2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 8. 12. 특수관계자인 CC우주항공 주식회사(이하 'CC우주항공'이라 한다)가 발행한 신주 23,514,000주를 117,570,000,000원(1주당 액면가 5,000원)에 인수(이하 '1차 신주인수행위'라 한다)하고, 2000. 4. 25. CC우주항공이 발행한 신주 8,505,577주를 42,527,885,000원(1주당 액면가 5,000원)에 인수(이하 '2차 신주인수행위'라 한다)하여 합계 160,097,885,000원을 CC우주항공에 출자하고, 이를 투자유가증권으로 회계처리하여 두었다가, 2000. 6. 7. 투자유가증권감액손실 등으로 회계처리하고 위 신주인수가액 전액을 손금에 산입하여 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 피고는 1, 2차 신주인수행위는 유상증자의 형식을 빌려 원고가 CC우주항공에 위 신주인수가액 전액을 무상으로 지원한 것으로서 부당행위계산부인의 대상이 된다고 판단하고, 위 금액에 대한 인정이자를 익금산입하고, 그 지급이자를 손금불산입하는 것을 전제로 2000사업연도에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 산출한 다음, 원고에 대하여 2006. 3. 27. 2000사업연도 법인세 107,655,269,890원의 부과처분을 하였다.

다. 원고가 이에 불복하여 2006. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하자, 조세심판 원은 2009. 3. 24. 위 1, 2차 선주인수행위는 업무무관가지급금의 지급행위로 볼 것이 아니라, '특수관계자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우'로 보아야 한다는 이유로, 2006. 3. 29.자 2000사업연도 법인세 107,655,269,890원의 부과처분은 그 신주인수가액 전액을 인정이자 익금산입 및 지급 이자 손금불산입 대상금액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였다.

라. 이에 피고는 조세심판결정에 따라 1, 2차 신주인수행위가 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2002. 12. 31. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제88조 제1항 제1호 소정의 부당행위계산에 해당한다고 보고, CC우주항공에 대한 이익분여액 산정의 기준이 되는 주식의 시가를 0원으로 보 고 이익분여액을 계산하여 이 사건 각 신주인수대금을 손금불산입한 다음, 2009. 4. 3. 2000사업연도 귀속 법인세(가산세 포함) 107,655,269,890원의 부과처분에서 6,977,820,014원을 감액하는 경정처분을 하였다[이하 2006. 3. 27.자 2000사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 이와 같이 감경되고 남은 부분(100,677,449,880원)을 '이 사건 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

(1) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 적용의 위법

(가) CC우주항공의 신주발행은 법인세법에서 규정하고 있는 자본거래일뿐만 아니라 원고가 CC우주항공의 신주를 인수하더라도 CC우주항공의 소득에 아무런 영향을 미치지 못하므로, CC우주항공에 이익분여가 이루어진 것으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 신주인수행위는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다.

(나) 만약 주주의 신주인수행위를 발행회사와 주주 사이의 자산 거래로 취급하게 되면, 주주배정방식의 유상증자를 할 때 주식발행가격과 세법상 주식평가금액과의 차이가 있기만 하면, 자산의 고가매입 내지 자산의 저가양도에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되는 부당한 결과가 발생한다.

(다) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 신설로 더 이상 자본거래를 통한 이익분여에 관하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 적용되어서는 안된다.

(라) 한편, 1, 2차 신주인수행위는 IMF 위기 및 정부주도의 항공산업 구조조정 과정 에서 원고가 주주로서의 맡은 바 책무를 다하고, CC우주항공의 부도에 따른 금융제재의 우려 등을 회피하고자 한 노력의 결과이므로, 이를 경제적 합리성을 결한 비정상 적 행위에 해당한다고 볼 수는 없다.

(2) 부당행위계산 부인의 기준이 되는 이익분여액 산정 위법

(가) 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액으로 평가되어야 하고, 이 경우 정상적인 실제 거래사례 가격이 없는 이상 감정가격이나 상속세 및 증여세법 소정의 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하여야 함에도 불구하고 피고는 그와 같은 방법으로 시가를 산정하지 아니하였는바, 이 사건 각 신주인수 직후 CC우주항공 주식에 대한 회계법인들의 평가액은 피고의 평가와 달리 0원을 초과한다.

