1. 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용하고, 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화의 경우에도 위 수출하는 재화의 포함시켜 영세율을 적용한다고 규정하고 있다.

한편, 이 경우 공급된 지금이 실제로 수출되었는지의 여부는 지금 공급자에 대한 영세율이 적용 여부에 영향을 미칠 수 없고, 구매확인서의 발급과정에 수출근거서류가 없거나 허위의 수출계약서를 토대로 발급된 것이거나 유효기일 또는 선적기일 미기재 혹은 유효기일 경과 후 발급되는 등과 같은 하자가 있다는 점만으로는 외국환은행의 장이 발행한 구매확인서가 당연 무효가 된다고 볼 수 없으며, 재화의 공급자가 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 발급과정의 하자만을 이유로 곧바로 그 구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급을 부가가치세법상의 영세율 적용대상에서 제외할 수는 없고, 이러한 특별한 사정은 조세부과처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임을 부담하고 피고가 입증하여야 한다(대법원 2006.1.26. 선고 2005두13735 판결, 대법원 2004.8.30. 선고 2002두9100 판결 등 참조)

2. 원심은, 판매자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서에 의하여 재화를 공급하거나, 공모가 없었다고 하더라도 구매확인서를 이용하여 조세를 포탈하려는 구매자의 의도를 판매자가 알면서도 이를 묵인하고 영세율의 적용 요청에 응하는 것은 부가가치세의 징수질서를 해하는 것으로서 그 입법취지에 반하여 허용되지 않는다고 전제한 후 그 채용 증거들을 종합하여 그 판시와 같은 사실을 공모하였다고 볼 수는 없다고 하더라도 적어도 매수인들이 부실한 구매확인서를 이용하여 영세율 제도를 악용하려는 사정을 알면서도 부가가치세 징수를 하지 아니한 사실을 넉넉히 추인할 수 있으므로, 이 사건 거래는 영세율 적용대상이 아니라고 판단하였다.

그러나, 원심의 위와 같은 판단은 다음 이유에서 수긍하기 어렵다.

우선 원심의 위와 같은 판단은 다음 이유에서 수긍하기 어렵다

우선 원심이 인정한 사실관계에 비추어 보면, 원고가 이 사건 거래와 관련하여 조금더 주의를 기울였다더라면 이 사건 구매확인서의 발급에 하자가 있고, 나아가 매수인들이 그와 같이 구매확인서를 이용하여 영세율 제도를 악용하려는 사정을 알 수 있었을 것으로 보이느니 것은 사실이나, 그와 같은 사정만으로 이 사건 거래가 영세율 적용대상에서 제외도어야 하는 특별한 사정이 인정되었다고 보기는 어렵다.

나아가 원고가 매수인들이 중대한 하자있는 구매확인서를 이용하여 조세를 포탈하려는 의도를 알고도 이를 묵인한 것인지 여부에 대하여 보건대, 원심판결의 이유 및 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구매확인서를 이용하여 조세를 포탈하여는 의도를 알고도 이를 묵인한 것인지 여부에 대하여 보건대, 원심판결의 이유 및 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구매확인서는 통상 물품의 공급 전에 발급되므로 구매(공급)일의 ㅣ기재 없이 발급되는 경우가 많고, 그 기재사항인 근거서류 및 번호, 에이치에스(HS)번호, 품명 및 규격, 수량, 유효기일, 선적기일 등이 누락되어 있더라도 정당한 승인권자에 의하여 발급된 구매확인서인 이상 그 효력이 있다고 보아야 하는 점, ② 특히 2002.4.12. 재정경제부령 제258호로 구 부가가치세법 시행규칙이 개정되어 구매확인서상 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 유효기일, 선적기일 등의 기재사항이 필요적인 것으로 바뀌었는데, 이 사건 거래들은 그 시행 이전의 것들이라서 구매확인서의 기재사항이 누락되어 있다는 이유만으로 구매확인서의 발급에 중대한 하자가 있다고 하기는 어려운 점, ③ 원고는 이 사건 거래에 있어서 향후 지금의 최종수출자가 관세를 환급받는데 필요한 서류인 분할증명서를 매번 발급한 점, ④ 피고는 이 사건 거래가 계속중이던 2002.2.19. 원고에게 2001년 제2기 부가가치세 매입세액 1,888,601,791원을 환급해 주기도 하였던 점 등에 비추어 보면, 원심이 채택한 증거들만으로는 원고가 매수인들과 세금을 포탈한 것을 공모하여 이 사건 거래를 하였다거나, 이 사건 구매확인서의 발급과정에 중대한 하자가 있음을 알면서 이 사건 거래를 하였다고 단정하기에는 부족하다.

그럼에도 불구하고 이와 같은 점에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니한 채 만연히 원고가 매수인들이 부실한 구매확인서를 이용하여 영세율 제도를 악용하려는 사정을 알면서도 이 사건 거래를 하였음이 추인된다고 판단한 원심판결에는 부가가치세법상 구매확인서에 의한 거래와 영세율 적용의 예외에 관한 법리를 오해하고 필요한 심시를 다하지 아니하여 판단 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.