2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 교육출판 문화사업 등을 하는 회사로서, 1990. 1. 1.자로 구 조세감면규제법(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되고, 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2 의 ‘기업공개시 재평가특례’ 규정에 의하여 ‘처음으로 주식을 상장하는 것’을 전제로 그 소유 재산에 대하여 자산재평가(이하 ‘이 사건 자산재평가’라 한다)를 실시한 뒤, 그 재평가차액 7,794,900,940원(이하 ‘쟁점평가차액’이라고 한다)을 법인세법 제15조 제1항 제5호 에 의하여 익금에 산입하지 아니한 채 1990사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. 그 후 ‘기업공개시 재평가특례’를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기간(위 특례에 따라 재평가를 한 법인이 주식을 상장하여야 하는 시한)이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었는데, 피고는「원고 회사가 상장기간 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다」는 이유로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것. 이하, 특별한 기재가 없는 한 ‘구 조세감면규제법’이라고 하면 이를 말한다) 부칙 제23조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)에 의하여 쟁점평가차액을 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차액으로 보고 1990사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산에서 이를 익금에 산입하여 2004. 1. 16. 원고에게 1990사업연도 법인세 5,771,071,810원(과소신고가산세 433,499,205원, 미납부가산세 3,197,490,141원 포함) 및 방위세 654,360,840원(미납부가산세 109,060,140원 포함)을 결정·고지하였다.

다. 이에 대하여 원고가 국세심판을 제기하자, 국세심판원은 2005. 4. 20.「1990사업연도 법인세와 방위세 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 과세하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하라」는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2005. 5. 16. 당초 결정금액을 법인세는 2,167,496,029원으로, 방위세는 545,300,702원으로 각 감액 경정하였다(피고가 2004. 1. 16. 원고에 대하여 한 1990사업연도 법인세 및 방위세 부과처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 것을 통틀어 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 1, 2호증의 각 1, 2, 갑 3호증, 을 1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부과처분은 아래 사유로 위법하다.

(1) 피고가 이 사건 부과처분을 하면서 적용한 근거법률은 ‘기업공개시의 재평가특례’와 그 ‘상장기간’에 관하여 규정한 구 조세감면규제법상의 이 사건 부칙규정과 그에 근거한 조세특례제한법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조 이다. 그런데 위 구 조세감면규제법 규정은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.자로 시행된 조세감면규제법(이하 ‘전문개정된 조세감면규제법’이라 한다)이 ‘기업공개시의 재평가특례’와 관련하여 아무런 규정을 두지 않음으로써 그 효력을 상실하였고, 이와 같이 법률의 위임근거규정이 실효된 이상, 그에 터잡은 위 조세특례제한법시행령 규정 역시 모법의 근거가 없는 무효의 규정이다. 따라서 이 사건 부과처분은 무효의 규정에 근거하였으므로 조세법률주의에 위배된다.

(2) 따라서, 이 사건 부과처분의 근거규정을 찾자면, 위 전문개정된 조세감면규제법이 시행되기 전의 구 조세감면규제법상의 이 사건 부칙규정과 그 위임에 따른 1990. 12. 31. 개정 조세감면규제법시행령(대통령령 제13202호) 제66조 가 될 수밖에 없다. 그런데 위 조세감면규제법시행령 규정은 상장기간을 재평가일로부터 5년으로 규정하고 있었고, 그에 의하면 피고가 원고에게 국세를 부과할 수 있는 날(재평가일인 1990. 1. 1.부터 상장기간인 5년이 경과한 날인 1995. 1. 1.)부터 국세기본법 제26조의2 소정의 제척기간인 5년간 과세를 하지 아니하였으므로, 이 사건 법인세·방위세의 제척기간은 2000. 1. 1.자로 도과하였다.

