2. 원고의 각 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 1) 주식회사 AAA약품(변경 전 상호 : 주식회사 AA약품, 이하 'AAA약품'이라고만 한다)은 의약품 도매업 등을 영위하는 회사로서 1900. 00. 00. 설립되었는데, 2000. 00. 00. 이후 위 회사의 대표이사로 근무한 BBB은 위 회사의 실질 지배주주였다.

2) 위 BBB은 2008. 5. 28. CCC으로부터 대표이사 명의를 차용하여 의약품도매업 등을 영위하는 회사인 원고를 설립한 후 2010. 9. 30. 폐업하고 2011. 5. 2. 해산을 사유로 청산하였는데, BBB은 원고의 실질 대표이사이자 지배주주이기도 하였다.

1) 이 사건 소장 기재 '000원'은 갑 제0호증의 0(납세고지서)의 기재에 비추어 오기로 보인다.

"나. 00지방국세청장은 0000. 00. 8.부터 0000. 00. 23.까지 원고에 대한 법인제세통합조사(이하이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하였고, 그 결과 원고가 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 AAA약품에 대한 실제 약품 매출이 없음에도 합계 000원의 가공매출을 계상한 뒤 위 금원을 AAA약품으로부터 지급받은사실(이하 위 000원을 '이 사건 가공매출대금'이라 한다), 같은 기간 주식회사 ZZZ, 주식회사 HHH 등(이하 '가공매입처'라 한다)으로부터 실제 약품을 매입한 바 없음에도 합계 000원의 가공매입대금을 계상한 뒤 위 금원을 위 가공매입처를 통해 BBB에게 지급한 사실(이하 위 000원을 '이 사건 가공매입대금'이라 한다), 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 지급수수료, 운반비 등을 실제 지출한 바 없음에도 합계 000원의 가공경비를 계상한 뒤 위 금원을 인출하여 BBB에게 지급한 사실(이하 위 000원을 '이 사건 가공경비'라 한다), 원고가 매출처로부터 이미 대금을 지급받았으나 장부상으로는 회수되지 않은 것으로 되어 있던 000원 상당의 가공매출채권(이하 '이 사건 가공매출채권'이라 한다)을 2011. 1. 10. AAA약품에 양도한 사실을 각각 적출하여 이를 관할 세무서인 피고에게 과세자료로 통보하였다.",다. 이에 따라 피고는 원고의 이 사건 가공매출대금 000원을 익금불산입함과 동시에 이를 원고의 잡수익으로 보아 익금산입하고, 이 사건 가공매입대금000원 및 가공경비 000을 손금불산입하며, 이 사건 가공매출채권 양도로 AAA약품에 대한 000원 상당의 외상매입금채무가 면제되었다고 보아 그 채무면제이익을 익금산입하는 세무조정을 거쳐, 2000. 00. 00. 원고에 대하여 법인세 2008 사업연도 000원, 2009 사업연도 000원, 2010 사업연도 000원, 2011 사업연도 000원을 각각 경정・고지하였다(이하 위 각 사업연도별 법인세 부과처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 0000. 00. 00. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 0000. 00. 00. 기각되었다.

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 9, 11호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 가공매출대금을 이 사건 가공매입대금・가공경비로 계상하는 방법으로 인출하여 모두 AAA약품에 반환하였음에도, 과세요건에 대한 입증책임을 부담하는 피고가 이 사건 가공매출대금이 실질적으로 원고에게 귀속되어 원고의 순자산을 증가시켰다는 점에 대하여 충분히 입증하지 못한 채 이를 익금산입한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고가 2011. 1. 10. AAA약품에 이 사건 가공매출채권을 양도한 것은 사실이나, 2009. 12. 29. ~ 31.경 변제한 0억 원을 포함하여 2011. 1. 10. 이전에 이미 AAA약품에 대한 외상매입금채무를 전부 변제함으로써 위 가공매출채권양도 당시더 이상의 채무가 존재하지 아니하였음에도, 이와 전제를 달리 하여 원고가 채무면제이익을 얻었다고 보아 이를 익금산입한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 가공매출대금 익금산입의 위법 주장에 관하여

