항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

이 판결의 이유는, 제1심 판결의 해당 부분을 아래 제2, 3, 4항과 같이 수정하거나 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같다.

2. 제4면, 제6, 7행을 다음과 같이 수정

5) 2005. 8. 5. 시행된 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 시행령'이라 한다) 제157조제4항제1호는 코스닥상장법인의 대주주를 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 5 이상을 소유하는 자로 규정하고 있다. 그런데 양도소득세는 과세기간이 끝나는 매년 12월 31일 납세의무가 성립하므로, 원고가 과세대상인 대주주에 해당하는지 여부는 개정 후 시행령에 의하여 판단해야 한다. 원고는 2005. 12. 31. 당시 소외 회사의 주식 등의 합계액의 100분의 5 이상을 소유하고 있지 않았으므로 개정 후 시행령이 규정하는 대주주에 해당하지 않는다. 설령 원고가 개정 후 시행령이 규정하는 대주주에 해당한다고 하더라도, 개정 후 시행령이 시행된 이후에 이루어진 주식양도에 대해서는 양도소득세를 부과할 수 없다.

6) 개정 후 시행령 제162조제5항은 대상 주식의 취득시기가 불분명한 경우에는 선입선출법을 적용해야 한다고 규정하고 있다. 따라서 피고가 총평균법에 의하여 주식의 양도소득을 산정한 것은 위 규정에 위반되어 위법하다.

7) 소외 회사는 유상증자 당시 실권주 6,600만 주 중 5,000만 주를 내부자 등에게 배정하였는데, 대부분의 주주들에게는 3%에 근소하게 미달되도록 배정하여 양도소득세를 회피할 수 있도록 하였다. 내부자인 주주들과 달리 일반주주로서 본의 아니게 3% 보유 주주가 된 원고에게만 양도소득세를 부과하는 것은 조세형평에 어긋난다.

8) 원고가 고의적으로 양도소득세 신고를 회피한 것이 아니므로 가산세를 부과하는 것은 과잉금지원칙에 위배된다.

3. 제7면 제5행과 제6행 사이에 다음과 같은 기재를 추가

상급법원의 재판에 있어서의 판단은 당해 사건에 관하여 하급심을 기속하므로(법원조직법 제8조), 이 법원은 이 사건 환송판결의 기속력에 따라 과세대상이 되는 대주주의 요건에 관한 원고의 주장에 관하여 다음과 같이 판단한다.

4. 제7면 제21행 이하 부분을 다음과 같이 수정

(마) 원고의 5) 주장에 관하여

상고법원은 상고에 정당한 이유가 있다고 인정할 때에는 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송할 수 있고, 이때 사건을 환송받은 법원은 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상 판단에 기속되므로(행정소송법 제8조제2항, 민사소송법 제436조제1항・제2항), 이 법원은 환송판결의 기속력에 따라 다음과 같이 판단한다.

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)은 제4조제1항제3호에서 양도소득을 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 정하고 있고, 그 양도소득의 범위에 관하여 제94조제1항제3호에서 "증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 '주권상장법인'이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 '대주주'라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 의한 유가증권에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것(가목)", "증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 '협회등록법인'이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 '협회중개시장'이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것(나목)"으로 인하여 당해연도에 발생하는 소득을 규정하고 있다.

이에 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 시행령'이라 한다)은 제157조제4항에서 대주주의 범위에 관하여 정하면서, 제1호에서 주권상장법인과 협회등록법인을 구별하지 않은 채 '주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주'와, '직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주'를 대주주에 해당하는 것으로 규정하였다.

그런데 2005. 8. 5. 시행된 개정 후 시행령 제157조제4항제1호는 코스닥상장법인의 주식 등, 증권거래법 시행령 제84조의27제5항의 규정에 따라 거래되는 벤처기업의 주식 등의 경우에는 '주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 5 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주'와, '직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 5에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 5 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주'를 대주주에 해당한다는 취지로 규정하여, 주식 등 양도에서 코스닥상장법인, 벤처기업의 대주주의 범위를 그 밖의 법인의 대주주의 범위와 구분하고, 그 부칙 제2항에서 개정 후 시행령 제157조제4항은 시행령이 시행된 이후에 양도하는 주식 등부터 적용하는 것으로 규정하였다.

위와 같은 법령에 의하면, 과세기간이 끝나는 때에 납세의무가 성립하는 양도소득세는 특별한 사정이 없는 한 과세기간이 끝나는 매년 12월 31일 당시 시행되는 법령이 적용되므로, 2005년 귀속 양도소득세가 문제되는 이 사건에서는 원칙적으로 2005. 12. 31. 시행 중인 개정 후 시행령 제157조제4항이 적용되지만, 2005. 8. 5. 이전에 양도하는 주식 등에 개정 후 시행령 부칙 제2항에 의하여 개정 전 시행령 제157조제4항이 적용된다.

따라서 원고가 2005. 8. 5. 이전에 양도한 주식에 대해서는 주권상장법인과 협회등록법인을 구별하지 아니하고 주식 보유율 100분의 3 이상을 기준으로 대주주의 범위를 규정한 개정 전 시행령 제157조제4항제1호가 적용되는바, 2005. 3. 11. 소외 회사의 주식 중 3.28%의 주식을 소유했던 원고는 대주주에 해당하므로 위 기간 중 양도된 주식은 과세대상이 된다. 반면 원고가 2005. 8. 5. 이후에 양도한 주식에 대해서는 주식보유율 100분의 5 이상을 기준으로 대주주의 범위를 규정한 개정 후 시행령 제157조제4항제1호가 적용되는바, 2005. 8. 5. 이후에는 소외 회사의 주식 중 100분의 5 이상을 소유하지 않았던 원고는 대주주에 해당하지 않아 위 기간 중 양도된 주식은 과세대상이 되지 않는다.

한편 과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로(대법원 1999. 9. 3. 선고 98두4993 판결 등 참조), 과세관청이 과세표준과 세액의 산출・결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 1993. 9. 28. 선고 92누10180 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 따라 판단하건대, 2005. 8. 5. 이후에 양도된 주식을 과세대상에서 제외하여 계산한 2005년 귀속 양도소득세의 정당세액은 OOOO원(이하 원 미만 버림, 을 제8호증 참조)이고, 이는 피고가 이 사건 처분 시 결정한 양도소득세 OOOO원을 초과함이 계산상 명백하다. 따라서 이 사건 처분은 정당세액의 범위 내에 있으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(바) 원고의 6) 주장에 관하여

을 제1, 2, 3,호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 피고가 이 사건 처분 시 선입선출법에 의하여 원고가 매도한 주식의 양도수익을 산정한 사실을 인정할 수 있으므로, 양도수익의 산정방법에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(사) 원고의 7) 주장에 관하여

피고가 관련 법령에 의하여 대주주에 해당하는 원고에게 양도소득세를 부과하고, 법령이 정하는 대주주에 해당하지 않은 다른 주주들에게는 양도소득세를 부과하지 아니한 것이 조세형평에 반하는 것은 아니므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(아) 원고의 8) 주장에 관하여

상급법원의 재판에 있어서의 판단은 당해 사건에 관하여 하급심을 기속하므로(법원조직법 제8조), 이 법원은 이 사건 환송판결의 기속력에 따라 가산세에 관한 원고의 주장에 관하여 다음과 같이 판단한다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

위와 같은 법리에 따라 판단하건대, 원고가 주장하는 사유만으로는 가산세 면제사유인 정당한 사유가 인정되지 않으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.