2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고 회사는 국내외 항공운송업 등을 영위하는 주식회사로서, 2000. 3. 31. 피고에게 1999 사업연도 귀속 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 에 따라 주식등변동상황명세서를 제출하였다.

나. 피고는 광주지방국세청장의 통보에 따라 원고 회사의 주식등 변동상황을 조사한 결과, 원고 회사가 제출한 주식등변동상황명세서에 1999 사업연도의 주식변동상황명세서 중 주주변동상황의 기재가 아래 [표1] 및 [표2]에서 보는 바와 같이 일부 누락된 사실을 확인하고, 2002. 11. 13. 원고 회사에게 구 법인세법 제76조 제6항 에 따라 기재누락된 주식 합계 9,323,784주(1주당 액면금액 5,000원)의 액면금액 합계 46,618,920,000원(9,323,784주 x 5,000원)의 2%에 해당하는 932,378,400원을 주식등변동상황명세서불성실가산세로 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[표1] 매매에 의한 주식변동

[표2] 유상증자에 의한 주식변동

[증 거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 가산세는 본세의 존재를 전제로 한 부대세로서 산출세액이 없는 경우에는 가산할 대상이나 결정될 세목이 없는 것이므로 본세 없이 가산세만을 독립하여 부과하는 것은 불가능하고, 피고가 이 사건 처분의 근거로 삼고 있는 법인세법 제76조 제6항 후문의 “이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다”라는 규정은 이 사건 사업연도 이후인 2001. 12. 31. 법인세법의 개정으로 비로소 신설된 규정으로 2002. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용될 뿐 그 이전의 사업연도에 해당하는 법인세에 대하여는 위 개정법률을 적용할 수 없음에도 불구하고 이를 적용하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고 회사는 1999 사업연도의 주식등변동상황명세서를 제출함에 있어, 관련 규정에 따라 주주가 명의개서를 한 주식에 대해서는 변동상황명세서에 모두 기재하였으나 명의개서를 하지 않은 주주의 경우에는 주주의 변동상황을 파악하는 것이 현실적으로 불가능하여 이를 기재하지 못한 것으로, 이는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 가산세의 징수요건에 관하여

가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이다( 대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조). 국세기본법 제47조 제2항 은 “가산세는 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 한다”고 규정하고 있으므로, 가산세는 독립된 세목이 있는 것이 아니라 개별 세법에 의하여 산출한 소득세, 법인세, 상속세 등 본세에 가산세를 가산한 금액을 본세로서 징수한다. 그러나 가산세가 본세의 명목으로 부과·징수된다고 하여도 가산세는 징수절차의 편의 때문에 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐이고, 세법이 정하는 바에 따라 성립·확정되는 국세와 본질적으로 다르다.

이러한 가산세의 법적 성질과 함께 주식등변동상황명세서불성실가산세의 근거 규정인 구 법인세법 제76조 제6항 의 체제, 형식과 그 문언 등에 비추어 볼 때, 구 법인세법 제76조 제6항 이 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되어 그 조항 후문으로 “이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다”라는 규정이 추가되었다고 하더라도 이는 가산세의 당연한 법리를 입법적으로 확인한 규정에 불과할 뿐 법인세법이 위와 같이 개정된 이후에서야 비로소 본세가 없는 경우에도 가산세를 징수하는 것이 가능하게 되었다고 해석할 것은 아니다(한편 원고가 들고 있는 대법원 1976. 1. 13. 선고 74누56 판결 은 구 조세감면규제법이 1974. 12. 19. 법률 제2678호로 개정되기 전의 사안에 대한 것으로 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다).

따라서 구 법인세법상 법인세의 산출세액이 없는 경우에는 가산세도 징수할 수 없다는 원고의 첫째 주장은 이유 없다.

(2) 정당한 사유의 존재 여부에 관하여

세법상 납세의무자에게 일정한 의무를 부과하고, 그 불이행시 가산세를 부과함에 있어 그 불이행에 대하여 가산세를 면제받을 정도의 정당한 사유가 있다고 하기 위하여는, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있다거나 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라야 할 것이다.

그런데 을 제2 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 앞서 본 [표1] 중 1999. 7. 6. 금호산업이 김준형에게 3,000,000주를 양도한 사실에 대하여는, 원고 회사가 위 양도일 후인 1999. 8. 16. 유상증자를 위하여 그 직전에 작성된 주주명부에 금호산업의 보유주식수가 종전의 43,813,300주에서 40,813,300주로 줄어든 것으로 기재되어 있으며 금호산업은 1999. 8. 10. 위 양도에 대하여 남광주세무서장에게 증권거래세를 신고·납부한 사실, ② [표1] 중 1999. 7. 21. 국민은행이 한홍길에게 3,450,000주를 양도한 사실에 대하여는, 1999. 8. 16. 유상증자 직전에 작성된 주주명부상 국민은행이 주주로 기재되어 있지 않았으며, 국민은행은 1999. 8. 10. 위 양도에 대하여 중부세무서장에게 증권거래세를 신고·납부한 사실, ③ 원고 회사는 1999. 6. 29.과 1999. 8. 16. 각 유상증자를 하였는데, [표2]에서 보는 바와 같이 김준형이 1999. 6. 29. 유상증자에 참여하여 1,200,000주를, 강기용 등 1,906명의 개인주주들이 1999. 8. 16. 유상증자에 참여하여 1,673,784주를 각 배정받고 원고 회사에 주금을 납입한 사실을 각 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고 회사는 기존 주주들의 주식양도사실 및 유상증자 과정에서 증자에 새로이 참여한 주주들의 명단을 파악하고 있었다고 볼 수 밖에 없어서 원고 회사가 주식등변동상황명세서의 기재사항을 누락하여 제출한 것에 대해 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없다.

따라서 원고의 둘째 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 권순일(재판장) 이용구 곽내원

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