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서울행정법원 2008. 11. 05. 선고 2006구합46312 판결

가공거래로 본 처분에 대해 실제 금지금을 거래하였다는 주장의 당부[일부패소]

제목

가공거래로 본 처분에 대해 실제 금지금을 거래하였다는 주장의 당부

요지

형식적 거래에 따른 세금계산서를 발행교부하고 과세표준 및 세액신고서를 제출함으로써 조세의 확정이 정상적으로 이루어졌다 하더라도 오로지 부가세 환급을 목적으로 한 실물거래없는 가공거래이며, 가공거래에 대한 증빙미수취 가산세는 부당함

주문

1. 피고가 2005.12.9. 원고에 대하여 한 2003년 1기 부가가치세 753,942,140원의 부과처분 중 560,593,990원을 초과하는 부분 및 2003년 2기 부가가치세 5,557,756,140원의 부과처분 중 5,373,967,260원을 초과하는 부분, 2004년 1기 부가가치세 6,164,741,920원의 부과처분 중 6,118,342,240원을 초과하는 부분과 2004년 2기 부가가치세 125,389,850원의 부과처분 및 2003년도 법인세 1,080,895,470원, 2004년도 법인세 1,052,230,630원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2005.12.9. 원고에 대하여 한 2003년 1기 부가가치세 753,942,140원, 2003년 2기 부가가치세 5,557,756,140원, 2004년 1기 6,164,741,920원, 2004년 2기 125,389,850원 및 2003년도 법인세 1,080,895,470원, 2004년도 법인세 1,052,230,630원의 각 부과처분을 각 취소한다.(2008.3.24.자 청구취지변경서의 청구취지에 기재된 세목 및 부과기간별 각 세액은 위 각 세액의 오기로 보인다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003.5.6. '○○귀금속 주식회사'라는 상호로 설립되었다가 2005.2.3. 현재의 상호로 변경된 회사로서 서울 ○○구 ○○동 55에 등기된 본점을 두고 금지금 등의 도・소매업과 무역업 등을 사업목적으로 하고 있었다.

나. 원고는 피고에게 2003.5.20.부터 2004.8.13.까지 합계 97,071,694,082원 상당의 금지금을 공급받아 같은 기간 중 97,950,391,795원 상당의 금지금을 홍콩에 있는 'Gold Wide Trading Company' 및 'Asia Gold Trading HK Ltd'의 2개 업체(이하 이 사건 수출처라 한다)에 수출하는 한편, 939,946,331원 상당의 금지금을 주식회사 ○○○○류넷 등 4개의 업체에 공급한 것으로 하여 아래[부가가치세 신고내역]기재와 같이 각 기분별 부가가치세 신고를 마쳤고, 이를 근거로 아래[법인세 신고 내역] 기재와 같이 2003년도 및 2004년도 사업연도의 각 법인세 신고를 마쳤다.

다. 피고는 2004.10.8. 2005.8.23. 까지 원고에 대하여 특별세무조사를 실시한 결과, 원고가 2003년 1기부터 2004년 2기까지의 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○우(이하 ○우라고 한다. 이하 원고의 매입처 및 그 선행 매입처들은 대부분 주식회사의 형태이고, 이하 편의상 모두 주식회사 명칭을 생략한다) 등 20개 업체(이하 이 사건 매입처들 이라고 한다)로부터 수취한 매입가액 합계 97,071,694,082원의 매입세금계산서는 사실과 다른 매입세금계산서라는 이유로 위 세금계산서상의 매입세액을 공제하지 않기로 함과 더불어 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세와 신고불성실 가산세, 납부 불성실 가산세 등을 가산하여 아래 '처분내역' 중 '2005.12.9.자 처분'란 기재와 같이 2003년 1기부터 2004년 2기까지의 부가가치세(각 가산세 포함) 합계 12,607,329,800원을 부과하는 한편, 이와 함께 원고가 허위의 세금계산서를 수취하였음을 이유로 구 법인세법 (2004.12.31.법률 제7317호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제76조 제5항에 따라 허위세금계산서상 고급가액 합계액의 2/100에 해당하는 증빙 미수취가산세를 각 같은 란 기재와 같이 2003ㅏ년도 및 2004년도 법인세로 부과하였다(이하 1차 경정처분 이라 한다)

