판결내용은 붙임과 같습니다.

법인세법시행령 제89조시가 등

[춘천지방법원2000구700 (2006.1.12.)]

2. 원고의 나머지 주위적 청구를 기각한다.

3. 이 사건 예비적 청구를 각하한다.

4. 소송비용은 이를 5분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

예비적 청구취지 : 피고가 2002. 3. 25. 원고에 대하여 한 1997 사업연도 귀속 법인세 498,131,508원의 부과처분 및 1998 사업연도 귀속 법인세 425,284,978원의 부과처분을 각 취소한다.

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제6호증의 3, 4, 을 1호증의 1내지 3, 을 제2호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 을 제6, 7호증의 각 1 내지 10의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있다.

가. 원고는 토목, 건축업, 부동산 임대업 및 분양업, 주택사업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다.

나. 1997 사업연도 귀속분(1997. 1. 1. ~ 1997. 12. 31.)

(1) 원고의 과세표준 및 세액의 신고, 납부

원고는 1998. 3. 30.경 피고에게 원고의 1997 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 법인세법상 복수관계에 있는 한국○○ 주식회사(이하 '한국○○'이라고 한다) 등에 대한 공사대금채권 및 어음금채권(이하 '공사대금 등 채권'이라고 한다)의 회수지연에 따른 인정이자 합계 29,786,405원, 비업무용부동산의 매수에 사용한 차입금에 대한 지급이자(이하 '비업무용부동산 관련 지급이자'라고 한다) 6,428,423원 및 고정자산의 건설에 사용하기 위하여 차입한 대출금 등의 지급이자(이하 '건설자금관련 지급이자'라고 한다) 2,173,128,604원을 각 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 278,033,682원을 신고, 납부하였다.

(2) 피고의 과세표준 및 세액의 경정

(가) 1차 내지 5차 경정{1999. 11. 1, 2000. 3. 13, 2000. 7. 3, 2000. 7. 12. 및 2000. 11. 23. 각 고지(경정결의서에 기재된 일자를 기준으로 한다, 이하 같다)}

피고는 1999. 11. 1. 원고가 당초 조정한 소득금액 중 비업무용부동산 관련 지급이자 350,645,407원을 추가로 부인하여 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 153,263,259원을 추가로 고지하는 증액경정(1차 경정)을 하였고(을 제1호증의1), 2000. 3. 13. 원고가 가공원가로 계쌍한 원재료비 22,012,000원을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 7,744,312원을 추가로 고지하는 증액경정(2차 경정)을 하였으며(을 제1호증의 2), 2000. 7. 3. 1차 경정 당시 추가로 손금에 불산입한 비업무용부동산 관련 지급이자 중 332,578,578원만을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 원고가 이미 납부한 법인세 중 20,730,635원을 환급하는 감액경정(3차 경정)을 하였고(을 제1호증의 3), 2000. 7. 12. 원고의 연말정산지급조서 미제출을 이유로 가산세 2,279,388원을 추가로 고지하는 증액경정(4차 경정)을 하였으며, 2000. 11. 23. 원고가 가공원가로 계상한 원재료비 16,720,000원을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 6,228,749원을 추가로 고지하는 증액경정(5차 경정)을 하였다.

(나) 6차 내지 10차 경정(2002. 3. 25, 2003. 5. 10, 2003. 8. 13, 2003. 9. 18. 및 2004. 1. 10. 각 고지)

피고는 2002. 3. 25. 원고의 학교법인 ○○학원(이하 '○○학원'이라고 한다)에 대한 합계 2,689,742,000원의 공사대금 등 채권을 원고의 주주로서 원고와 특수관계에 있는 심○○에 대한 채권으로 보아 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 44,269,318원을 익금에 산입하고, 원고가 당초 조정한 소득금액 중 한국○○에 대한 공사대금 등 채권 합계 1,138,804,797원의 회수지연에 따른 인정이자를 비롯하여 총계 177,421,298원의 인정이자를 추가로 부인하여 익금에 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 279,897,723원을 추가로 고지하는 증액경정(6차 경정)을 하였고(갑 제6호증의 3), 2003. 5. 10. 원고가 가공원가로 계상한 원재료비 17,050,000원을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 7,993,092원을 추가로 고지하는 증액경정(7차 경정)을 하였으며, 2003. 9. 18. 6차 경정 당시 심○○에 대한 채권으로 보아 인정이자 계산한 공사대금 등 채권은 심○○가 아닌 ○○학원에 대한 채권이라는 국세심판원의 결정에 따라 위 채권의 회수지연에 따른 인정이자 442,269,318원을 손금에 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 원고가 이미 납부한 법인세 중 199,682,306원을 환급하는 감액경정(9차 경정)을 하였고(을 제5호증의 1), 2004. 1. 10. 국세심판원의 위 결정에 따라 위 공사대금 등 채권을 원고와 특수관계에 있는 ○○학원에 대한 채권으로 보아 위 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 442,269,318원을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 223,515,388원을 추가로 고지하는 증액경정(10차 경정)을 하였다.