(나) 신주인수대금의 납입으로 언하여 원고가 기존에 보유하고 있던 구주식의 가치도 상승하였으므로, 이러한 가치증가분은 이익분여액을 산정함에 있어 제외되어야 한다.

(3) 가산세 부과의 위법

(가) 정당한 사유의 존재

법인세법상 신주인수행위를 통한 이익분여에 대한 과세방법에 관한 해석이 일의적 이라고 할 수 없는 점, 피고조차도 부당행위계산부인규정의 적용에 대해 확신을 가지지 못하고 2000사업연도에 대한 부과처분의 제척기간이 임박한 2006. 3. 27.에 이르러 서야 이 사건 처분을 함으로써 본세보다 많은 가산세가 부가된 점, 원고가 1, 2차 신주 인수행위를 하게 된 경위에 참작할 바가 있는 점 등을 보태어 보면, 원고가 1, 2차 신주인수에 관하여 법인세법 제52조, 동법 시행령 제88조 제1항 제1호에 따른 법인세에 대한 신고 ・ 납부의무를 게을리 한 데 정당한 사유가 있다.

(나) 가산세율 적용의 위법

법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서 같은 시행령 제119조 제1항에 정한 가산세율이 '1일 1만분의 5'에서 '1일 1만분의 3'으로 낮아졌는데, 가산세의 법적 성격, 헌법상의 평등의 원칙, 모법인 법인세법 규정의 해석 등을 고려하면, 위 법인세법 시행령 개정 이후부터는 1일 1만분의 3의 가산세율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) CC우주항공은 1994. 3.경 원고, CC정공 주식회사(이하 'CC정공'이라 한다), 정DD 등의 출자로 설립되어 항공사업, 우주사업, 자동차 및 중기 변속기사업, 헬기 운항사업 등을 영위하였는데, 1996.경부터 1998. 초경까지 서산공장을 건설하는 과정에서 금융기관 차입, 회사채 발행 등으로 마련한 약 2,700억 원의 자금을 투입하였으나, 1997. 말경 IMF 외환위기로 인한 금리 상승으로 인하여 차입금에 대한 이자 부담이 급격히 증가하고, 주생산품인 항공기 날개의 제작 ・ 판매 등 항공사업 부문의 수익성이 악화되어 해마다 당기순손실이 급격히 늘어나서 재무구조가 악화되고 있었고, 1998. 4. 29. 운영자금을 마련하기 위하여 480억 원의 유상증자를 실시하였지만 그 이후로도 재무구조가 그다지 개선되지 아니하였다.

(2) 그러던 중 1998. 하반기에 정부 주도로 항공산업에 대한 구조조정(소위 빅딜) 과정에서, 1999년 하반기까지 CC우주항공, EE항공산업 주식회사, FF중공업 주식회사 등 3사의 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형식으로 1개의 통합법인을 설립하기로 한다는 내용의 구조조정 방안이 확정되어 GGGG우주산업 주식회사(이하 'GGGG우주산업'이라 한다)가 그 설립을 앞두고 있었다.

(3) CC우주항공은 위와 같은 항공산업에 관한 구조조정계획에 따라 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 양도하고 나면 항공사업 등에서 발생한 막대한 부채를 떠안게 되는 반면, 잔존사업 부문은 수익성이 없는 변속기사업 부문, 우주사업 부문 등이 남아 그 사업 부문만으로는 금융기관 차입금의 이자조차 제대로 납부할 수 없는 등 조만간 부도가 날 수밖에 없는 상황이었고, 따라서 당시에 항공사업 부분에 대한 구조조정 이후 잔존사업 부문을 정리한 다음 청산하는 방안이유력하게 검토되고 있었다.

