1. 질의내용 요약

가. 사실관계

-질의법인은 2009.6월 관계회사를 합병하면서 합병법인을 본점으로하고 피합병법인을 지점으로 설치

-합병 당시 합병법인(본점)에는 이월결손금이 없었으나, 피합병법인(지점)은 약 20억원의 이월결손금이 존재하였으며2008.12.26. 법률9267호 개정된 법인세법 제45조 제2항에 따른 피합병법인의 이월결손금 승계요건을 갖추어 승계

-질의법인은 영업상의 목적에 따라 2010년도 중에 합병 당시 지점으로 등록한 피합병법인 소재지를 본점으로 변경하고, 본점으로등록한 합병법인 소재지를 지점으로 변경할 예정

나. 질의요지

- 합병당사법인을 본 지점 형태로 합병한 이후 본점과 지점의 상호 및 소재지를 변경등기하는 경우 당초 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 피합병법인에서 발생한소득금액 범위안에서 계속 공제가 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제45조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】(2008.12.26. 법률9267호 개정 후)

① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다. (2008. 12. 26. 개정)

②다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때공제한다.(2008. 12. 26. 개정)

1.제44조 제1항 각 호에 해당할 것 (2008. 12. 26. 개정)

2. 합병법인이 피합병법인의 자산을장부가액으로 승계할 것 (2008. 12. 26. 개정)

3.피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것 (2008. 12. 26. 개정)

③ 제2항에 따라 피합병법인의 결손금을 공제한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에산입한다. (2008. 12. 26. 개정)

④제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산 및 공제받은 결손금의 익금산입 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2008. 12. 26. 개정)

○ 법인세법 제45조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】(2008.12.26. 법률9267호 개정 전)

①다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제3호 단서의규정에 해당되어 구분경리하지 아니한 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 대통령령이 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다. (2005. 12. 31. 개정)

1.제44조 제1항 각호에 해당할 것 (2001. 12. 31. 개정)

2.피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것 (1998. 12. 28. 신설)

3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 단서신설)

② 제1항의 규정에 의하여 피합병법인의 결손금을 공제한 합병법인이합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 신설)

③ 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 합병으로서 대통령령이 정하는 합병의 경우 합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 합병법인의 각사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제하지 아니한다. (1998. 12. 28. 신설)

④제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준,동일사업을 영위하는 법인의 판정, 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제하는 결손금의 계산 및 공제받은 결손금의 익금산입 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정)

○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】(2009.02.04 대통령령 제21302호 개정 후)

① 법 제45조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자산가액 비율”이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다. (2009. 2. 4. 개정)

②법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아계산한금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로 한다. (2009. 2. 4. 개정)

③ (삭제, 2009. 2. 4.)

④제80조 제3항 및 제6항의 규정은 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의판정 및 적용에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 2 이상의 사업을 승계받아 일부만 계속 또는 폐지하는 경우의 승계결손금의 범위액 및 익금산입액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로한다. (2006. 2. 9. 항번개정)

⑤ (삭제, 2009. 2. 4.)

⑥ (삭제, 2009. 2. 4.)

○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】(2009.02.04 대통령령 제21302호 개정 전)

①법 제45조 제1항의 규정에 의하여 합병법인이 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이경과한 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로한다. (1998. 12. 31. 개정)

②법 제45조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 자산가액비율”이라 함은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 고정자산에 한하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 의한다. (2006. 2. 9. 신설)

③법 제45조 제1항 제3호 단서의 규정을 적용함에 있어서 중소기업의판정은 합병전의 현황에 의하고, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 의한다. 이 경우 합병법인 또는피합병법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에 한하여 동일사업을 영위하는 것으로 본다. (2006. 2. 9. 신설)

④제80조 제3항 및 제6항의 규정은 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의판정 및 적용에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 2 이상의 사업을 승계받아 일부만 계속 또는 폐지하는 경우의 승계결손금의 범위액 및 익금산입액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로한다. (2006. 2. 9. 항번개정)

⑤ 법 제45조 제3항에서 “대통령령이 정하는 합병”이라 함은 합병등기일 현재 법 제13조 제1호의 규정에 따른결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을말한다. (2006. 2. 9. 개정)

1.합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일(그 개시일이서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간 중에 피합병법인의 상호(합병법인의 상호와 피합병법인의 상호 중 피합병법인의 상호만 포함된 다른 상호를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)로 미리 변경등기하였거나 합병등기일 후 5년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것

2.합병법인이 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것 (2006. 2. 9. 개정)

가. 합병계약 당시 주식 등의 시가총액(총발행 주식등의 시가총액을 말한다)이 피합병법인보다 낮을 것 (2007. 2. 28. 개정)