(다) 피고의 위와 같은 경정으로 인하여 원고의 1997 사업연도 귀속 법인세의 과세표준은 2,040,824,043원, 세액은 721,646,896원이 되었다(이하 최종 증액된 10차 경정의 부과처분을 '이 사건 1997 사업연도 귀속 법인세 부과처분'이라고 한다).

다. 1998 사업연도 귀속분(1998. 1. 1. ~ 1998. 12. 31.)

(1) 원고의 과세표준 및 세액의 신고, 납부

원고는 1999. 3. 30.경 피고에게 원고의 1998 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 한국○○ 등에 대한 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 합계 32,964,822원, 비업무용부동산 관련 지급이자 270,083,542원 및 건설자금 관련 지급이자 1,326,628,533원을 각 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 172,896,031원을 신고, 납부하였다.

(2) 피고의 과세표준 및 세액의 경정

(가) 1차 내지 3차 경정(1999. 10. 1, 2000. 6. 5. 및 2001. 12. 13. 각 고지)

피고는 1999. 10. 18. 원고가 당초 조정한 소득금액 중 비업무용부동산 관련 지급이자 426,069,058원을 추가로 부인하여 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 142,688,587원을 추가로 고지하는 증액경정(1차 경정)을 하였고(을 제2호증의 1), 2000. 6. 5. 1차 경정 당시 추가로 손금에 불산입한 비업무용부동산 관련 지급이자 중 393,218,078원만을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 원고가 이미 납부한 법인세 중 11,015,186원을 환급하는 감액경정(2차 경정)을 하였으며(을 제2호증의 2), 2001. 12. 13. 원고의 계산서합계표 미제출을 이유로 가산세 15,879,549원을 추가로 고지하는 증액경정(3차 경정)을 하였다.

(나) 4차 내지 6차 경정(2002. 3. 25, 2003. 9. 18. 및 2004. 1. 10. 각 고지)

피고는 2002. 3. 25. 원고의 ○○학원에 대한 합계 2,689,742,000원의 공사대금 등 채권을 심○○에 대한 채권으로 보아 위 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 589,002,378원을 익금에 산입하고, 원고가 당초 조정한 소득금액 중 한국○○ 등에 대한 합계 1,138,804,797원의 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 177,421,298원을 추가로 부인하여 익금에 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 352,035,593원을 추가로 고지하는 증액경정(4차 경정)을 하였고(갑 제6호증의 4), 2003. 9. 18. 4차 경정 당시 심○○에 대한 채권으로 보아 인정이자 계산한 공사대금 등 채권은 심○○가 아닌 ○○학원에 대한 채권이라는 국세심판원의 결정에 따라 위 채권의 회수지연에 따른 인정이자 589,002,378원을 손금에 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 원고가 이미 납부한 법인세 중 247,199,596원을 환급하는 감액경정(5차 경정)을 하였고(을 제5호증의 1), 2004. 1. 10. 국세심판원의 위 결정에 따라 위 공사대금 등 채권을 ○○학원에 대한 채권으로 보아 위 공사대금 등 채권의 회수지연에 따른 인정이자 589,002,378원을 손금에 불산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 279,655,983원을 추가로 고지하는 증액경정(6차 경정)dMF 하였다(을 제6호증의 1).

(다) 피고의 위와 같은 경정으로 인하여 원고의 1998 사업연도 귀속 법인세의 과세표준은 1,925,348,720원, 세액은 704,940,961원이 되었다(이하 최종 증액된 6차 경정의 부과처분을 '이 사건 1998 사업연도 귀속 법인세 부과처분'이라고 한다).