한편, CC그룹의 계열사는 CC정공이 약 38억 원의 보증채무를 부담하고 있었던 것을 제외하고는 CC우주항공의 채무에 대하여 거의 지급보증을 하지 아니하여, CC우주항공이 부도가 난다고 하더라도 그 존립에 별다른 영향이 없었으나, 당시 CC그룹 회장이자 CC우주항공의 최고경영자이던 정DD가 CC우주항공의 부채에 대하여 약 2,607억 원 상당의 보증채무를 부담하고 있어서 그 보증채무를 해소할 필요가 있었다.

(4) 이에 향후 CC우주항공이 청산될 경우에 대비하여 정DD는 자신이 최고 경영자로서 경영권을 행사하고 있던 CC자동차, CC정공 등의 회사 자금을 이용하여 현 대우주항공의 유상증자를 실시하고 이를 통해 조성한 자금으로 CC우주항공의 기존 채무를 변제함으로써 잔존자산과 채무를 동일한 수준으로 맞추어 부도 없이 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 하는 방안을 강구할 것을 CC우주항공 대표이사 김JJ과 CC그룹 종합기획실에 지시하였다.

"(5) 정DD의 위와 같은 지시에 따라 CC우주항공은 부채변제자금을 마련하여 잔존 자산과 부채를 통일한 수준으로 맞추기 위하여 유상증자를 계획하고, 1999. 8. 12. 주주배정방식으로 신주 8,000만 주를 주당 5,000원(액면가)에 발행하여 4,000억 원을 조 달하는 내용의 유상증자를 실시했는데, 당시 원고(지분 29.39%)는 117,570,000,000원, CC자동차(지분 17.64%)는 70,542,000,000원, CC정공(지분 11.76%)은 47,028,000,000 원, KK산업개발 주식회시{이하KK산업개발'이라 한다)(지분 4.83%)는 19,308,950,000원, 정DD(지분 3%)는 12,014,505,000원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, 그 결 과 합계 266,463,455,000원의 자금을 조달하였다(이하 '이 사건 1차 유상증자'라 한다).", "당시 위 법인주주들 중 CC정공을 제외하고는 달리 CC우주항공의 부채에 대하여 보증 채무를 부담하고 있지 않았고, CC우주항공으로부터 출자를 받은 바도 없었으나, CC그룹 종합기획실 및 김JJ의 협조 요청에 따라 법인주주들이 CC우주항공의 손실을 분담하는 차원에서 이 사건 1차 유상증자에 각 참여하였던 반면, CC우주항공의 주식 지분 22.76%를 보유하고 있던 LLLLLLL라는 외국계 회사는 보유주식에 대한 유상소각이 예정되어 있다는 이유로, CC우주항공의 주식 지분 10.62%를 보유하고 있던 CC산업개발 주식회사(이하CC산업개발'이라 한다)는 CC그룹에서 사실상 계열 분리되었다는 이유로 각 위 유상증자 참여를 거절하였다.",(6) 이후 CC우주항공은 이 사건 1차 유상증자로 조달된 자금으로 금융권에 대한 부채 등을 변제하는 한편, 소위 빅딜 계획에 따라 1999. 10. 1. 항공사업 부문을 FF중공업, EE항공과 함께 설립한 GGGG우주산업에 현물 출자하여 그 지분 33.33%를 보유하게 되었고, 그 후 2000. 2. 16. 이를 CC자동차에 양도하였으며, 1999. 12. 28. 상용차 및 중기 트랜스미션 부문을 물적 분할하여 QQQQQ를 설립하고, 같은 날 그 출자지분을 제3자에게 양도하였으며, 2000. 2. 1. 우주사업 부문을 원고에게 양도하였고, 같은 해 4. 6. 위성사업 부문을 e-HD.com에 양도하였다.

(7) 한편, 정DD는 2000. 1. 4. 보유 중이던 CC우주항공의 주식 전부(3,141,790주, 지분 4.35%)를 CC우주항공의 직원들인 정PP 외 5명에게 1주당 1원에 양도하였다.

