2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 8. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세 105,42,370원(신고불성실가산세 6,445,776원, 납부불성실가산세 29,298,367원 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 OO시 OO구 OO동 xx-xx 공장용지 740㎡ 및 그 지상 2층 공장건물(공장, 사무실, 수위실, 화장실 포함)(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 1985. 10. 21. 부친으로부터 상속받았다가, 2012. 7. 2. OO 주식회사에 1,350,000,000원에 매도하였다.

나. 원고는 2012. 9. 27. 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하고, 양도가액에서 자본적 지출액 및 양도비 등으로 필요경비 ① 기계장치 설치비용 85,061,000원, ② 소각로, 고무배합용 기름탱크 설치비용 65,000,000원, ③ 외국인근로자 기숙사 설치비용 35,000,000원, ④ 공장마당 기초공사비용 30,000,000원, ⑤ 상속협의에 따른 유류분 지출비용 47,000,000원 {아래에서 보는 원고의 주장에 따르면, 이 비용은 원고가 원래 구 소득세법(2012. 2. 1. 법률 제11274호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령(2012. 7. 20. 대통령령 제23964호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제1항 제2호에 따라 '자산의 취득에 든 실지거래가액'으로 신고하였어야 하나, 당시 필요경비로 공제가능한 자본적 지출액 또는 양도비 등으로 신고한 것으로 보인다}, ⑥ 중개수수료 등 21,462,000원(이하 각 비용은 순번으로 특정한다) 합계 283,523,000원을 공제하여, 양도소득세 223,702,262원을 신고・납부하였다.

다. 그런데 피고는 2016. 3. 28.부터 2016. 4. 15.까지 원고에 대하여 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 원고가 신고한 필요경비 중 ① 내지 ⑤의 공제를 부인하여 2016. 8. 9. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 105,452,370원(신고불성실가산세 6,445,776원, 납부불성실가산세 29,298,367원 포함)을 경정・고지(이하 '이 사건 처분' 이라 한다)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 22. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 2. 20. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 처분에 대하여

필요경비 ①과 관련하여, 기계장치는 이 사건 부동산 중 '공장건물에 부속된 시설물 또는 구축물'으로서 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 과세대상에 포함되고, 더욱이 원고가 과세관청에 그동안 제출하여왔던 대차대조표에도 원고가 운영하던 업체의 사업용 자산으로 명시된 바 있으므로, 기계장치의 취득가액에서 감가상각액을 공제한 비용은 양도가액에서 공제가능한 필요경비인 자본적 지출액으로 인정되어야 한다. 필요경비 ②, ③, ④는 이 사건 부동산의 양도가액에서 공제가능한 필요경비인 자본적 지출액이 명백할 뿐만 아니라, 필요경비 ⑤는 원고가 부친으로부터 이 사건 부동산을 단독으로 상속받을 당시 상속인들과의 합의에 의하여 지출한 유류분 상당액의 비용으로서 반드시 소송상 지출되지 아니하였다고 하여 양도가액에서 공제가능한 필요경비 중 하나인 '자산의 취득에 든 실지거래가액'이 아니라고 할 수 없다. 특히 필요경비 ②, ③, ④는 피고가 세무조사 착수 당시는 공장건물이 이미 멸실된 상태였으므로 확인이 불가한 상태였는데도, 단지 원고가 그 증명을 하지 못한다고 하여 필요경비로 인정하지 아니하였다는 것은 과세권 남용일 뿐만 아니라, 원고는 세무조사 대상자로 선정될 아무런 이유가 없었음에도 세무조사 대상자로 선정되었고, 더욱이 세무조사 시점도 양도소득세 예정신고를 한 후 무려 42개월이나 지난 시점이었던 점 등에 비추어, 위법한 세무조사로 인해 필요경비를 인정하지 않은 경우라 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대하여

가산세는 피고가 당초 세무조사를 일찍이 시작하였다면 부담하지 않았거나 최소한만 부담하였을 성질의 것으로서 피고의 세무조사 지체책임은 전혀 고려하지 아니한 채 무차별적이고도 일률적으로 부과되었다는 점에서, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다고 보아야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 처분에 대하여

가) 과세처분이 위법하다는 이유로 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분이 적법하고, 과세요건 사실이 존재한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정에 대한 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담한다. 그러나 필요경비 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비에 대한 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자 지배영역 안에 있어서 과세관청으로서는 증명이 곤란한 경우가 있다. 따라서 증명 곤란이나 당사자 사이 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조).

필요경비 ①과 관련하여, 부동산의 취득 후에 설치 또는 취득한 시설물 또는 구축물의 양도 대가가 토지의 양도소득에 포함되어 양도소득세의 과세 대상이 되는 경우에 그 구축물의 설치나 취득에 소요된 비용은 양도가액에서 공제되는 필요경비인 자본적 지출액에 해당할 수 있는데, 갑 제1호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 부동산의 매매계약서에는 기계장치가 양도대상자산으로 명시되어 있지 아니하고, OO 주식회사는 이 사건 부동산 취득 후 작성・비치한 대차대조표에 이 사건 부동산의 취득가액 전부를 재고자산 중 용지로 계상한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 원고가 주장하는 기계장치가 이 사건 부동산과 함께 양도되었는지 여부가 상당히 의심스러울 뿐만 아니라, 필요경비 ②, ③, ④와 관련하여, 을 제2호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 김OO이라는 사람이 소각로, 고무배합용 기름탱크 설치공사, 외국인근로자 기숙사 설치공사, 공장마당 기초공사를 하였다며 김OO의 확인서를 제출한 사실, 그런데 김OO은 국세청 전산망에 건물 공사업을 수행한 이력이 없는 것으로 나타나는 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 김OO이 실제로 원고가 주장하는 공사를 하였는지 여부가 상당히 의심된다.