(3) 자본시장육성을 위하여 기업공개시의 재평가특례를 규정하고 있었던 1987. 11. 28. 개정된 구 조세감면규제법(법률 제3939호)과 구 조세감면규제법(법률 제4285호)상의 이 사건 부칙규정의 입법취지에 비추어, 그 규정에서 말하는 ‘주식을 상장하지 아니하는 경우’란 ‘납세자의 귀책사유로 인하여 주식을 상장하지 아니한 경우’라고 한정적으로 해석하여야 한다. 그런데 원고 회사가 상장을 하지 못한 것은 원고의 귀책사유로 인한 것이 아니라, 재평가특례를 장려하던 정부의 정책이 상장회사의 과도한 진입으로 인한 주식시장의 침체를 우려하여 상장요건을 강화하는 쪽으로 변화된 것에 기인한 것이므로, 결국 원고는 구 조세감면규제법 소정의 ‘주식을 상장하지 아니하는 경우’에 해당하지 아니한다.

(4) 원고가 당초 자산재평가를 한 것은 정부 당국의 상장장려정책에 호응함과 아울러, 회사가 상장요건을 별 무리 없이 충족할 수 있을 것으로 신뢰하였기 때문이다. 또한, 증시의 침체 등으로 인하여 법령상 상장기간이 수차례 연장되면서, 원고는 그러한 상장기간의 연장조치가 계속되어 과세가 되지 아니할 것으로 신뢰하고 있었다. 그런데도, 별다른 사정변경도 없이 상장기간의 연장을 중단하고 세금을 부과한 이 사건 처분은 원고의 정당한 신뢰를 침해하였다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법률주의 위배 여부

㈎ 기업공개시의 재평가특례와 관련된 감면규정의 개정경과

① 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 구 조세감면규제법은 제56조의2 를 신설하여 「처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 … 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있고, 다만 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다」고 규정하고 있었다.

② 그런데 위 법이 1990. 12. 31. 구 조세감면규제법(법률 제4285호)으로 개정되면서 종전의 제56조의2 규정을 삭제하여 ‘기업공개시의 재평가특례’ 제도를 없애는 한편, 이미 시행된 자산재평가를 규율하기 위하여 이 사건 부칙규정으로 ‘기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 등’을 규정하면서 「이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일부터 대통령이 정하는 기간 내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다」고 규정하였다.

③ 그리하여 구 조세감면규제법상의 이 사건 부칙규정을 위임근거로 하여, 1990. 12. 31. 개정된 조세감면규제법시행령(대통령령 제13202호)은 제66조 를 신설하여 이 사건 부칙규정에서의 ‘대통령령이 정하는 기간’을 ‘5년’으로 정하였고, 그 후 1993. 12. 31. 개정된 조세감면규제법시행령(대통령령 제14084호) 제109조 는 그 기간을 ‘8년’으로, 1996. 12. 31. 개정된 조세감면규제법시행령(대통령령 제15197호) 제109조 는 그 기간을 ‘10년’으로, 1998. 12. 31. 전문개정에 의한 조세특례제한법시행령(대통령령 제15976호)은 제138조 에서 그 기간을 ‘11년’으로, 2000. 1. 10. 개정된 조세특례제한법시행령(대통령령 제16693호) 제138조 는 그 기간을 ‘13년’으로 각 연장하였다가, 2001. 12. 31. 개정된 조세특례제한법시행령(대통령령 제17458호) 제138조 는 그 기간을 ‘2003년 12월 31일까지’로 정하였다.

④ 한편, 구 조세감면규제법은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.부터 시행되었는데, 전문개정된 법은 구 조세감면규제법과 마찬가지로 ‘기업공개시의 재평가특례’ 제도는 채택하지 않았고, 부칙 제2조에서 「이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다」고 규정하였으나, 구 조세감면규제법상의 이 사건 부칙규정과 같이 ‘기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치’ 규정은 따로 두지 아니하였다.

㈏ 전문개정된 조세감면규제법과 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 관계

① 이 사건의 쟁점은 구 조세감면규제법의 이 사건 부칙규정이 전문개정된 조세감면규제법의 시행으로 그 효력을 상실하여, 그 이후에는 조세감면규제법(조세특례제한법)시행령의 ‘상장기간’ 규정의 근거가 될 수 없는지 여부이다.

살피건대, 조세감면규제법이 1993. 12. 31. ‘전문개정’되면서도 종전에 시행된 ‘기업공개시의 재평가특례’를 규율하기 위하여 이 사건 부칙규정과 같은 명확한 경과규정을 두지 않음으로써, 그 해석을 둘러싸고 논란을 일으킨 것은 입법의 미비라고 할 수는 있다.

