가. 청구인은 1960.10.27.부터 현재까지 OOO을 본점소재지로 하여 제조업 등을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사 및 대주주이다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.6.22.～2018.4.20. 기간 동안 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구인이 2014～2015년 기간 중 131회에 걸쳐 쟁점법인의 비상장주식 총 OOO주(2014년 OOO주, 2015년 OOO주이며, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하였으나 양도소득세 무신고 및 증권거래세 무신고 또는 과소신고한 사실을 확인하여 과세하도록 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.7.19. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원, 2015년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 각 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2015년 청구인 보관 실물주권 OOO주를 아들 OOO에게 양도하였다고 주장하나, OOO의 착오로 청구인의 실물주권 OOO주를 OOO에 입고시 자신의 주식계좌로 잘못 입고하여 이후 이를 정정하였다고 세무조사시 설명하였고(증빙 : 주식 착오입고 경위서, OOO의 OOO 주식 입출고 계좌), 2016.4.4. 기준 청구인의 OOO 잔고 증명서에 쟁점법인 주식 OOO주가 확인되는바 이는 청구인이 OOO에게 동 OOO주를 양도하지 아니하였음을 반증한다(증빙 : 청구인의 OOO 잔고증명서).

또한, 처분청은 2015년 청구인 보관 실물주권 OOO주를 지인들에게 양도하였다고 주장하나, 세무조사시 처분청이 청구인의 주식 잔고를 역산하여 OOO주가 부족하니 소명하라고 하여 지인 OOO에게 OOO주를 팔아달라고 맡겼다고 진술한 것을 처분청은 청구인이 지인에게 양도한 것으로 보아 과세하였다. 처분청은 청구인이 통장 거래 없이 1주당 양도가액을 OOO원으로 하여 OOO으로부터 주식대금 OOO원을 현금으로 지급받았다고 주장하는데 현재 금융거래상 이렇게 큰 금액을 현금 거래하는 것은 불가능하다. 따라서 주식 양도대금내역도 없고 OOO이 타인에게 양도하지도 않은 상태로 보관중인 주식을 양도로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점주식 OOO주를 수백차례에 걸쳐 양도하고 매매계약서를 대부분 작성하지 않았고 거래금액에 대한 금융증빙도 갖추지 않았으며 회계장부 등을 비치, 기장한 적도 없다고 주장하나, 청구인은 OOO 주식계좌를 통하여 2014년과 2015년에 총 OOO주를 66회에 걸쳐 매도하였고, 장외 거래시 주식 양도계약서를 작성하였다. 쟁점법인 주식은 통일주권이므로 증권거래 업무를 증권 기관에 예탁하여 운영하였고, 이는 전산망으로 연결되므로 매매계약서나 회계장부를 따로 작성할 필요가 없었다. 또한, 청구인의 OOO 주식계좌 입출금내역을 보면, 주식거래를 할 때처럼 주식 입출금내역 및 수령대상자가 자세히 나와 있음을 확인할 수 있다. 일반적으로 주식거래에서 매매계약서를 작성하지 않는 것처럼 통일주권도 같은 방식으로 알고 있다.

(3) 처분청은 청구인이 양도소득세를 무신고하여 처분청이 양도차익을 산정할 수 없어 2014년 4분기 증권거래세 신고내용을 기준으로 쟁점주식 1주당 OOO원을 양도가액으로 추정하여 양도주식수와 양도가액을 확정하고 청구인의 자필서명을 받아 과세하였으나, 처분청이 하나의 주식거래 신고내용만 가지고 전체 주식거래의 양도가액을 추정한 것은 세무조사가 제대로 이루어졌다고 볼 수 없고, 청구인은 1년에 걸친 세무조사로 인해 몸과 마음이 지친 상태에서 세금이 얼마 안 나온다는 말에 빨리 세무조사를 끝내고 싶어 확인서에 서명한 것이다. 그러나 이후 고지세액이 너무 커서 주식 및 금융계좌 입출금내역 등을 살펴본바 처분청이 산정한 양도주식수 및 양도금액과는 큰 차이가 있음을 확인하였다.