(8) 그런데 이 사건 1차 유상증자 이후 CC우주항공이 GGGG우주산업에 현물출자한 항공사업 부문의 자산 평가 과정 등에서 이 사건 1차 유상증자 당시 예상하지 못했던 추가 부채가 발견되었고, CC우주항공의 주요 사업 부문이 정리된 이후에 사실 상 CC우주항공의 청산이 현실화됨에 따라, 정DD, 김JJ 등 CC우주항공의 경영진은 CC우주항공의 잔존자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 다시 유상증자를 계획하고, 2000. 4. 25. 주주배정방식으로 신주 2,000만 주를 주당 5,000원(액면가)에 발행하여 1,000억 원을 조달하는 내용의 유상증자를 실시하였는데, 당시 원고(지분 42.53%)가 42,527,885,000원, CC자동차(지분 25.52%)가 25,516,730,000원, CC정공 (지분 17.01%)이 17,011,155,000원, KK산업개발(지분 6.98%)이 6,984,505,000원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, 그 결과 합계 92,040,275,000원의 자금을 조달하였다(이하 '이 사건 2차 유상증자'라 한다).

(9) 한편, 당시 CC우주항공의 주식 지분 3.61%를 보유하던 CC산업개발은 현금 유동성 부족을 이유로 위 유상증자에 참여하지 아니하였고, 정DD로부터 지분 4.35%를 양수한 정PP 등 개인주주들도 위 유상증자에 참여하지 아니하였다.

(10) 정DD는 CC우주항공의 부채에 대하여 거액의 보증채무를 부담하여 왔는데, 1999. 7. 말경에는 보증채무액이 2,107억 원에 이르렀으나, 1999. 8. 12.자 신주발행 이 후 1999. 하반기에 그 중 701억 원의 채무가 상환되었고, 1999. 9. 30.경 항공사업 부문의 빅딜 및 같은 해 12. 28.경 변속기 사업부문 물적 분할 과정에서 합계 435억 원의 보증채무가 해당 사업부문과 함께 이관되었으며, 2000년에는 2000. 4. 25.자 신주발행 전후에 걸쳐 971억 원의 채무가 상환됨으로써 전액 해소되었다.

(11) 원고와 KK산업개발은 2000. 6. 9.경 CC우주항공 주식 전부를 CC우주항공 직원들인 정PP 등에게 주당 1원씩에 매도하였고, CC우주항공은 2000. 12. 28.경부 터 2001. 2. 14.경까지 CC자동차에 3회에 걸쳐 잔존자산 중 항공기 조립용 치구세트, 서산공장 부지, 도장설비 등을 합계 약 936억 원에 매각하였고, 2001. 4. 1.경 헬기사업 부문의 자산과 부채 각 32억 원 상당을 QQQQQ에 양도하였다.

(12) CC우주항공은 2001. 9. 28. 임시주주총회의 해산결의를 거쳐 같은 달 29. 해산등기를 하였고, 이후 청산절차를 통하여 잔여재산을 회사 채권자들에게 모두 배당하기로 한 다음 2001. 12. 28. 청산 종료하였는데, 그 과정에서 회사 채권자들은 그 채권을 모두 상환받았고, 이 사건 각 신주인수를 통하여 CC우주항공에 출자하였던 주주 사들인 원고, CC자동차, CC정공 등은 그때까지 보유하던 CC우주항공 주식을 모두 손실 처리하였다.

(13) 상속세 및 증여세법 시행령 소정의 평가방법을 기초로 한 CC우주항공 주식 1주에 대한 회계법인의 평가금액은 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 10, 12 내지 25호증(각 가지번호 붙은 호증 포함), 을 제2 내지 9호증(각 가지번호 붙은 호증 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관하여

