2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 2. 11. 원고에 대하여 한 취득세 52,209,310원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 2006. 5. 10. 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘간접투자법’이라 한다)에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 관련 법령에 따라 허용되는 다른 회사의 주식 또는 지분 등에의 투자, 관련 법령상 허용되는 부동산, 금전채권, 부실채권 등 기타 자산에 대한 투자 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 1) 원고는 주식회사 HK상호저축은행의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 위 HK상호저축은행의 주식 7,676,395주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 위 HK상호저축은행의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다.

2) 한편 2009. 6. 30. 기준으로 한 원고의 자산총액은 204,480,982,462원이고, 그 중 자회사인 위 HK상호저축은행의 주식은 164,819,778,779원으로서 원고 자산총액의 80.6%를 차지하였다.

다. 1) 원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득과 관련하여 지방세법 제22조 제2호 , 같은 법 제105조 제6항 의 규정에 의해 원고는 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당하는 것으로 보아, 위 HK상호저축은행 소유의 대전 대덕구 신탄진동 (지번 생략) 토지 및 그 지상 건물에 대한 취득세 52,209,310원을 신고·납부하였다.

2) 그런데 원고는 2009. 9.경 종전의 입장을 바꾸어 “이 사건 주식의 취득이 과점주주에 대한 취득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호 , 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조 에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상에 해당한다“고 주장하면서, 피고에게 위와 같이 자진신고·납부한 취득세의 환급을 신청하였다.

라. 이에 피고는 원고가 공정거래법에 의한 과점주주로서 취득세 납부의무가 없다고 보아 위 취득세를 환급하였으나, 2009. 12. 16. 행정안전부는 피고에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 취지의 세정 운영기준을 통보하였고, 위 통보에 따라 피고는 2010. 2. 11. 원고가 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 취득세 52,209,310원을 다시 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 그로 인하여 비록 위 HK상호저축은행의 과점주주가 되었다고 하더라도, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 에 따라 취득세가 면제되어야 한다.

2) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라고 한다) 제276조 제1항 은 투자목적회사에 대하여 공정거래법을 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 공정거래법상 규제를 적용하지 않겠다는 취지이지 공정거래법상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 는 공정거래법에 의한 지주회사가 되면 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하는 원고에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 할 것이다.

3) 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 지주회사와 투자목적회사에 대한 관련 법령의 규율

가) 지주회사와 취득세 특례

지방세법 제105조 6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주에게 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세납부의무를 부과하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 는 공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 지방세법 제22조 제2호 에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항 에 따른 취득세납부의무를 면제하는 특례규정을 두고 있다.

한편, 정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 않았다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화하기에 이르렀다. 그리고 정책당국은 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조세특례제한법에 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하게 되었다.

현행 공정거래법에 의하면 ‘지주회사’라 함은 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 그 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우를 말하고( 공정거래법 제2조 제1의2 , 같은 법 시행령 제2조 ), 제8조 에서는 지주회사의 설립 또는 지주회사로 전환할 때 공정거래위원회에 신고하도록 하여 그 절차를 감시하고 필요한 경우 시정조치를 할 수 있도록 하는 한편, 그밖에 부채비율의 제한과 자회사 지분 소유기준 및 자회사 외의 다른 회사주식 소유에 대한 제한 등과 같은 직접적인 규제와 더불어 자회사 및 손자회사에 대하여도 일정한 규제규정을 두고 있다.

나) 투자목적회사의 도입취지와 간접투자법의 규율

사모투자전문회사는 투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다( 간접투자법 제2조 , 제144조의2 , 제144조의9 , 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).

이와 같이 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급함으로써 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 도입된 것으로 간접투자법에 근거 규정을 두고 있다.

간접투자법 제144조의17(지주회사 규제의 특례) 제1항 에 의하면, 간접투자법 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 의 요건, 즉 투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다고 규정하는 한편, 제144조의17 제2항 에서는 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 신고하여야 하고, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있으며, 또한 간접투자법 제144조의7 , 제144조의8 , 제144조의9 에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있다.

2) 투자목적회사에 대한 취득세 특례의 적용 여부

가) 해석기준

원고가 이 사건 주식을 취득함으로써 지방세법 제105호 제6항 에 의하여 위 HK상호저축은행의 과점주주가 되었고 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족한 점에 대하여는 다툼이 없다. 그런데 간접투자법 제144조의17 제1항 (이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에서는 원고와 같은 투자목적회사가 일정한 요건을 갖춘 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 (이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)에서는 공정거래법에 따른 지주회사가 된 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 특례조항의 의미를 살펴 원고와 같은 투자목적회사에 대하여도 공정거래법상의 지주회사로서 이사건 면제조항을 적용할 것인지가 이 사건의 쟁점이 된다. 이러한 조세법규를 해석함에 있어서는 조세법률주의의 원칙상 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조).

나) 판단

이 사건 특례조항의 문언, 투자목적회사와 지주회사의 도입취지와 본질에 기초한 법적 지위의 동일성 여하, 금융지주회사 등 다른 관련 제도와의 체계조화성의 관점에서 본 아래의 사정을 종합하면, 원고와 같은 투자목적회사에 대하여는 이 사건 면제조항이 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 특례조항은 “투자목적회사에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 이를 기술적으로 구분하여 지주회사의 정의규정은 포함되지 아니하고 이를 제외한 나머지 행위제한규정만 포함된다고 해석하는 것은 법문에 어긋날 뿐만 아니라, 지나치게 기교적인 구분으로 보인다. 법문 그대로 지주회사의 정의규정과 행위제한규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여, 투자목적회사 등이 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하더라도 이를 지주회사로 보지 아니하고, 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 행위제한규정도 적용하지 아니하겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.

(2) 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을 활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사 등은 처음부터 간접투자법 제144조의9 제1항 제4호 에 의해 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자목적회사 등이 형식적으로 공정거래법에 의한 지주회사의 외형적 기준을 충족시킨다고 하더라도 지주회사의 취득세 면제 규정의 도입 취지에 비추어 이를 그대로 적용하기에는 부적합하다.

(3) 공정거래법 제2조 제1의2 는 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있다. 지주회사가 자회사의 지배를 목적으로 함에 반하여, 투자목적회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 취한 수단에 불과한 것이므로 공정거래법이 당초 예정한 지주회사 본래의 모습에는 본질적으로 부합하지 않는 요소가 있다.

(4) 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자목적회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지이다. 또한 간접투자법에서 투자목적회사 등에 대하여 각종 행위제한규정을 둔 것은 공정거래법과는 별도로 이러한 형태의 회사를 규율하겠다는 의미로 보아야 한다.

(5) 지주회사는 제대로 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 하므로, 공정거래법에서 정하는 형식적인 지주회사의 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다.

(6) 간접투자법 제144조의17 제3항 은 “투자전문회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다”고 규정하고 있다. 이 규정의 취지가 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지와 다르지 아니한 점에 비추어, 간접투자법 제144조의17 제3항 의 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문언을 이 사건 특례조항 소정의 ‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’의 의미와 동일하게 보는 것이 자연스러운 해석이다. 만일 이와 같이 해석하지 않고 투자전문회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석한다면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 이 사건 면제조항의 문언상 투자전문회사 등이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 면제되고 금융지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 과세되는 결과에 이르게 된다. 그러나 투자전문회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점에 비추어 보더라도 그와 같은 해석은 부당하다.

(7) 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자목적회사라는 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 않았고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다. 따라서 이 사건 면제조항은 가능한 한 관련 법규 본래의 입법취지와 목적에 맞도록 해석하는 것이 정의와 형평의 이념에 부합한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]