다음의 사실은, 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 4, 5, 6, 13, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있고, 반증 없다.

가. 원고는 1975. 11. 14. 별지 목록 제1, 2항 기재 부동산(이하 이 사건 토지라 한다)을 각 취득하였다가, 1992. 5. 15. 이 사건 토지 중 각 74,930분의 39,920 지분(이하 이 사건 토지 지분이라 한다)에 관하여 소외 ㅇㅇ건설 주식회사(이하 소외 회사라 한다) 명의로 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치고, 1993. 5. 31. 이 사건 토지 지분의 양도에 따른 양도소득세를 자진 신고, 납부함에 있어서, 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고 여기에 각종 공제를 하여 과세표준 금 236,495,986원을 산출하고, 이 과세표준에 소정의 세율을 곱하여 산출세액 금 120,572,792원을 산출한 다음, 이 사건 토지 지분은 원고가 이를 주택건설등록업자인 소외 회사에게 국민주택건설용지로 양도한 것으로서 구 조세감면규제법 제62조 소정의 양도소득세 감면사유에 해당됨을 전제로 산출세액의 50에 해당되는 금 60,286,396원을 차감한 나머지 금 60,286,396원을 양도소득세액으로 신고하면서 그 중 금 30,286,396원을 자진납부하였고, 한편, 소외 회사는 같은 날 피고에게 이 사건 토지 지분에 관하여 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것, 이하 구 조세감면규제법이라 한다) 제62조 제1항, 제4항 및 그 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전의 것) 제50조 제8항에 의하여 원고가 위 신고에서 감면을 주장한 부분에 대하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 그런데 피고는, 이 사건 토지 지분의 양도일인 1992. 5. 15. 당시 그 지상에는 이미지상 6층, 지하 1층의 주상복합건물이 준공되어 있었고, 가사 이 사건 토지 지분의 양도일을 원고 주장대로 주상복합건물의 준공 이전이라고 보더라도, 당시 그 지상에는 블록조 슬래브즙 평가건 주택 1동이 건립되어 있었으므로 이는 구 조세감면규제법 제62조와 그 시행령 제50조 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면제외사유인 건축법에 의한 건축물이 정착된 토지를 양도한 경우 에 해당된다는 이유로, 소외 회사의 위 감면신청을 받아들이지 않고, 원고의 위 신고내용 중 양도차익, 과세표준과 산출세액은 그대로 인정하여 그 산출세액에 가산세를 더하여 총결정세액 금 129,601,432원을 산출하고 이 총결정세액에서 기납부세액 금 30,286,390원을 차감하여 추가할 세액을 금 99,315,042원으로 결정하여, 1995. 9. 16. 원고에게 1992년 귀속 양도소득세로서 위 금 99,315,042원을 부과하는 처분(이하 이 사건 과세처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 이 사건 토지 지상에 건축된 주상복합건물은 1992. 5. 6. 준공되어 같은 해 5. 11. 원고와 소외 회사 공동 명의의 소유권보존등기를 경료하였고, 그 다음날 공유물분할을 하여, 당초의 약정대로 지하 및 상가는 원고 소유로, 그 나머지 아파트는 소외 회사 소유로 각 단독소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 토지 지분에 관하여는 그후인 같은 해 5. 15. 소외 회사 명의로 소유권이전등기를 함으로써, 그 양도 당시에는 이미 지상에 건축물이 정착되어 있는 상태가 되어, 구 조세감면규제법 제62조와 그 시행령 제50조 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면제외사유인 건축법에 의한 건축물이 정착된 토지를 양도한 경우 에 해당되고, 가사 그 이전으로, 원고와 소외 회사 사이에 이 사건 토지 지분의 대금에 관한 대물변제약정이 이루어진 1991. 4. 4.을 그 양도일로 보더라도, 그 당시에도 지상에 블록조 슬래브즙 평가건의 구건물이 존재하고 있어, 역시 위 감면제외사유에 해당되므로, 이 사건 과세처분은 이와 같은 처분사유와 관계법령에 의하여 이루어진 것으로서 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ① 1991. 4. 4. 소외 회사와 사이에, 원고는 이 사건 토지를 건물신축부지로 제공하고 소외 회사는 위 지상에 국민주택이 포함된 지상 6층, 지하 1층의 주상복합건물을 신축하되, 상가부분과 아파트 2세대는 원고의, 나머지 아파트 부분은 소외 회사의 각 소유로 하고, 상가부분을 원고 소유로 하는 대가로 이 사건 토지 지분을 소외 회사에게 양도하기로 하는 내용의 이 사건 토지의 대물변제에 관한 사항이 혼합된 동업약정을 체결하였으며, 이 약정에 따라 소외 회사가 이 사건 토지 지상에 국민주택이 포함된 위 주상복합건물을 준공하자 원고는 상가부분과 아파트 2세대를 차지하면서 소외 회사에게 이 사건 토지 지분의 소유권을 이전한 것이므로, 원고는 소외 회사에게 이 사건 토지 지분을 국민주택건설용지로 양도하였다고 할 것이고, ② 구 조세감면규제법 제62조에 의하여 양도소득세를 감면받기 위하여는, 양도하는 토지가 건축물이 정착되어 있지 아니하여야 하는 요건을 갖추어야 하나, 이 요건은 양도인이 양도토지에 관하여 매매대금의 거의 전부를 지급받고 양수인이 이에 관하여 사실상 소유자로서의 권리를 행사할 수 있게 될 때까지 갖추면 된다고 할 것인바, 원고가 이 사건 토지를 제공하고 소외 회사가 국민주택이 포함된 주상복합건물을 지어 위와 같이 나누어 가지고, 이 사건 토지 지분을 소외 회사에게 양도하기로 한 위 약정에 따라 소외 회사가 약정 즉시 그 지상에 있던 구건물을 철거하고 위 건물을 지었다면, 양도일인 대금청산일 당시에는 구건물은 이미 철거되었고, 신건물인 주상복합건물은아직 완공되지 않아 위 토지를 건축물이 정착되어 있는 토지라고는 할 수 없으므로, 소외 회사의 위 감면신청은 적법하고 따라서 이 신청을 받아들이지 아니한 채 원고의 양도소득세 감면을 부인하고 이루어진 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

