2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. (1) 원고는 1988. 2. 10. ○○시 ○○면 ○○리 650 답 1,699㎡ 1984. 5. 14. ○○시 ○○면 ○○리 652-1 전 840㎡(이하 통틀어 '이 사건 분할 전 토지'라 한다)를 취득하여 보유하였다.

(2) 위 ○○시 ○○면 ○○리 650 답 1.699㎡는 2008. 3. 21. ○○시 ○○면 ○○리 650 답 998㎡와 같은 리 650-4 답 701㎡로 분할되었고, 위 ○○시 ○○면 ○○리 652-1 전 840㎡는 2008. 6. 9. ○○시 ○○면 ○○리 652-1 전 741㎡와 같은 리 652-6 전 99㎡로 분할되었다(이하 분할 후의 각 토지를 '이 사건 각 토지'라 한다).

(3) 원고는 2008. 1. 9. 채CC 외 2인을 대리한 김AA과 이 사건 분할 전 토지를 매매대금 388,000,000원에 매매한다는 내용의 매매계약을 체결하고, 2008. 3. 24. 채CC에게 ○○리 650 답 998㎡를 양도(양도가액 금 150,000,000원)하였고, 2008. 6. 16. 이BB에게 ○○리 650-4 답 701㎡와 ○○리 652-6 전 99㎡를 양도(양도가액 금 130,000,000원, 금 20,000,000원)하였으며, 2008. 8. 12. 박DD에게 ○○리 652-1 전 741㎡를 양도(양도가액 금 88,000,000원)하였다.

(4) 한편, 원고는 이 사건 분할 전 토지와 인접한 ○○리 845에서 출생하여 학업을 위해 타지에 거주한 5년여의 기간을 제외하고 성년이 될 때까지 줄곧 위 주소지에서 살아왔고, 성년이 된 후로는 1981. 4. 7. 전입하여 1988. 5. 7.까지, 1989. 3. 9. 재 전입하여 2009. 11.경까지 위 주소지에서 거주하였다.

나. (1) 원고는 2009. 5. 31. 피고에게 2008년도 귀속 양도소득세 확정신고를 하면서 조세특례제한법상의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정에 따라 양도소득세액 금 80,792,717원의 감면신청을 하였다.

(2) 피고는 원고가 농지소재지에 20년 이상 거주하였으나 이 사건 분할 전 토지를 8년 이상 직접 경작하지 않았다는 이유로 원고의 감면신청을 받아들이지 않았고, 2009. 9. 1. 원고에 대하여, ○○리 650, 같은 리 650-4 토지는 비사업용 토지로 보아 중과세율 60%를, ○○리 652-1 같은 리 652-6 토지는 보유기간이 20년 이상이므로 일반세율을 적용하여 ○○리 650-4, 같은 리 652-1, 같은 리 652-6 각 토지에 대한 양도소득세 금 101,043,700원 및 ○○리 650 토지에 대한 양도소득세 금 95,041,319원을 각 2008년도 귀속 양도소득세로 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2009. 11. 26. 이의신청을 거쳐, 2010. 6. 7. 국세청장에 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2010. 8. 20. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 24, 26호증, 을 제1, 2, 6, 8호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 분할 전 토지와 300m 떨어진 주소지에서 줄곧 거주하면서 1984년경 및 1988년경 취득한 이 사건 분할 전 토지를 8년 이상 직접 경작하였고, 다만 가족을 부양하기 위하여 1992년경부터 운영하던 학원의 경영이 어려워져 자금난을 해소하고자 분할 후 각 토지를 양도한 것이므로, 원고의 자경사실을 인정하지 아니하고 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

이 사건의 쟁점은 이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 소정의 "8년 이상 직접 경작한 토지"에 해당하는지 여부이다.

