가. 사실관계

- 당사는 폐기물 해양배출업을 영위하는 회사로서 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 동법 시행령 제29조 제9호의 규정의 의료보건용역에 해당하지 않아 부가가치세 과세대상이라는 국세청의 지속적인 예규을 관세관청의 공적견해로 신뢰하여 축산농가(매출거래처)의 축산폐수처리용역에 대하여 부가가치세를 징수납부하여 왔으나

- 재정경제부의 질의회신(2007.6.27)에서 「해양오염방지법」 제18조 규정에 의하여 폐기물해양배출업 등록을 한 자가 축산폐수를 수집, 운반하여 이를 공해상에 해양배출처리하는 경우 축산폐수의 해양배출 처리용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 동법 시행령 제29조 제9호의 규정의 의료보건용역에 해당하여 부가가치세가 면제되는 것임을 듣게 됨

- 따라서 당사는 재정경제부의 유권해석에 입각하여 2004~2007년 1기까지 축산농가에서 징수,납부하여 온 부가가치세에 대하여 관할세무서에 경정청구를 신청하여 환급받은 세액에 대하여 축산농가에 그 환급받은 부가가치세를 환급하여 주었음

- 그러나 2005년 2기 부가가치세 경정청구시 당사의 면세공급가액(축산폐수처리용역)의 비율이 5%를 초과함으로써 공통매입세액이 52백만원이 발생, 이 금액을 제외한 금액을 환급받게 되어 52백만원의 손실을 입게 되었슴

- 또한 당시 동종업계 경쟁사와의 가격측면에서도 부가가치세만큼의 영업적 손실을 보게 됨

나. 질의내용

- 질의1) 지속적인 국세청의 예규(질의회신)이 과세관청의 공적견해에 해당하는지의 여부

- 질의2) 당사의 경우 국세기본법 제18조 3항의 적용여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

○ 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. (2007.12.31. 개정)

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (84.8.7. 신설)

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (84.8.7. 개정)

④ 삭 제(93.12.31.)

⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다. (2007.12.31. 개정)

○ 국세기본법 기본통칙 18-0…1【세법해석의 기준】

법 제18조 제3항에서「세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후」라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다. (2004.2.19. 번호개정)

○ 국세기본법 기본통칙 18-0…2【새로운 세법해석의 적용시점】

새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다. (2004.2.19. 번호개정)

나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 국심2005서1451, 2006.04.12

살피건대, 2001.3.31.자 예규 시행 이전부터 대법원판례, 국세심판원의 심판결정 및 감사원의 심사결정 등은 2003.3.3.자 예규내용대로 일관되게 판시하고 있는 사실에 비추어 볼 때, 일회적인 재정경제부장관의 예규 회신만으로는 과세관청이 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제하는 것으로 확립된 공적 견해를 표명하였다고 인정할 수는 없다 할 것이므로 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보이지 아니한다. 그리고 앞서 본 바와 같이 대법원 및 국세심판원 등의 일관된 견해표명 등에 비추어 볼 때에 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제한다는 재정경제부장관의 2001.3.31.자 예규의 내용이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 할 수 없어 이건 처분이 소급과세금지원칙을 위배하였다고 볼 수도 없다 할 것이므로 2001.3.31.자 예규의 내용에 따라 쟁점 매입세액을 공제받을 수 있는 것으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

○ 국심2005부3380, 2006.04.27

청구인은 "직업운동가 등이 받는 전속계약금은 소득세법 제21조 제1항 제18호의 규정에 의거 기타소득으로 과세한다"는 취지의 예규를 반복하여 생산하였기 때문에 이를 정당한 것으로 받아들여 기타소득으로 종합소득세를 신고하였는바, 이제와서 새로운 예규에 의거 사업소득으로 보아 과세함은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것인바, 이건의 경우 과세관청이 납세자에게 공적인 견해표명을 하였다고 보여지지 아니하고, 설사 공적인 견해표명으로 본다고 하더라도 이미 2001년부터 그 명칭이 전속계약금이라 하더라도 그것에 사업성이 인정되는 한 사업소득으로 보아야 한다는 대법원의 판례가 있었던 점을 고려하면, 위 국세청장의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 해석이 아니므로 이건 과세처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실의 원칙 등에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점 금액을 사업소득으로 보아 청구인에게 종합소득세를 결정고지한 이건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

