가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 서울특별시 강남구 OO동 OOO번지 대지 13,156.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 OOOO개발공사로부터 다음의 과정을 거쳐 취득하였다.

다음

o 매매계약 체결일 : 86.4.10

o 첫회 할부금 지급일 : 86.10.10

o 계약상 잔금 지급일 : 91.4.9

o 실제 잔금 지급일 : 90.7.11

o 소유권 이전 등기일 : 90.7.18

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날을 첫회 부불금 지급일인 86.10.10로 보고 취득일로부터 2년이 경과한 88.10.10까지 업무에 사용하지 않아 비업무용부동산에 해당된다고 하여 관련 지급이자 20,287,400,260원과 종합토지세 1,050,632,505원등 21,338,032,765원을 손금불산입하고 93.11.16 청구법인에게 92.1.1～92.12.31 사업년도 법인세 8,705,498,050원을 부과하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 94.1.12 심사청구를 거쳐 94.4.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

쟁점토지위에 건축물을 신축하기 위하여 수도권정비 심의위원회에 상정을 건의하는등 관계법령에서 정한 제반절차를 성실하게 이행하였으나 수도권정비 심의 신청이 반려되거나 심의가 보류되는등 관계법령의 제한과 행정절차의 지연등으로 건축을 할 수 없었으며, 청구법인이 쟁점토지를 업무용으로 사용하지 못하게 된 정당한 사유가 있었으므로 쟁점토지는 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 제한된 토지로서 비업무용부동산에서 제외하여야 한다.

나. 국세청장 의견

수도권정비계획법은 82.12.31 법률 제3600호로 제정·공포되었으며 서울특별시의 테헤란로 도시설계지침도 84년도에 시행되어 청구법인이 쟁점토지를 청구법인 명의로 소유권 이전등기한 90.7.18 이전에 시행되어 온 법령내지는 지침일 뿐만 아니라, 실질적으로 쟁점토지가 사용이 금지 또는 제한된 사실을 발견할 수 없고, 주거래은행인 OOOO은행에서도 91.4.22 쟁점토지를 비업무용으로 보아 처분을 촉구한 사실과 현재도 나지인 점으로 보아 쟁점토지가 비업무용부동산이 아니라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 제한된 토지로 비업무용부동산에서 제외되는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제16조 제7호·제18조의 3 제1항 제1호, 같은법시행령 제30조 제1호·제43조의2 제1항 제1호, 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호·제4항의 규정을 모아보면, 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 것 중에서 위 시행규칙 제18조 제4항 각호의 규정에 해당하지 아니하는 것을 취득·관리함으로써 생기는 비용과 보유에 관련된 지급이자는 손금에 불산입하도록 규정되어 있다.

다. 사실관계

(1) 쟁점토지의 현황과 건축관련 제한내용 등

청구법인이 쟁점토지상에 신축하기로 계획한 건축물인 OOOO사옥은 지하 5층, 지상32층, 연면적 157,291㎡(47,580평)에 달하는 업무시설 및 기타 부대시설(도·소매점 등)로서,

쟁점토지는 도시계획법상의 도시계획구역안에 위치하여 상업지역 및 제1종 미관지구에 속하고 87.2.4 테헤란로 도시설계구역으로 지정 공고되어 쟁점토지상에 건축을 하려면 서울특별시장의 건축허가를 받아야 하는 바( 건축법 제8조의 2), 건축허가 이전에 먼저 쟁점토지는 (가) 도시교통정비촉진법상의 도시교통정비지역에 위치하므로 청구법인이 계획한 시설을 설치하고자 하는 경우 교통영향평가기관이 실시하는 교통영향평가를 받아 그 평가서를 관할관청에 제출하여 심의를 받아야 하고( 도시교통정비촉진법 제3조), (나) 수도권정비계획법상의 이전촉진권역에 해당하므로 건설부장관이 수도권정비심의위원회의 심의를 거쳐 협의 또는 승인을 하여야만 건축허가가 가능하며( 수도권정비계획법 제8조 및 제9조), (다) 도·소매진흥법에 의하여 대규모소매점개설 허가신청서를 제출하여 서울특별시장의 허가를 받도록 되어(도· 소진흥법 제15조) 있다.