그러나, ㈀ 일반적으로 조세법령이 개정되면서 그 부칙에서 개정조문과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 아니한 경우에는 납세의무가 성립한 당시에 시행되던 법령을 적용하여야 하는 점( 대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결 ), ㈁ 원고 회사의 자산재평가행위는 1990년에 있었으므로, 그에 따른 법인세 납세의무는 일응 추상적이나마 과세기간 즉 1990사업연도가 종료한 때에 성립된다고 할 것인 점( 국세기본법 제21조 제1항 제1호 ), ㈂ 다만 종전의 1987. 11. 28. 개정 조세감면규제법이나 구 조세감면규제법이 재평가에 관한 조세특례를 규정하면서 일정기간 내의 주식상장을 조건으로 하였기에 그 사후관리가 필요하였고, 이 사건 조세감면규제법시행령이나 조세특례제한법시행령 규정들은 모두 위 특례의 조건인 주식의 상장기간의 연장조치에 관한 내용에 불과한 점, ㈃ 전문개정된 조세감면규제법은 부칙 제2조에서 ‘일반적 적용례’로서 「법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행(1994. 1. 1.) 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다」고 규정하고 있으므로, 전문개정된 조세감면규제법 중 법인세에 관한 개정규정(종전에 부칙으로 존재하던 ‘기업공개시의 재평가특례’에 관하여 새로 아무런 규정이 없으므로, 이 부분 또한 법개정이 있는 것이라 하겠다)은 1994. 1. 1. 이후 개시되는 과세연도에 관한 법인세에 관해서만 적용되고, 반대로 그 이전의 과세연도(이 사건에서는 1990년이다) 분에 관한 법인세에 대해서는 계속 종전의 구 조세감면규제법의 규율을 받도록 규정하고 있다고 풀이할 수 있는 점, ㈄ 이에 따라, 조세감면규제법 전문개정 당일(1993. 12. 31.) 조세감면규제법시행령도 같이 전문개정되면서 당연히 모법의 근거가 있다는 전제하에 상장기간에 대하여 규정하고 그 기간을 8년으로 연장한 점, ㈅ 그 이후에 개정된 조세감면규제법시행령과 전문개정에 따른 조세특례제한법 시행령 역시 모두 「법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항 (이 사건 부칙규정)에서 대통령령이 정하는 기간이라 함은 …」이라고 규정하여, 법률의 번호까지 명시하면서 구 조세감면규제법이 그 모법(위임근거)임을 나타내고 있는 점, ㈆ 만약 원고의 주장처럼 「전면개정된 조세감면규제법에서 위 ‘일반적 적용례’ 외에 ‘기업공개시의 재평가특례’에 관한 경과조치 규정을 명시적으로 따로 두지 않았으므로, 종전에 있었던 자산재평가 및 상장기간을 규율하는 규정들은 일거에 실효된다(‘기업공개시의 재평가특례’ 규정은 이미 1990. 12. 31. 개정에서 삭제되었고, 그에 관한 경과규정인 이 사건 부칙규정도 전문개정에 의하여 실효된다)」는 전제에 서게 되면, 이 부분은 모두 법률의 공백상태에 빠지게 되어, 따로 법률에서 새로운 근거규정을 두지 않는 이상 사후관리가 불가능하게 되고(시행령에서 추가로 상장기간의 연장을 하는 것도 불가능해진다), 오히려 위 재평가특례제도 및 상장기간의 유예를 믿어온 법인과 이해관계인의 법적 안정성을 크게 해치게 될 것인 점, ㈈ 더욱이 「이 사건과 같이 과거 재평가특례를 받고도 상장조건을 지키지 못한 법인에 대하여, 원고의 주장과 같이 모법에 명시적 근거가 없다는 이유만으로 과세를 하지 못하게 된다면, 종래 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 성실하게 법인세 등을 신고 납부한 법인이나 구 조세감면규제법령상의 상장기간을 준수한 법인들과 비교하여 형평에 어긋나는 결과를 초래하게 될 것인 점」 등에 비추어 보면, 비록 구 조세감면규제법이 개정되면서 과세근거규정을 삭제하고 부칙에서 경과규정을 두고 있다가 다시 전문개정되면서 그에 관한 근거규정이나 경과규정을 두고 있지 않다고 하더라도, 구 조세감면규제법상의 이 사건 부칙규정은 적어도 전문개정된 조세감면규제법의 시행 이전의 과세연도분에 대한 법인세에 관해서는 여전히 실효되지 아니하고 적용될 뿐만 아니라, 그 규정의 위임에 따라 세부내용(상장기간)을 보충하기 위하여 신설, 개정되는 대통령령 규정들을 규율하는 근거가 된다고 봄이 상당하다.