구 조세감면규제법 제62조 제1항은 내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 국민주택이라 한다)의 건설용지로 다음 각호의 자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 하면서 그 제1호에서 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 주택건설등록업자라 한다)를 들고 있고, 같은 조 제4항은 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고, 그 시행령 제50조 제1항은 법 제62조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다고 하면서 그 제1호에서 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있는 토지를 들고 있고, 같은 조 제2항은 법 제62조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 규모 라 함은 주택건설촉진법시행령 제30조 제1항 단서의 규모를 말한다고 규정하고, 같은 조 제7항은 주택건설등록업자가 주택을 건설함에 있어서 국민주택과 그외의 주택을 함께 건설하는 경우의 면제세액의 계산에 관하여는 재무부령으로 정한다고 규정하고, 구 조세감면규제법 시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 시행령 제50조 제7항에 규정된 면제세액은 주택건설등록업자에게 양도한 토지의 양도차익에 대한 양도소득세의 산출세액에 당해 양도토지면적에 대한 국민주택건설용지의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한

다고 규정하고, 제2항 제1호는 국민주택건설용지의 면적계산에 있어서, 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에는 당해 양도토지면적에 아파트 총대지면적에 대한 공공시설용지면적의 비율을 곱하여 계산한 면적과 이 면적을 당해 양도토지면적에서 제외한 잔여토지면적에 국민주택과 그 이외의 주택의 건물총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율을 곱하여 계산한 면적을 합산한 면적을 제1항의 국민주택건설용지의 면적으로 하고, 아파트 이외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해 토지면적에 국민주택비율을 곱하여 계산한 면적을 제1항의 국민주택건설용지의 면적으로 한다고 규정하고 있고, 한편 주택건설촉진법 시행령 제30조 제1항은 주택의 단위규모는 국민주택의 경우 1호 또는 1세대당 85㎡ 이하로 한다, 제3항은 제1항의 규정에 의한 주택규모의 산정방법은 건설부령으로 정한다고 각 규정하고, 같은 법 시행규칙 제17조 제1항은 시행령 제30조 제1항에 규정된 주택의 단위규모는 호당 또는 세대당 주거전용면적을 뜻한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1호는 아파트는 5층 이상의 주택이라고 규정하고 있으며, 한편, 소득세법 제27조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 같은 법 시행령 제53조 제1항은 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해재산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있다.

다. 인정사실

다음 사실은 앞서 든 증거와 갑 제3호증의 2, 3, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제2호증의 4, 5, 을 제5호증의 1 내지 18의 각 기재 및 증인 안ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증 없다.

(1) 원고는 1991. 4. 4. 주택건설촉진법 제6조에 의하여 등록한 주택건설등록업자인 소외 회사와 사이에 원고는 그 소유의 이 사건 토지를 건물신축부지로 제공하고 소외 회사는 위 지상에 지하 1층 및 지상 1, 2층은 상가이고, 지상 3 내지 6층은 전용면적 85㎡ 이하의 국민주택 규모 아파트 16세대인 지상 6층, 지하 1층의 별지 목록 제3항 기재 주상복합건물(ㅇㅇ상가빌라)을 신축하되, 상가 전부와 아파트 2세대는 그 소유의 토지를 건물부지로 제공한 대가로서 원고가 차지하고, 이 사건 토지 중 소외 회사가 차지하는 나머지 아파트 부분의 면적에 상응한 이 사건 토지 지분에 관하여는 소외 회사로부터 아파트를 분양받은 수분양자들에게 바로 소유권이전등기를 하여 주기로 하는 내용의 이 사건 토지지분의 대물변제에 관한 사항이 포함된 동업약정을 체결하였다.

