2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

부가가치세 2011년 2기분 2012년 2기분 2013년 1기분 2013년 2기분 합계 피고가 원고에 대하여 한 2017. 1. 11.자 2011년 2기분 부가가치세 14,771,790원, 2012년 2기분 부가가치세 15,117,740원, 2013년 1기분 부가가치세 60,043,310원, 2013년 2기분 부가가치세 14,771,790원 합계 104,704,630원과 2017. 3. 16.자 2011년 귀속 종합소득세 17,385,200원, 2012년 귀속 종합소득세 291,539,010원, 2013년 귀속 종합소득세 200,407,030원 합계 509,331,240원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 별지 1 기재와 같이 미분양아파트인 ○○ ○○구 ○○동 소재 '◎◎◎◎'아파트를 2010. 9. 24. 20세대, 2011. 1. 28. 2세대(이하 '이 사건 아파트'라 한다)를 취득한 후 2011년 2세대, 2012년 12세대, 2013년 8세대를 각 양도하면서 조세특례제한법 제98조의5에 따라 양도소득세를 100% 감면 신고하였다.

나. ▽▽▽▽국세청장은 2016. 12. 8.부터 2017. 2. 13.까지(2016. 12. 14.부터 2017. 1. 2.까지 중지) 원고에 대한 개인통합조사를 실시하여 원고가 2010년부터 2013년까지 사이에 다수의 부동산을 계속・반복적으로 취득 및 양도하는 등 부동산매매업을 영위하였다는 조사결과를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 원고가 수익을 목적으로 부동산매매업을 영위하면서 2011년부터 2013년까지 사이에 22세대의 아파트를 양도하였음을 이유로 다음과 같이 원고에게 2017. 1. 11. 부가가치세를, 2017. 3. 16. 종합소득세를 각 부과하였다(이하 원고에 대한 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다)(표 생략).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 9. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였고 조세심판원은 2018. 1. 30. '이 사건 처분은 가산세를 적용하지 아니하는 것으로 그 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각'하는 결정을 하였다.

마. 피고는 조세심판결정에 따라 가산세를 취소하고 다음과 같이 감액경정결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 원고는 미분양아파트를 해소하기 위한 정부 시책에 호응하여 주택임대수익을 목적으로 이 사건 아파트를 취득한 후 임대사업을 영위하다가 매도한 것이지 사업소득을 위하여 계속적・반복적으로 부동산 매매 활동을 한 것이 아니다.

2) 피고는 2014. 7. 3. 원고에게 이 사건 아파트 양도에 대해 부동산매매업에 해당하므로 부가가치세 신고를 하지 아니한 사유 등에 대한 해명자료 제출을 요구한 후 원고를 직권으로 부동산매매업으로 등록하고 부가가치세 등을 과세하겠다는 과세예고 통지를 하였고, 원고가 과세전적부심사청구를 하자 부동산매매업에 해당하지 아니하고 양도소득에 해당한다는 결정을 하였는바, 피고가 이를 번복하고 이 사건 처분을 하는 것은 국세기본법 제15조의 신의성실, 신뢰 보호 원칙에 반하고 과세전적부심사결정의 기속력에도 어긋나는 위법한 처분이다.

3) 피고는 이미 이 사건 아파트 양도에 대하여 해명자료요구라는 서면에 의한 세무조사를 하였는데, 이후 상급관청인 ▽▽▽▽국세청장이 동일한 과세기간, 세목에 대하여 세무조사를 실시하여 이 사건 처분을 한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지한 중복세무조사에 해당하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 소득세의 과세대상인 사업소득은 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속ㆍ반복적으로 행해지는 사회적 활동인 사업에서 발생하는 소득을 말하며(대법원 2010. 9. 9. 선고 2010두8430 판결 등 참조), 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 또는 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무,양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 할 때에는 단지 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 그 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결, 대법원 2014. 7. 24. 선고 2014두5385 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정된 증거들 및 을 제1호증 내지을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때, 원고는 단순히 임대소득을 목적으로 이 사건 아파트를 취득한 것이 아니라 이를 매수한 다음 적당한 시기에 이를 되팔아 수익을 얻기 위해 이 사건 아파트 등의 매매거래를 계속 반복한 것으로 이 사건 아파트의 양도행위는 '부동산매매업'의 일환으로 이루어진 것으로 봄이 상당하므로 그로 인한 소득 역시 소득세법상 사업소득에 해당하고, 이 사건 아파트의 양도행위는 부가가치세의 과세대상이 된다고 봄이 타당하다.

(1) 원고는 2010. 9. 24.과 2011. 1. 28.에 이 사건 아파트 총 22세대를 약 42억 원에 할인 취득한 후 2011. 12.부터 2013. 12.까지 단기간에 약 58억 원에 모두 매각함으로써 약 16억 원 상당의 양도차익을 실현하였다.