2. 주위적 청구에 대한 판단

가. 대손금 및 인정이자 부분

(1) 당사자 주장의 요지

(가)원고는 피고가 1997 사업연도 귀속 법인세에 대하여 6차 경정을 할 당시 및 1998 사업연도 귀속 법인세에 대하여 3차 경정을 할 당시에 추가로 손금에 불산입한 인정이자 계산의 근거가 된 원고의 한국○○에 대한 합계 1,138,804,797원의 공사대금 등 채권 중 94,501,929원의 공사대금채권은 1993 사업연도에, 179,674,797원의 어음금채권은 1995 사업연도에 각 소멸시효가 완성되었고, 원고의 ○○학원에 대한 합계 2,689,742,000원의 공사대금 등 채권 중 1,000,000,000원의 어음금채권은 1997 사업연도에 소멸시효가 완성되었으며, 위와 같이 소멸시효가 완성된 채권 이외의 나머지 한국○○ 및 ○○학원에 대한 각 공사대금 등 채권은 1998 사업연도에 소멸시효가 완성되었으므로, 1997 사업연도 및 1998 사업연도에 각 소멸시효가 완성된 공사대금 등 채권은 해당 사업연도의 소득금액을 조정에 있어 손금에 산입되어야 하고, 위 1993 사업연도, 1995 사업연도 및 1997 사업연도에 각 시효소멸 된 공사대금 등 채권은 1997 사업연도의 인정이자 계산에서 제외되어야 하며, 1998 사업연도에 시효소멸 된 공사대금채권 등은 1998 사업연도의 인정이자 계산에서 제외되어야 한다고 주장한다.

(나) 이에 대하여 피고는 원고가 특수관계자에 해당하는 한국○○ 및 ○○학원에 대한 공사대금 등 채권을 추심하기 위한 아무런 조치를 취하지 아니한 채 소멸시효가 완성되도록 방치한 것은 경제적 합리성이 없는 행위로서 부당행위계산의 부인 대상에 해당하므로, 가사, 원고가 주장하는 바와 같이 위 공사대금 등 채권의 소멸시효가 완성되었다고 하더라도, 위 공사대금 등 채권을 대손금으로서 손금에 산입할 수는 없고, 원고가 위 공사대금 등 채권의 추심이 가능함에도 불구하고 이를 회수하지 아니한 행위도 부당행위계산의 부인 대상이 되므로, 위 공사대금 등 채권의 시효소멸 여부와는 무관하게 각 사업연도의 인정이자 계산에 산입하여야 한다고 주장한다.

(3) 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제5호증의 2, 4, 6, 7, 10, 갑 제8호증, 갑 제14호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있다.

(가) 원고는 1997년 말 당시 심○○가 최대주주로서 18.26%의 주식을 소유하고 있었고, 그밖에 심○○의 처인 이○○가 4.20%의 주식을 소유한 것을 비롯하여 심○○의 친 ・ 인척들이 합계 약 26.67%의 주식을 소유하고 있었다.

(나) 원고는 1987년부터 1992년까지 사이에 심○○와 그 친족들이 100분의 30 이상의 주식을 소유함으로써 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제1항 제3호 소정의 특수관계에 있는 한국○○에게 공사대금 합계 2,136,642,000원 상당의 ○○ 소수력발전소 건설공사 등의 공사용역을 제공하였고, 한국○○으로부터 위 공사대금 중 997,837,000원은 지급받았으나, 나머지 1,138,804,000원은 원고가 1998. 12. 31.을 기준으로 작성한 결산서에 공사미수금 또는 받을 어음(그 중 179,674,797원의 어음금채권은 1992. 12. 31. 기준으로 작성된 결산서부터 받을 어음 항목에 기재되어 있다)으로 남아 있었다.

(다) 원고는 1992년부터 1994년까지 사이에 원고의 출자자 및 사용인 등이 이사의 과반수를 차지함으로써 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제46조 제1항 제7호 소정의 특수관계에 있는 ○○학원에게 공사대금 합계 5,189,742,000원 상당의 ○○대학 건물신축공사 등의 공사용역을 제공하였고, ○○학원으로부터 위 공사대금 중 2,500,000,000원은 지급받았으나, 나머지 2,689,742,000원은 원고가 1998. 12. 31.을 기준으로 작성한 결산서에 공사미수금 또는 받을 어음(그 중 1,000,000,000원의 어음금채권은 1994. 12. 31. 작성된 결산서부터 받을 어음 항목에 기재되어 있다)으로 남아 있었다.