라. 그 후 피고는 1차 경정처분의 근거가 된 매입세금계산서 중에는 장부기장료 등의 비용과 관련하여 수취한 공급가액 40,771,105원의 세금계산서가 혼재되어 있어 거래금액 산정에 일부 착오가 있었다는 이유로 2008.2.13. 직권으로 1차 경정처분을 아래 '처분내역' 중 '2차 경정처분'란 기재와 같이 감액하는 결정을 하였다(이에 \ue3e5라 피고가 경정된 내용의 부과처분을 함에 있어 허위 또는 가장의 세금계산서로 인정한 세금 계산서는 총 168장으로서 매입가액은 총 97,030,922,977원( = 97,071,694,082 - 40,771,105원)에 이르는바, 그 구체적인 내역은 별지 1 '세금계산서 내역' 기재와 같다. 이하 위 각 세금계산서를 통틀어 이 사건 세금계산서라 하고, 위와 같은 감액경정을 거쳐 최종 결정된 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분을 모두 이 사건 부과처분이라고 한다)

*2차 경정 후 가산세 내역

・2003년 1기 부가가치세 : 합계 174,262,659원( = 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 116,063,890원 + 신고불성실 가산세 58,031,945원)

・2003년 2기 부가가치세 : 합계 1,311,881,741,원( = 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 887,120,445원 + 신고불성실 가산세 424,761,296원)

・2004년 1기 부가가치세 : 합계 1,680,052,020원 ( = 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 448,753,596원 + 신고불성실 가산세 448,753,596원 + 납부불성실 가나세 782,544,828원)

・2004년 2기 부가가치세 : 합계 67,502,3314원 ( = 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 29,770,640원 + 신고불성실 가산세 29,770,640원 + 납부불성실 가산세 7,961,051원)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 갑 제2호증, 갑 제4호증 내지 갑 제5호증의 8, 갑 제10호증의 1, 4, 7, 갑 제11호증의 1, 3, 갑 제12호증의 1, 3, 내지 5, 갑 제13호증의 1, 2, 4, 갑 제14호증의 1, 4, 6, 갑 제15호증의 1, 4, 6, 갑 제16호증의 1, 4, 갑 제17호증의 1, 4, 7, 갑 제18호증의 1, 4, 갑 제 19호증의 1, 4, 7, 10, 12, 15, 갑 제20호증의 1, 4, 7, 9, 갑 제21호증의 1, 4, 갑 제22호증의 1, 4, 6, 10, 13, 갑 제23호증의 1, 4, 갑 제24호증의 1, 4, 갑 제25호증의 1, 4, 7, 갑 제26호증의 1, 4, 7, 갑 제27호증의 1, 4, 7, 갑 제28호증의 1, 3, 6, 갑 제29호증의 1, 4, 갑 제30호증의 1, 4, 6, 갑 제31호증의 1, 4, 갑 제32호증의 1, 4, 갑 제33호증의 1, 4, 갑 제34호증의 1, 4, 갑 제35호증의 1, 3, 갑 제36호증의 1, 4, 7, 8, 갑 제37호증의 2, 갑 제38호증의 1, 4, 갑 제39호증의 1, 4, 갑 제40호증의 1, 4, 7, 갑 제41호증의 1, 4, 7, 갑 제42호증의 1, 4, 7, 갑 제43호증의 1, 4, 갑 제44호증의 1, 4, 7, 갑 제45호증의 1, 4, 7, 갑 제46호증의 1, 갑 제47호증의 1, 5, 8, 갑 제48호증의 2, 5, 8, 갑 제49호증의 1, 3, 6, 갑 제50호증의 1, 4, 7, 갑 제51호증의 2, 5, 8, 갑 제52호증의 1, 5, 7, 갑 제53호증의 1, 4, 갑 제54호증의 1, 4, 갑 제55호증의 2, 5, 제 56호증의 1, 4, 7, 갑 제57호증의 1, 4, 7, 갑 제58호증의 1, 4, 갑 제 59호증의 1, 4, 갑 제 60호증의 1, 6, 갑 제61호증의 1, 7, 갑 제62호증의 4, 7, 갑 제63호증의 1, 7, 갑 제64호증의 1, 7, 갑 제65호증의 1, 8, 갑 제 66호증의 1, 8, 갑 제67호증의 1, 6, 갑 제68호증의 1, 5, 갑 제69호증의 1, 5, 갑 제70호증의 1, 5, 갑 제71호증의 1, 5, 갑 제72호증의 1, 5, 갑 제73호증의 1, 5, 갑 제74호증의 1, 5, 갑 제75호증의 1, 5, 갑 제 76호증의 1, 5, 갑 제77호증의 1, ,5, 갑 제78호증의 1, 4, 갑 제79호증의 1, 5, 갑 제 80호증의 1, 5, 12, 갑 제81호증의 1, 4, 10, 갑 제82호증의 1, 5, 갑 제83호증의 1, 5, 갑 제84호증의 1, 5, 갑 제85호증의 1, 5, 갑 제 86호증의 1, 8, 갑 제87호증의 1, 5, 갑 제88호증의 1, 3, 갑 제89호증의 4, 11, 갑 제90호증의 1, 7, 갑 제91호증의 1, 5, 갑 제 92호증의 1, 5, 갑 제93호증의 1, 5, 갑 제 94호증의 1, 5, 갑 제95호증의 1, 4, 8, 갑 제 96호증의 1, 5, 갑 제97호증의 1, 7, 11, 갑 제98호증의 1, 4, 8, 갑 제102호증의 1, 5, 갑 제 103호증의 1, 5, 갑 제 104호증의 1, 8, 갑 제105호증의 1, 5, 갑 제106호증의 1, 7, 11, 갑 제 107호증의 1, 8, 갑 제 108호증의 1, 4, 갑 제109호증의 1, 7, 11, 갑 제110호증의 1, 5, 갑 제 111호증의 1, 5, 갑 제112호증의 1, 5, 갑 제113호증의 1, 5, 갑 제 114호증의 1, 5, 갑 제11호증의 1, 5, 갑 제116호증의 1, 14, 갑 제117호증의 1, 8, 갑 제 118호증의 1, 7, 갑 제119호증의 1, 7, 갑 제120호증의 1, 6, 13, 갑 제121호증의 4, 갑 제122호증의 1, 7, 갑 제123호증의 1, 6, 갑 제124호증의 1, 5, 10, 갑 제125호증의 1, 4, 10, 갑 제126호증의 1, 6, 을 제1호증의 1 내지 2호증의 2, 을 21호증의 내지 을 제24호증의 4, 을 제26호증의 1 내지 을 제28호증의 35의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 매입처들로부터 이 사건 세금계산서상의 금지금을 실제로 매입하였고, 이러한 사실은 각 매입처들로부터 수취한 세금계산서, 거래명세표, 매도확인서, 매입신청서, 인수증, 물품인도인수증, 거래내역조회 등의 자료를 보면 알 수 있다.