(4) 처분청은 청구인의 신청에 따라 세무조사를 중지하였다고 주장하나, 처분청의 업무상황과 주식 양수인에 대한 확인절차 지연 등으로 인해 청구인에게 신청서를 작성하여 제출하라고 하여 신청한 것이지 청구인이 자발적으로 조사 중지 및 재개를 요청한 것이 아니다. 어떤 납세자도 세무조사를 1년 동안 받고 싶어 조사 중지를 4회에 걸쳐 신청하지는 않을 것이다. 또한, 조사중지 기간에도 처분청은 청구인의 통장 열람 및 주식계좌 확인절차를 진행하였다는 것은 세무조사가 중지된 것이 처분청의 업무상황 때문이었음을 입증하며, 세무조사를 1년이나 끌어온 것이 처분청의 업무편의를 위한 것이었음을 보여준다. 실제 청구인은 반복적인 조사중지 및 장기 세무조사로 인해 심신의 피로함 및 사업운영의 어려움을 토로한바 있고, 처분청의 빠른 결정을 요청하였으나 받아들여지지 않았다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2014년 중 (주)OOO에게 한 거래(이하 “OOO”라 한다)로 OOO주를 양도하여 양도차익이 발생하지 않았고, 그 외의 거래(이하 “일반거래”라 한다)로 OOO주를 양도하여 양도차익 OOO원이 발생하였으며, 2015년 중 OOO주를 양도하여 OOO원의 양도차익이 발생하였다고 주장하나, 청구인이 2014년부터 2015년까지 2년간 양도한 쟁점법인 발행주식이 무려 OOO주로 조사되었으므로 청구인의 주장은 전혀 근거가 없다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점주식 양도내역

(2) 또한, 청구인은 OOO에 대해서는 양도차익이 전혀 없고 OOO주를 (주)OOO에 취득가격인 1주당 OOO원에 양도하였다며 매매계약서 및 거래경위서를 제시하였으므로 확인한바, OOO OOO주는 당초 청구인과 2013년말 계약을 체결하였으나 실제 주식양도는 2014∼2015년 기간 중에 이루어졌고 양도된 주식은 청구인의 아들인 OOO이 OOO주를 양도하였고 청구인은 OOO주를 양도하였음이 확인되어 이에 대해 OOO과 청구인에게 각각 과세하였으며,

청구인이 주식거래대금을 현금으로 수령하였다며 양도대금 수취 관련 금융자료를 제시하지 못하였기에 확인한바, (주)OOO은 2010.3.23. 개업하여 OOO에서 음료수 도매업을 영위하던 휴면법인으로 등기상 대표이사 OOO은 연락이 안되고 2015.2.27. OOO세무서에서 직권폐업한 법인이나 매매계약서가 존재하고 후소유자들이 청구인을 알지 못하기에 취득경위 등을 확인한바 OOO 소재 모처에서 우량한 비상장주식을 싸게 판매한다는 소문을 듣고 성명 미상의 중개인들로부터 1주당 OOO원에 매입하였다는 진술 등으로 보아 OOO는 불법 중개인들이 휴면법인의 명의를 도용하여 주식을 판매하고 도주한 것으로 판단되어 후소유자들로부터 소명이 없는 OOO 건은 청구인과 OOO 모두 양도가액을 1주당 OOO원으로 결정하였으나,

청구인이 2016.8.19. 2014년 4분기 증권거래세 기한 후 신고를 하면서 쟁점주식을 1주당 OOO원에 양도한 것으로 신고하였으므로 후소유자들이 취득가액을 1주당 OOO원으로 소명한 OOO 건 OOO주에 대해서는 청구인의 신고내용대로 양도가액을 1주당 OOO원으로 결정하였다.

(3) 청구인은 조사청이 조사과정에서 세무조사중지 및 재개를 반복하였으므로 이 건 부과처분이 위법하다고 주장하나,

청구인은 쟁점법인의 대표이사로서 쟁점주식OOO을 수백차례에 걸쳐 양도하면서 매매계약서를 대부분 작성하지 않았고 거래금액에 대한 금융증빙도 갖추지 않았으며, 회계장부 등을 비치하거나 기장한 적도 없다. 또한, 쟁점주식을 양도하면서 증권거래세는 일부 기한 후 신고하였으나 양도소득세는 전부 무신고하였기에 조사청으로서는 양도차익을 산정할 수가 없었다.

이에 조사청은 청구인에게 수차례에 걸쳐 쟁점주식 양도와 관련한 거래증빙을 요구하였으나, 청구인이 이를 제출할 수 없다 하여 청구인 스스로 세무조사 중지신청을 하였고 조사청이 후소유자에 대한 거래확인, 청구인에 대한 소명요청, 증권거래세 신고내용[2014년 4분기 증권거래세 신고내용에 의하면 쟁점주식의 1주당 거래금액이 OOO원이며, 취득가액이 1주당 OOO원 내외(1/10 액면분할에 따라 당초 OOO원에서 OOO원으로 감액)인 점으로 보아도 1주당 OOO원 정도의 양도차익이 발생] 확인, 통일주권 발행금융사인 OOO에 대한 금융조사 등을 통하여 쟁점법인의 양도주식수와 양도가액을 확정하고 청구인의 자필서명을 받아 과세한 것으로, 조사과정에서 위법한 행정행위를 한 적이 없을 뿐만 아니라 조사중지를 사유로 이 건 처분이 위법하다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 2014년～2015년 기간 중에 양도한 주식수량 및 양도가액이 적정한지 여부

② 이 건 세무조사는 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

(2) 국세기본법

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청) ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

제81조의8(세무조사 기간) ① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.

1. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우

6. 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우

④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.

(3) 국세기본법 시행령

제63조의7(세무조사의 연기신청) ① 법 제81조의7 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때

2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때

3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때

제63조의9(세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 "납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 보유한 쟁점법인 주식 양도내역은 아래 ＜표2＞와 같은바, 청구인과 처분청 사이에 2014～2015년 중 청구인이 양도한 주식수 및 양도가액에 대하여 다툼이 있으며, 특히 2015년 양도주식수 중OOO주(아래 ＜표3＞의 ④), OOO주(아래 ＜표3＞의 ⑤)의 양도여부에 대하여 구체적으로 살펴본다.

＜표2＞ 청구인의 쟁점법인 주식 양도내역

＜표3＞ 쟁점주식의 양도수(처분청 제시)

(2) 위 ＜표3＞의 ④ 93만주의 양도와 관련하여, 청구인의 제출증빙 및 주장과 처분청의 제시근거 및 의견은 다음과 같다.

(가) 청구인은 위 OOO주는 2015.3.9. 아들 OOO이 자신의 주식계좌로 착오입고한 것으로 2016.4.4. 정정하였으므로 청구인이 OOO에게 양도한 것이 아니며, 청구인과 OOO 간에 2015.2.3. 작성한 주식양수도계약서는 사실과 다르다고 주장하면서, 주식양수도계약서 2부(작성형식 및 내용이 서로 다름) 및 주식 착오입고 경위서, 청구인 및 OOO의 OOO 주식입출고계좌 거래내역서 및 잔고증명서(2016.4.4. 기준) 등을 제출하였는바, 주식계좌거래내역상 2016.4.4. OOO 주식계좌에서 청구인에게 OOO주가 출고된 것으로 나타나고, 청구인의 쟁점법인 주식잔고(2016.4.4. 기준)는 OOO주로 나타난다.

(나) 이에 대하여 처분청은, 청구인과 OOO이 2015.2.3. 작성한 주식양도양수계약서(쟁점법인 주식 OOO주를 1주당 OOO원에 OOO원에 청구인이 OOO에게 양도한다는 내용)를 조사기간 중에 청구인이 임의로 작성․제출하였고, 청구인이 착오입고라고 주장하는 OOO주는 2015.3.9. OOO의 주식계좌에 입고되었으나, OOO주는 이미 2015.2.3. 청구인에게 양도된 것이라서 시기나 주식수에서 차이기 나므로 청구주장을 신뢰할 수 없다는 의견이다.

(3) 위 ＜표3＞의 ⑤ OOO주의 양도와 관련하여, 청구인의 제출증빙 및 주장과 처분청의 제시근거 및 의견은 다음과 같다.

(가) 청구인은 조사청이 조사당시 청구인의 쟁점법인 주식 잔고를 역산하여 OOO주가 부족한 이유에 대한 소명요구에 대하여 ‘청구인이 지인 OOO에게 OOO주를 팔아달라고 맡겼다’고 진술한 것을 청구인이 양도한 것으로 오인한 데서 비롯된 부당한 과세라고 주장하나, 이에 대한 구체적인 입증자료를 제출하지 아니하였다.

(나) 이에 대하여 처분청은, 조사 당시 징구한 ‘청구인의 확인서’에 첨부된 주식거래내역서(양도자 소명내용, 후소유자 소명내용, 양도결정내용, 매수현물입고내역, 현물보유내역 등)를 보면, 청구인이 2015년 중에 양도한 OOO주는 2015.3.10.부터 2015.8.19.까지 22차례에 걸쳐 OOO 외 10인에게 양도한 것이라는 의견이다.

(4) 쟁점주식의 양도가액과 관련하여, 청구인은 조사청이 2014년 4분기 증권거래세 신고내용을 기준으로 쟁점주식 1주당 거래금액인 OOO원을 양도가액으로 추정하여 과세한 것은 하나의 거래신고내용을 전체 주식거래의 양도가액에 적용한 것으로 부당하며, 주식양수도계약서상 청구인이 OOO에게 양도하였다는 OOO주의 거래가액은 1주당 OOO원인바, 설령 부자(父子) 간의 거래라 하더라도 청구인이 아들에게 액면가 1주당 OOO원 주식을 3배나 되는 OOO원에 팔아 이익을 챙기는 경우는 상식적으로 납득할 수 없다고 주장하였다.