(라) 원고의 위 결산서상 한국○○에 대한 공사미수금 중 합계 94,501,929원의 공사대금채권은 원고가 1990년경 한국○○에게 수중보설치공사(공사대금 55,000,000원) 및 컨츄럴하우스공사(공사대금 39,501,929원)의 용역을 각 제공한 데 따른 대가로서 1990년경 변제기가 도래하였고, 합계 864,628,071원의 공사대금채권은 원고가 1994년경 한국○○에게 ○○ 소수력발전소 건설공사(공사대금 719,416,071원 중 미회수 619,416,071원) 및 ○○빌라 신축공사(공사대금 307,162,000원 중 미회수 245,212,000원)의 용역을 각 제공한 데 따른 대가로서 1994년에 변제기가 도래하였으며, 179,674,797원의 어음금채권은 원고가 1992년경 한국○○으로부터 ○○ 소수력발전소 공사대금 중 일부로서 발행 ・ 교부받은 액면 179,674,797원의 약속어음에 기한 채권이다.

(마) 원고의 위 결산서상 ○○학원에 대한 1,000,000,000원의 어음금 채권은 원고가 1994년경 ○○학원으로부터 ○○대학 건물신축공사대금 중 일부로서 발행 ・ 교부받은액면 1,000,000,000원의 약속어음에 기한 것이고, 나머지 1,689,742,000원의 공사대금채권은 원고가 1995년경 ○○학원에게 건물신축공사 용역을 제공한 데 따른 대가로서 1995년경 변제기가 도래하였다.

(바) 한국○○은 1985. 7. 22. 소수력발전 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로서 1991년부터 2001년까지 사이에 1994년에 23,000,000원, 1998년에 5,600,000원, 1999년에 25,000,000원, 2001년에 180,000,000원의 순이익이 각 발생하였고, 나머지 사업연도에는 약 2,900,000원에서 74,000,000원 상당의 결손금이 각 발생하였으며, 매출액에 비하여 차입금의 규모가 과다하여 관계회사의 차입금으로 금융기관의 차입금을 변제하기도 하였으나, 1998. 3.말을 기준으로 한 자산 총액은 3,800,000,000원으로서 매년 순자산이 증가하는 상태에 있다.

(사) 심○○가 1991년 초경 설립하여 이사장으로 재직하고 있는 ○○학원은 1991. 10. 29.경 교육부장관으로부터 학교설립계획승인을 받아 1993년경 심○○가 출연하였거나 또는 향후 출연하기로 약정한 1,800,049,156원, 원고가 출연하기로 약정한 1,577,101,090원 등 합계 3,578,259,290원을 교육용 기본재산으로 하고, 원고가 출연한 741,748,903원을 수익용 기본재산으로 하여 veogkr을 설립하였고(설립 당시의 학교명은 ○○공업전문대학으로서 5개 학과에 400명을 정원으로 하여 설립되었다). 원고는 위 학교설립계획승인을 받는 과정에서 ○○대학의 개교 후 3년 동안 원고의 수익금 중 3,000,000,000원을, 한국○○은 수익금 중 500,000,000원을 ○○학원에 각 출연하기로 약정하였다.

(아) ○○학원의 1991년부터 2000년까지 사이의 수입과 지출을 비교하여 보면 총수입은 9,800,000,000원, 총지출은 6,980,000,000원으로서 수입이 지출을 2,820,000,000원 정도 초과하는 상태이고, ○○학원의 1999년 결산서에 따르면 수입금액이 4,656,000,000원에 이르며, ○○학원은 2002. 2. 29. 당시 예금 잔고 955,000,000원을 보유하고 있었고, 다른 법인에게 2000. 3. 15. 400,000,000원을 2000. 5. 25. 1,000,000,000원을 각 대여하였다.

(자) 한편, 원고는 2001. 12. 13.부터 같은 달 16.까지 사이에 ○○학원에 합계 2,600,000,000원을 출연하였고, ○○학원은 위 출연금을 이용하여 같은 달 17.부터 같은달 27.까지 사이에 원고에 대한 공사대금채무 합계 2,689,742,000원 중 2,600,000,000원을 변제하였다.