(2) 청구법인의 이 건 관련 사업추진경위등

청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 계열그룹의 부족한 사무실 공간을 확보하고 강북사옥 이용인구의 분산과 업무중심지 다핵화, 인근무역센타와 연계한 국제무역업무의 용이한 수행 등을 도모하기 위하여 쟁점토지 위에 앞에서 본 바와 같이 연면적 157,291㎡ 규모의 업무용시설 등인 OOOO사옥을 신축할 계획을 세우고, 쟁점토지를 매매계약한 86.4.10 직후인 86.5.27 서울특별시의 인구교통영향평가회의를 거쳐서 86.11.17 같은시에 건축심의신청을 하고, 86.11.24 같은시의 인구교통영향평가 심의를 받았으나, 86.12.2 서울특별시는 청구법인이 계획하는 위 건축물의 규모는 수도권정비심의위원회의 심의대상에 해당하므로 필요한 조치를 취하고 아울러 같은시 건축위원회에서의 심의안을 참조하여 건축계획을 작성하고 건축허가전에 위 건축위원회의 재심의를 받으라는 통보를 하자, 청구법인은 86.12.17 OOOO빌딩사업계획서 및 기본계획도면 등 수도권정비심의위원회 상정 자료를 준비하여 서울특별시장에게 위 위원회 상정건의(1차)를 하고 이에 서울특별시장은 87.2.26 건설부장관에게 위 위원회 상정을 요청한 사실, 건설부장관은 이에 대하여 87.3.4 관계부처에 대한 의견조회 및 국토개발연구원에 교통영향평가의 검토의뢰 등을 한 후 87.5.18 현 서울시내 업무용 빌딩의 과다공급에 따른 국민경제상 투자효율 저하 등으로 위원회 상정이 현시점으로서는 바람직하지 못하다는 이유로 심의요청을 반려한 사실, 청구법인은 88.7.23 및 88.8.5 2차에 걸쳐 서울특별시의 교통영향평가심의를 받은 후 88.10.5 다시 서울특별시장에게 수도권정비심의위원회에 상정을 건의(2차)하고, 88.11.6 및 88.11.23 서울특별시의 2차에 걸친 건축심의를 받았으며, 서울특별시장은 88.11.30 다시 건설부장관에게 위 위원회에의 상정을 요청하였고, 88.12.4 서울특별시 제3차 건축심의에서는 위 건축관계심의를 수도권정비심의위원회의 심의 이후에 심의하기로 유보한 사실, 건설부장관은 이에 대하여 88.12월경 관계부처에 대한 의견조회를 한 후 89.8.16 위 건축물은 수도권정비계획법에서 정한 형식적 요건은 갖추었으나 같은법 제9조 제2항 단서의 “국민경제발전을 위하여 부득이한 경우”에 해당하는 실질적 요건을 갖추지 못하였으므로 위원회에 상정을 할 수 없으니 재검토하여 이를 보완하라는 이유로 심의 요청을 반려한 사실, 이에 청구법인은 청구외 (주)OO경제사회연구원의 『OOOO사옥신축의 국민경제적 효과에 대한 의견서』라는 연구 용역서를 보완하여 89.12.11 서울특별시장에게 위 위원회에의 상정을 재차 건의(3차)하였고, 서울특별시장은 90.2.13 이를 건설부장관에게 보완 제출하였으며 건설부장관은 90.4.6 상정안건에 대한 사전의견조회를 거쳐 90.5.3 개최된 90년도 제2회 수도권정비심의위원회의 실무위원회에 회부하였으나, 위 실무위원회에서는 정부가 재벌 등이 소유한 부동산을 조사하여 종합대책을 강구하고 있으므로 정부의 부동산종합대책의 추이를 보아 2, 3주 후에 다시 심의하기로 하고 위 건축계획의 심의를 보류하였다가, 90.5.8 정부의 부동산특별대책이 발표된 후 90.7.27 개최된 같은 연도 제3회 실무위원회에서는 정부가 추진하고 있는 기업 소유 비업무용부동산 매각처분대상의 판정기준이 확정된 후 재심하기로 하고 다시 심의를 보류하였고, 정부의 5.8부동산특별대책에 기하여 90.9.5 국세청장은 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하여 청구외 은행감독원장 및 주거래은행인 청구외 OOOO은행을 경유, 청구법인에게 통보하였고, 청구법인은 위 OOOO은행으로부터 위 비업무용부동산 판정 통보일로부터 6개월 내인 91.3.4까지 쟁점토지를 매각하라는 통보를 받게 되어 더이상 앞서 본 수도권정비심의위원회의 심의나 기타 건축허가를 받기 위한 제반절차를 진행시킬 수 없게 된 사실, 건설부장관은 91.3.28 서울특별시장에게 위 건축계획에 대하여 관계부처 협의 결과 및 보완사항에 대한 확정적인 통보가 없어 관련서류 일체를 반송하니 실무위원회에서 논의된 보류사유에 대한 조치가 완전히 이루어진 후 재상정 여부를 검토하도록 하라는 통보를 한 사실등이 관련자료에 의하여 인정된다.

라. 판단

(1) 법인세법 제18조의 3은 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 그 제1호에서 당해 법인의 업무에 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 들고 있고, 같은법시행령 제43조의 2 제1항은 법 제18조의3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 하면서 그 제1호에서 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인이 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 들고 있으며, 같은법 시행규칙 제18조 제3항은 영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 비업무용부동산이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하고, 그 제1호는 부동산을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 들고 있고, 한편 같은조 제4항은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서, 그 제1호는 “당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 부동산”등을, 제17호는 “법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받거나 이를 신청한 법인 또는 건축허가를 신청한 법인이 제3항 제1호에 규정된 기간이 경과되기 전에 건축법 제44조의 규정에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축이 제한된 기간에 한한다)와 건축허가를 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 착공이 제한된 토지(착공이 제한된 기간에 한한다)” 등을 들고 있다.

