2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 6. 4.부터 ○○시 ○○구 ○○동 000-00 소재 ○○○○시장에서 원단 및 원사의 도ㆍ소매업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 피고는 원고에 대하여 자료상 추적조사를 실시한 결과 원고가 2004년 제2기와 2005년 제1기의 과세기간에 ○○실업 등 22개의 업체(이하 '이 사건 매출처'라 한다)에 대하여 발행한 공급가액 합계 963,258,000원의 매출세금계산서 및 (주)○○ 등 7개 업체(이하 '이 사건 매입처'라 하고, 이 사건 매출처 및 매입처를 통틀어 '이 사건 거래처'라 한다)로부터 수취한 공급가액 합계 1,050,412,000원의 매입세금계산서(이하 원고가 이 사건과 관련하여 발행하거나 수취한 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 실물거래가 없었던 것으로 인정하였는바, 당시 피고가 가공거래로 본 원고의 각 거래처별 거래금액의 내역은 다음과 같다.

[매입처별 거래금액]

매입처 인적사항

과세기간 분

거래금액(천원)

상호

업종

○○TEX

제조/의류

2005년 제1기

150,000

(주)○○

제조/의류

2004년 제2기

233,488

○○섬유

도매/무역

2004년 제2기

141,388

(주)○○○○○

도매/의류

2004년 제2기

52,271

○○○○○○(주)

도매/의류

2004년 제2기

134,500

(주)○○○○○○

제조/직물

2004년 제2기

80,001

○○무역

도매/무역

2005년 제1기

184,329

[매출처별 거래금액]

매출처 인적사항

과세기간분

거래금액(천원)

상호

업종

○○산업

제조/의류부자재

2004년 제2기

30,015

○○○유니폼

제조/의류

2004년 제2기

10,010

○○라벨

제조/의류부자재

2004년 제2기

30,019

2005년 제1기

35,033

○○산업

제조/라벨

2004년 제2기

17,000

○○산업

제조/세포직물

2004년 제2기

33,740

2005년 제1기

35,031

○○산업

제조/라벨

2004년 제2기

50,016

2005년 제1기

50,146

○○인쇄산업사

제조/옵션인쇄

2004년 제2기

15,010

○○텍스타일

도매/원단

2004년 제2기

8,000

(주)○○종합상사

의류부자재

2004년 제2기

24,006

○○실업

제조/수예품

2004년 제2기

216,060

○○상사

제조/의류부자재

2004년 제2기

35,013

○○○(구 ○○상사)

도소매/의류부자재

2005년 제1기

20,012

○○코퍼레이션

도매/의류부자재

2004년 제2기

40,010

2005년 제1기

77,065

○○상사

도매/의류부자재

2004년 제2기

67,022

2005년 제1기

77,065

○○어패럴

도소매/의류부자재

2005년 제1기

30,010

○○○

제조/의류임가공

2004년 제2기

40,014

○○

도소매/의류부자재

2004년 제2기

50,006

다. 이에 피고는 2006. 3. 8. 원고 및 그 대표이사인 이○○을 자료상으로 고발하는 한편, 2006. 4. 1. 원고에게 원고가 이 사건 매입처로부터 수취한 세금계산서를 근거로 한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 여기에 이 사건 세금계산서가 허위로 작성되었다는 등의 사유로 인한 가산세를 포함하여 아래와 같이 2004년 제2기분 부가가치세 7,679,040원 및 2005년 제1기분 부가가치세 16,270,430원을 각 경정ㆍ고지(이하'이 사건 각 부과처분'이라 한다)하였다.

[2004년 제2기분 부가가가치세 경정내역] (단위:원)

과세표준

매출세액

매입세액

차가감계

기납부세액

가산세

부과내역

신고

672,226,600

67,222,660

61,470,172

5,752,488

6,430,646

678,158

경정

6,285,600

628,560

86,100

542,460

6,430,646

13,567,228

7,679,040

과세표준

매출세액

매입세액

차가감계

기납부세액

가산세

부과내역

신고

432,447,600

43,244,760

43,823,870

-579,110

-579,110

경정

135,130,600

13,513,060

166,770

13,346,290

-579,110

2,345,037

16,270,430

[2005년 제1기분 부가가치세 경정내역] (단위:원)

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제6호증의 2, 을 제1호증의 1 내지 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 가공거래가 아닌 실물거래를 하면서 이 사건 세금계산서를 발행하거나 수취하였던 것임에도 이와 달리 보고 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 피고는 원고의 위 과세기간 동안의 매입처 중 (주)○○, (주)○○○○○, ○○○○○○(주), (주)○○텍스타일 등 4개 업체로부터 교부받은 세금계산서에 대하여 위 업체들이 이미 자료상으로 고발된 업체라는 등의 이유로, ○○TEX, ○○섬유, ○○무역 등 3개 업체로부터 교부받은 세금계산서에 대해서는 위 업체들이 원고로부터 대금을 입금 받은 즉시 이를 현금으로 출금하였다는 이유로 허위의 세금계산서로 각 인정하였다.