(2) 소외 회사는 이 약정에 따라 약정 즉시 원고로부터 이 사건 토지를 인도받아 같은 달 15. 지상의 구건물을 철거한 다음, 같은 해 5. 2. 원고몫으로 하기로 한 상가부분 등에 대한 원고의 권리를 담보하기 위하여 원고와 공동명의로 건축허가를 신청하여 같은 해 7. 9. 건축허가를 받고, 같은 해 9.경 공사를 시작하여 1992. 5. 6. 위 주상복합건물을 준공하였고, 그 무렵 건물소유권보존등기에 관한 관계서류를 작성, 원고에게 교부하여 이 건물의 각 구분건물 부분에 관하여 같은 달 11. 원고와 소외 회사 공동명의의 소유권보존등기를 마치고 같은 달 12. 공유물분할을 원인으로 상가인 지하 1층 및 지상 1, 2층 전부와 아파트인 3층 304호와 6층 702호는 원고 명의로, 나머지 아파트 14세대는 피고 명의로 각 소유권이전등기를 마치고, 이와 아울러 원고는 같은 달 15. 이 사건 토지 지분에 관하여 소외 회사 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 위 주상복합건물은 그 총건물면적이 2,720.88㎡로서, 3층 내지 6층 부분은 전용면적 85㎡ 이하의 국민주택 16세대로 이루어져 있고 이 국민주택의 총면적은 1,324.08㎡이다(다툼없는 사실).

라. 판단

(1) 조세감면규제법 제62조 제1항, 같은 법 시행령 제50조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제받기 위하여 양도토지에 건축물이 정착되어 있지 않아야 하는 요건은 양도인이 양도토지에 관하여 매매대금의 거의 전부를 지급받고 양수인이 사실상 소유자로서의 권리를 행사할 수 있을 때까지 갖추면 되고, 토지에 관한 소유권이전등기일을 기준으로 할 것은 아니다(대법원 1989. 9. 12. 선고 89누1681 판결 참조).

(2) 이 사건에 돌이켜 보건대, 원고가 이 사건 토지지분에 관하여 1992. 5. 15. 소외 회사에 소유권이전등기를 해 주었지만, 그 대금의 대물변제로서 1991. 4. 4. 상가 및 아파트 2세대를 받기로 하는 약정을 체결하고, 건축허가도 공동명의로 하여 1992. 5. 6. 순조롭게 준공하고, 그 무렵 건물소유권보존등기를 마쳤다면, 이 사건 토지지분에 관한 대금청산일은, 소외 회사가 건물부분에 관한 소유권을 넘겨주기로 하는 약정이 사실상 이행된 것으로 보아도 무방한 것으로 보이는 1992. 5. 6. 준공 직전이라고 할 것이고, 따라서 그 시기가 이 사건 토지지분의 양도일이라 할 것임과 동시에 그때가 양수인이 이 사건 토지지분에 관하여 사실상 소유자로서 권리를 행사할 수 있는 때라고 할 것이다.

(3) 이렇게 이 사건 토지지분의 양도일을 1992. 5. 6. 직전이라고 볼 때, 지상의 구건물은 1991. 4. 15. 이미 철거되었고, 신건물인 주상복합건물은 아직 준공되지 않은 상태에 있으니, 이 사건 토지지분의 양도를 건축법상 건축물이 정착되어 있는 토지를 양도한 경우에 해당한다고 할 수 없을 것이다.

(4) 따라서, 원고는 주택건설등록사업자인 소외 회사에게 국민주택건설용지로서 건축법상 건축물이 정착되어 있지 않은 이 사건 토지 지분을 양도하였다 할 것이므로 이 양도는 구 조세감면규제법 제62조 제1항 소정의 양도소득세 감면사유에 해당된다 할 것임에도 피고는 소외 회사의 감면신청을 받아들이지 아니한 채 위 규정에 따른 세액감면을 부인하고 이 사건 과세처분을 하였으니, 이 사건 과세처분 중 아래의 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이고, 원고의 주장은 위 초과부분에 한하여 이유 있다.

라. 정당한 세액

위에서 본 바와 같이 이 사건 토지 지분의 양도는 구 조세감면규제법 제62조 제1항 소정의 양도소득세감면사유에 해당된다 할 것이므로, 이 점과 앞서 인정한 사실관계를 기초로 하여 이 사건 토지 지분의 양도에 따른 정당한 양도소득세를 산정하면, 별지 세액계산내역서 기재와 같이 금 67,042,942원이 된다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 금 67,042,942원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조, 민사소송법 제89조, 제92조를 적용하여, 주문과 같이 판결한다.

1997. 11. 19.

심급 사건

참조조문

참조판례