이에 대하여 처분청은, 청구인이 쟁점주식 거래와 관련한 양도소득세는 모두 무신고하였으나, 2016.8.19. 2014년 4분기 증권거래세 기한 후 신고(양도주식수 OOO주, 1주당 평균단가 OOO원)를 하였는바, 후(後)소유자들이 주식 취득가액을 1주당 OOO원으로 소명한 OOO 건 OOO주에 대해서만 청구인의 신고가액인 1주당 OOO원으로 결정하였고, 쟁점주식 양도대금 수수와 관련한 금융증빙은 보관하지 않으면서 대부분 현금으로 거래하였으며, 청구인이 조사 당시 자필서명한 주식거래내역(양도주식수, 양도가액 등)을 부인하는 것은 타당하지 않다는 의견이다.

(5) 이 건 세무조사의 위법성과 관련하여, 청구인은 조사청의 업무상황과 주식양수인에 대한 확인절차 지연 등으로 인해 청구인에게 세무조사중지신청서(4회)를 작성하여 제출하라고 요구하여 청구인이 그렇게 한 것이지, 자발적으로 조사중지 및 재개를 요청한 사실이 없고, OOO주 거래와 관련하여 청구인이 조사청에 제출한 주식양수도계약서는 문서파일 형태로 작성한 문서인데 반해, 조사청이 제시한 주식양수도계약서는 세무조사시 조사청이 불러주는 대로 청구인이 자필로 작성한 문서라서 청구인과 OOO 간에 체결한 주식양수도계약서는 작성자(청구인)의 의사에 반한 것으로 과세근거자료가 될 수 없다고 주장하였으나,

이에 대하여 처분청은, 조사당시 청구인에게 쟁점주식 양도와 관련한 거래증빙을 요구하였으나 청구인이 이를 제출할 수 없다고 하여 스스로 세무조사 중지신청을 하였고, 이에 따라 적법하게 세무조사중지를 한 것이며, 청구인 주장과 같이 청구인에게 주식양수도계약서나 확인서를 강제하는 등 조사과정에서 위법한 행정행위를 한 사실이 없다는 의견이다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,

조사청은 조사 당시 쟁점법인 주식의 후(後)소유자에 대한 거래내역 확인, 청구인의 소명내용, 증권거래세 (기한후)신고내용 확인, 청구인의 증권계좌에 대한 금융조사 등을 통하여 2014～2015년 기간 중 청구인의 양도주식수, 양도가액 및 양도차익 등을 구체적으로 산정하고 이에 대하여 청구인의 최종확인(청구인이 자필서명한 확인서 제출)을 거쳐 이 건 과세처분한 것으로 나타나는 점, 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 함부로 부정하여서는 아니되는 점OOO,

청구인은 OOO과의 거래OOO 및 지인들과의 거래OOO에 대하여 실제 양도한 것이 아니라고 주장하나, 2015.2.3. 체결한 청구인과 OOO 간의 양수도계약서상 주식 OOO주와 청구인이 착오입고하였다고 주장하는 2015.3.9. OOO의 증권계좌 입고주식 OOO주 및 2016.4.4. OOO 주식계좌에서 청구인에게 출고된 OOO주 등이 그 시기 및 수량 등이 서로 달라 상호 연관성이 있는지가 불분명한 점, 만약 청구인 주장대로 위 OOO주와 OOO주OOO를 청구인의 양도주식수에서 제외한다면 2015년 중에 청구인이 양도한 주식수는 OOO주에 불과하여, 쟁점법인이 당초 자진신고한 2015년 주식변동상황명세서상 청구인의 양도주식 OOO주 또는 세무조사과정에서 수정신고한 2015년 주식변동상황명세서상 청구인의 양도주식 OOO주(조사청이 확정한 청구인의 양도주식수)와는 큰 차이가 있는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 조사청이 임의로 조사중지 및 재개를 반복하는 등 이 건 세무조사가 위법하다고 주장하나,

청구인의 세무조사중지 신청서(4회)를 보면, 청구인이 자필서명하였고 조사중지 신청사유는 ‘자료준비 및 확인’, ‘소명자료 준비지연’, ‘회사업무로 지방출장을 다니느라 국세청에 제출할 자료를 준비하지 못함’ 등으로 기재되어 있어 조사청이 적법절차에 따라 세무조사 중지 및 재개를 한 것으로 나타나는 점, 청구인의 주장만으로는 세무조사과정에서 조사청의 특별한 위법행위가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 세무조사가 위법하다는 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.