2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 8. 9. ○○데이타 주식회사(이하 '○○데이타'라고 한다.)로부터 공급가액 5,762,858,182원인 매입세금계산서를 수취한 뒤 2002년 2기분 부가가치세를 신고하면서 매입세액 576,285,818원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

나. 피고는 2005. 2. 위 매입세금계산서와 관련하여 원고가 위장매입으로 매입세액을 공제받았는지 여부를 조사하던 중 2005. 2. 24. 중부지방국세청 과세쟁점심의위원회로 부터'위 매입세금계산서는 정상적인 거래에서 발생한 것으로서 원고의 매입세액공제 는 정당하다'는 결정을 받고 2005. 3. 4. 원고에게 경정고지할 세액이 없다는 내용의 세무조사결과통지를 한 뒤 세무조사를 종결하였다.

다. 중부지방국세청은 2006. 7. ○○데이타에 대한 세무조사과정에서 ○○데이타의 대표이사 유○창이'위 매입세금계산서 공급가액 중 인력기술지원 대가인 20,000,000원 부분은 원고와 ○○데이타 사이에 실제 거래가 있었으나, 물품거래 대가인 나머지 5,742,858,182원 부분(= 5,762,858,182원 - 20,000,000원, 이하 '이 사건 쟁점거래'라고 한다. 또한 위 매입세금계산서 중 이 사건 쟁점거래에 대한 부분을 '이 사건 세금계산서'라고 한다.)은 제조사나 협력사에서 직접 수행하여 원고와 ○○데이타 사이에 실제거래가 없었다'는 취지의 진술을 하자 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 피고는 2007.5.30.경부터 원고에 대한 재조사를 한 뒤 이 사건 세금계산서를'사실과 다른 세금계산서'로 보아 2007.10.3. 원고에게 2002년 2기분 부가가치세 1,237,589,930원과 2003사업연도(2002.4.1. - 2003.3.31.) 귀속 법인세 114,857,160원(증빙미수취 가산세)을 경정고지하였다(이하 차례로 '이 사건 부가가치세 부과처분','이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분'이라고 하고 통틀어서는'이 사건 각 처분'이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2007. 12. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2008. 6. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6호증, 을 제3 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.

(1) 이 사건 쟁점 거래는 원고와 ○○데이타 사이의 정상적인 거래에 따른 것으로서 위장매입이 아니다.

(2) 이 사건 각 처분은 국세기본법상의 중복조사 금지원칙을 위반한 세무조사 결과에 터잡은 것이다.

(3) 설령 이 사건 쟁점 거래가 가공거래라고 하더라도、증빙미수취 가산세는 실제거래가 있음을 전제로 하므로 적어도 증빙미수취 가산세는 부과할 수 없다.

나. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분 부분

가) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서'재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은'재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항에 정한 '인도 또는 양도'는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 (재화를 사용•소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참 조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적・ 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라 는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정하고 있는'사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

나) 갑 제1, 2, 8, 10, 11호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2002. 5. 22. 주식회사 ○○ CNS(이하'○○ CNS'라고 한다.)와 사이에 정보통신부 우체국보험 이미지시스템 구축사업을 위한 하드웨어와 소프트웨어(이하 '이 사건 물품'이라고 한다.)를 대금 6,510,000,000원(= 공급가액 5,918,181,819원 + 591,818,181원)에 공급하기로 하는 내용의 공급계약을 체결한 사실, ② 원고는 2002.6.14. ○○데이타에게 이 사건 물품을 대금 6,339,144,000원(= 공급가액 5,762,858,182원 + 부가가치세 576,285,818원)에 재발주한 사실, ③ 그 뒤 이 사건 물품이 위 공급계약에 따른 설치장소인 우체국에 모두 납품되어 2002. 8. 9. 원고와 ○○ CNS의 각 담당자가 사이에 물품인수확인서가 작성된 사실, ④ 원고는 2002. 8. 22. ○○ CNS로부터 이 사건 물품대금 6,510,000,000원을 지급받은 뒤 2002. 8. 26. ○○데이타에게 이 사건 물품대금을 지급하기 위하여 액면 6,339,000,000원의 약속어음을 발행한 사실, ⑤ 중부 지방국세청은 '○○데이타의 전 대표이사 김○호가 2006. 8. 9. 재화나 용역을 공급함이 없이 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행하였다'면서 ○○데이타와 김○호를 조세범처벌법위반죄로 고발하였으나 수사기관은 2006. 12. 21. 각 혐의 없음 처분을 내린 사실, ⑥ ○○데이타의 대표이사 유○창은 위 수사가 진행 중이던 2006. 8. 수사기관에 '2006. 7. 중부지방국세청의 세무조사 당시 작성되었던 자신의 전말서에는 ○○데이타가 40여 일간 세무조사를 받고 있던 중 대표이사인 자신이 혐의사실을 인정하지 않을 경우 조사기간의 연장 등 불이익이 있을 것을 우려하여 실무를 소상하게 파악하지 않은 상태에서 사실과 다르게 진술한 내용이 있다'는 취지의 소명서를 제출한 사실, ⑦○○데이타의 2002년 2기분 부가가치세 수정신고도 거액의 벌과금 부과를 면하려는 동기에서 비롯되었던 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사정에 비추어 볼 때 갑 제11 호증, 을 제4, 6호증의 각 기재만으로는 이 사건 쟁점 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래로서 그 거래과정에서 수취한 이 사건 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당함을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

(2) 이사건증빙미수취가산세부과처분부분

위와 같이 이 사건 쟁점 거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 볼 수 없는 이상 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 부가가치세법 제16조에 의한 적법한 세금계산서라고 봄이 상당하다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2009두119 판결 등 참조). 따라서 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'라고 보아 한 이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분도 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.