과 주장에 대하여

(1) 원고의 주장

원고는, 소외 회사와 형식상의 도급계약서를 작성하고 공사대금을 입금한 후, 소외 회사가 납부하여야 하는 부가가치세액 등을 제외한 나머지 대금을 돌려받아 직접 하도급 업체에 공사대금으로 지급하였기에, 원고가 사기 기타 부정한 방법을 조세를 포탈한 것은 아니므로 이에 대한 과세처분에는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분은 부과제척기간 5년을 지난 후 이루어진 것이어서 무효라는 취지로 주장한다.

(2) 판단

" (가) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세 ・ 증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'으로 규정하는 한편, 제1호에서납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ・ 공제받는 경우'에는당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'으로 하도록 규정하고 있는바, 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ・ 공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고 ・ 납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고 ・ 납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다.", (나) 이 사건의 경우, 앞서 인정한 사실들과 갑 제4, 6호증, 제14호증의 2, 을 제33, 34, 35호증의 각 기재에 의하여 인정되는 사실들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, ① 원고는 세무조사과정에서, 일정 규모 이상의 건축공사는 종합건설업 면허를 가진 업체의 도급계약서를 첨부해야 건축허가를 받을 수 있어 소외 회사와 허위의 도급계약서를 작성하고 종합건설업 면허를 빌리게 되었고, 이에 관한 부가가치세 OOOO원과 법인세 OOOO원을 모두 지급했다는 취지의 주장을 한 점, ② 실제로 원고는 소외 회사의 예금계좌로 6회에 걸쳐 OOOO원 가량을 송금하였고 그 중 OOOO원 가량만을 반환받은 점, ③ 원고는 이 사건 도급계약서상 준공일 2001. 12. 10.부터 한 달여 전인 2001. 10. 30. 이 사건 건물 및 대지를 김DD에게 OOOO원에 매도하였는데, 피고는 세무조사 과정에서 매매대금 OOOO원 중 OOOO원은 원고의 계좌에 입금되었고, OOOO원은 원고가 은행 대출금 상환 명목으로 현금으로 수령한 사실을 밝혔으나, 나머지 수표 OOOO원 가량에 대해서는 그 사용처를 밝히지 못한 점, ④ 원고가 소외 회사의 계좌로 지급한 OOOO원 가량, 김DD로부터 받은 매매대금 중 사용처가 밝혀지지 않은 OOOO원을 합한 OOOO원과 원고가 소외 회사에게 지급했다고 주장하는 OOOO원은 소외 회사의 명의대여료를 감안하면 금액상 서로 근접한 점, ⑤ 동수원세무서에서 소외 회사에 대한 부가가치세 조사를 실시하였는데 원고와의 거래에 대해서는 조사가 이루어지지 않은 점, ⑥ 소외 회사의 2001년 귀속 부가가치세 미납액이 OOOO원 가량에 이르러 중부지방국세청 및 동수원세무서에서 소외 회사를 2001. 7. 1.부터 2003. 6. 30.까지의 기간 중 건설업면허 대여 및 세금계산서 교부의무위반 등으로 관계 기관에 고발하였으나 소외 회사에 대하여 형사처벌이 이루어진 것으로 보이지는 않는 점 등을 종합하면, 원고는 소외 회사에 이 사건 건물의 신축과 관련한 부가가치세와 법인세를 지급하였을 가능성이 높다고 할 것이다. 그러므로 원고로서는 소외 회사가 이 사건 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고 ・ 납부하거나 또는 이 사건 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고 ・ 납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 결국, 이 사건 처분에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 10년의 부과제척기간이 적용된다고 할 수 없고 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

(다) 따라서 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것임이 역수상 명백하여 무효이고, 무효인 이 사건 처분에 대하여 무효 확인을 구하는 취지로서 그 취소를 구하는 것도 허용되므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.