(가) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 적용 여부

"① 법인세법 제52조에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래 형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정해진 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도인 점, ② 법인세법 제52조는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 부당행위계산을 한당해 법인'의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호는 부당행위계산의 한 유형으로자산을 시가 보다 높은 가액으로 매입한 경우'를 들고 있는 점, ③ 어느 법인이 선주인수 당시 신주 발행회사의 자산 및 수익상태 등을 고려한 신주의 정당한 가격보다 현저히 높은 가격으로 신주를 인수하였다면, 이로 언하여 신주 발행회사의 손익에는 아무런 영향이 없다고 하더라도, 신주를 부당히 고가로 인수한 그 법인으로서는 향후 인수한 신주를 그 정당한 평가액 상당액으로 매도하고 그 유가증권평가손실을 손금에 산입함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 수 있는 점, ④ 신주인수행위는 신주를 발행하는 회사의 자본을 형성하는 단체법적, 회사법적 행위로서 그 인수대금이 발행회사의 자본을 구성한다는 점에서 이마 발행된 주식의 거래와는 다른 점이 있으나, 발행 회사에 신주인수대금을 납입하고 발행회사로부터 주식을 취득하여 발행회사의 주주가 된다는 점에서 이미 발행된 주식을 매수하는 것과 실질적인 차이가 있다고 보기 어려우므로, 이를 이미 발행된 주식이나 유가증권의 거래 등과 마찬가지로 자산을 매입한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 신주인수행위도 신주발행 당시 발행회사의 자 산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있는 점 등을 종합하면, 신주를 고가에 매입하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제l호에 정한 부당행위계산에 해당된다고 봄이 상당하고, 1998. 12. 30. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우의 하나로 '법인의 증자에 있어서 신주를 사가보다 높은 가액으로 인수한 경우'를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니며, 특히 뒤에서 보는 바와 같이 1, 2차 유상증자 직후의 1주당 가격이 0원을 초과하지 아니하여 CC우주항공의 다른 주주에게 전혀 이익이 분여된 바가 없는 이 사건의 경우에는 더욱 그러하다.",(나) 1, 2차 신주인수행위가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 부당행위 계산 부인대상에 해당하는지 여부

앞서 본 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 특수관계자의 지위에 있던 CC우주항공은 이 사건 1, 2차 유상증자 당시 계속된 결손으로 인하여 자본잠식 상태에 있었을 뿐만 아니라 항공사업 부문을 포함한 전 사업부문의 구조조정을 통한 청산이 진행되고 있는 상태에 있었기 때문에 원고를 포함한 주주들이 각 유상증자에 참여하더라도 수익을 얻지 못하거나 그 출자액을 회수할 수 없게 될 가능성이 농후하였음에도 불구하고 CC그룹에서 사실상 계열 분리된 CC산업개발 등과는 달리 위 각 유상증자에 참여한 점, ② 원고는 CC우주항공의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질 가치 등에 대하여는 제대로 검토하지 아니한 채 CC우주항공의 채무를 분담하는 차원에서 위 유상증자에 참여하기로 결정한 것으로 보이고, 이 사건 1, 2차 유상증자를 통 하여 조달된 신주인수대금 대부분이 CC우주항공의 기존 채무변제에 사용되었고, 그 결과 정DD가 CC우주항공에 대하여 보증책임을 면하게 되었으므로, 정DD의 보증인으로서 책임을 면하게 해 주는 것이 증자참여결정의 주된 이유 중 하나였던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 이 사건 1, 2차 유상증자에 참여한 CC우주항공의 다른 법인주주들과 마찬가지로 CC우주항공의 채무에 대하여 보증채무를 부담하고 있지 않아서 CC우주항공의 부도에 별다른 영향을 받지 않는 회사였을 뿐만 아니라, 금융기관들은 여신 제재 등을 결정함에 있어서 당해 회사의 재무구조, 사업 전망, 전체적인 담보현황 등 그 신용상태에 영향을 미치는 요인들을 종합적으로 고려하여 판단할 것이므로, CC우주항공이 부도 처리된다고 하여 금융기관들이 원고와 같은 법인주주들에 대하여 여신 제재나 금융상의 불이익을 가할 것으로 보이지 않는 점, ④ 원고는 1, 2차 선주인 수행위가 있었던 직후인 2000사업연도에 CC우주항공 신주의 가치를 모두 0원으로 평가하고 신주인수가액 전액을 투자유가증권감액손실 등으로 손금산입하였고, 위 신주 인수에 참가한 다른 법인주주들도 그 신주인수가액 전액을 손실로 처리한 점, ⑤ 이 사건 1, 2차 유상증자는 CC우주항공이 부도 없이 청산함으로써 정DD의 보증채무를 면하게 할 목적으로 정DD의 지시에 따라 CC그룹 종합기획실과 김JJ의 주도로 이루어진 것으로 보이는 점, ⑥ 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 1, 2차 유상증자에 따른 선주인수가액이 1, 2차 유상증자 당시 CC우주항공의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액보다 현저히 고가인 점 등을 종합하여 보면, 원고의 1, 2차 신주 인수행위는 모두 특수관계자인 CC우주항공으로부터 사가를 초과하여 자산을 고가로 매입하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킨 것으로서, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 봄이 상당하다.