○ 지방세정팀-367, 2006.01.31

1. 납세자가 중앙행정기관에 대하여 법령해석요청을 한 결과 기존의 회신과는 달리 납세자에게 유리하게 법령해석을 하여 회신한 경우 납세자가 법령해석을 요청한 당해 사안에 대하여 유리하게 변경된 법령해석을 적용하는 것은 「국세기본법」제18조 제3항의 소급과세금지원칙에 위배되지 아니함.

2. 세법과 관련하여 소관중앙행정기관의 예규가 있다는 사실만으로는 「국세기본법」제18조 제3항 소정의 "세법의 해석 또는 행정관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다"고 볼 수 없음.

○ 서면1팀-166, 2005.02.02

국세기본법 제18조 제3항이 정하는 세법해석에 의한 소급과세의 금지는 새로운 세법의 해석 이전에 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법해석이 명백히 존재하는 경우에 한하여 적용되는 것이며, 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 견해표명의 내용이 불분명하거나 합리적인 근거에 입각하지 아니하여 납세자의 일정한 행위 또는 계산의 원인이 되지 아니하는 경우로서 보호할 만한 가치있는 신뢰의 대상이 없는 때에는 적용되지 아니하는 것임.

○ 서면1팀-1441, 2004.10.26

1. 귀 질의 1 및 2의 경우, 세법의 해석ㆍ적용은 국세기본법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 등 관련법령이 정하는 기준에 따라 과세관청이 집행하는 행정행위의 일부로서 이루어지는 것으로서, 세법의 해석ㆍ적용방법에 관한 국세청장의 훈령 또는 지시로서의 성격을 가지는 예규 또는 질의회신은 그 자체가 법규로서의 효력을 가지지는 아니하는 것이나, 세법의 해석과 그 집행에 있어서 통일적ㆍ공통적 기준을 제시하여 불공평을 방지하고 실무상 혼란을 제거하여 행정의 효율을 제고시키는 것으로서 과세관청을 기속하는 것으로 공표되는 것이며, 이러한 예규가 과세관청은 물론 납세자에게 이의없이 계속적ㆍ반복적으로 적용되어 관행으로 정립되었다면 그러한 해석은 정당한 것으로 인정되는 것임.

2. 귀 질의 3의 경우, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나, 다만 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우이거나 감사원법에 의한 감사 및 그 결과에 의한 시정요구일 경우에는 그러하지 아니하는 것임.

○ 징세46101-64(1999.1.7.)

국세기본법 제15조 및 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙이 적용되거나 비과세의 관행이 성립되었다고 하기 위해서는 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않았다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는 것인바, 이에 해당하는지의 여부는 관할세무서장이 사실에 따라 판단하여 결정할 사항임.

○ 대법원2004두2585, 2004.12.10

3. 신의칙, 소급과세금지원칙 위배 여부

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건으로서는 첫째로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째로, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째로, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째로, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이며(대법원 1985.4.23. 선고, 84누593 판결 참조), 국세기본법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 행하여졌다는 사정만으로는 적용될 수 없고, 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하고 나아가 과세처분의 결과 납세자에게 조세부담 등의 경제적 불이익이 발생한 경우에 한하여 적용될 수 있는 것이다(대법원 1995.7.28. 선고, 94누3629 판결 참조).

○ 대법원92누12919, 1993.02.23.

(요지)

[1] 국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세관행이 성립하면서 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 공적 견해나 의사는 묵시적으로 표시될 수도 있지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다.

[2] 주택매매에 앞서 과세관청의 민원상담직원으로부터 아무런 세금도 부과되지 아니할 것이라는 말을 들은 바 있고, 매매 후 과세관청이 양도소득세를 비과세처리하였으나 약 5년 후 과세처분을 하였다 하더라도 국세기본법 제15조나 제18조 제3항에 위배된다고 할 수 없다.