가. 원고는 중국 산둥성 웨이하이시에 본사를 둔 중국업체로 2016. 2. 3. 부산광역시와 사이에, 원고가 국가산업단지 관리기본계획(명지녹산)(산업통상자원부 고시 제2015-282호, 이하 ‘이 사건 고시’라 한다)에 따른 명지녹산 국가산업단지(이하 ‘이 사건 산업단지’라 한다) 내 부지 9,905.2㎡를 매입하고 미화 3,500만 달러를 투자하여 동물용 사료 제조 공장을 설립하며, 부산광역시는 신설공장의 건설과 운영에 필요한 인허가를 획득할 수 있도록 최대한 지원하는 것 등을 내용으로 한 투자양해각서를 체결하였다.

나. 원고는 2016. 2. 1. 이 사건 산업단지 내 부산 강서구 녹산산단381로12번길 5(송정동) 공장용지 9,905.2㎡ 및 그 지상 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 10,124,511,600원에 매입하고, 2016. 7. 6. 이 사건 산업단지의 관리기관인 한국산업단지공단과 사이에 입주업종을 ‘동물성 유지 제조업[구 한국표준산업분류(2017. 1. 13. 통계청 고시 제2017-13호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘한국표준산업분류’라 한다) 분류번호 10401]‘으로 하는 산업단지 입주계약(부지면적 9,905.2㎡, 건축면적 7,781.55㎡, 제조시설 면적 6,947.07㎡, 부대시설 면적 834.48㎡)을 체결하였으며, 2016. 11. 22. 이 사건 공장에 관하여 동물성 유지 제조업으로 공장등록을 하였다.

다. 원고는 2017. 5. 22. 단미사료제조업(생산사료 종류: 어분, 어유) 등록을 하고, 같은 날 피고에게 대기환경보전법 제23조 제1항 및 구 수질 및 수생태계보전에 관한 법률(2017. 1. 17. 법률 제14532호에 따라 ‘물환경보전법’으로 명칭이 변경되기 전의 것, 이하 ‘수질보전법’이라 한다) 제33조 제1항에 따라 업종은 동물성 유지 제조업과 '동물용 사료 및 조제식품...

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