또한 원고는 이 사건 매입처들로부터 거래를 할 당시 각 매입처들로부터 법인등기부등본 및 인감증명서 사업자등록증 사본, 거래대금입금 통장사본, 물품인도증 등을 교부받아 진실한 사업체임을 확인한 다음 거래하였고, 금지금을 인도받기 전에 대금을 이 사건 매입처들에 입금하고 위 매입처들은 원고가 입금한 돈을 가지고 다시 선행 매입처에 입금하였던 것은 당시 금지금 거래업계의 관행이었으므로 원고가 금지금을 인도받기 전에 미리 금지금 대금을 지급하였다고 점을 들어 허위거래라고 단정할 수 없으며, 가사 금지금이 수입되어 이 사건 매입처들에 이르는 5~6 단계의 유통단계 중에 피고가 말하는 소외 폭탄업체가 들어있고, 금지금의 실물이 수입업체 또는 최초 도매업체에서부터 원고에게 직접 이동되었다고 하더라도 이 사건 매입처들을 거래상대방으로 인식하고 금지금의 실물을 받은 원고로서는 위와 같은 사정을 알 수 없었고, 방대한 거래구조상 원고가 부가가치세를 부당하게 환급받을 목적으로 이 사건 매입처들 및 각 선행 매입처, 수입업자들과 공모한다는 것은 현실성이 없다.

따라서 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 모두 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

다. 인정사실

(1) 금지금 거래 중 조세포탈을 목적으로 하는 변직척인 거래의 일반적 형태

(가) 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용하는 것으로 되어 있어 수출관련서류를 외국환은행에 제시하여 구매승인서(구매확인서)를 교부받아 이를 근거로 다른 도매상으로부터 금지금을 매입하는 경우 그 매입세액에 대하여 영세율이 적용되고 (부가가치세법 제11조 제1항 제1호), 한편 순도 1,000분의 995 이상인 금지금의 거래에 관하여 금지금도매업자 및 금지금제련업자가 면세지금추천자의 면세추천을 받은 금세공업자 등에게 공급하는 금지금도매업자 금지금과 금세공업자 등이 면세지금수입추천자의 면세 수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여 2003.7.1.부터 2005.6.30.까지의 거래분에 대하여는 부가가치세가 면세되었다(구 조세특례제한법 (2005.7.13. 법률 제7577호로 개정되기 전의 것) 제106조의3).

위와 같이 부가가치세법이나 구 조세특례제한법에 의하여 수출용 원자재로 금지금을 매입하는 경우 부가가치세에 관하영 영세율이 적용되고 수출하지 아니하더라도 2003.7.1.부터 2005.6.30. 까지의 거래분에 대하여는 부가가치세에 관하여 면세율이 적용되는 점을 악용하여, 부가가치세를 부당 환급받을 목적으로 금지금을 수입한 후 여러 단계의 도매과정을 거치거나 거친 것처럼 위장하여 매출하거나 수출한 다음 부가가치세를 환급받은 사례가 서울 ○○구 귀금속업체 사이에서 종종 발생하게 되었다.