이러한 경우, 피고로서는 원고가 주장하는 기계장치가 양도대상에 포함되어 있는지 여부나 김OO이 실제로 원고가 주장하는 공사를 하였는지에 관한 사실관계를 파악하기 어려운 반면, 오히려 그러한 사실관계는 원고의 지배영역에 보다 가깝기 때문에 원고가 잘 파악할 수 있다고 보이고, 피고가 원고 신고의 필요경비 내역 및 금액에서 의심되는 사정을 일응 증명한 이상, 앞서 본 법리에서 일컫는 '증명 곤란이나 당사자 사이 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우'에 해당한다 할 것이므로, 결국 이 사건에 있어 원고가 필요경비의 증명책임을 부담한다고 볼 수밖에 없다.

나) 필요경비 ①과 관련하여, 원고가 매년 대차대조표에 기계장치의 취득가액과 감가상각액을 계상하고 과세관청에 대차대조표를 제출하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 기계장치가 이 사건 부동산과 함께 양도되었다거나, 실제 기계장치의 취득가액이 증명된다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 필요경비 ② 내지 ④와 관련하여서, 갑 제9호증의 기재만으로, 그 필요경비가 양도가액에서 공제가능한 자본적 지출액에 해당한다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

한편 필요경비 ⑤와 관련하여, 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령 제163조 제1항 제2호는 '취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용・화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액'을 양도가액에서 공제가능한 필요경비인 자산의 취득에 든 실지거래가액의 하나로 정하고 있는데, 갑 제8호증의 1의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2012. 9. 19. 피고에게 제출한 '상속부동산에 대한 협의상속과 관련된 협의 내용'이라는 문건에는 '원고가 원고의 동생인 주□□에게 유류분에 해당하는 47,000,000원을 지급하기로 합의한다'는 취지의 기재가 있는바, 이는 그 기재 자체로서 쟁송과 관련하여 직접 소요된 화해비용으로 볼 수 없으므로, 설령 원고가 주□□에게 47,000,000원을 지급하였다고 하더라도, 이를 양도가액에서 공제가능한 필요경비인 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 볼 수 없음이 명백하다.

나아가 원고가 주장하는 필요경비의 내역 및 금액은 원고가 필요경비를 지출하여 취득하였다는 자산이 실재한다고 하더라도 곧바로 증명되는 것이 아닐 뿐만 아니라, 원고에게 필요경비에 관한 증명책임이 있는 이상, 피고가 세무조사를 실시한 결과 원고가 필요경비를 증명하지 못하였다는 이유로 이 사건 처분을 하였다고 하여, 이 사건 처분을 과세권의 남용으로 위법하다고 볼 수 없고, 오히려 원고가 실제로 필요경비를 지출하지 아니하였거나, 그렇지 않더라도 양도소득 과세표준 예정신고 당시 증명자료를 충실히 제출하지 아니하였거나, 또는 필요경비의 개념을 착오하였기 때문에 이 사건 처분이 이루어진 것으로 보일 뿐이고, 한편 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호는 수시세무조사의 대상자 선정사유로 '신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우'를 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 원고가 2012. 9. 19. 피고에게 제출한 '상속부동산에 대한 협의상속과 관련된 협의 내용'의 기재 자체로 원고가 주□□에게 지급하였다는 비용을 양도가액에서 공제가능한 필요경비인 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 볼 수 없는 이상, 그 기재는 신고내용에 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료로 볼 수 있으며, 또 한편 피고가 원고의 양도소득 과세표준 예정신고 이후 상당한 기간이 경과하여 세무조사를 실시하여 이 사건 처분을 하였다고 하더라도, 이 사건 처분이 국세의 부과제척기간 내에 이루어진 이상, 역시 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다(원고가 이 사건 처분의 위법 판단 기준으로 제시하고 있는 양도소득세 사무처리규정 제6조의2는 양도소득세 경정청구가 있는 경우, 양도소득세 무신고 또는 수정신고의 경우 과세표준과 세액결정의 처리기간을 정해놓고 있기는 하나, 양도소득세 사무처리규정은 법규명령이 아닌 행정청 내부의 처리지침에 불과할 뿐만 아니라, 훈시규정으로 보이며, 더욱이 이 사건과 같이 세무조사에 따른 경정처분의 경우에는 적용되지 아니함이 명백하다).

2) 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대하여

앞서 본 바와 같이 피고가 부과제척기간 내에 세무조사를 실시하여 과세처분을 할 수 있을 뿐만 아니라, 원고가 양도소득 과세표준 예정신고 당시 증명자료를 충실히 제출하지 아니하였거나, 또는 필요경비의 개념을 착오하였기 때문에 가산세 처분이 이루어진 것으로 보일 뿐이며, 나아가 피고의 세무조사 지체책임은 전혀 고려해야 한다고 볼 만한 아무런 근거가 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분이 위법하다고 볼 수도 없다.

다. 소결론

따라서 원고의 주장을 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.