가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 익금에 산입될 수익액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다고 할 것이고, 법인이 매출처에 세금계산서를 발행하여 그 공급대가를 지급받은 경우 실물거래 없이 허위로 세금계산서를 교부・수취한 것이라는 사정이 밝혀졌다면 특별한 사정이 없는 한 위 법인이 공급대가를 지급받았다는 사실만으로 위 금원이 해당 법인에게 귀속되었다고 보기는 어려울 것이다. 즉, 해당 법인이 가공매출처로부터 공급대가를 입금받은 것은 경험칙상 실제 거래를 가장하기 위한 형식적인 것에 불과하여 위 금원은 가공매출이 발생한 사업연도를 불문하고 언제든 가공매입대금・가공경비로 계상되어 가공매출처로 회수될 것임이 예정되어 있다고 봄이 상당하다. 결국 해당 법인은 가공매입대금・가공경비가 가공매출대금과 동일 사업연도에 계상되는지 여부를 불문하고 가공매출대금을 익금불산입, 가공매입대금・가공경비를 손금불산입하면 충분할 뿐 추가 세무조정이 필요하다고 보기는 어려우므로, 원고가 AAA약품으로부터 지급받은 000원이 가공매출대금이라는 점이 분명한 이상 이를 원고의 익금으로 산입하기 위하여는 과세관청인 피고가 위 가공매출대금이 원고에게 실질적으로 귀속되어 원고의 순자산을 증가시켰다는 사정을 입증해야 할 것이다.

나) 이에 비추어 살피건대, 갑 제15 내지 17, 19호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2008. 5.경 AAA약품에게 의약품 등의 물류 서비스를 위탁하는 계약을 체결한 사실, 원고가 2008. 9. 22.부터 2010. 9. 28.까지 원고 명의의 은행계좌에서 합계 총 000원을 현금으로 인출한 사실, 이 사건 세무조사 과정에서 BBB이 "원고에게 자금을 지원하기 위해서 약품을 매입한 것처럼 세금계산서를 수취하고 매입대금을 지급하였다. 해당 자금은 원고로부터 인출하여 자금 담당인 안병화 이사가 현금으로 반환받아 업계 관행상 영업비로 사용하였으나 그 사용처를 밝힐 수는 없다"는 취지로, AAA약품의 경리이사 GGG이 "원고는 실제 약품의 입출고 없이 약품도매상으로부터 필요 약품을 주문받아 AAA약품에 판매를 위탁하는 형태로 운영되는 법인으로서 약품 매입비용과 급여 이외에 판매비 및 관리비는 발생하지 않았다. 원고의 계좌에서 매일 000원 미만의 금액이 일정하게 현금으로 출금된 것은 AAA약품 등 관계회사의 영업비로 사용하기 위함이었다"라는 취지로 각각 진술한 사실이 인정되고, 위 인정사실에 앞서 본 처분의 경위 및 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 가공매입대금・가공경비가 BBB에게 귀속된 것은 사실이나 BBB은 원고의 실질 대표이사 및 지배주주이면서 AAA약품의 대표이사 및 실질 지배주주이기도 한 점, ② 설령 BBB이 원고의 실제 대표이사로서 이 사건 가공매입대금・가공경비를 수령한 것이라고 해도 이 부분은 위 가공매입대금・가공경비를 손금불산입하면서 원고의 대표자 상여로 소득처분하면 충분한 점, ③ AAA약품에게 판매 등 물류 서비스를 위탁하였던 원고보다는 독립적으로 영업활동을 영위한 AAA약품이 부외자금으로 판촉비를 마련해야 할 필요성이 더 컸을 것으로 보이고, 원고가 설립된 지 2년 만에 폐업되고 그 기간 동안 특별한 이유 없이 총 00여억 원의 현금이 인출되었던 경위에 비추어 보면 BBB이 당초부터 AAA약품의 부외자금을 조성하기 위한 수단으로 원고를 설립하였던 것으로 보이는바 결과적으로 이 사건 가공매출대금은 AAA약품에 최종 귀속되었으리라 볼 개연성이 큰 점, ④ 이 사건 세무조사 과정에서 BBB이 이 사건 가공매출대금을 오로지 원고의 영업비로만 사용하였다고 진술한 것으로 보기는 어렵고, GGG은 원고의 계좌에서 출금된 현금을 AAA약품 등의 영업비로 사용하였다고 진술한 점, ⑤ 피고는 가공매출대금이 원고에게 일단 귀속되면 그 전액이 곧바로 가공매입대금・가공경비로 출금되어 반환되었다는 상호연관성이 인정되지 않는 이상 원고가 위 금원을 수익한 것이므로 이를 익금산입해야 한다는 취지로 주장00, 매출대금과 매입대금 사이의 상호연관성은 해당 거래가 가장거래인지 여부를 판단하기 위한 근거가 될 뿐 이 사건과 같이 매출대금이 가장거래로 인한 것이 분명한 이상 이는 그 시기를 불문하고 당연히 회수를 전제로 지급되는 것으로 봄이 경험칙에 부합하는 점 등에 비추어 보면, BBB이 이 사건 세무조사 과정에서 "AAA약품이 원고에게 자금을 지원할 목적으로 가공매출을 일으킨 것이다"라고 진술하였다거나 원고의 계좌에서 출금된 현금을 수령한 BBB이 원고의 실질 대표이사 및 지배주주라는 사정만으로는 이 사건 가공매출대금이 원고에게 실질적으로 귀속되어 원고의 순자산을 증가시켰다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 가공매출대금을 원고의 익금으로 산입한 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