(나) 외관상 금지금은 '외국업체 → 수입업체 → 1차(도매)업체 → 2차업체(생략 가능)→ 폭탄업체 → 도관업체 → 바닥도관업체 → 수출업체 → 외국업체'의 단계를 거쳐 유통되고 그 거래대금은 수출업체에서부터 수입업체에 이르기까지 역방향으로 순차 지급되나, 위 유통업체들 중 폭탄업체에서부터 바닥도매업체까지는 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐이고, 실제로 금지금의 거래나 운송을 하지 않는 경우가 많았다.

(다) 폭탄업체는 그 이전 단계에서 영세율로 유통되던 금지금을 매입하여 도관업체에게 10%의 부가가치세 상당액을 추가한 과세금으로 판매한 다음, 단기간 내에 이익금을 현금으로 인출하여 폐업함으로써 국가로 하여금 부가가치세를 징수할 수 없게 만들고, 폭탄업체가 도관업체로부터 지급받은 부가가치세 상당액은 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계 업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가 결국 수출업체가 금지금을 수출한 뒤 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는바, 위 부가가치세 환급액 중 폭탄업체가 납부하지 않은 부가가치세액에 상당하는 부분이 폭탄영업에 의한 이익의 궁긍적인 원천이 된다. 위 이익은 폭탄영업에 관하여 국내업체에게는 각 거래단계에서의 마진의 형태로 분배되거나 폭탄업체의 이익금(배출공급대가에서 매입대금을 공제한 나머지 금액) 중 일정비율로 계산한 금액을 관여업체에게 별도로 지급하는 이른바 백 마진의 형태로 분배되고, 또한 폭탄영업에 관여한 외국업체에게도 수출가격과 수입 가격의 차액(국내업체를 기준으로 하여 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다) 형태로 분배된다.

(라) 폭탄영업은 그 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금지금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금 수입결제대금을 준비하는 자를 일컫는다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 폭탄업체와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 각 거래단계마다 거래물량, 단가 및 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분 하루 또는 수일 이내의 매울 짧은 시간에 이루어지면, ⑤ 금지금 실물이 거래단계를 뛰어넘어 수출업체로 곧바로 운송되는 경우가 대부분이다(설령 각 거래단계마다 운송되더라도 이는 정상적인 거래로 위장하기 위한 형식적인 운송에 불과하다).

(2) 원고 관련자들에 대한 조사결과

(가) 원고의 대표이사인 장○호는 무자료 보석상 (속칭 나까마)에 관련한 일에 약3년 동안 종사하다가, 2003.5.경 원고를 설립하면서 금지금 수출입을 영위하게 되었는데, 2005.3. 경 및 같은 해 8.경에 서울지방국세청으로부터 세무조사를 받을 당시 이 사건 수출처에 금지금을 수출하게 된 경위와 관련하여 '길거리서 우연히 만난 지인을 통해 이 사건 수출처의 전화번호를 받거나, 공항에서 우연히 위 수출처의 직원들로부터 명함이나 전단지를 받아 연락을 취하여 거래하게 되었으며, 금지금 가격은 이 사건 수출처에 금지금의 국세시세를 전화로 문의하는 방식으로 결정하였다'고 진술하였다.

(나) 또한 위 세무조사 결과 장○호는 이 사건 수출처에 대한 정확한 인적사항이나 국제적인 신용 및 신인도 등에 대해 제대로 알지 못하는 상태에서 거래하였던 것으로 인정되었고, 원고는 서울지방국세청의 세무조사가 개시된 이후로 현재까지 사실상 폐업한 상태이다.

"(다) 서울지방국세청의 조사결과, 이 사건 수출처 중 'Gold Wide Trading Company'는 같은 금지금 수입업체인 'Gold Apex Ltd'와 Hong & Jen Trading Company Ltd

Daily Trading Company'와는 공부상으로 각 업체별로 사업장 소재지가 다르게 등록되어 있음에도 실제로는 '6/F Prosperity Commercial Building 786 Nathan Road Kowloon, Hong Kong'에서MAK Way-Hong'이라는 동일한 홍콩인이 관리하는 것으로 인정된다.",(3) 원고의 이 사건 세금계산서 거래 형태

(가) 원고는 별지 1'이 사건 세금계산서 내역'기재와 같이 2003년 1기부터 2004년2기까지의 부가가치세 과세기간 동안에(구체적으로 2003.5.20부터 2004.8.13까지이다) ○

우, ○○와이드, ○영금은 등 19개의 매입처로부터 금지금을 매수한 것으로 되어 있다.

