2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【인정근거】갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 6, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4 내지 7호증, 변론의 전취지

가. 원고는 1998년경부터 1999년경까지 사이에 전주시 덕진구 금암동 708의 3 소재 토지 외 18건의 토지를 매각하고 그 중 14건의 토지매각(대금 합계 164,077,829,598원)에 대해서는 세금계산서(이하 ‘계산서’라 한다)를 교부하지 아니하였고, 4건의 토지매각(대금 합계 6,594,820,000원)에 대해서는 1999. 1. 31.까지 매출처별계산서합계표(이하 ‘계산서합계표’라 한다)를 제출하지 아니하였던바, 각각의 양도토지내역은 별지 양도토지내역표 기재와 같다(한편, 위 계산서 미교부와 계산서합계표 미제출을 합하여 이하 ‘계산서미교부등’이라 한다).

나. 이에 대하여 피고는 1998 사업연도 거래분의 계산서미교부등에 대해서는 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘1998년 법인세법’이라 한다) 제41조 제14항 , 제66조 제1항 , 제2항 을, 1999 사업연도 거래분의 계산서미교부등에 대해서는 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘1999년 법인세법’이라 한다) 제76조 제9항 , 제121조 제1항 , 제3항 을 각 적용하여(위 각 법인세법 규정을 이하 ‘이 사건 법인세법 규정’이라 한다), 2001. 6. 16. 원고에게 위 각 토지공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세로서 1998년 귀속 법인세 148,115,550원, 1999년 귀속 법인세 1,638,647,560원을 각 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 한편, 위 1998년 귀속 법인세 중에는 원고가 세관장으로부터 교부받은 계산서의 매입처별계산서합계표를 제출하지 않은 부분에 대한 가산세 36,212,760원이 포함되어 있었던바, 이에 대하여는 가산세를 적용할 수 없다는 재무부예규(재법인 46012-175, 2001. 10. 10.)에 따라 피고는 2001. 11. 15.자로 직권감액처분하여, 1998년 귀속 법인세는 111,902,790원이 되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 원고에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 이유가 있다. 즉, 원고는 부동산매매계약서 등 이 사건 토지 거래의 증빙이 되는 서류를 작성하여 상대방에게 교부하였고, 부동산소유권이전등기신청을 하고 특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 제출함으로써 이 사건 토지 거래와 관련하여 계산서합계표에 포함되어야 할 과세자료를 모두 제출하였다. 또한, 세정 운영의 실무상 부동산 거래에 관해서는 계산서를 발행, 교부하거나 계산서합계표를 제출할 필요가 없다는 것이 납세의무자와 과세관청 사이에 묵시적으로 양해되고 있었다. 이처럼 원고는 이 사건 법인세법 규정에서 의도한 납세자의 협력 의무를 실질적으로 모두 이행하였으므로 단지 형식상 의무에 불과한 계산서교부, 계산서합계표제출 등 의무를 별도로 이행하지 않았던 것인바, 원고의 의무 해태에 정당한 이유가 있음에도 불구하고 계산서미교부등 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 부동산 거래의 경우에는 계산서를 발행, 교부하거나 계산서합계표를 제출하지 아니하여도 근거과세 실현이 가능함에도 불구하고 위 의무를 부과하고 그 불이행시에는 공급가액의 100분의 1에 상당하는 가산세를 부과하는 이 사건 법인세법 규정은 수단의 목적 적합성 및 피해의 최소성, 법익의 균형성이라는 헌법상 과잉금지의 원칙을 정면으로 위배하여 국민의 재산권을 침해하는 위헌적인 규정이므로, 이에 근거하여 행하여진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 가산세를 부과할 수 없는 정당한 이유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다( 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결 등 참조).

그러나, 원고는 이 사건 법인세법 규정이 정하는 계산서 교부 및 계산서합계표 제출 의무를 알지 못하였다고 할 수 없을 뿐만 아니라 뒤에서 보는 바와 같은 이 사건 법인세법 규정의 입법취지, 부동산 거래에 있어서 이른바 검인계약서 등 등기시 제출하는 과세자료에 의하여 파악하고자 하는 취득세, 등록세 등 지방세의 과세표준과 계산서 교부 및 계산서합계표 제출 의무 부과를 통해 파악하고자 하는 법인세, 특별부가세 등 국세의 과세표준이 다른 점, 계산서와 계산서합계표 등 과세자료가 첨부되지 아니한 특별부가세 과세표준 및 세액계산서만으로는 특별부가세의 과세표준을 제대로 파악하는 데 별 도움이 되지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 부동산 매매계약서 작성 및 부동산 등기시의 과세자료 제출과 특별부가세 과세표준 및 세액계산서 제출만으로는 원고가 이 사건 법인세법 규정에서 의도한 납세자의 협력의무를 실질적으로 이행하였다고 할 수 없으며, 원고가 주장하는 세정운영의 실무, 즉 부동산 거래에 있어서의 계산서미교부등에 관한 관행을 인정할 아무런 자료도 없다. 그렇다면, 원고에게 이 사건 법인세법 규정이 정하는 의무이행을 기대하는 것이 무리라고 할 수 없고, 달리 원고의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 않는다. 이 부분 원고 주장은 모두 이유 없다.

