2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 4. 1. 공학 및 기술연구개발, 자동차 부품의 제조 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로서, 2005. 8. 3. 인천지방 중소기업청장으로부터 예비벤처기업확인서를 발급받고, 2005. 9. 29. 인천 부평구 청천동 420-4 소재 토지 6,674㎡ 및 건물 7,011.44㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하였으며, 이에 관하여 조세특례제한법 제6조 제2항 , 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에 의한 창업벤처중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산의 취득, 등기로서 취득세(농어촌특별세 포함), 등록세(지방교육세 포함)를 면제받았다.

나. 이후 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 예비벤처기업에 불과하였고, 예비벤처기업은 조세특례제한법 소정의 창업벤처중소기업에 해당되지 않는다는 이유로, 이 사건 부동산 중 기업부설연구소용에 직접 사용하고 있는 부분을 제외한 나머지 부분(토지 4,747㎡, 건물 4,987.14㎡)에 대하여 2006. 11. 10. 취득세 101,942,460원, 농어촌특별세 10,194,240원을, 2006. 12. 12. 등록세 101,942,460원, 지방교육세 20,388,490원을 각 부과, 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2005. 8. 3. 인천지방 중소기업청장으로부터 예비벤처기업확인서를 발급받았고, 그 후 2006. 3. 3. 벤처기업확인서를 발급받았는데, 위 각 확인서의 유효기간이 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 동일하게 기재되어 있고, 예비벤처기업으로 확인받은 이후에는 별도의 절차를 거치지 않고 6개월이라는 시간의 경과만으로 벤처기업의 확인을 받게 되는 점 등에 비추어 보면, 예비벤처기업 역시 벤처기업에 해당한다고 봄이 합리적이므로 원고가 조세특례제한법상 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 예비벤처기업확인서를 발급받은 2005. 8. 3.이라고 보아야 할 것이고, 그로부터 2년 이내에 취득한 이 사건 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세가 면제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2005. 7. 4. 인천지방 중소기업청장에 대하여 자동차부품 개발기술에 관한 신기술기업으로서 벤처기업확인신청을 하였고, 이에 대하여 인천지방 중소기업청장은 2005. 8. 3. 원고에 대한 중소기업진흥공단 인천지역본부의 현장실사 및 적격평가를 거쳐 원고에게 예비벤처기업확인서(제051722041-1-00150호, 확인유형 : 예비벤처기업, 유효기간 : 2005. 8. 3. ~ 2007. 8. 2.)를 발급하였고, 그 후 원고는 2005. 9. 29. 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하였다.

(2) 원고는 예비벤처기업확인일로부터 6개월이 경과한 이후 인천지방 중소기업청장에 대하여 벤처기업확인서의 재발급을 신청하였고, 이에 인천지방 중소기업청장은 2006. 3. 3. 원고의 재발급 신청서, 사업자등록증명원 조회, 예비벤처기업확인서 원본확인 등 서류상 이상 유무를 확인한 후 원고에게 벤처기업확인서(제051722032-1-00150호, 확인유형 : 신기술기업, 유효기간 : 2005. 8. 3. ~ 2007. 8. 2.)를 재발급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6호증의 각 기재, 이 법원의 중소기업진흥공단 인천지역본부장 및 인천지방 중소기업청장에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라고만 한다) 제6조 제2항 에서는 창업 후 2년 이내에 벤처기업육성에관한특별조치법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업을 ‘창업벤처중소기업’으로 규정하고, 동법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에서는 창업벤처중소기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 취득세, 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것) 제25조 제3항 , 동법 시행규칙 제8조 제4항 의 위임에 따라 제정된 중소기업청 고시 제2003-12호 벤처기업 확인요령 제2조, 제9조에 의하면, 법인설립 또는 사업자등록을 준비 중인 자 및 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자를 ‘예비벤처기업’이라고 정의하고, 창업 전에 예비벤처확인을 받은 기업이 창업을 완료하였거나 창업 후 예비벤처확인을 받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우 지방중소기업청장에게 확인서의 재발급을 신청하여야 하는 것으로 규정하고 있는바, 원고가 2005. 8. 3. 예비벤처기업확인서를 발급 받을 당시 그 기술성 및 사업성에 관하여 중소기업진흥공단의 현장 실사 등을 거쳐 적격 요건을 갖추었다는 판정을 받았으나 다만, 창업 후 6개월이 경과하지 아니하여 예비벤처기업으로서 확인을 받게 된 것인 점, 원고는 예비벤처기업으로 확인받고 6개월이 경과한 후 인천지방 중소기업청장에게 확인서의 재발급을 요청하여 실질적인 조사 내지 평가를 거치지 않고 서류상의 이상 유무만을 확인받은 뒤 2006. 3. 3. 벤처기업확인서를 발급받았고, 벤처기업확인서상의 유효기간도 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일한 2005. 8. 3. 부터 2007. 8. 2.까지로 기재되어 있는 점, 원고가 예비벤처기업 및 벤처기업확인서를 발급받을 당시에 적용되던 관계규정하에서 예비벤처기업확인서 발급 후 6개월 이후 다시 벤처기업확인서를 재발급하는 이유는 단지 창업의 유무를 확인하기 위한 것에 불과한 것이었던 점 등에 비추어 보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 창업중소벤처기업에 대한 조세감면규정을 적용함에 있어 예비벤처기업으로 확인받은 경우를 벤처기업으로 확인받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없다고 할 것이므로, 조세특례제한법상 원고가 벤처기업으로 확인받은 날은 2005. 8. 3.로 봄이 상당하고, 원고는 그로부터 2년 이내에 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하였으므로 이 사건 부동산에 관한 취득세 및 등록세는 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에 의한 감면대상에 해당한다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 원고가 벤처기업으로 확인받은 날을 2005. 8. 3.이 아닌 2006. 3. 3.로 보아 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 신수길(재판장) 조순표 김혜진

심급 사건

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