(나) 또한 원고는 별지 1'세금계산서 내역'의 순번 제20, 21, 23, 24, 26, 27, 30, 31, 34, 35, 36, 37항의 각 매입세금계산서와 관련하여 별지 2 '원고의 매입 및 국내매출 내역' 기재와 같이 공급가액 합계 934,190,040원 상당의 금지금을 ○○○○유네, ○피아, ○보석, 한국○○○ 등의 국내업체에 매출한 것으로 되어 있고, 나머지 매입세금계산서와 관련하여 공급가액 합계 96,096,732,937원의 금지금을 이 사건 수출처에 수출한 것으로 되어 있다.

(다) 이 사건 세금계산서 중 별지 1'세금계산서 내역'의 순번 3 내지 7, 9, 11, 13내지 19, 22, 25, 28 내지 35, 37 내지 58, 60 내지 74, 76 내지 144, 146 내지 158, 161 내지 163, 168항에 기재된 각 매입세금계산서 (이하 위 각 매입세금계산서를 '이 사건 ① 세금계산서'라 하고, 이 사건 세금계산서 중 이를 제외한 나머지 부분을 이 사건 ②세금계산서라 한다)상의 금지금은 모두 외국에서 수입신고 된 당일 면세금도매상을 거쳐 다시 폭탄업체를 거친 다음, 재차 2단계의 도매업체를 거쳐 최종적으로 수출업체인 원고에게 공급되어 이 사건 수출처에 수출하거나 국내업체에 매출된 것으로 되어 있는데, 그 구체적인 내역은 별지 3 '○우 관련 지금거래 내역' 및 별지 4 '○○와이드 관련 자금거래 내역', 별지 5 '○○금은 관련 지금거래 내역', 별지 6' 기타 매입처 관련 지금 거래 내역'에 각 기재된 바와 같다. 특히 이중 별지 1'세금계산서 내역'의 순번 제58항에 기재된 세금계산서와 관련된 2003.10.27.자 거래의 흐름을 분석해보면, 아래와 같이 수입금액보다 낮은 가격에 금지금이 수출되었고, 금지금 대금이 원고로부터 매입처인 ○우, 선행 매입처인 ○○금은 등에게 각각 순차적으로 지급되었음이 인정된다.

세금계산서의 흐름: 영국 Standard Bank London Ltd→○○○골드(40kg 595,403,802 원에 면세로 수입), ○○○골드 → ○○글로벌(612,600,000원에 면세로 매출), ○○글로벌→ ○○지엔에스(614,733,280원에 면세로 매출), ○○지엔에스 → ○○금은(공급가액 562,133,200원에 매출, 면세 매입하여 과세 매출 후 부가가치세 56,213,320원을 납부하지 아니함). ○○금은 → ○우(공급가액 563,200,000원에 매출), ○우→ 원고 (공급가액 564,489,861원에 수출)

입금내역 : 홍콩 Asia Gold Trading HK Ltd. → 원고 (2003.10.27. 09:38), 원고→ ○우 (2003.10.27. 10:37~10:49), ○에 →○○금은(2003.10.27. 12:10 ~12~16), ○○금은→○○지엔에스 (2003.10.27. 12:45), ○○지엔에스 → ○○글로벌(2003.10.27. 13:23), ○○글로벌 → ○○○골드(2003.10.27. 13:30), ○○○골드→ 영국 Standard Bank London Ltd(2003.10.27. 13:32)

(라) 이 사건① 세금계산서와 관련하여 금지금을 유통중에 과세금으로 전환한 도매업체(이른바 폭탄업체)들은 모두 자산들이 매입한 금지금을 매입가격보다 낮은 공급가액(다만 여기에 부가가치세액을 합산한 액수, 즉 공급대가는 매입가액보다 높다)에 매출한 후 임의로 휴업 또는 폐업함으로써 부가가치세 납부의무를 이행하지 아니하였는바, 위 업체들의 구체적인 현황은 아래와 같다.

(마) 한편, 이 사건 ① 세금계산서에 관한 거래에 관여한 업체들 중 ○○골드, ○○골드, 골드○○○, ○○골드, ○○골드, ○○골드, ○○쥬얼리, ○○골드, ○○쥬얼리, ○○골드, ○○인터내셔날골드, ○○○골드, ○○금은유통, ○쥬얼리, ○○쥬얼리, ○○금은, ○○금은의 각 관련자들에 대하여 조세포탈을 목적으로 한 금지금거래에 기담하였다는 범죄사실로 유죄판결이 선고, 확정되었다.