(4)판단

(가) 대손금 부분

상법 제64조 단서, 민법 제163조 제3호는 도급받은 자의 공사에 관한 채권은 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성하는 것으로 규정하고 있고, 어음법 제77조 제1항 제8호, 제70조 제1항은 약속어음상의 청구권은 만기의 날부터 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성하는 것으로 규정하고 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고의 한국○○에 대한 합계94,501,929원의 공사대금채권은 1990년에 변제기가 도래하여 그로부터 3년이 경과한 1993년 말경에, 179,674,797원의 어음금채권은 1992년경 만기가 도래하여(원고가 1992년 결산서에 이를 받을 어음 항목으로 정리한 점에 비추어 1992년에 만기가 도래한 것으로 보인다)그로부터 3년이 경과한 1995년 말경에, 원고의 ○○학원에 대한 1,000,000,000원의 어음금채권은 1994년경 만기가 도래하여 그로부터 3년이 경과한 1997년 말경에, 1,689,742,000원의 공사대금채권은 1995년경 변제기가 도래하여 그로부터 3년이 경과한 1998년 말경에 각 소멸시효가 완성됨으로써 모두 소멸하였다고 할 것이다(다만, 원고가 위 공사대금 등 채권의 변제기 또는 만기일에 관하여 아무런 구체적인 주장 ・ 입증을 하지 아니하고 있으므로, 위 공사대금 등 채권은 각 소멸시효가 완성되는 해의 말일에 시효소멸 된 것으로 보고 판단한다).

한편, 원고가 위와 같이 소멸시효가 완성된 공사대금 등 채권의 추심이 가능함에도 불구하고 위 공사대금 등 채권을 추심하거나, 소멸시효를 중단시키기 위한 아무런 조치를 취하지 아니하여 소멸시효가 완성되도록 방치함으로써 위 공사대금 등 채권을 소극적으로 포기한 때에는 경제적 합리성이 없는 행위로서 부작위에 의한 부당행위계산에 해당한다고 할 것이고, 이러한 경우 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인바, 위 인정사실을 기초로 한 다음과 같은 사정, 즉, 원고의 최대주주인 심○○ 및 주주인 심○○의 친족들이 한국○○의 주식 중 100분의 30 이상을 소유하고 있고, ○○대학은 주로 심○○ 및 원고가 출연한 재산을 기반으로 하여 설립되었으며, 심○○는 ○○대학의 설립자 겸 재단이사장이고, 원고의 출자자 및 이사들이 ○○학원 이사진의 과반수를 차지하고 있는 점, 원고의 한국○○ 및 ○○학원에 대한 공사대금 등 채권 중 위와 같이 소멸시효가 완성된 채권액이 무려 3,828,546,797원(=한국○○ 1,138,804,797원+○○학원 2,689,742,000원)에 달하는 점, 한국○○ 및 ○○학원의 각 자산상태에 비추어 볼 때 원고가 적극적으로 위 공사대금 등 채권의 추심에 임하고, 위 공사대금 등 채권의 소멸시효를 중단시키기 위하여 한국○○ 및 ○○학원을 상대로 재판상 청구를 하는 등의 조치를 취하였다면 위 공사대금 등 채권을 추심하는 것이 불가능하였을 것이라고 단정하기는 어려운 점, 원고가 한국○○ 및 ○○학원과 특수관계에 있지 않았다면 위 공사대금 등 채권의 소멸시효를 중단시키기 위한 별다른 조치를 취하지 아니함으로써 위 공사대금 등 채권이 3년의 단기 소멸시효의 완성으로 소멸되었을 것이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때 원고는 장기간에 걸쳐서라도 한국○○ 및 ○○학원에 대한 합계 3,828,546,797원의 공사대금 등 채권을 추심하는 것이 가능하였음에도 불구하고 위 공사대금 등 채권을 적극적으로 추심하거나, 그 소멸시효를 중단시키기 위한 아무런 조치를 취하지 아니한 채 소멸시효가 완성되도록 방치함으로써 위 공사대금 등 채권을 소극적으로 포기한 것이라고 봄이 상당하고, 이와 같은 부작위는 경제적인 합리성이 없는 행위로서 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정 되기 전의 것) 제 46조 제2항 제7호, 제9호 소정의 특수관계자 등에게 용역을 무상으로 제공한 EO에 준하여 복수관계자의 한국○○ 및 ○○학원에게 원고의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때에 해당한다고 할 것이다.