(다) 소결론

그렇다면, 원고의 1, 2차 신주인수행위는 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제 1항 제1호의 부당행위계산의 부인대상 행위에 해당한다.

(2) 두 번째 주장에 관하여

(가) CC우주항공에 대한 이익분여액 산정 관련

1) 부당행위계산 부인의 기준이 되는 가격(시가)의 산정방법

"법인세법 제52조 제2항에는 제1항의 규정(부당행위계산 부인)을 적용함에 있어서건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 한다'고 규정되어 있고, 같은 조 제 4항에는부당행위계산의 시가의 산정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다'고 규정되어 있다. 한편 법인세법 시행령 제89조 제1항에는당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다'고 규정되어 있고, 같은 조 제2항에는 시가가 불분명한 경우에는① 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다, ② 상속세 및 증여세법 제38조 , 동법 제 39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액'의 순서대로 산정한 금액을 시가로 한다는 취지로 규정되어 있다.",위 규정을 체계적으로 해석하면, 어떠한 조세회피행위가 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위 계산에 해당하는지를 판단함에 있어서는 같은 조 제2항에서 제시한 기준인 사회통념과 상관행 및 시가를 기준으로 하여야 하고, 나아가 어떠한 조세회피 행위가 부당행위계산으로 판단될 경우 구체적인 부당행위계산 액수를 산정함에 있어서는 같은 조 제2항 소정의 시가를 기준으로 하여야 하는데, '시가'란 ① 정상적인 거래에서 적용되는 가격 또는 ② 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미한다. 이때 '정상적인 거래에서 적용되는 가격'이란 통상적으로 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 '당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격'을 의미한다 할 것이지만, 위 시행령에 규정된 경우 외에도 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 특정 소수인과 계속적 또는 1회적으로 거래한 가격이라 하더라도 그것이 합리적인 거래로 인정될 수 있는 가격이라면 그 가격 또한 정상적인 거래에서 적용되는 가격이라 못 볼 바 아니다. 또한 '정상적인 거래에서 적용 될 것으로 판단되는 가격'이란 정상적인 거래로 인정할 만한 실제 거래 사례가 없는 경우라 하더라도 제반 사정을 고려한 끝에 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하고, 법인세법 시행령 제89조 제2항에 규정된 감정가액 등이 그 예가 될 수 있겠으나 제반 사정을 고려하여 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격이 명백히 밝혀질 수 있는 경우라면 이는 시가가 분명한 경우라 할 것이고 따라서 그러한 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항의 규정을 적용할 필요가 없다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건의 경우 피고가 이 사건 각 신주인수에 관하여 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단될 가격을 0원으로 본 것이 위법한지 여부