(2) 이 사건 법인세법 규정의 위헌 여부

이 사건 법인세법 규정은 자료에 의한 근거과세를 확립하고 과세표준을 양성화하기 위하여 입법된 것, 즉 법인이 부가가치세법에 의하여 세금계산서를 작성·교부하고 매출·매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우( 1998년 법인세법 제66조 제3항 , 1999년 법인세법 제121조 제4항 참조)에도 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 원칙적으로 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하도록 하고 관할 세무서장에 대하여는 법인이 교부하였거나 교부받은 계산서합계표를 제출하도록 함으로써 거래 당시에 이미 거래사실을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 작성·교부하도록 하여 이를 통해 거래사실의 과세자료로 활용하여 거래의 정상화 및 과세표준양성화를 기하고 그에 따른 탈세의 원천적 예방으로 성실납세풍토 조성 및 근거과세구현을 하기 위한 제도로서, 특히 법인이 토지 등을 양도한 경우에는 고정자산처분익을 각 사업연도소득에 포함함으로써 이에 대한 법인세를 납부하여야 함은 물론 특별부가세도 추가하여 납부해야 하므로, 토지 등에 관하여는 특별부가세의 과세자료를 수집하기 위한 것으로서 의미가 있다.

그런데, 법인의 사업연도소득금액에 포함되는 토지 등의 양도금액은 실지양도금액이어야 할 것이고, 이 사건 과세 당시의 1998년 법인세법 제59조의2 , 1999년 법인세법 제99조 등의 규정에 의하면, 특별부가세의 과세표준이 되는 토지 등의 양도차익도 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하되, 다만 양도가액(취득가액)이 불분명한 경우에만 양도(취득) 당시의 기준시가를 양도가액(취득가액)으로 하도록 규정하고 있는바, 그렇다면, 이 사건 법인세법 규정상의 계산서 교부 및 계산서합계표 제출 의무를 통해 수집하고자 하는 과세자료는 실지양도금액 내지 기준시가에 관한 것임을 알 수 있다. 이에 비해 부동산등기절차를 통해 과세자료가 수집되는 취득세, 등록세 등 지방세의 과세표준은 취득자, 등기(등록)자 등의 신고에 의하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 지방세시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하도록 되어 있는바( 지방세법 제111조 , 130조 등 참조), 그 결과 부동산등기시 납세의무자가 제출하는 이른바 검인계약서 등의 과세자료 또한 실지거래가액과 다른 신고가액 내지 지방세시가표준액이 양도가액이 됨이 보통이어서, 위와 같이 과세표준을 달리 하는 법인세 및 특별부가세의 과세자료가 되기에는 부족하다고 하지 않을 수 없다.

또한, 1998년 법인세법 제59조의2 제6항 , 1999년 법인세법 제99조 제6항 등의 규정에 의하면, 특별부가세의 과세표준이 되는 토지 등의 양도차익을 산정함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이지 소유권이전등기일이 아니므로(법인의 사업연도소득금액 계산에 있어서 고정자산양도손익의 귀속시기도 원칙적으로 대금청산일이다), 아직 소유권이전등기가 경료되지 아니하였다 하더라도 잔금이 청산되었다면 특별부가세와 관련하여서는 이미 양도가 있었던 것이니, 과세관청은 그에 관한 과세자료를 수집할 필요가 있다.

뿐만 아니라, 법인이 특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 제출할 의무를 부담하고 있다고 하더라도, 이는 납세의무자인 법인이 스스로 특별부가세의 과세요건이 충족되었는지를 조사·확인하게 하고 이에 관련 세법을 적용하여 과세표준 및 세액을 신고토록 하는데 목적이 있을 뿐, 특별부가세 과세표준 및 세액계산서 그 자체가 거래의 근거자료가 되는 것이 아님에 반하여, 계산서 교부 및 계산서합계표를 제출할 의무를 부담시키고 있는 것은 거래 당시에 과세의 근거가 될 수 있는 자료인 계산서를 작성·교부토록 하고 그 계산서의 합계표를 제출토록 하여 과세대상 거래의 근거를 남기도록 하고자 함에 목적이 있어 그 규정의 취지가 서로 다르고, 또 그 기재사항도 계산서 및 계산서합계표에는 거래상대방의 상호 등이 포함되어 있는 등 반드시 특별부가세 과세표준 및 세액계산서의 기재사항과 일치하는 것은 아니다.

이러한 점들에 비추어 보면, 법인의 토지 거래시에도 계산서 교부 및 계산서합계표 제출의무를 부과하는 이 사건 법인세법 규정은 근거과세 실현 및 과세표준 양성화라는 입법목적과 관련하여 그 수단이 적합한 것으로 인정된다.

나아가 그 의무 위반에 대하여 공급가액의 100분의 1에 해당하는 금액을 가산세로 부과한다고 하여 그 금액이 다른 가산세 규정의 경우보다 많을 것이라고 단정할 수 없고, 토지 등 부동산의 경우에만 다른 재화의 경우와는 달리 가산세율을 정하여야 할 필연적인 이유도 없으며, 그밖에 앞서 본 바와 같은 이 사건 법인세법 규정의 입법취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인세법 규정은 피해의 최소성, 법익의 균형성 등에 위반된다고 할 수도 없다.

한편, 원고는 법인세법이 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되면서 제121조 제4항 에 부동산 등에 대하여는 계산서 교부 및 계산서합계표 제출의무를 면제하는 규정을 신설한 것이 입법자가 이 사건 법인세법 규정의 부당함을 시인한 것이라는 취지로 주장하나, 그와 같이 단정할 수는 없고, 오히려 위 개정시 토지 등의 양도에 대한 특별부가세 제도 자체가 폐지된 것과 무관하지 않은 것으로 보인다.

결국 이 사건 법인세법 규정은 헌법상 과잉금지의 원칙에 위반된다고 할 수 없으므로, 이 부분 원고 주장 역시 모두 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 양도토지 내역 생략]

판사 백춘기(재판장) 유헌종 유창범

심급 사건

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