가. 청구인은 2016.4.28. 비상장 중소기업인 경진여객 주식회사의 보유주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원OOO에 양도하고 2016.5.31. 쟁점주식의 양도가 대주주가 양도하는 주식에 해당하는 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.

나. 청구인은 쟁점주식과 같은 비상장 중소기업 주식의 경우 대주주 등에 대하여 법령에 아무런 규정이 없으므로 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다는 등의 사유를 들어 2017.11.2. 위 양도소득세 중 OOO원의 감액 경정․환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2018.12.28. 청구인의 경정청구를 거부․통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」제94조 제1항 제3호는 상장주식 대주주의 범위에 대해서만 하위법규에 정할 것을 위임하였음에도 하위법규인 「소득세법 시행령」제157조 제4항에서 법률에서 위임한 범위를 넘어 비상장법의 대주주의 경우에도 20%의 양도소득세율을 작용할 수 있도록 규정한 것은 헌법에서 규정하고 있는 조세법률주의에 위반되는 점, 「소득세법」에서 ‘비상장 중소기업 대주주’의 범위를 정하는 어떠한 규정이 없는 점 등에 비추어 쟁점주식에 대하여 대주주가 양도하는 비상장 중소기업에 해당한다는 사유를 들어 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 하는 점, 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 “대주주”는 상장법인 뿐만 아니라 비상장법인의 대주주를 포함하는 것으로 해석되는 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2016.4.28. 쟁점주식(지분율 11%)을 양도하였고, 쟁점주식이 비상장 중소기업의 주식에 해당한다는 점에 대하여 청구인과 처분청간 이견이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2015.12.15. 개정된 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 위 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함한다고 해석하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식에 대하여 20%의 양도소득세율 적용 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.