(2) 또한 피고는 원고의 위 과세기간 동안의 매출처 중 ○○산업, ○○○유니폼, ○○라벨, ○○산업, ○○산업, ○○산업, ○○인쇄산업사, ○○텍스타일, (주)○○종합상사에게 교부한 세금계산서에 대하여는 위 업체들이 매출대금을 원고의 계좌에 입금하였던 내역을 조사한 결과 원고의 영업부장인 김○○이 원고의 사업장에 인접한 ○○시 ○○구 ○○동 소재 ○○새마을금고에서 위 각 매출처의 명의로 직접 입금전표를 작성하여 무통장입금을 한 사실이 밝혀졌다는 등의 이유로, ○○상사 및 ○○○에게 교부한 세금계산서에 대하여는 위 업체들이 사업주들이 원고와의 거래가 실물거래 없이 이루어진 것이라는 점을 시인하였다는 등의 이유로, ○○상사 및 ○○어패럴, ○○○, ○○에게 교부한 세금계산서에 대하여는 매출대금이 현금 입금되는 즉시 곧바로 인출되었다는 이유로, ○○실업에게 발행한 세금계산서에 대하여는 매출대금이 입금되면 곧바로 피고가 자료상으로 인정하는 (주)○○ 및 ○○섬유 명의의 각 계좌로 송금되었다는 등의 이유로, ○○코퍼레이션에게 발행한 세금계산서에 대하여는 원고가 매출대금을 입금 받아 같은 날 다시 동일계좌로 송금하였다는 등의 이유로 허위의 세금계산서라고 각각 인정하였다.

(3) 원고의 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 (주)○○○○○사람들로부터의 매입액 52,271,000원, ○○○○○○(주)로부터의 매입액 134,500,000원, (주)○○텍스타일로부터의 매입액 80,001,000원과 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 중 ○○TEX로부터의 매입액 150,000,000원 및 ○○무역으로부터의 매입액 184,329,000원 중 100,000,000원에 대하여는 위 업체들이 부가가치세를 신고할 당시 원고에 대한 매출액으로 신고한 바가 없다.

(4) 피고의 원고에 대한 세무조사내역이 나타난 '자료상조사 종결복명서'(을 제3호 증의 1) 및 그에 첨부된 각 금융거래내역(을 제3호 증의 2 내지 4)의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 매입처에 대금을 지급할 목적으로 사용한 ○○은행 계좌(0000-00-000000) 및 ○○은행 계좌(000-000000-00000)에 현금이 입금되면 그 즉시 동액 상당의 금원이 당해 매입처의 계좌에 폰뱅킹으로 송금된 내역이 확인되었고, 또한 원고가 이 사건 매출처로부터 대금을 지급받기 위한 용도로 사용된 ○○은행 계좌(000-000000-00-000)에도 위 매출처로부터 대금을 지급받은 즉시 현금이 출금된 사실을 확인할 수 있다.

(5) 한편, 피고의 고발에 의하여 개시된 수사절차에서 서울중앙지방검찰청 검사는 2006. 6. 23. 원고 및 그 대표이사 이○○에 대하여 증거불충분을 이유로 각 '혐의 없음'의 처분을 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 을 제3호증의 1 내지 을 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조).

그러므로 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 허위의 세금계산서인지 여부에 관하여 보건대, 위 인정사실에 나타난 바와 같이, ① 원고 및 그 대표이사인 이○○이 허위의 세금계산서를 수취하거나 발행하여 조세범처벌법을 위반하였다는 혐의로 고발되었으나, 2006. 6. 23.자로 각 '혐의 없음'의 불기소처분을 받았던 점, ② 이 사건 세금계산서의 거래금액에 상응하는 대금이 원고나 그 거래처의 계좌에 실제로 이체되거나 송금되었던 것으로 보이는 점, ③ 한편, 원고 또는 거래처의 계좌에 입금된 금액이 그 직후에 바로 출금되거나 이체되었던 것으로 보이기는 하나, 원고가 이 사건 매출처로부터 지급받은 금원을 다시 위 매출처에 지급하였다거나 이 사건 매입처의 계좌에 입금한 금원을 다시 위 매입처로부터 지급받았다는 점이 추가적으로 입증되지 아니한 이상 그러한 사정만으로 원고와 이 사건 거래처 간의 입출금 내역이 대금결제를 가장한 허위의 것이라고 단정하기는 어려운 점, ④ 원고가 이 사건 매출처로부터 입금 받은 내역 중 일부가 원고의 영업부장인 김○○이 당해 매출처의 명의로 직접 입금하였다는 점이 밝혀졌다는 사정만으로는 원고와 위 매출처 간의 거래가 실질거래가 아닌 것으로 단정하기 어려운 점, ⑤ 원고와 거래를 한 일부 매입처들에 대하여 피고가 자료상으로 인정하여 고발하였다는 사정만으로는 위 매입처들이 100% 자료상인 것으로 보기 어려울 뿐 아니라, 피고가 위 매입처들을 자료상으로 고발하였다는 내용 중에 원고가 위 매입처로부터 교부받은 세금계산서에 관한 부분이 실제로 포함되었는지 여부도 확인되지 않고 있는 점 등 변론에 나타난 제반 사정을 종합하면, 앞서 인정한 (1) 내지 (4)의 사실만으로는 원고가 이 사건 매출처에 발행하거나 이 사건 매입처로부터 수취한 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 사실과 다른 허위의 것이라고 인정하기에 부족하고, 그 밖에 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라고 볼 만한 증거가 없다.

3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 부문과 같이 판결한다.

관계법령

○ 구 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제17조납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사동될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경위의 매입세액, 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제21조결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 제22조가산세

② 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 , 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

④ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때. 끝.