따라서 조세감면규제법시행령 및 조세특례제한법시행령에서 규정한 ‘상장기간’에 관한 규정은 모두 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항(이 사건 부칙규정)에 의하여 법률상 근거를 가지고 있어 유효하다.

② 이에 대하여 원고는, 법률이 전문개정되면 전문개정 전의 부칙 규정은 그 효력이 소멸한다고 주장하면서, 그에 관한 법리를 설시하고 있는 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 과 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 을 근거로 들고 있다.

그런데 위 각 대법원 판결은 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 법인세의 일종인 특별부가세에 있어서, 전문개정 전의 조세감면규제법은 종전의 특별부가세의 세액의 감면에 관한 규정을 삭제하면서 그 부칙에 그에 관한 경과규정을 두고 있었던 반면, 전문개정된 조세감면규제법에서는 그 세액의 감면에 관한 면제규정이나 경과규정을 두지 아니한 경우, 전문개정된 조세감면규제법이 시행된 이후 부동산을 양도한 사안에서 「양도로 인한 특별부가세의 면제 여부에 관하여는 당연히 양도 당시의 법률인 전문개정된 조세감면규제법을 적용하여야 하고, 개정형식이 전문개정인 이상 세액의 면제에 관한 경과규정을 둔 종전의 법률은 특별한 사정이 없는 한 전문개정된 조세감면규제법의 시행으로 실효된 것으로 보아야 한다」는 전제에서, 「전문개정된 조세감면규제법이 시행된 이후 부동산을 양도한 경우 종전의 법률규정에 따라 특별부가세가 감면된다고 할 수 없고, 나아가 특별부가세를 납부하지 아니함에 있어 종전에는 특별부가세가 면제되었다는 사정은 가산세를 납부하지 아니할 정당한 사유가 존재한다고 볼 수도 없다」고 판시한 것이다.

이와 같이, 위 각 대법원 판결은 「조세의 과세요건과 면세요건의 해당 여부는 그 요건 성립 당시(양도시)의 법률을 기준으로 하여야 한다」는 것과, 「종전 법률의 부칙에 면세에 관한 경과규정이 있었다 하더라도 그 법률이 ‘전문개정’되면 ‘특별한 사정이 없는 한’ 종전의 법률 부칙규정도 모두 실효된다」는 요지에 불과하다(요컨대, 위 각 대법원 판결은, 전문개정 법률이 시행된 이후 과세 또는 면세요건이 성립된 사안에서 종전 법률규정 부적용의 원칙을 밝힌 것이지, 과세 또는 면세요건이 전문개정 법률이 시행되기 전에 성립된 사안에서 종전 법률 규정의 실효, 부적용을 판시한 것이 아니다). 따라서 이 사건 사안에서 위 대법원 판시의 법리를 액면 그대로 적용할 수는 없다.

결국, 원고의 위 주장만으로는, 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항(이 사건 부칙규정)에서 정한 기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 규정이 ‘전문개정된 조세감면규제법 시행일(1994. 1. 1.) 이전에 개시된 과세기간분에 대한 법인세’에 관한 한 여전히 유효하게 적용된다고 보는 데 장애가 되지 않는다. 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

㈐ 소결론

피고는 이 사건 부과처분을 함에 있어 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 및 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법시행령 제138조 를 근거로 하였고, 위 각 규정은 전문개정된 조세감면규제법 시행일인 1994. 1. 1. 전의 법인세 과세기간분에 대하여는 여전히 유효하게 적용되므로, 이를 근거로 한 이 사건 부과처분은 조세법률주의에 위배되지 않는다.

