2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 6. 2. 주식회사 BBB의 주식 41,520주를 주식회사 AAAA에 현물출자하고 그 주식 800,000주(이하 '이 사건 주식'이라고 한다)를 l주당 1,250원에 취득하였다가 2005. 6. 23.부터 2005. 7. 12. 사이에 협회중개시장(코스닥)을 통하여 전부 매도하였다.

나. 피고는 2009. 2. 2. 원고가 현물출자로 취득한 이 사건 주식의 가치가 현물출자가액보다 높다는 이유로 2005. 6. 2. 증여분 증여세 151,507,000원을 부과하는 한편(이하 '이 사건 증여세 부과처분'이라고 한다), 이 사건 주식의 취득 당시 원고의 보유지분 비율이 4.8%로 '대주주'에 해당한다는 이유로 양도소득세 납세의무자에 해당하는 것으로 보아 2005년 귀속 양도소득세 560,643,590원을 부과하였다(이하 '이 사건 양도소득세 부과처분'이라고 하고, 위 각 처분을 통칭하여 '이 사건 처분'이라고 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이사건증여세부과처분과관련하여

원고가 현물출자계약을 체결한 것은 2005. 5. 11.인데 그 당시 금융감독위원회가 정하여 공고한 '유가증권의 발행 및 공사에 관한 규정' 제57조에 따라 산정한 기준주가가 1,250원이었으므로, 원고는 시세를 감안한 실지거래가격으로 인수한 것이지 시가보다 낮은 가격으로 인수한 것이 아니다. 그럼에도 불구하고 위 계약일 이후 법원의 인가를 받아 인수의 효력이 발생한 날인 2005. 6. 2.을 평가기준일로 삼아 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세 및 증여세법'이라고 한다) 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 따라 '그 전후 각 2월간에 공표된 매일의 협회중개시장(코스닥) 최종시세가액의 평균액'을 사가로 본 다음 원고가 시가보다 낮은 가격으로 이 사건 주식을 인수하였다고 판단한 것은 잘못이다.

(2) 이사건양도소득세부과처분과관련하여

이 사건 주식의 양도 당시 적용되던 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제 18988호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법 시행령'이라고 한다) 제157조 제4항 제1 호의 해석상, 원고처럼 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주주가 아닌 경우, 즉 해당 법인의 주식을 전혀 보유하지 아니한 경우에는 이후 당해 연도에 주식을 3%이상 취득하였다가 매도하더라도 양도소득세의 과세대상에 해당하지 아니한다.

설령, 직전 사업연도 종료일 현재 주식을 전혀 보유하고 있지 아니하다가 당해 연도에 3%이상의 주식을 보유하게 된 경우에도 과세대상에 해당한다고 보더라도, 원고는 2005. 6. 28.까지 이 사건 주식 800,000주 중 325,000주를 양도함으로써 대주주 요건인 3%에 미달하는 2.8%의 주식만을 보유하게 되었으므로, 적어도 그 날 이후, 즉 대주주의 자격을 상실한 상태에서 양도한 나머지 주식 475,000주에 대하여는 양도소득세를 부과할 수 없다.

나. 관계 법령 등

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이사건증여세부과처분과관련하여

상속세 및 증여세법 제39조의3 제1항 제1호는 '현물출자에 의한 이익의 증여'인지 여부를 판단함에 있어서의 '시가'의 개념을 '제60조 및 제63조의 규정에 의하여 평가한 가액'으로 정의하고 있고, 같은 법 제60조 제l항 제2문은 '제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액', 즉 협회등록법인(코스닥상장법인)의 주식의 경우 '그 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 협회중개시장(코스닥) 최종시세가액의 평균액'을 현물출자에 따른 이익을 산정하는 기준이 되는 '시가'로 간주하고 있을 뿐이다. 따라서 설령 원고의 주장처럼 현물출자계약 당시 적용되던 '유가증권 발행 및 공시에 관한 규정 제57조'에 맞추어 산정한 기준가액을 기초로 당사자 사이에 합의한 l주당 거래가액이 1,250원이었다 할지라도, 이를 상속세 및 증여세법 제39조의3 제1항 제1호에 따라 '현물출자에 의한 이익의 증여'인지 여부를 판단함에 있어서 기준이 되는 '시가'에 해당한다고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이사건양도소득세부과처분과관련하여

원고처럼 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식을 전혀 보유하지 아니한 경우에는 이후 당해 연도에 주식을 3%이상 취득하였다가 매도하더라도 양도소득세의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호를 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다. 따라서 같은 호 단서에서 말하는 '직전 사업연도 종료일 현재 (지분율이) 100분의 3에 미달한 자'에는 '직전 사업연도 종료일 현재 주식 등을 전혀 보유하지 아니한 자'도 포함되는 것으로 해석함이 상당하다.

한편 원고가 2005. 6. 28.까지 이 사건 주식 800,000주 중 325,000주를 양도함으로써 그 날 이후 대주주 요건인 3%에 미달하는 2.8%의 주식만을 보유하게 된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 제1문(전단)에서 직전 사업연도 종료일 현재 3% 이상의 지분을 보유한 경우 당해 연도에 양도하는 주식 전부에 대하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과하는 점에 비추어 볼 때, 같은 호 제2문에 따라 당해 연도 중에 3% 이상의 지분을 보유하게 된 경우 그 이후부터 당해 사업연도의 종료일까지 사이에 양도하는 주식 전부에 대하여 계속하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로서 양도소득세의 과세대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 즉, 직전 사업연도 종료일 현재 대주주에 해당한다면 당해 연도에 거래하는 모든 주식의 거래를 대주주로서 거래한 것으로 보는 것과 마찬가지로, 당해 연도 중에 대주주가 되었다면 그 이후 당해 사업연도 종료일까지 거래하는 모든 주식에 대하여도 대주주로서 거래한 것으로 봄이 타당하다. 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제6항은 양도소득세 부과대상이 되는 대주주의 해당 여부를 주식을 양도하는 날 현재의 주식보유비율을 기준으로 개별적으로 판단하는 입장이었으나, 1999. 12. 31. 개정시 '직전 사업연도 종료일'이라는 특정 시점을 기준으로 대주주의 해당 여부를 판단하는 방식으로 개정되었는데, 이러한 입법 연혁도 위와 같은 해석을 뒷받침한다.

결국이부분원고의주장도모두받아들일수없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.