2. 가. 피고가 2003. 6. 12. 원고에 대하여 한 1998년분 종합토지세 금 1,020,350원, 도시계획세 금 560,170원, 지방교육세 금 204,070원, 1999년분 종합토지세 금 1,063,570원, 도시계획세 금 581,780원, 지방교육세 금 212,710원, 2000년분 종합토지세 금 5,897,490원, 도시계획세 금 2,459,940원, 지방교육세 금 1,179,490원, 농어촌특별세 금 536,910원, 2001년분 종합토지세 금 5,946,660원, 도시계획세 금 2,472,760원, 지방교육세 금 1,189,330원, 농어촌특별세 금 719,400원, 2002년분 종합토지세 금 6,147,990원, 도시계획세 금 2,582,660원, 지방교육세 금 1,229,590원, 농어촌특별세 금 568,470원, 1998년분 재산세 금 2,148,390원, 도시계획세 금 1,432,260원, 공동시설세 금 1,122,810원, 지방교육세 금 429,670원, 1999년분 재산세 금 2,120,980원, 도시계획세 금 1,413,980원, 공동시설세 금 1,108,180원, 지방교육세 금 424,190원, 2000년분 재산세 금 2,245,640원, 도시계획세 금 1,497,090원, 공동시설세 금 1,174,670원, 지방교육세 금 449,120원, 2001년분 재산세 금 2,207,070원, 도시계획세 금 1,471,380원, 공동시설세 금 1,154,100원, 지방교육세 금 441,410원, 2002년분 재산세 금 2,170,190원, 도시계획세 금 1,446,790원, 공동시설세 금 1,134,430원, 지방교육세 금 434,040원의,

나. 피고가 2003. 7. 2. 원고에 대하여 한 2003년분 재산세 금 2,189,480원, 도시계획세 금 1,459,650원, 공동시설세 금 1,144,720원, 지방교육세 금 437,890원의

각 부과처분을 취소한다

2. 소송비용은 이를 8분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재와 증인 신도환의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 수원시 장안구 천천동 300 지상에 성균관대학교 자연과학캠퍼스를 운영하면서 그 지상에 1981년 무렵에는 학생회관을, 1983년 무렵에는 도서관을, 1994년 무렵에는 제2공학관을, 1997년 무렵에는 복지회관(아래에서는 이를 합하여 이 사건 건물들이라고 쓴다)을 각 신축한 다음 삼성에버랜드주식회사 등 22개 업체와의 사이에 각 위탁운영 및 임대차계약을 체결하고 위 학생회관 건물 중 1,758㎡, 도서관 건물 중 159㎡, 제2공학관 건물 중 407㎡, 복지회관 건물 중 1,962.21㎡ 합계 4,286.21㎡(아래에서는 쟁점부분이라고 쓴다)를 각 임대해 주어 위 업체들이 그곳에서 식당, 매점, 레포츠, 음반, 빨래방, 사진관, 서점, 안경점, 우체국, 은행 등의 각종 편의시설을 운영하고 있다.

나. 이에 피고는 이 사건 건물들 중 쟁점부분은 교육사업이 아닌 수익사업에 이용되고 있어 비과세대상이 아니라는 이유로 원고에게 2003. 6. 12. 주문 제2 가.항과 같이, 2003. 7. 2. 주문 제2 나.항과 같이(아래에서는 2003. 6. 12.자 부과처분 및 2003. 7. 2.자 부과처분을 합하여 이 사건 각 부과처분이라고 쓴다), 2003. 10. 29. 주문 제1항 기재(아래에서는 2003. 10. 29.자 부과처분이라고 쓴다)와 같이 각 재산세 및 종합토지세 등을 부과하는 처분을 하였다.

2. 이 사건 소 중 2003. 10. 29.자 부과처분 취소청구의 적법여부에 대한 판단

살피건대, 종합토지세 등 지방세 부과처분에 대한 행정소송은 당해 처분이 있은 것을 안 날(이의신청이나 심사청구를 한 경우에는 위 이의신청이나 심사청구에 대한 결정서의 정본을 송달받은 날부터 기산한다)로부터 90일 이내에 제기하여야 하도록 되어 있다. 그런데 앞서 든 각 증거들에 의하면 원고는 피고가 2003. 10. 29. 한 주문 제1항 기재 종합토지세 부과처분을 그 무렵 송달받고도 그로부터 90일 이상 경과하였음이 역수상 분명한 2004. 5. 3.에 이르러서야 비로소 이 사건 소를 제기하였음을 알 수 있다.

따라서, 이 부분 소는 제소기간이 도과되어 제기된 것이므로 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

쟁점부분은 원고가 교육사업을 수행함에 있어 반드시 필요한 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설로서 지방세법 제184조 제1호 및 제234조의 12 제2호 등에 의한 비과세대상이라 할 것임에도 교육사업이 아닌 수익사업에 이용되었다고 하여 재산세 및 종합토지세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령과 같다.

다. 판단

(1) 지방세법은 고등교육 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 원칙적으로 재산세, 종합토지세, 공동시설세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산이 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정 되기 전의 것) 제1조 (위와 같이 개정된 이후에는 제3조 제2항 )의 규정에 의한 수익사업에 사용되는 경우에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있으므로, 결국 이 사건에 있어서는 쟁점부분이 교육사업에 사용되고 있는지, 아니면 수익사업에 사용되고 있는지가 쟁점이라고 할 것이다.

(2) 살피건대, 갑 제6 내지 12호증, 갑 제14 내지 17호증, 을 제2호증의 각 기재와 증인 신도환의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 건물들은 캠퍼스 내에 위치하고 있어 인근주민들이 쟁점부분의 매장을 이용하는 경우는 거의 없으며, 학생, 교직원들이 주로 이용하고 있는 사실, 쟁점부분에서 운영되는 업종은 학생 및 교직원식당, 우체국, 은행, 서점, 문구점, 레포츠, 음반, 매점, 안경점, 사진관, 여행사, 이용실, 기획사(행사용 팜플렛 및 학습용 교재 제작), 빨래방, 양품, 의류점, 자동차보험대리점, 패스트푸드점, 복사실 등으로서 모두 학생들과 교직원들의 필요를 충족시키기 위한 것들인 사실, 쟁점부분의 각 시설 이용요금은 대체로 일반 시중가격보다 저렴한 사실, 자연과학캠퍼스 부총장을 위원장으로 하는 자연과학캠퍼스학생후생복지위원회가 구성되어 쟁점부분의 운영을 관리감독하고 있으며, 임차인들로부터 수수한 위탁관리비 중 일부는 재산관리를 위하여, 나머지는 학생들의 근로장학금 및 학생복지시설비로 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설은 대학의 교육사업 수행에 있어 필수적인 요소라고 할 것인데, 위에서 인정한 쟁점부분의 설치장소, 대상고객, 취급업종, 이용요금 및 임차인들로부터 수령한 위탁관리비의 사용 현황 등에 비추어 보면 쟁점부분은 원고가 운영하는 자연과학캠퍼스의 학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고의 교육사업에 사용되고 있다고 할 것이고 임차인들로부터 위탁관리비를 수수하였다고 하여 쟁점부분의 사용이 교육사업으로서의 본질을 벗어나 수익사업으로 되는 것은 아니라고 할 것이다.

(3) 따라서, 원고가 수행하는 교육사업에 사용되어 비과세대상인 쟁점부분에 대하여 재산세, 종합토지세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2003. 10. 29.자 부과처분 취소청구부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 조영철(재판장) 엄상섭 조진구

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