가. 청구인은 1985.5.30. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 의해 2003.10.30. OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)을 취득하여 2010.7.30. 신축주택을 양도한 후 2010.9.30. 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의 3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 신축주택의 사용승인일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면하고 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액(준공전 양도소득)과 5년이 경과되는 날로부터 양도일까지의 양도차익에 대하여는 감면을 부인하여 2011.6.16. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.31. 이의신청을 거쳐 2011.12.30.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조 및 제99조의3 입법취지가 신축주택의 수요진작을 위하여 만든 규정임에도, 단순히 신축주택 취득후 5년이내에 양도하는 경우와 5년이 하루라도 경과한 후 양도한 경우의 과세차이가 발생하는 것은 법의 안정성 및 신의성실의 원칙에 위배되며, 취득일로부터 5년이 경과하여 양도시 종전해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의하면 취득당시의 기준시가를 새로운 주택의 취득시점 기준시가로 해석하였으나, 새로운 해석(재산세과-27, 2009.11.20.)을 통하여 이를 종전주택의 취득일 기준시가로 해석하여 서로 다르게 해석하는 것은 잘못된 해석이고, 5년 경과후 양도시에도 5년 경과 시점의 양도차익에 대해서만 과세하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없고, 「소득세법 시행령」제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 참조)이어서 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종전에 소유하던 주택을 재건축조합에 양도하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우, 양도소득 전체가 「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의하여 양도소득세 100% 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받는 경우

제1항 제2호에 따른 가액

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 「조세특례제한법」제99조 및 제99조의3 입법 제정취지가 신축주택의 수요진작을 위하여 만든 규정임에도 단순히 신축주택 취득후 5년이내에 양도하는 경우만 양도소득으로 인정하는 것은 법의 안정성 및 신의성실의 원칙에 위배되며, 설사 5년 경과후 양도시에도 5년이 경과되는 시점의 양도차익에 대해서만 과세하는 것이 타당하다고 주장하고 있다.

(2) 청구인은 1985.5.30. 종전주택을 취득하여 2003.10.30. 신축주택을 취득(사용승인일)한 후 2010.7.30. 양도한 사실이 심리자료에 나타난다.

(3) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

(4) 한편, 「소득세법 시행령」제166조 제2항에는 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제166조 제7항에서도 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하고 있다.

(5) 「조세특례제한법」제99조 및 제99조의3 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 취지를 고려하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 2003.10.30.부터 2008.10.30.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다고 할 것이다.

(6) 따라서, 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없는 점, 「소득세법 시행령」제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보아 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 참조)이어서 처분청이 청구인의 양도소득세 감면을 적용함에 있어 신축주택의 사용승인일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면하고 나머지 부문에 대하여는 감면을 부인하고 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.