법인세법시행규칙 제18조 제4항은 제1호에서부터 제17호에 이르기까지 같은조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니하는 부동산에 관하여 규정하고 있는 바, 법인세법시행령 제43조의 2 제3항의 위임에 따라 법인의 비업무용부동산의 보유를 규제하는 위 시행규칙의 규정내용을 보면 그 제18조 제3항에서 법인의 비업무용부동산에 해당하는 일반적인 경우를 규정하고, 제4항에서는 비업무용부동산의 적용대상에서 제외되는 경우에 관하여 별도의 규정을 두어 법인이 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라도 위 제3항의 어느 하나에라도 해당하면 일단 비업무용부동산으로 보고, 위 제4항에서 일정한 경우에 비업무용부동산의 적용대상에서 제외하여 그 규제를 해제하는 형식으로 되어 있다.

(2) 먼저, 쟁점토지의 취득시기를 언제로 볼 것인지에 따라 각종 건축관련 제한이 취득전에 있었는지 또는 취득후 있었는지를 판단하는 기준일이 되고, 90.4.4 개정시행 규칙을 적용할 것인지의 기준이 되어 이를 판단한다.

쟁점토지의 취득시기를 처분청에서는 청구법인의 89.1～12사업년도분 법인세 부과시부터 91.1～12사업년도분까지 쟁점토지의 매매조건을 연불조건부매매로 인정하여 위 원처분 개요의 가. 에서 본 첫회 부불금지급일인 86.10.10로 보아 비업무용부동산으로 판정하고 있으나, 이에 대한 법원의 확정판결에서 일관되게 관련법령의 미비와 쟁점토지의 인도등이 이루어지지 않고 있어 연불조건부거래로 볼 수 없다는 등의 이유로, 취득시기의 일반기준인 잔금지급일(90.7.11)을 쟁점토지의 취득시기로 판단하고 있는 바, 이에 따라 쟁점토지의 취득시기를 90.7.11로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다. (참고:94누3889, 94.10.14등)

(3) 관련법령 및 위 인정사실등을 종합하여 판단한다.

이 건의 경우 90.7.11 취득일 이전에 이미 여러 가지의 법령등에 의한 절차상의 심의보류등으로 사실상 건축허가가 어렵다는 사실과, 취득일전인 90.5.8 정부의 5.8 부동산특별대책으로 인하여 쟁점토지가 동 조치에 의한 매각대상등에 해당될 것이라는 것을 외관상 명백히 알 수 있었음에도 불구하고, 위 5.8부동산특별대책이 발표된 후 당초계약상 잔금지급약정일이 91.4.10 임에도 90.7.11 잔금을 지급하고 쟁점토지를 서둘러 취득하였는바, 이는 제한이 있고 난 후 취득한 경우에 해당되어 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 등을 적용할 대상토지가 아니며, 5.8부동산특별대책에 의하여 쟁점토지가 비업무용부동산으로 판정되고 이를 매각하도록 90.9.5 OOOO은행으로부터 통보를 받았기 때문에 쟁점토지를 취득한 후에 5.8부동산특별대책의 매각대상이 되어 업무용으로 사용하지 못하게 된 것이라 하더라도,

위 특별대책은 당해법인의 업무와 관련하여 불요불급한 부동산을 매각하도록 유도하여 기업의 재무구조개선등을 위한 필요한 사항을 규정함으로써 건전한 자산운용을 기하는데 목적을 두고 있는 것이지, 직접 당해부동산의 사용을 제한·금지한 것이 아니므로 5.8부동산특별대책에 따라 매각부동산으로 판정 받았다하여 위 시행규칙 제18조 제4항 제1호의 『법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우』에 해당되지 않는 것으로 판단된다.

또한 OOOO개발공사와의 매매계약해제권에 대한 다툼을 이유로 OOOO은행을 통하여 91.5.4 OO공사에 쟁점토지의 매각을 의뢰하였던 것을 91.9.6 매각보류요청 하였는 바, 이는 당사자간의 소유권분쟁으로 인하여 발생된 것으로, 법령상의 제한 등에 의한 사유에 의한 것이 아니고, 취득일로부터 1년이 되는 날인 91.7.11이 경과하여 보류요청 등이 있었던 것으로 비업무용부동산에서 제외할 이유가 없다 할 것이다.

그렇다면 대부분의 제한이 쟁점토지의 취득일 이전부터 있었으므로 제한이 있는 토지를 취득한 경우에 해당되고, 토지의 취득후 일정기간(1년)이내에 업무용에 직접 사용하지 못한 데에도 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 등에 해당되는 사유가 있었다고 보기는 어려우므로, 처분청에서 쟁점토지 취득일을 86.10.10로 본 것은 잘못이라 하더라도, 당해사업연도의 과세에 있어서, 결국 비업무용부동산에 해당됨에는 변동이 없으므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.