나.피합병법인보다 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의소득금액이 적거나 결손금이 많을 것 (2006. 2. 9. 개정)

다.합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 장부가액에 의한순자산가액이 피합병법인보다 적을 것 (2006. 2. 9. 개정)

라. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 3사업연도의 소득금액 합계액이 결손금 합계액에 미달할 것 (2006. 2. 9. 개정)

마. 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인간 법 제13조 제1호의 규정에 따른 결손금의 차액이 합병법인의 결손금의 100분의 50을 초과할 것 (2006. 2. 9. 개정)

⑥ 법 제13조 제1호의 규정에 따른 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병의경우 그 합병법인이 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 법 제13조 제1호의 결손금을공제한 후 제5항 제1호의 요건에 해당하게 되는 경우 당해 사업연도 전에 공제한 결손금은 제5항 제1호에 해당하게 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (2006. 2. 9. 개정)

○ 법인세법 시행규칙 제41조 【승계결손금의 범위액 계산】(2009.03.30 기획재정부령 제66호, 개정 후)

① 영 제81조 제2항에 따른 승계결손금의 범위액은 다음 각 호에 따른다. (2009. 3. 30. 개정)

1. 합병등기일이 속하는 사업연도의 경우 합병등기일전 10년 이내에개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금으로서 그후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 (2009. 3. 30. 개정)

2. 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일후 개시하는 사업연도의 경우에는 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액

가. 해당 사업연도의 합병등기일 해당일전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금 (2009. 3. 30. 개정)

나. 해당 사업연도의 개시일전에 승계하여 공제한 결손금 (2009. 3. 30. 개정)

다. (삭제, 2003. 3. 26.)

② 영 제81조 제2항을 적용할 때 승계받은 사업에서 발생한 결손금의계산은 해당 합병법인이 적용한 제77조 제1항 또는 제2항에 따른 구분경리방법에 따른다. (2009. 3. 30. 개정)

○ 법인세법 시행규칙 제41조 【승계결손금의 범위액 계산】(2009.03.30 기획재정부령제66호, 개정 전)

①영 제81조 제1항의 규정에 의한 승계결손금의 범위액은 다음 각호에의한다. (2003. 3. 26. 개정)

1. 합병등기일이 속하는 사업연도의 경우 합병등기일전 5년 이내에개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금으로서 그후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 (1999. 5. 24. 신설)

2. 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일후 개시하는 사업연도의 경우에는 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액 (2003. 3. 26. 개정)

가.당해 사업연도의 합병등기일 해당일전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금 (1999. 5. 24. 신설)

나.당해 사업연도의 개시일전에 승계하여 공제한 결손금 (1999. 5. 24. 신설)

다.(삭제, 2003. 3. 26.)

② 영 제81조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업에서 발생한 결손금의 계산은 당해 합병법인이 적용한 제77조 제1항 또는 동조제2항의 규정에 의한 구분경리방법에 의한다. (2003. 3. 26. 개정)

○법인세법 부 칙 (2008. 12. 26. 법률 제9267호)

제1조 【시행일】

이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.

제5조 【합병에 따른 이월결손금의 승계에 관한 적용례】

제45조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1944, 2007.10.29

합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하고 법인세법 제45조 제1항 각호의요건을 충족하는 합병으로서 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금(합병등기일을 사업연도 개시일로 보아 계산한 금액)은 이를 합병법인의결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 법인세법 시행령제81조에서 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 이를 공제하는 것임

○ 법인세과-350, 2009.03.26

피합병법인의 상호 중 일반적으로 사용되는 용어를 합병법인의 상호에포함하여 변경등기한 경우 역합병에 해당되지 않는 것이나, 대외적으로인지된 피합병법인의 상호 일부가 포함된 상호로 합병법인의 상호를변경등기 하는 경우에는 「법인세법 시행령」제81조제5항제1호(2009. 2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것)에 해당되는 것으로, 귀질의가 상호 변경등기에 의한 역합병에 해당되는지 여부는 사실판단할사항임

○ 서면2팀-346, 2005.02.25

법인세법시행령 제81조 제4항 제3호의 규정을 적용함에 있어 이미 대외적으로 알려져 있는 피합병법인의 영문약자상호를 한글로 표기하는 명칭 또는 피합병법인임이 대외적으로 명확히 인지되는 고유상호의 일부로 합병법인의 상호를 변경 등기함으로써, 사실상 합병법인이 피합병법인의 상호를 사용한 것으로 인정되는 경우에는 같은 규정에 의한「이월결손금 불공제 요건」에 해당되는 것임