(바) 이 사건 ① 세금계산서 중 수출거래의 경우 원고가 금지금을 수출하는 가격은 국내 수입업자가 당해 금지금을 수입한 가격보다 낮은 것으로 되어 있고(다만, 별지 1 '세금계산서 내역'의 순번 55, 57, 89, 90, 99. 100, 103, 109항의 각 세금계산서에 관한 거래 부분은 제외), 원고의 수출단가는 별지 7 '원고의 수출단가와 국내 및 국세시세 비교내역'에 기재된 바와 같이 다수의 경우 수출 당일의 국내외 금지금시세의 최저가보다 낮게 확정되었다. 그런데, 금지금의 경우에는 대규모 금지금 도매상 등이 국제거래가격과 환율을 고려하여 매일의 금도매 시세를 인터넷 등으로 제공하고 있는 반면, 원고는 위와 같은 시세에 상관없이 항상 매입가격에 약간의 마진만 붙인 상태로 국내시세 및 국제시세보다 낮은 가격으로 수출하였던 것인바, 만일 원고 또는 이 사건 각 거래업체가 이를 수출하지 않고 국내에 유통하였다면 수출하는 것으로 훨씬 큰 이득을 취할 수 있었다.

(사) 이 사건 각 거래에 있어서 원고를 비롯한 거래당사자들은 수출업자가 금지금을 수출하면서 3%의 관세를 환급받기 위하여 필요한 수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법상의 분할증명서를 전혀 수수하지 않았고, 이에 따라 원고는 금지금을 수출하면서도 최초 수입 당시에 부담한 관세(3%)를 환급받지 않았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 갑 제6호증의 1 내지 제7호증, 갑 제9호증, 을 제3호증 내지 을 제7호증의 2, 을 제8호증의 2 내지 을 제20호증, 을 제25호증, 을 제29호증의 1 내지 을 제103호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 ① 세금계산서 관련 부가가치세 부과처분

(가) 이 사건 ① 세금계산서가 '살과 다른 세금계산서'에 해당하는지 여부

1) 세금계산서가 살과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관척인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세자인 원고로서는 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때, 자신의 주장에 부합하는 입증을 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2005.6.10. 선고 2004두14168 판결 참조), 그리고 부가가치세법 제6조 제1항, 제7조 제1항제16조 제1항에 있어서'계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 할 것이며(대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520 판결 참조), 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서상의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없고, 공급 받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 참조),

2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에서 나타난 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 이 사건에서 금지금 거래를 할 당시 이른바'폭탄영업'은 이미 금지금 업계에 널리 알려져 있었고, 원고의 대표이사인 장○호 역시 그 경력에 비추어 폭탄영업에 관하여 충분히 알 수 있는 위치에 있었다고 보이는 점, 금지금 등의 수출시 가격이 수입시 가격보다 더 낮아 전체적으로 손해를 보면서 수출을 하고 있는 거래구조 하에서 국부가 유출되는 비정상적인 수출이 계속적으로 이루어지고 있었고, 이 사건 ① 세금계산서와 관련된 금지금의 경우에도 수입에도 수입에서 수출까지 매우 짧은 기간 내에 여러 단계의 도매업체들을 거쳐 유통되면서 전부가 아무런 가공업이 수입과 수출이 반복되었는바, 이는 거래업체들에 밀접한 협력관계가 없이는 불가능할 것으로 보이는 점, 이 사건, ① 세금계산서와 관련 금지금의 수출가격은 거의 대부분의 경우에 있어서 수입가격보다 낮았을 뿐만 아니라 국내시세 및 국제시사와 비교하여도 상당히 저렴하였는바, 원고가 위 금지금을 국내에 유통시킬 경우 훨씬 더 많은 이익을 취득할 수 있었음에도 대부분 이를 수출하였는데, 이는 부가가치세 환급을 목적으로 하지 않고는 도저히 설명할 수 없는 거래행태인 점, 이 사건에서 금지금의 유통과정에서 전형적인 폭탄영업에서의 폭탄업체와 동일한 특성 및 형태를 보이는 업체들이 관여하였던 점, 이 사건 거래에서 수출이 먼저 이루어지고 그에 따른 수출대금이 원고에게 송급되면 그때서야 원고의 매입처에 송금하는 형태로 대금결제가 이루어졌는데, 이는 일반적인 수출형태와 다른 이례적인 것이고, 고도의 환가성을 지닌 금지금을 아무런 담보 없이 대금을 지급받지 않고 공급한다는 것은 경험칙에 반하는 점, 이 사건 거래에 있어서 원고를 비롯한 거래당사자들이 수출업자가 금지금을 수출하면서 관세를 환급받기 위하여 필요한 분할 증명서를 전혀 수수하지 않은 것은 정상적인 실물거래에 있어서는 발생하기 어려운 점등의 사정을 종합하여 고려하면, 이 사건 거래의 과정에서 폭탄업체와 그 전후 거래업체 사이에서 이루어진 거래는 오로지 영세거래를 과세거래로 전환하기 위하여 세금계산서만을 발행하여 수수하는 명목상의 거래로 보인다. 또한 그 후 원고에 이르기까지의 거래에 관하여 과세도매상들 역시 단지 원고로부터 받은 대금을 그 매입처에 송금하여 전달하고 세금계산서를 수수한 다음 이러한 개입의 대가로 장차 포탈할 부가가치세액의 일정 부분을 매출가액과 매입가액의 차액이라는 형태로 취득하는 사업자들로서, 이들과 원고 사이에는 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 등의 매매거래가 이루어지는 외형을 갖추었다고 하더라도 이는 실제거래로 위장하기 위한 명목이라고 봄이 상당하다.

