2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

"가. 원고의 100% 자회사인 코** 주식회사(이하 'KF*'이라 한다)는2008. 8. 3. 특수관계법인이자 비상장법인인 코•• 주식회사(이하 '하••'라 한다)를 흡수합병하면서, 평가기준일을 2008. 5. 31.로 하여 KF* 및 하••의 주식을 6,533원 및 4,570원으로 각 평가하고, 1:0.6995255로 합병비율을 산정하였다.",나. 한편, 하••는 계열회사이자 주권상장법인인 F**코** 주식회사(이하 'F**코**'이라 한다)가 발행한 보통주식 2,800,000주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 보유하고 있었는데, 합병 당시 이 사건 주식의 가치를 구 상속세 및 증여세법(2008. 12.26. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조에 따라 평가기준일 이전・이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 등에대한 할증평가 100분의 30을 가산하여 22,941원으로 평가하였다.

다. 중부지방국세청장은 KF* 및 F**코**에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 원고가 대주주로 있는 KF*이 특수관계법인인 하••를 합병하면서 이 사건 주식을'평가기준일의 한국거래소 최종시세가액'으로 평가하지 아니하고 구 상속세 및 증여세법에 따라 평가함으로써 피합병법인인 하••의 합병비율이 과다하게 산정되었고, 이를 통해 특수관계법인이자 피합병법인의 주주인 캠** 외 2개 법인에게115억 원 상당의 이익을 분여하였음을 발견하고, 피고에게 이를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2013. 8. 5. 원고에게 2008 사업연도 법인세 2,495,882,060원

을 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 2013. 10. 30. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판을청구하였다. 그 결과, 조세심판원은 2014. 6. 10. '원고가 2008. 7. 6. 공개매수로 취득한 F**코**의 발행주식 7,711,263주의 1주당 취득가액 18,000원을 시가로 보아 경

정한다'고 결정하였으나, '피고의 이 사건 처분 중 코**패션이 하••를 합병하면서 하••가 보유한 이 사건 주식의 시가를 평가기준일 현재 한국거래소의 최종시세가액으로 평가한 부분은 적법하다'고 보아 이 부분 심판청구에 대해서는 기각 결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피합병법인인 하••는 비상장법인으로 그 주식의 법인세법상 시가를 평가하기 위해서는 구 법인세법 시행령(2008. 9. 22. 대통령령 제21025호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항에 따라 하••가 보유한 재산을 구 상속세 및 증여세법에 따라 평가하여야 한다. 이는 하••가 보유하고 있던 이 사건 주식이 한국거래소에 상장된 주식이라 하더라도 다르지 않다. 그럼에도 피고는 이 사건 주식이 한국거래소에 상장된 주식이라는 이유로 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 평가해야 한다고 보아 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제2항은 부당행위계산 부인 규정을 적용함에 있어서는 '건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'을 기준으로 함을, 제52조 제4항은 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정함을 각 규정하고 있다.

이에 따라 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목에서는 그 부당행위계산의 유형으로 특수관계자인 법인 간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병함으로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우를 들고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조는 법인세법 제52

조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관

계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에

일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우는 그 가액, 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법

제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하여 계산한 금액을 시가로 보도록(제2항) 규정하고 있다.

한편, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에서는 한국거래소에서 거래되는 주권상장법인의 주식은 평가기준일 이전・이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액의 평균액을 기준으로 평가하도록 규정하고 있고, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제2항, 제4항, 제55조 제1항을 종합하면, 사업개시 후 3년 미만의 비상장법인의 주식의 1주당 가액은 당해 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 가액으로 하고, 이 때 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다고 규정하고 있다.

2) 살피건대, 이 사건 처분은 원고가 100% 자회사인 KF*에 특수관계법인인 하••를 흡수합병하면서 하••가 보유하고 있던 이 사건 주식의 가치를 과대평가하여 결과적으로 피합병법인인 하••의 합병비율을 과다하게 산정하였다는 이유로 내려진 것으로, 법인 간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높게 평가하여 불공정한비율로 합병한 행위가 부당행위계산 부인의 대상이 되는 것일 뿐, 이 사건 주식을 시가보다 높게 평가하여 거래한 행위 자체가 부당행위계산 부인의 대상이 되는 것은 아니다.

그렇다면 이 사건의 경우, KF*이 하••를 흡수합병하면서 피합병법인인 하••의 주식을 시가보다 높게 평가하였는지 여부가 문제인데, 비상장법인인 하••의주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따라 상속세 및 증여세법 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보아야 하고, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제2항, 제4항, 제55조 제1항에 따르면, 사업개시 후 3년 미만으로 비상장법인인 하••의1주당 가액은 평가기준일 현재 하••가 보유한 자산을 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감하여 순자산가액을 계산하고, 이를 발행주식총수로 나누는 방식으로 평가하여야 한다. 따라서 하••가 보유한 자산 중 이 사건 주식의 시가 역시 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에 따라 '평가기준일 이전・이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액'으로 평가하여야 할 것이지, 이 사건 주식이 상장주식이라는 이유만으로 구 법인세법 시행령 제89조 제1항을 적용하여 '평가기준일의 한국거래소 최종시세가액'으로 평가할 수는 없다 할 것이다.

한편, 2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정된 법인세법 시행령에서는 제89조 제2항 제2호 후단 중에 "상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유

한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며"라는 부분을 신설하고, 부칙 제10조에서 '위 개정규정은 이 영 시행 후 주식이 거래된 분부터 적용한다'고 규정하고 있는데, 2013. 2. 15. 전에 이루어진 KF*과 하••의 합병 거래에서의 이 사건 주식 평가에 위 개정규정이 적용될 여지는 없고, 위와 같이 법인세법 시행령 개정을 통해 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가계산방법에 관하여 명시적으로 규정하고 있기 전에는, 상장주식의 경우에도 비상장법인이 보유한 다른 자산과 마찬가지로 상속세 및 증여세법에 따라 그 자산의 가치를 평가하여야 할 것이다.

따라서 이 사건 주식의 시가를 '평가기준일의 한국거래소 최종시세가액'으로 평가해

야 함을 전제로 하는 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.