청구인은 경기도 화성군 정남면 OO리 OOOOOOO에서 OO상사라는 상호로 공병도매업을 영위하는 사업자로서 93년 제1기 내지 94년 제2기분 부가가치세를 신고함에 있어서 청구외 OOO 등으로부터 매입한 공병에 대한 구조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제74조의3과 같은 법 시행령(93.12.31 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제58조의2 및 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것을 말한다. 이하 같다) 제102조와 같은 법 시행령(93.12.31 대통령령 제14084호로 개정된 것을 말한다. 이하 같다) 제97조의 규정에 의한 매입세액(이하 “특례매입세액”이라 한다)으로서 93년 제1기분 2,213,867원, 93년 제2기분 3,621,817원, 94년 제1기분 2,480,454원, 94년 제2기분 497,271원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 공병이 폐유리에 해당하지 아니하므로 특례매입세액이 적용되지 아니하는 것이라 하여 청구인이 신고한 특례매입세액의 적용을 배제하여 95.1.16 청구인에게 93년 제1기분 부가가치세 2,585,000원, 93년 제2기분 부가가치세 4,105,270원, 94년 제1기분 부가가치세 2,728,490원, 94년 제2기분 부가가치세 546,990원 합계 9,965,750원의 부가가치세를 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.3.15 심사청구를 거쳐 95.6.15 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 유리병 세척시설을 보유하고 폐자원 수집상으로부터 공병(OO, OOO 등)을 수집하여 재활용할 수 있도록 불순물을 제거하고 깨끗이 세척하여 기호음료 생산업체(OO약품, OO 등)에 납품하고, 부산물인 파손된 폐공병은 폐유리 재생업체에 납품하고 있다.

처분청은 공병이 구조세감면규제법시행령 제58조의2 제3항 제3호 및 조세감면규제법시행령 제97조 제3항 제3호에서 규정한 폐유리에 해당하지 않는다고 보아 특례매입세액을 불공제 하였으나, 구 조세감면규제법 제74조의3 및 조세감면규제법 제102조의 취지는 폐자원의 재활용을 통하여 자원절감, 원가절감, 환경정화 등을 도모할 목적으로 폐자원의 수집활동이 원활이 이루어지도록 지원하기 위한 취지라 할 것인 바, 처분청의 해석대로라면 재생자료 수집상이 세부담을 경감하기 위하여 비교적 간단한 세척과정만 거치면 재활용이 가능한 유리 공병을 일부러 파쇄하여 파유리 상태로 만들어 재생업체에 납품하게 되어 자원절감, 원가절감, 환경정화를 유도하려는 본래의 취지에 정면으로 배치되는 결과를 초래하게 될 것이다.

나. 국세청장 의견

구조세감면규제법시행령 제58조의2 제3항 제3호 및 조세감면규제법시행령 제97조 제3항 제3호에서 폐유리라 함은 파손된 유리로서 그 자체로는 사용이 불가능하고 이를 용해하여 사용하는 재활용폐자원을 말하는 바, 공병은 이를 세척하여 다시 원래의 용도대로 사용할 수 있는 자원으로서 폐유리가 아니므로 특례매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 특례매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 구 조세감면규제법 제74조의3(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례) 및 조세감면규제법 제102조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례)의 각 제1항에서 “재활용 폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)로부터 재활용 폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.”고 규정하고, 그 각 제2항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있다.

구조세감면규제법시행령 제58조의2(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례) 제3항 각호 및 조세감면규제법시행령 제97조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례) 제3항 각호에서 재활용폐자원 및 중고품의 범위로서 제1호 고철, 제2호 폐지, 제3호 폐유리, 제4호 폐합성수지, 제5호 폐합성고무, 제6호 폐금속캔, 제7호 폐건전지, 제8호 자동차관리법에 의한 중고자동차를 규정하고 있다.

다. 위 규정은 사업자가 실제로 부담하지 아니한 부가가치세매입세액을 매출세액에서 공제해주는 특례의 규정이므로 동 규정은 엄격히 해석되어야 할 것인 바, 위 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액공제특례의 규정은 재활용 폐자원 등을 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자로부터 취득하거나 과세사업과 면세사업을 겸영하는 자로부터 취득하는 경우에 적용되는 것으로서, 사업자등록을 하지 아니하였다 하더라도 부가가치세 과세사업을 영위하는 자로부터 취득하는 경우에는 적용되지 아니하는 것으로 해석함이 타당하다고 판단된다 (95.4.26, 국심 94서5705 같은 뜻임).

그런데 청구인이 부가가치세 신고시에 제출한 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서를 살펴보면, 청구인에게 공병을 공급한 청구외 OOO, OOO, OOO, OOO 등은 반복적으로 청구인에게 공병을 공급한 사실이 있는 바, 그들이 비록 사업자등록은 하지 아니하였으나 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고, 계속적·반복적인 의사로 그리고 사업상 독립적으로 재화를 공급하였으므로 부가가치세 과세사업자에 해당하는 것으로 판단된다.

따라서 유리공병이 위 구조세감면규제법시행령 제58조의2 제3항 제3호 및 조세감면규제법시행령 제97조 제3항 제3호 규정의 『폐유리』에 해당하는지 여부에 관계없이 처분청이 이건 특례매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분에는 잘못이 없는 것으로 인정된다.

라. 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.