"위 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 각 신주인수는 모두 CC우주항공이 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 자산과 부채를 통일하게 맞추기 위하여 계획되었고, 이를 위해 두 차례나 유상증자를 하였는데, 특히 2000. 4. 25.자 유상증자는 1999. 8. 12.자 유상증자 당시 예견하지 못한 부채가 발생함에 따라 이를 정리하기 위한 목적으로 시행되었고 그 당시 CC우주항공의 주요 사업 부문들이 정리되어 부채 규모를 파악하는 데 어려움이 없었던 점, ② 실제로 CC 우주항공은 2000. 4. 25.자 유상증자 이후 별다른 사업활동을 하지 아니하였고, 부도 없이 청산하였으며, 청산 결과 CC우주항공의 채권자들은 채권을 모두 상환받은 반면 주주들에게는 별도로 잔여재산을 환급하지 아니하였고, 원고를 포함한 주주사들은 CC우주항공이 해산결의를 하기 전에 이미 소유하고 있던 CC우주항공 주식을 모두 손실로 처리한 점, ③ 정DD는 1999. 8. 12.자 신주인수를 한 때로부터 불과 4개월여 후에 소유하고 있던 CC우주항공의 주식 전부를 정PP 등에게 l주당 l원으로 계산하여 양도하였고, 원고와 KK산업개발은 2000. 4. 25.자 신주인수를 한 때로부터 불과 1개월여 만에 소유하고 있던 CC우주항공의 주식을 모두 정PP 등에게 1주당 1원으로 계산하여 양도하였는데 위1원'이라는 양도가액은 위와 같은 주식양도가증여'가 아니라는 점을 외형상 나타내기 위한 것에 불과한 것으로 보이는 점, ④ 1998. 하반기에는 항공산업에 관한 구조조정 계획도 확정되어 있었고, CC우주항공은 1999. 8. 12.자 유상증자에도 불구하고 자본잠식상태가 개선되지 아니하였으며, 이 사건 각 신주인수를 전후한 1997.부터 2000.까지 계속하여 큰 규모의 당기순손실을 발생시켰을 뿐 아니라 그러한 상황이 개선될 가능성이 거의 없었던 것으로 보이는 점, ⑤ 위와 같은 CC우주항공의 상황에 비추어 볼 때, CC우주항공과 함께 동일한 대기업집단에 속해 있는 등의 특수한 사정이 없는 한 이 사건 각 신주인수에 참여할 자는 없었을 것으로 보이므로, 그러한 특수관계가 없는 자들과 CC우주항공 사이의 정상적인 신주인수를 상정 할 경우에는신주인수'라는 거래 자체가 성립하지 않을 것이 명백하므로 그러한 경우 거래가액은 이론상 0원이 될 것인 점, ⑥ SS회계법인과 RR회계법인의 각 주식명가 결과는 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 평가방법을 기초로 한 것이고, 앞서 설시한 바와 같이 위 평가방법은 가격 결정에 관여하는 모든 요소들을 총체적으로 반영하기는 어려울 뿐 아니라, 기본적으로 주식의 교환가치를 밝히는 것이 아니라 회사의 순자산(또는 순손익)을 기준으로 한 주식의 실질가치를 계산하는 데에 초점이 맞춰져 있으므로, 자산(또는 손익)을 기준으로 한 실질가치뿐 아니라 회사의 앞으로의 전망, 수익성, 주식의 거래가능성, 신주인수인들과 신주발행 회사와의 관계, 신주 인수의 동기, 신주발행의 경위 등을 모두 고려하여 결정되는 주식의 교환가치와는 상당한 괴리가 발생할 수 있는 점, ⑦ 특히, 이 사건 각 신주인수와 같은 비정상적 상황에서의 이례적인 주식거래에 있어서는 신주인수 당시 가시화된 주식의 실질가치를 결정하는 요소 외에 회사의 앞으로의 전망, 수익성 등 앞서 본 여러 요인들이 가격형성에 미치는 영향이 매우 크므로 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 평가 방법을 기초로 한 SS회계법인, RR회계법인의 각 주식가치평가로는 원고가 이 사건 각 신주인수를 통하여 취득한 주식의 적정한 교환가치를 밝히기 어려울 것으로 보이는 점 등을 모두 고려하면, 이 사건 각 신주인수 직후에 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 주식가액은 0원인 것으로 인정된다.",(나) 원고의 구주식의 가치 상승분의 공제 여부

신주인수는 취득 당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과 달리 선주인수대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안하면, 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액이라고 보아야 할 것이다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조). 따라서 신주인수행위로 인한 부당행위계산 부인에 있어서의 이익분여액은 신주 발행회사의 증자대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액을 말한다고 할 것이고, 원고가 CC우주항공에 대하여 위 차액에 해당하는 이익을 분여한 이상, 원고 의 신주인수행위로 인하여 원고가 소유하는 구주식의 가치가 상승하였다고 하더라도, 이는 반사적인 이익에 불과할 뿐 CC우주항공에 분여된 이익액의 산정시에 고려할 필요가 없다.