따라서, 위 공사대금 등 채권이 시효로 소멸하였다는 이유만으로 이를 대손금으로서 해당 사업연의 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나)인정이자 부분

부당행위계산의 부인은 조세회피행위를 방지하여 조세부담의 공평을 실현하고자 하는 것으로서 당사자 사이에 약정한 법률행위의 효과를 부인하거나 새로운 법률행위의 창설 EH는 기존 법률행위의 변경, 소멸을 초래하는 것은 아니어서 부인의 대상이 되는 행위, 계산은 사법상으로는 적법・유효한 것이라 할 것이고, 납세자가 특수관계에 있는 자에 대한 대여금채권 등의 회수를 지연할 경우 위와 같은 회수지연행위를 무작위에 의한 부당행위로 보아 이를 부인하고 납세자가 해당 채권을 회수한 후 특수관계에 있는 자에게 같은 금액 상당을 다시 대여한 것으로 의제함으로써 위 대여금에 대한 인정이자를 계산하여 손금에 불산입하기 위해서는 적어도 인정이자 계산의 대상이 되는 채권이유효하게존재함은 물론, 위 채권의 회수가 가능함이 전제되어야 한다고 할 것인바, 원고의 한국수전에 대한 공사대금채권 중 합계 94,501,929원의 공사대금채권은 1993년 말경에, 179,674,797원의 어음금채권은 1995년에 말경에, 원고의 ○○학원에 대한 1,000,000,000원의 어음금채권은 1997년 말경에, 1,689,742,000원의 공사대금채권은 1998년 말경에 각 소멸시효가 완성됨으로써 모두 소멸하였음은 앞서 본 것과 같으므로, 위 각 채권이 소멸한 다음의 사업연도부터는 원고의 소득금액을 조정함에 있어 이미 소멸된 위 각 채권은 인정이자의 계산 대상에서 제외되어야 할 것이다.

따라서, 원고의 1997 사업연도 귀속 법인세액을 결정하기 위하여 소득금액을 조정함에 있어 1993년 말경 및 1995년 말경에 각 시효소멸 된 한국○○에 대한 합계 94,501,929원의 공사대금채권과 179,674,797원의 어음금채권은 인정이자 계산 대상에서 제외되어야 하고, 원고의 1998 사업연도 귀속 법인세액을 결정하기 위하여 소득금액을 조정함에 있어 1997년 말경에 시효소멸 된 ○○학원에 대한 1,000,000,000원의 어음금채권은 인정이자 계산 대상에서 제외되어야 한다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고, 그밖에 원고의 ○○학원에 대한 1,689,742,000원의 공사대금채권도 1998 사업연도의 인정이자 계산 대상에서 제외되어야 한다는 원고의 위 주장은 원고의 ○○학원에 대한 위 공사대금채권은 1998년 말경에 소멸시효가 완성됨으로써 소멸되었음은 앞서 본 것과 같으므로, 이유 없으며, 이에 따라 원고의 1997 사업연도 및 1998 사업연도의 소득금액 조정을 위한 정당한 인정이자의 계산내역은 별지 3, 4의 각 기재와 같다.

나. 건설자금 관련 지급이자 부분

(1) 원고 주장의 요지

원고는 다음과 같은 사유로 원고가 1997 사업연도 및 1998 사업연도에 각 손금에 불산입하여 신고한 건설자금 관련 지급이자를 손금에 산입하지 아니한 피고의 과세처분은 위법하다고 주장한다.

(가) 원고는 대법원으로부터 2001. 10. 30. 국민주택기금에서 차입한 대출금이 건설자금으로 사용되었는지 여부가 불분명한 차입금에 해당된다는 판결을 받기 이전에는 국민주택기금 대출금이 건설자금에 사용된 것이 분명한 것으로서 건설자금 관련 지급이자로 손금에 불산입되어야 하는 것인지 여부를 판단하기 어려웠고, 1997 사업연도 및 1998 사업연도 귀속 각 법인세의 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 이른바 IMF관리체제로 인하여 조세징수에 어려움을 겪고 있던 피고로부터 법인세를 증액하여 신고하라는 압박을 받게 되었다.

