2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 2. 2. 서울 서초구 OO동 000 전 4，299㎡중 4，299분의 330.5지분 (이하 '이 사건 종전농지'라 한다)을 매입하고, 같은 해 3. 23. 매매를 원인으로 소유권 이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2007. 3. 24. 이 사건 종전농지를 공공용지의 협의취득을 원인으로 에스 에이치공사에 양도하고, 같은 달 26. 소유권이전등기를 마쳐준 다음, 같은 해 5. 29. 이 사건 종전농지의 양도에 따른 양도소득세 51，669，180원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 원고는 2007. 11. 14. 용인시 OO구 OO면 OO리 000 전 3，180㎡ 중 3，180분 의 861지분(이하 '이 사건 대토농지'라 한다)을 취득하고, 같은 해 12. 18. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2008. 1. 9. 이 사건 대토농지의 취득이 농지의 대토로서 양도소득세 감 면요건에 해당하는 것으로 보고 이 사건 종전농지에 대한 양도소득세 51，669，180원의 감면신청을 하여 2008.4. 30. 위 양도소득세를 환급받았다.

마. 피고는 서초세무서장의 이 사건 대토농지에 대한 사후관리결과에 따라 원고가 이 사건 대토농지 소재지에 거주하면서 자경하지 아니한다는 이유로 농지 대토로 인한 양도소득세 감면요건에 해당하지 아니한 것으로 보아 2010.8. 13. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 63，930，282원, 2007년 귀속 지방소득세 6，390，020원을 고지하였다(이 하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 11. 4. 국세청에 심사청구를 하였으나 같은 해 12. 23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 12호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 종전농지를 취득하여 3년 이상 자경하면서 종전농지의 소재지(연접지를 포함하는 개념이다, 이하 같다)에서 3년 이상 거주하였으며 이 사건 종전농지의 양도일로부터 1년 이내에 이 사건 대토농지를 취득하여 경작하고 있으므로(구체적으로 원고는 2008. 10.30. 이 사건 대토농지의 소재지 인근인 용인시 처인구 OO면 OO리 000 소재 주택의 바깥채를 임차하여 전입신고를 하고 거주를 하면서 이 사건 대토농지에서 소나무농사를 하였다고 주장한다), 이 사건 종전농지의 양도로 인한 소득은 조세특례제한법 제70조의 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면대상임에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다.판단

(1) 관련 법리

조세특례제한법(2010.12.27.법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1 항, 조세특례제한법 시행령 제67조 제1항, 제2항, 제3항 제1호에 의하면, 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 자가 종전 농지의 양도일부터 1년( 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 에 따른 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년)내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우로서, 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상인 경우"에는 농지의 대토로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 있다. 조세특례제한법상 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 감면하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 자경농민을 보호하고 농업을 장려함에 있는 것이어서, 그 감면의 대상은 자경농가가 취득하여 경작하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여 해석하여야 한다. 따라서, 농지의 대토로 인한 양도소득세 감면요건은 ① 종전토지 및 새로취득 하는 토지가 농지여야 하고，② 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접경작 하고, 이에 더하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며, ③ 종전 토지의 양도일로부터 1년(수용 등의 경우는 2년) 이내에 그 거주와 경작을 시 작하여야 하고, ④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간 이 1년(수용 등의 경우는 2년) 이내이어야 하며，⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도 하는 농지 면적의 1/2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지 가액의 1/3 이상이어야 한다. 또한, 여기서 농지를 '직접 경작'한다고 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물 의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사(농업인과 농지의 장소적, 시간적 근접) 하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력(농업인 자신의 직접적인 노동력 투입) 에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 뜻한다. 그리고 원고가 경작상의 필요에 의한 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면받기 위해서는 먼저 그 주장의 위 ②의 요건 사실을 모두 증명하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).

(2) 본 사안의 검토

이 사건에서 원고가 위 ②의 요건인 3년 이상 대토농지의 소재지에 거주하면서 이 사건 대토농지를 직접 경작하였다는 점이 모두 증명되었는지 여부에 관하여 본다. 이에 부합하는 듯한 증거로는 갑 제4 내지 10호증, 갑 제18, 19, 22, 23, 27호증 (가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 증인 이EE, 최FF의 각 증언과 원고 본인신문 결과가 있으나, 이는 다음에서 보는 증거나 사실관계에 비추어 원고의 주장사실을 뒷받침하는 증거로 보기 어렵거나 부족하다. 즉, 갑 제3호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3 호증, 을 제7호증의 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정，㉮ 증인 이EE, 최FF은 원고가 2008. 10.30.경부터 원고의 아들인 서GG (2003년생)과 함께 용인시 처인구 OO면 OO리 000 소재 주택의 바깥채에 거주하였고, 위 서GG은 용인에서 유치원을 다녔다고 각 증언하였으나, 원고는 위 서GG이 서울에 있는 친정집에서 거주하였고, 서울에서 유치원을 다녔다고 하고 있으며, HH어린이집 원장 작성의 재원증명서(갑 제11호증의 1)에는 위 서GG이 2008.3. 1.부터 2009. 10. 30.까지 서울 서초구 OO동 68번지 소재 HH어린이집에 재학하였다고 기재되어 있는 사실 및 증인 이EE은 원고와 친척관계(작은 어머니와 조카)에 있는 사실 등에 비추어 위 증인들의 각 증언을 그대로 신빙하기 어려운 점，㉯ 이 사건 대토 농지를 포함한 용인시 처인구 OO면 OO리 000 전 3，180㎡의 공동소유자는 원고의 아버지(이II)와 친척들(박JJ, 안KK)로서 이들도 위 토지에서 소나무 등 농사를 짓고 있는데 위 토지는 공동소유자별로 면적이나 경계가 명확히 구별되어 있지 않아 공동소유자들이 각자 독립된 경작을 했다는 것은 매우 이례적이고 오히려 이들이 이 사건 대토농지의 농사를 원고 대신하여 지었을 가능성을 완전히 배제할 수 없는 점, ㉰ 원고가 임차하여 거주하였다고 주장하는 용인시 처인구 OO면 OO리 000 소재 주택의 소유자는 원고의 작은 아버지인 이LL(증인 이EE의 남편)인 점，㉱ 또한 원고가 이LL와의 임대차계약 체결일은 2008.10. 30.이라고 하는데, 이때는 종전농지 양도일로부터는 1년을 경과하고 대토농지 취득후 거의 10개월이 지난 시점이고, 임대차 계약에 따라 윌세(10만 원)를 실제로 지급하였는지도 명확하지 않은 점(원고는 그 증거로 갑 제9호증의 1 간이영수증 등을 제출하고 있으나, 이는 사후에 얼마든지 작성될 수 있고, 금융자료가 아니므로 이 증거만으로 윌세지급사실을 인정하기에는 부족하다), ㉲ 원고가 2007. 11. 14.부터 2010. 3. 31.까지 사용한 교통후불카드 사용내역상 대부분의 사용이 서울내에서 이루어진 것에 비추어 원고가 주로 서울에서 거주하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 대토농지의 소재지 인근에 거주하면서 이 사건 대토농지를 직접 경작하였다는 점을 인정하기 어렵거나 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.