(다) 소결론

그렇다면, 이 사건 1, 2차 유상증자 대금 납입 직후의 CC우주항공 주식의 1주당 주식가액을 모두 0원으로 본 이 사건 처분에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다.

(3) 세 번째 주장에 관하여

(가) 정당한 사유 유무

법언세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세 의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부에 관한 의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조).

앞서 본 바와 같이 1998. 12. 31. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에 '신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 경우'를 부당행위계산의 유형에 추가하기 전에도 이와 같은 신주의 고가 인수행위에 대하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 규정이 적용되는 것으로 해석되어 왔고, 원고 주장 자체에 의하더라도 원고의 신주인수행위가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 해당될 가능성이 있다는 것을 원고도 인식한 것으로 보이는 점, 국내 굴지의 대기업인 원고가 CC우주항공의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치 등에 대하여 제대로 검토하지 아니하고 CC그룹의 회장인 정DD의 CC우주항공에 대한 보증채임을 면책해 주기 위하여 1, 2차 신주인수행위를 한 점, 원고는 2000사업연도의 법인세를 신고함에 있어 위와 같이 취득한 CC우주항공의 신주인수가액 전액을 손금산입함으로써 2000사업연도 소득이 감소되어 조세의 부담이 줄어드는 결과가 초래된 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 제반 사정을 고려하더라도 원고가 그 의무를 게을리 한 데 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 가산세율 적용의 위법 유무

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제3호에는 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 '납부하지 아니한 세액(마달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) x 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율'의 산식을 적용하여 계산한 금액을 가산세로 부과하도록 규정되어 있었는데, 법인세법 시행령 제119조 제1항이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서(이하 이와 같이 개정된 법인세법 시행령을 '이 사건 법인세법 시행령'이라 한다) 위 가산세율이 '1일 1만분의 5'에서 '1일 1만분의 3'으로 변경되었고, 그 부칙 제14조는 '제119조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다', 제17조는 '이 영 시행일 전에 법정신고기한이 경과한 분에 대한 제56조 제7항 제2호 또는 제110조 제5항 제2호의 규정에 의한 이자상당액 또는 제119조 제1항의 규정에 의한 마납부가산세는 종전의 규정에 의하여 계산한다'라고 규정하고 있다.

살피건대, 납부기한으로부터 자진납부 또는 고지일 사이에 위 대통령령 소정의 이자율이 변경된 경우, 구 법인세법 제76조 제1항 제3호 소정의 '금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율'을 결정함에 있어 그와 같은 변경 후에는 변경된 이자율에 의하여야 하는 것으로 볼 여지가 있으나, 원칙적으로 가산세를 부과할 경우 기준이 되는 법령은 납부기한 도과시의 것으로 하는 것이 조세법률주의에 부합하며, 위에서 본 바와 같이 이 사건 법인세법 시행령 부칙 제14조 및 제17조에서 경과규정을 둔 이상, 이 사건 법인세법 시행령 제119조의 개정 가산세율은 이미 법정신고기한이 경과한 이 사건의 경우에 대하여는 적용이 없는 것으로 보는 것이 문리해석에 부합하고, 이 사건 법인세법 시행령 제119조는 가산세의 비율을 조정한 것에 불과하고 개정 전후의 가산세 산정에 있어 미납세액의 다과와 미납 기간의 장단을 모두 고려하여 가산세액을 산정하는 점에 있어서는 아무런 차이가 없으므로 달리 위와 같은 부칙규정이 평등권을 침해한다거나 모법의 취지에 위반되어 무효인 것으로 보이지는 않는다.

(다) 소결론

따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분도 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.