이에 대하여 원고는, 이 사건 ① 세금계산서와 관련하여 매입처로부터 금지금 실물을 교부받은 것이 분명하고, 또 수출시마다 물품운송서, 수출신고필증, 운송증권 등을 구비하여 정상적으로 수출하였으므로 이 사건 ① 세금계산서가 사실에 부합하는 세금계산서라고 주장하나, 위와 같은 거래방식은 처음부터 정당한 세액의 납부를 전제로 하면 손해를 볼 수 밖에 없는 구조로서, 결국은 거래상대방으로부터 거래징수하는 한편 과세관청에 대하여는 책임재산의 의도적인 산일과 그에 이은 폐업신고에 의하여 그 지급을 면하는 부가가치세 상당액이 위 거래에서 상정할 수 있는 유일한 이유의 원천이자 거래의 등기였음을 알 수 있고, 현실적으로는 조세수입의 감소나 국고손실을 초래한다는 의미 밖에는 없는 것이어서, 설령 형식적으로 거래에 따른 세금계산서를 발행교부하고 과세표준 및 세액 신고서를 제출함으로써 조세의 확정이 정상적으로 이루어졌다 하더라도, 오로지 부가가치세의 환급을 목적으로 한 거래에 의하여 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 환급받은 것이라면 이는 종합적으로 고찰할 때 그 실질에 있어서는 부가가치세의 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 의도가 있었다고 할 것이어서(대법원 2007.2.15. 선고 2005도9546 판결 참조), 결과적으로는 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 경우와 다를 바 없다고 할 것이다.

(나) 원고의 선의・ 무과실 여부

원고는 또한 이 사건 ① 세금계산서 관련 거래에 선행하는 거래들에 관하여는 알지 못하였고 알 수도 없었다는 취지로 주장하나, 앞서 본 사실관계 및 사정들에 비추어 보면, 금지금의 수출・수입과 관련된 영세율 제도 및 부가가치세 환급제도를 악용하여 선행 거래당사자가 납부하지 않은 부가가치세를 후행 거래당사자가 환급받는 방식으로 국고를 편취하는 불법행위가 완결되기 위하여는 최종적으로 금지금을 수출하면서국가로부터 부가가치세 환급을 받아내는 원고와 같은 수출업체의 존재가 필수적이고, 원고가 거래물량, 단가 등에 대하여 거래처와 아무런 별도 협상 없이 부가가치세 환급을 염두에 두고 수출하는 형식만을 갖추고 거래를 한 것으로 보이는 이상 원고가 이러한 일련의 금지금 거래행위를 몰랐다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(다) 소결론

따라서 이 사건 ① 세금계산서는 실제거래 없이 가공으로 작성된 것이나 적어도 공급하는 자가 실제와 다르게 작성된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이므로, 이를 전제로 한 피고의 부가가치세 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 ② 세금계산서 관련 부가가치세 부과처분

피고는 원고가 금지금을 매입하면서 수령한 이 사건 ② 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다는 이유로 당해 매입세액의 공제를 부인하면서 부가가치세 부과처분을 하였는바, 이 사건 ② 세금계산서와 관련된 부가가치세 부과처분이 적법하기 위해서는 이 사건 ② 세금계산서상의 금지금이 언제, 누구에 의하여 수입되어 이떤 유통경료를 거쳐 거래되었는지, 유통에 관여한 업체들 사이에서 금지금 실물의 이동과 대금의 결제는 어떻게 이루어졌는지, 그에 다라 개별거래에 있어서 원고의 매입처와 그 선행매입처가 폭탄업체 또는 도관업체에 해당한다는 점 등이 구체적으로 입증되어야 할 것인데, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 ② 세금계산서상 금지금의 구체적인 거래과정 내지 원고의 매입처와 그 선행매입처가 폭탄업체 또는 도관업체라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