(2) 원고는 2000년부터 2014년까지 사이에 이 사건 아파트를 포함하여 88건의 부동산을 취득한 후 61건의 부동산을 양도하여 부동산 거래행위가 빈번하게 이루어졌다.

(3) 원고가 운영하는 주식회사 ◇◇은 원고(40%), 박BB(25%), 공CC(25%) 등이 출자한 법인으로 이 사건 아파트와 동일한 아파트를 83세대 취득하고 82세대를 양도한 바 있으며, 박BB과 공CC 또한 같은 아파트를 각 20세대, 12세대를 취득하여 그 중 각 20세대, 8세대를 양도하고 양도소득세를 신고하였으나, ▼▼세무서장은 위 소득을 부동산매매업자의 사업소득으로 보아 종합소득세 등을 과세하였으며,

박BB과 공CC가 이에 불복하여 □□지방법원 □□□□구합□□□□호로 과세처분취소의소를 제기하였으나 위 법원은 2018. 1. 19. 이들의 청구를 기각하였고, 현재 항소심 계속중이다(□□고등법원 □□□□누□□□□호).

(4) 원고는 다음과 같이 2002년부터 현재까지 주택신축판매법인을 운영하고 있고, 2010년부터 부동산매매업을 목적으로 하는 다수의 법인(주식회사 △△, 주식회사 ◇◇)의 대표이사 등의 지위에 있어 부동산매매업의 현황 내지 방법 등에 대하

여 숙지하고 있었을 것으로 보인다.(표생략)

(5) 이 사건 아파트의 임대현황은 다음과 같고(단위 : 연, 백만 원), 임대기간이 대부분 2년 이하의 단기이며, 임대 기간이 만료된 후 추가로 임대차계약을 체결하지 아니하였고, 원고는 이 사건 아파트의 임대와 관련하여 사업자등록을 하지 아니하였다.

(표생략)

(6) 원고는 임대목적으로 이 사건 아파트를 취득하였다고 주장하나 부동산임대사업자로 등록한 바가 없고, 이 사건 아파트를 임대하면서 임대소득을 신고하지 않았으며, 피고로부터 2014. 7. 3. 이 사건 아파트 부가가치세 해명자료 제출안내를 받은 뒤인 2014. 7. 24. 임대소득에 관한 종합소득세를 납부하고 2014. 10. 7. 피고의 과세예고통지를 받은 후 2014. 10. 29. 임대소득에 대한 과세표준수정신고서를 제출하였다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 과세전적부심사청구에 대한 결정은 과세관청에 대하여 사실상의 구속력을 가짐은 별론으로 하더라도, 이는 과세처분 이전 단계에서 납세자로 하여금 세액결정전에 미리 통보받은 과세내용에 대하여 이의를 청구하도록 하여 위법한 과세처분을사전에 방지하고자 하는 제도로서 과세처분 이전 단계에서의 과세관청의 행위이므로 법적 구속력이 있는 것이 아니다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 국세기본법 제15조는 신의성실의 원칙을 규정하고 있는데, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며,납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조). 이러한 요건에 관한 주장ㆍ증명책임은 납세자에게 있다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 등 참조). 한편 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고의 주장이나 제출한 증거만으로는 법적 구속력이 없는 과세전적부심사청구 결정의 잘못을 시정하여 이 사건 처분을 한 것만으로는 당시 향후 이 사건 아파트의 양도에 대한 세액의 오류나 누락된 내용이 발견되더라도 다시 부과처분을 하지 아니할 것이라는 피고의 공적인 견해표명이 존재하였다거나 부동산매매업 법인 등을 운영하는 원고가 이에 대하여 보호가치 있는 신뢰를 형성하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 신의성실이나 신뢰보호의 원칙을 위반한 것이라고 볼 수 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

가) 인정사실

갑 제4호증, 갑 제5호증, 을 제1호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실이 인정된다.

(1) 피고는 2014. 7. 3. 원고가 신고한 양도소득세 자료처리 과정에서 원고에게 다음과 같이 이 사건 아파트 양도에 대한 '부가가치세 해명자료 제출 안내문'을 발송하였다.

(표생략)

(2) 이에 원고는 2014. 7. 30. 이 사건 아파트의 취득・양도 현황 및 이 사건 아파트의 양도에 따른 부가가치세 해명자료를 제출하였다.

(3) 이후 피고는 2014. 10. 7. 이 사건 아파트 매도로 인한 소득이 부동산매매업자의 사업소득에 해당하는 것으로 보아 원고를 부동산매매업자로 직권등록하고 부가가치세 등을 부과하겠다는 과세예고통지를 하였고, 원고는 이에 대해 2014. 10. 21. 과세전적부심사청구를 제기하였으며, 피고는 2014. 11. 20. 위 소득이 주택임대사업자의 자산매각에 따른 양도소득에 해당한다고 보아 원고의 주장을 채택하는 결정을 하였다.

