조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고와 원고의 동생 유○종은 1996. 12. 24. 인천 ○구 ○○동 ○○○-1 전 4,423㎡ 및 같은 동 ○○○-2 전 992㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 매수하여 각 1/2지분씩 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 이 사건 토지를 포함한 그 일대는 2003. 8. 11. 인천광역시 경제자유구역 ○○복합레저단지개발사업이 시행되면서, 이 사건 토지 중 원고 소유지분은 2006. 4. 5. 공공용지의 협의취득을 원인으로 위 개발사업을 시행하는 인천광역시 도시개발공사에게 소유권이전등기가 경료되었다.

다. 원고는 2006. 6. 30. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당한다는 이유로 양도소득세 감면신고를 하였다.

라. 피고는 원고가 조세특례제한법 제69조의 규정에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보고 2007. 5. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 58,083,490원을 결정⋅고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

마. 원고가 이에 불복하여 2007. 7. 18. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 12. 14. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 12호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 8년 이상 밭으로 직접 경작하다가 인청광역시 도시개발공사에게 양도하였는바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

원고는 2002. 11. 14.부터 2007. 1. 1.가지 인천 ○구 ○○동 ○○○-6 소재 주식회사 ○○시스템의 대표이사로 취임하여 사업을 영위하는 등 이 사건 토지를 원고가 자경한 사실이 없다. 또한 이 사건 토지는 2004. 5. 3.부터 2005. 12. 31.가지 유○종이 운영한 ○○조정개발의 사업장부지로 이용되었으므로 위 가간을 제외할 경우 자정기간은 8년 이상이 되지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

다. 인정사실

(1) 이 사건 토지는 경제자유구역으로 지정된 도시관리계획구역 중 자연녹지지역으로 농업진흥지역 밖에 소재하고 있는 농지인데, 원고와 유○종은 1996. 12. 24. 이 사건 토지를 취득한 후 2003. 8. 11. 이 사건 토지가 경제자유구역 ○○복합레저단지개발사업에 편입되어 2006. 4. 5. 이 사건 토지를 인천광역시 도시개발공사에 원고의 지분을 505,016,320원, 유○종의 지분을 505,016,320원에 각 양도하였다.

(2) 인천광역시 도시개발공사의 보상내역회신문(갑 6호증)에는 이 사건 토지에는 유○종의 소유의 백○련 200주, 살구나무 300주, 홍단풍 500주, 홍단풍 700주가 식재되어 있는 것으로 기재되어 있고, 인천광역시 도시개발공사는 유○종에게 임목보상으로 37,000,000원의 손실을 보상하고, 농업손실보상금으로 원고에게 10,592,400원, 유○종에게 3,258,410원을 지급하였다.

(3) 이 사건 토지에 관하여 1997. 10. 11. 원고를 경작자로 하여 농지원부가 작성되어 있다.

(4) 유○종은 2004. 5. 3. 이 사건 토지를 사업장소재지로 하여 관상, 유실수 도매업을 하는 ○○조정개발을 설립하였다가 2005. 12. 31. 폐업하였으나, 이는 유○종이 인천광역시 도시개발공사로부터 영업보상을 받기 위한 수단으로 이루어진 것이고, 이후 유○종의 양도소득세 감면신청에 대한 피고의 실사조사에서 보상목적의 사업자등록임이 밝혀졌고, 사업인정고시일 이후에 사업자등록이 된 것이 판명되어 인천광역시 도시개발공사로부터 영업보상을 받지 못하였다.

(5) 2002. 11. 14. 인천 ○구 ○○동 ○○○-6을 소재지로 하여 설립된 통신업을 영위하는 주식회사 ○○시스템의 대표이사 명의가 원고로 되어 있다가 2007. 1. 1.이후 휴업한 후 2007. 6. 30. 피고에 의하여 직권폐업되었는데, 위 회사는 국제전화 선불카드를 판매하는 법인으로서 위 서비스요금은 모두 유○종의 신용카드를 통하여 결제되었고, 위 사업장 전화사용요금, 차량구입비를 유○종이 모두 납부하는 등 유○종이 실질적으로 경영하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2 내지 11, 14 내지 22호증, 을 2, 3호증의 각 기재, 증인 유○종의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

그러므로 원고가 이 사건 토지를 8년간 자경하였는지에 관하여 살피건대, 위 인정사실에다 주식회사 ○○시스템은 명목상 원고가 대표이사로 기재되어 있을 뿐 유○종이 실질적인 경영주인 점, 유○종은 이 사건 토지에 관하여 8년 이상 직접 경작하였다는 이유로 양도소득세 감면신청을 하였는데 피고는 유○종이 이 사건 토지를 9년 4개월간 보유하면서 8년 이상 자경한 것으로 보아 양도소득세를 감면한 점 등을 종합해 보면, 원고가 1996. 12.경부터 2006. 4. 5경까지 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 봄이 상당하다.

다라서 원고가 이 사건 토지를 양도한 것에 대하여는 양도소득세를 부과할 수 없다고 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문