그렇다면 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 ① 세금계산서 관련 거래가 사실과 다른 세금계산서에 기하여 이루어진 거래라거나, 우너고의 금지금 수출가격이 국내시세 또는 국제시세보다 낮았다는 사실들만으로는 이 사건 ② 세금계산서 관련 거래가 수입에서 수출에 이르기까지 유통에 관여한 업체들 사이에 암묵적인 공모고나계 하에 부가가치세의 포탈을 통한 이득을 취득할 목적으로 명목상으로만 이루어진 위장거래라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 부가가치세 부분의 정당한 세액의 계산

원고가 공제받아야 할 매입세액으로 신고한 이 사건 세금계산서상의 매입세액 9,703,092,297원 ( = 2003년 1기분 매입세액 579,955,499원 + 2003년 2기분 매입세액 4,340,270,297원 + 2004년 1기분 매입세액 4,485,490,500원 + 2004년 2기분 매입세액 297,376,000원) 중 사실과 다른 허위의 세금계산사서에 근거한 것이어서 부인되어야 할 부분은 이 사건 ① 세금계산서상 매입세액 합계액인 9,170,853,514원 ( = 2003년 1기분 매입세액 4,160,259,813원 + 2004년 1기분 매입세액 4,449,064,500원 + 2004년 2기분 매입세액 130,667,000원)이라 할 것인바, 이에 다라 원고가 부담하여야 할 정당한 세액을 계산하면, 2003년 1기부가가치세는 별지 8 '2003년 1기 부가가치세 정당세액 산출내역' 중 '정당한 세액'란 기재와 같이 560,593,990원이고, 2003년 2기 부가가치세는 별지 9 '2003년 2기 부가가치세 정당세액 산출내역' 중 '정당한 세액'란 기재와 같이 5,373,967,260원이고, 2004년 1기 부가가치세는 별지 10 '2004년 1기 부가가치세 정당세액 산출내역' 중 '정당한 세액'란 기재와 같이 6,118,342,240원이고, 2004년 2기 부가가치세는 별지 11 '2004년 2기 부가가치세 정당세액 산출내역' 중 '정당한 세액'란 기재와 같이 원고에게 오히려 87,134,325원이 환급되어야 한다.

(4) 법인세 부과처분

(가) 이 사건 ① 세금계산서 고나련 거래

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바, 구 법인세법 제76조 제5항은 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니하는 경우 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산하여 징수할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 그 내용이 실제와 다른 증빙서류를 수취한 경우까지를 규정하고 있지 아니하다(법인이 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등에 대한 계산서 교부나 제출과 관련하여 가산세를 규정한 법인세법 제76조 제9항 각 호가 사실과 다르게 기재한 경우를 명시한 것과 비교해 보면 보다 명백하다)

구 법인세법 제76조 제5항의 취지가 법인의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 당성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 법인에게 정규지출증빙서류를 수취하도록 하고, 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 않은 금액의 일정 비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것에 있음에 비추어 볼 때(헌법재판소 2005.11.24.자 2004헌가7 결정, 2007.5.31.자 2006헌바88 결정 참조), 위 규정에 의한 가산세는 실제의 거래가 있음에도 그 지출증빙서류를 수취하지 않은 경우에 적용되어야 하고, 이 사건 ① 세금계산서와 같이 실제 거래가 없음에도 거래가 있는 것으로 위장하고 증빙서류를 수수한 행위에 대하여는 적용할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이 사건 ① 세금계산서 관련 거래에 관하여 위 규정을 적용한 피고의 법인세 부과처분은 위법하다.

(나) 이 사건 ② 세금계산서 관련 거래

앞서 본 바와 같이 이 사건 ② 세금계산서에 관한 거래가 수입에서 수출에 이르기까지 유통에 관여한 업체들 사이에 암묵적인 공모관계 하에 부가가치세의 포탈을 통한 이득을 취득할 목적으로 명목상으로만 이루어진 위장거래라고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이와 달리 위 거래가 위장거래에 해당함을 전제로 한 피고의 법인세 부과처분은 위법하다.

(나) 이 사건 ② 세금계산서 관련 거래

앞서 본 바와 같이 이 사건 ② 세금계산서에 관한 거래가 수입에서 수출에 이르기까지 유통에 관여한 업체들 사이에 암묵적인 공모관계 하에 부가가치세의 포탈을 통한 이득을 취득할 목적으로 명목상으로만 이루어진 위장거래라고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이와 달리 위 거래가 위장거래에 해당함을 전제로 한 피고의 법인세 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 부과처분 중 2003년 1기 부가가치세 중 560,593,990원을 초과하는 부분, 2003년 2기 부가가치세 중 5,373,967,260원을 초과하는 부분, 2004년 1기 부가가치세 중 6,118,342,240원을 초과하는 부분, 2004년 2기 부가가치세 부과처분, 2003년도 및 2004년도 각 법인세 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.