2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 인쇄포장재 제조업 등을 영위하는 법인으로서, 주식회사 ☆☆(이하 '☆☆' 이라 한다)으로부터 2006년 1기분 공급가액 합계 92,846,000원인 매입세금계산서 3장 (이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 받아 이에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제 하여 2006년 1기 부가가치세를 신고하고, 위 매입세금계산서의 매입금액을 손금산입하여 2006년 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서임을 이유로 그 매입세액을 불공제하고 그 매입액을 손금불산입하여, 원고에게 2008. 7. 1. 2006년 1기 분 부가가치세 13,110,650원, 2006년 법인세 17,888,050원, 2009. 5. 14. 2006년 귀속 갑종근로소득세 28,686,990원을 각 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2008. 10. 6.자 이의신청을 거쳐 2009. 8. 3. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2009. 11. 17. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안판단의필요성

원고가 조세심판결정문을 수령한 후 제소기간 90일을 1일 지난날에 이 사건 소를 제기하였을 가능성이 있으나, 폐업상태에 있었다고 보이는 원고에게 조세심판결정문이 2009. 11. 23. 적법하게 송달되었는지 여부가 분명하지 아니하므로(분명한 증거가 있다면 이 사건 소는 각하되어야 한다), 본안에 관해 판단한다.

3. 이사건처분의적법여부

가. 원고 주장

원고는 ☆☆과 실제 거래를 하고 대금을 지급하였다. 따라서 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 쟁점법령

별지와같다.

다. 인정사실

1) 피고는 2007. 5. 31.부터 2007. 9. 30.까지 ☆☆에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 위 회사가 2004년 271부터 2006년 1기까지의 과세기간 중 실물거래없이 허위로 2,046,000,000원 상당의 세금계산서를 발행한 사실을 확인하고, ☆☆과 대표이사인 곽 AA 및 실행위자인 이BB을 각 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였는데, 그 고발내용에는 이 사건 세금계산서와 관련한 원고와의 거래가 포함되어 있다.

2) 피고는 원고에게 ☆☆과 실질거래를 확인할 수 있는 자료를 제출할 것을 요구하였으나, 원고는 이에 대하여 아무런 자료를 제출하지 않았다.

3) 이 사건 세금계산서의 발행일자 및 금액과 공CC가 작성한 사실확인서(갑 제5호증)에 의해 원고가 공명의의 은행계좌를 이용하여 ☆☆에게 대금을 지급하였다고 주장하는 금액과 그 날짜를 대비해보면 아래 [표]와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 5호증, 을 제3, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

위 인정사실 및 이에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉,① 원고가 주장하는 대금지급일 및 금액과 이 사건 세금계산서의 발행일자 및 금액이 일치하지 아니하는 점,② 원고는 이의신청절차 및 심판절차에서는 주장하지 않다가 이 법정에 와서야 공CC 명의의 계좌를 이용하여 ☆☆ 이외에도 □□산업(주), (주)△△테크 등과의 거래금액을 송금하였다고 주장하나 그 중 어떤 금액이 이 사건 세금계산서에 대한 대금인지 경험칙에 맞게 특정 하지 못하고 있는 점, ③ 공CC는 2001년부터 2007년까지 (주)엠아이텍 등에서 근무하였을 뿐 ☆☆에서 근무한 사실이 없는 점,④ 원고의 대표자인 이BB은 ☆☆의 실질적 대표자였고 가공세금계산서 발행 혐의로 검찰에 고발된 점,⑤ 그밖에 원고가 이러한 모순점에 관하여 납득할 만한 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등 이 사건 변론에 나타난 여러 사정을 종합적으로 고려해 볼 때, 경험칙상 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성 ・ 교부되었다고 넉넉히 추인할 수 있다 할 것이고, 이러한 사정들에 비추어 갑 제5호증의 기재는 믿기 어려우며, 달리 이 사건 세금계산서가 가공의 것임을 번복할 만한 증거가 없다.

따라서, 이 사건 세금계산서상의 공급가액은 특별한 사정이 없는 한 원고의 2006년 1기 부가가치세 매입세액으로 공제할 수 없고 2006년도 법인세의 과세표준 산정에 있어서 손금으로 산입될 수도 없는 것이며, 이에 따라 피고는 그 가액 상당을 대표자 상여처분한 것이므로(사외유출 여부, 소득이 귀속되는 개인을 누구로 특정할지 여부는 이 사건의 쟁점이 아니고, 다른 절차에서 확정되어야 한다) 이 사건 처분은 적법하고, 결국 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.