(4) ▽▽▽▽국세청은 국세청 본청에서 채택・시달된 탈세혐의자료(부동산매매업을 영위하는 사업소득자임이 명백함에도 미분양주택 양도에 따른 100% 감면을 적용하여 양도소득으로 신고함)에 따라 원고를 조사대상자로 선정하였고, 2016. 12. 8.부터 2017. 2. 13.까지 개인통합조사를 실시하여 이 사건 아파트 매매로 인한 소득이 부동산매매업자의 사업소득에 해당하는 것으로 보아 관련 과세자료를 피고에게 통보하였으며, 피고는 이에 따라 원고에게 이 사건 처분을 하였다.

나) 판단

(1) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부・서류 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 '납세자 등'이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 '현지확인' 등의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 것은 아니다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

(2) 한편 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호에서는 세무조사를 '국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부・서류 또는 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 경우(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다)'라고 규정하고 있고, 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제3조 제1호는 '세무조사란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부・서류・물건 등을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말하며, 국세기본법과 조세범 처벌절차법에 따라 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분한다'고 규정하고 있으며, 같은 조 제22호는 '실지조사란 납세자의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다'고 규정하면서, 그와 달리 '납세자가 제출한 신고서 등의 서류나 과세자료 등의 분석을 통해 신고사항의 적정 여부를 검증하거나 특정거래의 사실관계 확인을 위하여 납세자 또는 그 관련인으로부터 우편질문 등을 통해 증빙서류를 수입하고 거래내용을 조회하는 경우' 등은 간접조사로 정의하고 있는바(같은 조 제23호), ① 이는 실지조사보다 납세자에게 덜 침해적인 점, ② 부가가치세법 제57조 제1항 제2호, 제3항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 사업자가 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우에는 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 경정하고 위와 같이 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정하도록 규정하고, 소득세법 제80조 제2항 제1호, 제4항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 종합소득세 과세표준확정신고를 한 자가 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하고 위와 같이 경정한 후 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는바, 과세관청은 납세의무자가 스스로 신고한 부가가치세 또는 종합소득세 신고내용에 오류 또는 누락이 있을 때에는 증액경정을 할수 있고, 그 증액경정에 오류나 누락이 재차 발견된다면, 부과제척기간 내에서 수차례 에 걸쳐 반복하여 증액경정을 할 수 있는 점, ③ 중복세무조사를 금지하고 있는 입법취지 등을 고려할 때, 위와 같은 간접조사는 원칙적으로 중복세무조사에 해당하는 세무조사라고 보기는 어렵다(다만, 간접조사라는 미명 하에 납세자의 영업의 자유나 법적안정성 등을 심각하게 침해하거나 세무조사권을 남용하여서는 안 될 것이므로, 그러한 경우라도 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대할 수 없거나 납세자의 영업의 자유 등에 큰 영향이 있는 경우에는 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보아야 할 것이다).

(3) 또한 중복세무조사 금지원칙이 적용되는 세무조사로서의 실지조사로 보기 위해서는, 부과처분을 목적으로 하여야 하고(목적요건), 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하여야 하며(대면요건), 그 장소가 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등이어야 하고(장소요건), 납세자 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하고 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하여야 하며(기간 및 행위요건), 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 관련성이 있거나 관련성이 있다고 의심되어야 할 것(인과요건)이 요

구된다고 할 것이다.

(4) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① '부가가치세 해명자료 제출 안내문'에는 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 구체적인 산출자료(과세자료 금액등)도 없고, 원고가 제출한 해명자료도 이 사건 아파트 매매가 양도소득이라는 주장만반복하고 있어 그것만으로는 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 구체적인 자료가 없는 점, ② 피고는 위와 같은 해명자료 제출안내 이후 원고에게 자료수집을 위한 추가행위가 이루어진 바가 없으며, 원고의 사무실에서 직접 접촉한 바도 없고, 위 해명자료 제출안내 시 세무조사 개시를 위한 사전통지 등 절차가 진행되지 않았던 점, ③ 위 해명자료 제출안내는 부동산매매업자인지 등의 불분명한 거래 사실관계를 분명히 하여 세금신고 및 납부를 성실하게 하였는지를 확인하는 것으로 자료제출 협조요청에 불과한 점, ④ 이로 인하여 영업의 자유나 사생활의 자유 등을 침해당했다고 볼만한 사정이 전혀 엿보이지 않고 세무조사권이 남용될 염려가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 위 '부가가치세 해명자료 제출 안내'를 중복세무조사 금지원칙이 적용되는 세무조사에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례