(2) 제척기간 도과 여부

㈎ 원고는 구 조세감면규제법이 1994. 1. 1.부터 효력이 없음을 전제로, 이 사건 자산재평가와 관련된 법인세의 부과처분의 제척기간은 국세기본법 제26조의2 , 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 조세감면규제법시행령에 의하여 상장기간(자산재평가일인 1990. 1. 1.부터 5년) 만료일인 1995. 1. 1.부터 5년이 경과한 2000. 1. 1.자로 도과되었다고 주장한다.

㈏ 그러나 앞서 본 바와 같이 구 조세감면규제법은 여전히 그 효력을 유지하고 있고, 이를 모법으로 한 조세특례제한법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 역시 효력이 있으므로, 상장기간은 2003. 12. 31.까지이다. 그런데 원고 회사가 위 상장기간 내에 주식을 상장하지 아니하였으므로, 이 사건 법인세와 부가세인 방위세의 제척기간의 기산일은 국세기본법시행령 제12조의2 제2항 제3호 소정의 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날인 2004. 1. 1.을 기준으로 하여야 한다. 따라서 2004. 1. 16.에 부과된 이 사건 부과처분은 5년의 제척기간 내에 이루어진 것이어서 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 원고의 귀책사유와 과세요건 해당 여부

㈎ 인정사실

갑 제4, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사가 한국증권거래소에 주식을 상장하기 위하여 1990. 4. 16. 증권관리위원회에 유가증권 등록법인신청을 한 사실, 그런데 증권감독원은 신청서에 첨부된 원고 회사의 감사보고서를 감리한 결과 원고 회사가 관세 환급금 2억 1,500만 원을 과대 계상하여 기업회계기준 제13조, 제65조를 위배하였다고 하면서 1990. 8. 20. 원고에게 수시감리결과를 통보한 사실을 인정할 수 있고 반증 없으며, 그 이후 원고 회사가 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

㈏ 판단

종전의 조세감면규제법(법률 제3939호) 제56조의2 및 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항(이 사건 부칙규정)은 「… 재평가일로부터 … 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다」라고만 규정하고 있을 뿐, 주식을 상장하지 아니하는 경우의 전제요건으로 ‘납세자의 귀책사유가 있을 것’을 규정하고 있지 아니하다. 설령 「납세자의 귀책사유로 인하여 상장을 하지 아니한 경우에 한하여 자산재평가법에 의한 평가로 보지 아니한다」고 위 규정을 한정해석한다 하더라도, 위 인정사실에 의하면, 원고 회사는 주식 상장을 위하여 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였다가 수시감리결과 원고 회사의 감사보고서 중 관세 환급금을 과대 계상하는 등 분식회계 사실이 있음이 밝혀져 주식을 상장을 하지 못하였던 것이고, 또한 정부가 주식시장의 과잉 공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하였다고 하더라도 원고 회사가 그 상장요건을 충족하지 못한 데에 원고 자신의 책임이 없다고 할 수 없고, 그밖에 원고가 주식을 상장하지 못한 데에 ‘귀책사유가 없다’고 할 만한 사정에 대한 구체적 주장·입증이 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 정당한 신뢰의 침해 여부

앞서 본 바와 같이 조세감면규제법시행령과 조세특례제한법시행령이 수회에 걸쳐 개정되면서 상장기간이 연장된 것은 기업공개에 따른 주식물량의 과다공급으로 주식시장에 미치는 파급효과를 고려한 측면도 있고, 그 한편으로 재평가특례 규정에 의하여 자산재평가를 한 법인의 사정 등을 종합적으로 고려한 것으로도 풀이된다. 그러나 상장기간이 수년간 연장된 사정이 있다 하여, 이를 두고 「장래에 계속적·항시적으로 상장기간을 연장하겠다」거나 「기업공개시의 재평가특례 규정을 근거로 자산재평가를 한 법인에 대하여 구 조세감면규제법에 따라 법인세를 부과하지 않겠다」는 신뢰관계가 원고와 정부 및 피고에게 형성되었다고 할 수는 없다. 나아가, 조세특례제한법시행령이 2001. 12. 31. 개정되면서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시하였고, 그러한 사실을 충분히 알고 있었을 것으로 보이는 원고가 주식을 상장하지 아니한 책임을 피고에게 전가할 수는 없다고 보인다. 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.