살피건대, 갑 제9호증, 제13호증의 2 내지 6의 기재에 의하면 ○○시 △△면 △△리에서 □□농약사를 운영하는 신EE이 원고에 대하여 2000. 4. 15. 금 103,000원 어치의 농약을, 2002. 3. 29. 금 111,000원 어치의 농약과 비료를, 2005. 4. 3. 금 119,000원 어치의 농약과 비료를, 2006. 4. 20. 금 142,000원 어치의 농약과 비료를, 2007. 4. 9. 금 120.000원 어치의 농약과 비료를 판매하였다는 세금계산서를 발행한 사실, 2008. 1. 8. 최초 작성된 농지원부에 이 사건 분할 전 토지는 원고가 자경하는 농지로 등재되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 을 제1호증의3, 제4호증, 제9호증의 1, 2,의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 토지를 보유하면서 ○○시 □□동에서 AA학원(1990. 1. 1. 개업, 1996. 6. 27. 폐업), BB학원(1990. 3. 24. 개업, 1996. 6. 17. 폐업), CC학원(1999. 11. 16. 개업, 1999. 12. 31. 폐업), DD학원(2001. 1. 1. 개업, 2006. 5. 31. 폐업), EE학원(2005. 12. 9. 개업) 등의 상호로 입시학원을 운영하여 1992년부터 2008년까지 연간 수백만 원에서 수억 원의 매출을 냈고, 부동산 임대사업을 하여 1995년경부터 2008년경까지 연간 수백 만 원에서 30,000,000원 이상의 매출을 낸 사실, 이 사건 분할 전 토지에 대한 2005년도 논농사 직불금 350.000원 2006년도 논농사 직불금 260,000원을 원고가 아닌 원고의 형 최FF이 신청하여 수령한 사실을 인정할 수 있는바 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고는 이 사건 토지를 보유하면서 상당 기간을 농지의 경작과 무관한 입시학원 운영이나 부동산 임대업을 하면서 계속적으로 소득을 얻은 점, 이 사건 분할 전 토지에 대한 농지원부가 작성된 시점은 위 토지에 대한 매매계약이 체결된 2008. 1. 9. 직전인 점 농약과 비료 외에 원고가 구입한 농업용 물품에 대한 객관적 자료가 없는 점, 논농사 직불금(쌀소득등보전직접지불금)은 2005년, 2006년 당시 시행된 쌀소득 등의 보전에 관한 법률상 1998년 1월 1일부터 2000년 12월 31일 까지 논농업에 이용된 농지에서 논농업에 종사하는 자가 그 지급대상인데(제5조, 제6조), 이 사건 분할 전 토지에 대한 논농사 직불금을 최FF이 신청하여 수령한 점, 여기에 갑 제2호증, 을 제3호증의 각 기재에 의하면 이 사건 부과처분을 하기 전 2009. 6.경 이루어진 피고의 현지조사 당시 최FF은 논농사 직불금 수령에 관한 피고의 탐문에 대하여 막내동생인 원고가 군 제대 후 학원강사로 계속 일하다가 1990년부터 입시학원을 경영하여 농사일은 잘 알지 못하여 원고의 옆집에 사는 자신이 동생을 위해 이 사건 분할 전 토지를 대신 경작하여 생산된 쌀을 동생의 가족과 나누어 먹었다고 진술하였고, 이 사건 부과처분에 대한 원고의 이의신청에 따른 심사과정에서 □□농약사의 신EE은 원고가 농약 등을 구입하였는지는 잘 모르나 최FF은 자주 농자재를 구매하였다고 진술하였는데, 위 각 진술의 시기와 진술 상대방 등에 비추어 위 진술에 신빙성이 있다고 보이는 점(비록 갑 제17호증의 기재 및 이 법원의 ○○관장에 대한 사실조회결과에 의하면 최FF이 1994. 1. 1.부터 현재까지 ○○복지관에서 시설관리기사로 주 5일간 1일 8시간씩 근무하고 있는 사실을 알 수 있으나, 이 사건 분할 전 토지의 벼 재배면적이 자급자족하는 수준의 소규모인 점에 비추어 위와 같은 사실만으로 최FF이 위 토지를 경작할 수 없었다고 할 수는 없다), 한편 원고가 농사일정을 기록해 놓았다는 개인수첩(갑 제14호증)에는 2006. 5. 14. 모심기를 하였다고 되어 있으나, 원고는 2006. 5. 14.부터 2006. 5. 18.까지 배우자를 대동하고 필리핀에 체류 중이었던 것으로 보아, 원고가 직접 경작에 종사하면서 작성하였다는 증거들을 쉽사리 믿기도 어려운 점, 원고가 이 사건 토지에서 경작행위를 하였다는 점에 부합하는 다른 객관적 자료가 없는 점들을 보태어 보면, 원고가 이 사건 토지에서 직접 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하였음을 인정하기 어렵다. 따라서 이 사건 각 토지 는 감면 대상 토지가 아니라 양도소득세의 일반세율 또는 비사업용 토지에 대한 중과세율의 적용대상에 해당한다고 봄이 상당하며, 갑 제8 내지 14, 16 내지 19, 23호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 최GG, 신HH의 각 증언만으로는 위 인정을 방해하기 부족하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.