(나) 이에 따라 원고는 향후 세무조사과정에서 분쟁이 발생할 여지가 있는 건설자금 관련 지급이자를 과다 계상함으로써 법인세를 과다하게 납부하기로 결정하였고, 구체적으로는 1997 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 같은 사업연도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 2,173,128,604원을, 1998 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 같은 사업연도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 1,326,628,553원을 각 건설자금 관련 지급이자로 계상하여 손금에 불산입하였으나, 국민주택기금 대출금에 대한 지급이자는 원고가 임대아파트를 건설하기 위하여 차입한 대출금에 대한 것으로서 위와 같이 국민주택기금에서 차입한 대출금은 대출한도액을 설정한 후 기성고 등에 따라 수회에 걸쳐 분할 ・ 지급되기 때문에 실제로 임대아파트 건설에 소요되는 자금은 원고의 운영자금이나 다른 차입금에서 먼저 충당된 이후에 국민주택기금에서 대출받은 차입금을 운영자금으로 사용하는 등의 파정을 거치게 되므로, 위 차입금이 임대아파트 건설에 직접 사용되는 것은 아니고, 원고는 임대아파트 건설에 소요되는 대부분의 자금을 국민주택기금에서 차입하여 사용하는 한편, 운영자금이나 건설자금의 일시적 부족현상 등을 해소하기 위하여 단기 차입도 이용하였는데, 국민주택기금 대출금이 입금되는 통장과 운영자금이나 단기 차입금이 입금되어 있는 통장을 별도로 구분 ・ 관리하지 아니한 점에 비추어 볼 때, 원고가 국민주택기금에서 차입한 대출금은 원고의 고정자산인 임대아파트 건설에 소요되었는지 여부가 불분명한 차입금에 해당되므로, 원고가 당초 손금에 불산입한 건설자금 관련 지급이자는 모두 손금에 산입되어야 한다.

(2) 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4호증의 1, 4, 5, 갑 제12호증의 1내지 7, 을 제1, 2호증의 각 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있다.

(가) 국민주택기금은 무주택 서민들의 주거안정 등을 위하여 임대주택 등 국민주택의 건설지원 등에 사용되는 기금으로서 주택법 등에 의하여 그 사용용도가 국민주택의 건설 등으로 엄격히 제한되어 있고, 그 대출한도는 채무자가 장차 건설할 아파트단지별 또는 지역별로 세대 당 지원 금액에 건축예정 세대수를 곱하는 방식으로 산정되며, 그 대출금 전액이 일시에 지급되는 것이 아니라 공사착공 후 일부가 선지급 되고, 그 후 기성고에 따라 분할금이 지급되며, 공사가 완료된 이후에 준공금이 지급되는 형식으로 분할 ・ 지급된다.

(나) 원고는 주로 국민주택기금에서 차입한 대출금으로 임대아파트를 건설하여 수요자들에게 임대하는 사업을 영위하는 법인으로서 국민주택기금에서 1994. 9. 24.경 충주시 고층아파트 616세대의 건설자금으로 9,960,000,000원을 대출받은 것을 비롯하여, 1995. 4. 21. 춘천시 ○○아파트 270세대, 1995. 7. 31. 군산시 ○○아파트 1,186세대 및 1998. 1. 12. 원주시 vdkvkxm 595세대 등 원고가 건설하는 임대아파트별로 구분하여 국민주택기금에서 건설자금을 각 대출받았다.

(다) 원고는 국민주택기금의 위와 같은 대출방식으로 인하여 임대아파트를 각 건설함에 있어 원고의 운영자금 또는 다른 용도의 차입금을 일단 해당 임대아파트의 건설자금으로 사용한 후 국민주택기금에서 기성고에 따라 분할하여 대출되는 차입금을 운영자금으로 사용하거나 다른 용도의 차입금을 변제하기 위하여 사용하였다.

(라) 원고는 위와 같은 각 임대아파트의 건설자금으로 대출받은 차입금에 대한 지급이자를 건설자금 관련 지급이자로 계상한 기간 동안 실제로 각 임대아파트를 건설하였고, 1997년도 및 1998년도 원장에는 국민주택기금에서 대출받은 차입금에 대한 지급이자를 각 임대아파트 사업장별로 구분하여 정리 ・ 기장하였다.

(마) 한편, 원고는 피고에게 1997 사업연도 및 1998 사업연도 귀속 각 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 총 차입금 중 원고가 국민주택기금에서 대출받은 차입금에 대한 지급이자만을 별도로 건설자금 관련 지급이자로서 손금에 불산입하였고, 위와 같은 건설자금 관련 지급이자는 합계 3,499,757,157원으로서 이를 과세표준으로 할 경우 약 1,000,000,000원(≒3,499,757,157원×28%)의 법인세액이 산출된다.