2) 이 사건 가공매출채권 양도로 인한 채무면제이익 익금산입의 위법 주장에 관하여 법인세법 제15조 제1항 및 제3항, 같은 법 시행령 제11조 제6호에 의하면 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(=채무면제이익)을 익금으로 산입하게 되는데, 앞서 본 바와 같이 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 익금에 산입될 수익액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로, 피고는 원고가 2011. 1. 10. AAA약품에 이 사건 가공매출채권을 양도할 당시 원고의 AAA약품에 대한 외상매입금채무(=부채)가 존재하였고, 위 가공매출채권의 양도로 위 외상매입금채무가 면제 또는 소멸됨으로써 원고의 부채가 감소하였다는 사실을 입증하여야만 한다.

원고가 2011. 1. 10. AAA약품에 이 사건 가공매출채권을 양도한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 2011. 1. 10. 당시 원고가 AAA약품에 대하여 이 사건 가공매출채권액 000원 상당의 외상매입금채무를 부담하고 있었는지에 관하여 살피건대, 갑 제15, 25, 29, 30호증의 각 기재에 의하면 원고가 0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지 자기 명의의 00은행 계좌에서 합계 000원을 자기앞수표로 인출하여 BBB에게 전달한 다음 BBB이 위 수표를 AAA약품 명의 00은행 계좌에 입금한 사실이 인정되고, 이에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① '월별입금상세내역(갑 제23호증)은 AAA약품이 작성한 장부가 아니라 원고가 AAA약품의 외상매출금 보조원장을 토대로 새롭게 작성한 문서에 불과한 점, ② 피고 스스로도 위 '월별입금상세내역'이 원고의 은행계좌 입출금 내역과 일부 일치하지 않고 원고가 임의로 작성한 것이라는 이유로 그 신빙성에 대한 의문을 제기하고 있는 점, ③ 원고가 0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지 BBB에게 지급한 000원의 자기앞수표가 부외자금으로 사용되지 않고 AAA약품의 은행계좌에 입금되었던 사정에 비추어 위 금원 지급이 원고의 외상매입금채무 변제 명목이었을 가능성도 충분해 보이는 점, ④ 그럼에도 위 '월별입금상세내역'에 위 000원의 지급내역은 반영되어 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고의 외상매입금채무 존부에 관한 사실상 유일한 증거인 갑 제23호증의 기재를 믿기 어렵고, 달리 0000. 00. 00. 당시 원고가 AAA약품에 대하여 이 사건 가공매출채권액 000원 상당의 외상매입금채무를 부담하고 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고가 위 000원 상당의 채무면제이익을 얻었다고 볼 수 없다.

따라서 이와 전제를 달리 하여 위 000원을 익금산입한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

라. 소결론

원고가 2008 내지 2011 각 사업연도에 납부하여야 할 정당한 법인세액에 관하여 보건대, 이 사건 가공매출대금 000원과 이 사건 가공매출채권액 000원을 각 익금산입에서 제외하면 각 사업연도별 정당한 세액이 되므로, 결국 이 사건 처분 중 2008 사업연도 법인세 000원 부과처분, 2009 사업연도 법인세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세 000원 부과처분, 2011 사업연도 법인세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.