(4) 판단

과세관청이 납세자가 당초 신고한 것과는 달리 차입금의 이자가 고정자산의 건설에 사용된 건설자금 관련 지급이자에 해당한다는 이유로 이를 손금에 불산입하기 위해서는 당해 차입금이 고정자산의 건설에 사용되었음을 주장하는 과세관청이 이를 입증하여야 한다고 할 것이나, 납세의무자가 합리적인 이유가 없음에도 불구하고 손금에 산입될 비용 중 일부를 스스로 손금에 불산입함으로써 과세표준 및 세액을 과다 신고하는 것은 경험칙상 이례적이라고 할 것이므로, 납세자가 당초 신고한 것과는 달리 차입금에 대한 지급이자가 건설자금과 무관하거나 건설자금에 사용되었는지 여부가 분명하지 아니한 차입금에 대한 것이라는 이유로 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 경우에는 납세자 스스로 위와 같은 과다 신고에 합리적인 사정이 있었다거나, 당해 차입금이 고정자산의 건설자금과 무관한 용도로 사용되었다거나, 또는 건설자금으로 사용되었는지 여부가 분명하지 아니하다는 점을 입증하여야 한다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

그러므로 살피건대, 원고가 1997 사업연도 및 1998 사업연도에 손금에 불산입한 건설자금 관련 지급이자는 원고의 고정자산인 임대아파트 건설에 소요되었는지 여부가 불분명한 차입금에 대한 지급이자로서 이를 손금에 산입하여야 한다는 원고의 위 주장 사실은 갑 제4호증의 1 내지 5의 각 기재만으로는 이를 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려, 위 인정사실을 기초로 한 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 사업용 고정자산에 해당하는 임대아파트의 건설 및 임대업을 주된 업무로 하는 점, 국민주택기금 대출금은 그 용도가 엄격히 제한되어 있을 뿐만 아니라 대출한도의 설정방법, 대출금의 지급방식 등에 비추어 볼 때 그 대출금의 대부분이 본래의 용도인 임대아파트 건설에 사용되었을 것으로 보이는 점, 원고는 향후 건설할 아파트단지별로 구분하여 국민주택기금에서 대출을 받았고, 실제로 각 임대아파트를 건설한 점, 원고가 과다 계상하였다고 주장하는 건설자금 관련 지급이자가 거액에 달하는 점, 또한, 원고는 1995 사업연도부터는 원고가 건설자금으로 사용한 것이 분명한 차입금이라고 인식한 국민주택기금에서 차입한 대출금에 대한 지급이자에 한하여 건설자금 관련 지급이자로서 손금에 불산입하였다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 원고가 1997 사업연도 및 1998 사업연도 귀속 각 법인세 과세표준을 신고함에 있어 손금에 불산입한 건설자금 관련 지급이자를 원고가 사업용 고정자산인 임대아파트의 건설에 사용하였는지 여부가 불분명한 차입금에 대한 지급이자라고 보기는 어렵다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 소결론

앞서 본 것과 같은 사실관계 및 판단에 따라 원고의 1997 사업연도 및 1998 사업연도에 각 귀속되는 정당한 법인세액을 계산하여 보면, 별지 제1, 2의 각 세액계산표 기재와 같은바, 위 각 세액계산표에 의하면, 피고의 이 사건 1997 사업연도 및 1998 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 중 위 인정세액을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로, 피고가 2004. 1. 10. 원고에 대하여 한 1997 사업연도 귀속 법인세 721,646,896원의 부과처분 중 687,950,040원을 초과하는 부분, 1998 사업연도 귀속 법인세 704,940,961원의 부과처분 중 529,950,660원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 할 것이다.

3. 예비적 청구에 대한 판단

과세처분이 있은 후 증액경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초의 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준 및 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초의 처분에서의 과세표준 및 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 된다고 할 것인데(대법원 2000. 9. 8. 선고 98두16149 판결 등 참조), 피고는 원고의 1997 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 경정함에 있어 2002. 3. 25. 6차 경정을 하였다가 2004. 1. 10. 6차 경정의 세액과 과세표준을 증액하는 10차 경정을 하였고, 원고의 1998 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 경정함에 있어 2002. 3. 25. 4차 경정을 하였다가 2004. 1. 10. 4차경정의 과세표준과 세액을 증액하는 6차 경정을 한 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 1997 사업연도의 6차 경정처분은 10차 경정처분에 흡수됨으로써, 1998 사업연도의 4차 경정처분은 6차 경정처분에 흡수됨으로써 각 소멸하였다고 할 것이고, 따라서, 1997 사업연도의 6차 경정처분 및 1998 사업연도의 4차 경정처분의 각 취소를 구하는 원고의 이 사건 예비적 청구는 이미 소멸된 처분에 대한 것으로서 취소의 대상이 존재하지 아니하여 부적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 쥐위적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로, 이를 인용하고, 나머지 주위적 청구는 이유 없어, 이를 기각하며, 원고의 이 사건 예비적 청구는 부적법하므로, 이를 각하하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례